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Titre du projet/Title

Stratégies de diversification des gènes de résistances aux maladies des plantes dans les agroécosystèmes : approches théoriques et application au paysage viticole gascon (télécharger le document)

Resistance genes diversification strategies to manage plant pathogens in agroecosystems: theoretical approaches and application to French vineyard landscapes (download pdf)

Contexte

Accroitre la diversité des plantes cultivées, et en particulier des gènes de résistances aux maladies, est un pilier de l’agro-écologie à même de réduire l’usage des pesticides. Mais les agents pathogènes, en s’adaptent aux variétés résistantes déployées sur le terrain, compromettent leurs efficacités. Deux grands types de stratégies sont alors envisageables pour gérer la durabilité des résistances : (i) le pyramidage, qui consiste à cumuler plusieurs gènes de résistance dans une même variété et (ii) les associations et rotations variétales, qui consistent à cultiver plusieurs variétés dans l’espace et/ou dans le temps [1,2]. Des questions subsistent : Quelle stratégie choisir ? A quelle échelle la déployer ? Ces choix dépendent-ils du cycle de vie des agents pathogènes ?

Missions

Le principal objectif sera d’identifier, par la modélisation, des stratégies optimales de déploiement de cépages de vigne résistants au mildiou sur le territoire viticole de la cave coopérative « Nous les vignerons de Buzet ». Les développements s’appuieront sur le package R Landsepi déjà disponible [2,3]. Des données de phénotypage des traits d’histoire de vie des populations de mildiou sur une gamme de cépage sont également disponibles [e.g. 4] et seront complétées en cours de projet.
La personne recrutée rejoindra un collectif pluridisciplinaire de biologistes, modélisateurs et économiste regroupés au sein du projet MÉDÉE financé par le plan EcoPhyto. Elle prendra une part active dans les discussions de co-construction des scenarii de déploiement avec les techniciens de la cave coopérative. Elle sera en charge de la valorisation scientifique des résultats et pourra s’impliquer dans leur vulgarisation (le projet dispose d’un financement pour produire un web-documentaire / dessin animé).

Profil recherché

Nous recherchons une personne titulaire d’une thèse en épidémiologie / écologie spatiale / génétique des populations, avec de solides connaissances en modélisation mathématique. Le ou la candidat(e) devra justifier de compétences en programmation (C, C++, R). Des connaissances sur la manipulation des données spatiales (R, QGIS) et l’envie de confronter modélisation théorique et contraintes des acteurs de terrain seraient un plus.

Lieu

UMR Santé et agroécologie du vignoble (SAVE) à Bordeaux avec des séjours à l’UR Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP) en Avignon.

Encadrement

Frédéric Fabre (UMR SAVE), Adeline Alonso Ugaglia (Bordeaux Sciences Agro), Loup Rimbaud (UR PV) et Julien Papaïx (UR BioSP)

Candidature

Envoyer CV, lettre de motivation et les contacts de deux personnes référentes à frederic.fabre@inrae.fr et loup.rimbaud@inrae.fr.

Prise de fonction au plus tard le 1er décembre 2020, pour une durée de 24 mois.

Bibliographie

• Djidjou-Demasse R, B Moury, F Fabre. 2017. New Phytologist 216, 239-253.
• Rimbaud L, J Papaïx, LG Barrett, JJ Burdon, PH Thrall. 2018. Evolutionary Applications 11, 1791-1810.
• Rimbaud L, J Papaïx, JF Rey, LG Barrett, PH Thrall. 2018. Plos Computational Biology, 14, e1006067.
• Delmas CEL et , F Fabre, J Jolivet, ID Mazet, SR Cervera, L Delière, F Delmotte. 2016. Evolutionary Applications 9: 709–725.