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Biologie moléculaire

Biologie moléculaire
Les études menées au sein de l'UR NuMeA portent sur la nutrition des poissons d'élevage. Dans ce contexte, l'étude de la régulation nutritionnelle de l'expression des gènes impliqués dans le métabolisme des nutriments permet de mieux comprendre l'utilisation de ces derniers afin d'optimiser la composition des aliments piscicoles
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Description | Personnel | Publications

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Description

  • Contexte scientifique et technique

Les études menées au sein de l'UR NuMeA portent sur la nutrition des poissons d'élevage. Dans ce contexte, l'étude de la régulation nutritionnelle de l'expression des gènes impliqués dans le métabolisme des nutriments permet de mieux comprendre l'utilisation de ces derniers afin d'optimiser la composition des aliments piscicoles.

  • Matériel et méthodes

A la fin des années 90, les techniques de Northern Blots et de RT-PCR conventionnelles étaient des techniques de choix utilisées au laboratoire pour l'étude de l'expression des gènes. Aujourd'hui, les techniques utilisées dans ce domaine sont principalement la RT-PCR en temps réél et l'analyse transcriptomique sur microarrays nylon. Ces deux méthodes ont l'avantage de permettre l'étude de l'expression d'un grand nombre de gènes (9000 gènes sont spottés sur les membranes de truite) à partir d'une petite quantité d'échantillons. Ces échantillons peuvent être extraits de cultures cellulaires (hépatocytes , myoblastes...) ou de différents tissus (foie, intestin, muscle...) à différents stades de développement.

  • Exemples d'application actuelle et équipements :

Premier exemple d'application:

Pour épargner les matières premières issues de la pêche dans l'aliment pour poisson, le remplacement des huiles de poissons par des huiles végétales est un enjeu important. La comparaison, par une approche transcriptomique, des échantillons de foie de poissons nourris avec ces deux matières premières, a permis d'identifier des gènes exprimés différenciellement entre les poissons nourris avec de l'huile de poisson et ceux nourris avec de l'huile végétale.

puce ADN400

  

Deuxième exemple d'application:

Dans le cadre de leur thématique, la majeure partie des scientifiques de l'unité utilisent actuellement une approche "gène candidat" qui consiste à vérifier l'implication d'un gène d'intérêt (par exemple appartenant au métabolisme des glucides) dans l'apparition d'un phénotype (hyperglycémie postprandiale chez les poissons nourris avec des glucides).

Photo 2icycler400

  

  

  • Matériel:

La biologie moléculaire est une approche en plein essor au laboratoire, nous nous sommes donc progressivement équipés de trois thermocycler pour la PCR en temps réel (1 icycler et 2 MyiQ (société BIORAD)) d'un bioanalyser (2100 Agilent), du matériel nécessaire à l'hybridation et la révélation des membranes micrarrays (salle de radioactivité, four à hybridation, scanner de micrarrays (phosphoimager (Fijifilm BAS-5000))

Personnel

Elisabeth Plagnes-Juan (assistant ingénieur) et Maryanne Cluzeaud (technicien de recherches)

Publications

  • Panserat S, Médale F, Blin C, Brèque J, Vachot C, Plagnes-Juan E, Krishnamoorthy R, Kaushik S. (2000) Hepatic glucokinase is induced by dietary carbohydrates in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), common carp (Cyprinus carpio) and gilthead seabream (Sparus aurata). Am J Physiol. 278 : R1164-1170
  • Geurden I, Aramendi M, Zambonino-Infante J, Panserat S (2007) Early feeding of carnivorous rainbow trout with a hyperglucidic diet during a short period: effect on dietary glucose utilisation in juveniles. Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol (sous presse).
  • Cassy S., Derouet M., Crochet S., Dridi S., Taouis M.(2003) Leptin and insulin downregulate leptin receptor gene expression in chicken-derived leghorn male hepatoma cells. Poult Sci. Oct;82(10):1573-9.
  • Panserat S, Kirchner S, Kaushik S. (2006) Nutrigenomics. In :Dietary supplements for the health and quality of cultured fish edited by Nakagawa, Sato and Gatlin. Chapter 13 : 210-229