L’origine de l'Aquapôle est double.

Biarritz

En 1964, le ministère chargé de l’agriculture et sa direction des eaux et forêts proposent au jeune institut qu’est l’INRA de prendre en charge la station d'hydrobiologie continentale installée à Biarritz depuis 1954. Tout d’abord accueilli dans des locaux existants du Plateau de l’Atalaye, l’INRA va simultanément faire construire à Biarritz et acquérir le moulin d’Ibarron et les terrains avoisinants sur la commune de Saint Pée sur Nivelle à la fin des années 60. A cette époque, les recherches portent sur les écosystèmes à salmonidés et les populations de truite et de saumon.
Jouy-en-Josas

Depuis 1965, une petite équipe s’est constituée dans ce centre INRA de la région parisienne autour du poisson, abordé en termes de génétique et de physiologie de la reproduction et de la nutrition.

En 1977 la station de Biarritz migre en totalité sur le site de Saint Pée sur Nivelle. Elle est rejointe par une partie de l’équipe de Jouy-en-Josas, celle qui traite de la nutrition et de la génétique des poissons.

L’effectif du personnel dépasse alors la cinquantaine de postes budgétaires.
En 2002, sont fêtés les 25 ans de présence de l’INRA sur le site de Saint Pée.

1978 Mise au point des appareils de pêche électrique	1982 Etude de la digestibilité : le collecteur de fèces	1996 Création d’un outil de gestion : prévision des populations	2002 La biologie moléculaire appliquée à la nutrition des poissons

Aujourd’hui la station est devenue Aquapôle. Celui-ci a conservé une double implication dans la gestion et le développement des ressources aquatiques.
L'Aquapôle de Saint Pée a transformé et modernisé tous ses outils expérimentaux. Il a fait évoluer ses thématiques de recherche et conclu de nombreuses coopérations et partenariats, devenant en particulier un centre de formation important. Deux unités mixtes de recherche ont été créées avec l'université de Pau et des Pays de l’Adour. Le rayonnement de l'Aquapôle est aujourd’hui international