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Titre de la thèse

Diversité et traits d’histoire de vie des Botryosphaeriaceae et évaluation du potentiel de défense de différents cultivars de Vitis

• Mme Marie-France Corio-Costet, Directeur de recherche (INRA) : Directrice de thèse
• Mme Stéphanie Cluzet, Maître de Conférences (Université de Bordeaux) : Co-encadrante
• Mme Florence Fontaine, Professeur (Université de Reims-Champagne-Ardennes) : Rapporteur
• Mr Marc-Henri Lebrun, Directeur de Recherche (INRA Grignon) : Rapporteur
• Mr Philippe Reignault, Professeur (Université du Littoral Côte d’Opale) : Rapporteur
• Mme Sylvie German Retana, Chargé de recherche (INRA Bordeaux) : Examinateur
• Mr Michel Hernould, Professeur (Université de Bordeaux) : Examinateur
• Mr Philippe Larignon, Ingénieur (Institut français de la Vigne et du Vin) : Examinateur
• Mr Serge Delrot, Professeur (Université de Bordeaux) : Invité

Résumé

Vitis vinifera L. représente l’une des cultures les plus répandues dans les pays producteurs de vin, laquelle est soumise à de nombreuses contraintes environnementales pouvant favoriser l’émergence des maladies de dépérissement du bois (MDB). La famille des Botryosphaeriaceae est responsable du Botryosphaeria dieback, provoquant des chancres et des nécroses qui conduisent à une dépréciation de la qualité du vin, voire à la mort des ceps. Les méthodes de lutte sont peu efficaces.

Sept espèces sont retrouvées dans le vignoble français dont B. dothidea, D. intermedia, D. mutila, D. seriata, Do. viticola, N. parvum et L. viticola. Nous avons étudié différents traits d’histoire de vie de ces agents pathogènes :

• leur agressivité in planta,
• leur adaptation à des contraintes environnementales (e.g. température, fongicides),
• la présence de mycovirus, pour acquérir des connaissances sur leur pouvoir adaptatif face aux contraintes environnementales et expliquer la variabilité de leur agressivité.

En complément, l’évaluation de la sensibilité de cultivars de Vitis face à une infection par N. parvum et D. seriata a été réalisée, et le potentiel de défenses de différents cépages (Ugni Blanc, Cabernet-Sauvignon et Merlot) a été étudié. L’ensemble des travaux menés ont permis de révéler des espèces très agressives telles que N. parvum et L. viticola par rapport à D. seriata, lors d’inoculation en serre sur des boutures. Les températures optimales de croissance déterminées montrent que certaines espèces (ex. Lasidiplodia spp.) sont mieux adaptées à des températures élevées (33°C).

Par ailleurs, la sensibilité de 65 souches et génotypes a été testée pour 9 fongicides avec des modes d’action différents (inhibiteurs de la respiration mitochondriale, de la biosynthèse des stérols, du cytosquelette, muti-sites, etc.). De nombreuses espèces sont peu ou pas sensibles à certains de ces fongicides et des souches résistantes ont été trouvées avec un facteur de résistance pouvant atteindre plus de 1000.

D’autre part, la détection de mycovirus au sein des 65 isolats a permis d’identifier la présence de 6 mycovirus, dont Neofusicoccum luteum mitovirus 1 et Neofusicoccum luteum fusavirus 1. L’évaluation du potentiel de défense des trois cultivars Vitis face à une infection par N. parvum et D. seriata a montré des réponses différentes entre cépages et en fonction de l’agent pathogène. In fine, des analyses croisant les différents traits d’histoire de vie et les interactions plante-pathogènes ont été faites, et l’ensemble des résultats nous a fourni de nouvelles pistes d’étude pour lutter contre ces agents pathogènes.