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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR 1065 Santé et Agroécologie du Vignoble

Offre de post doctorat en épidémiologie végétale

Offre de post doctorat en épidémiologie végétale
Évaluation du changement des communautés microbiennes après l'application de biopesticide microbien dans la vigne

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Votre mission et vos activités

 La réduction de l'utilisation des pesticides phytosanitaires (PPP) nécessite l'intégration de nouvelles méthodes dans le cadre d'une stratégie globale de protection contre les ravageurs et les maladies. Les solutions d'agents de biocontrôle (BCA) sont donc très attendues pour remplacer les produits interdits, tout en garantissant la santé et la sécurité.
La recherche sera menée au sein de l'équipe BC2Grape qui héberge des projets sur des solutions de biocontrôle pour la gestion des maladies et ravageurs de la vigne.
Le chercheur postdoctoral travaillera sur le projet BIOBESTicide, financé par la Commission européenne, qui validera et démontrera la production d'un biopesticide efficace et rentable.
Le projet BBI BIOBESTicide vise à évaluer l'efficacité du produit formulé sur des vignobles de différentes zones géographiques. Pour assurer la sécurité des produits tant du point de vue sanitaire qu'environnemental, un dossier d'approbation complet et complet de la souche I-5180 de Pythium oligandrum sera déposé dans tous les pays européens. La démonstration s'appuiera sur une chaîne de valeur innovante d'origine biologique partant de la valorisation de biomasses durables, à savoir la pulpe de betterave et la mélasse de sucre et exploitera les propriétés de la souche oomycète Pythium oligandrum I-5180 pour augmenter les défenses naturelles des plantes, pour produire solution biopesticide hautement efficace et respectueuse de l'environnement pour la protection des plants de vigne
Dans le cadre du Work-Package 4 du projet BBI dans lequel BC2Grape est impliqué, nous proposons un post-doctorat de 24 mois pour mieux comprendre le rôle du microbiote végétal dans la santé des végétaux et plus généralement dans l'efficacité des traitements de biocontrôle ( impact environnemental de la biosolution et facteurs de succès ou d'échec).
Vous serez situé à l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin de Bordeaux. Vous travaillerez au sein d'une équipe de chercheurs en pathologie végétale et d'ingénieurs en protection des végétaux (INRAE, Institut Français du Vin (IFV) qui collaborent dans le cadre d'une Unité Mixte Technologique (UMT SEVEN).

Sur la base d'échantillons prélevés dans des essais d'efficacité en serre et vignoble que vous devrez mettre en place durant ces deux années, vous devrez développer des approches méthodologiques pour évaluer i) les modifications des communautés microbiennes associées à la plante et ii) le contenu des métabolites de la vigne (analyse de la diversité spécifique et fonctionnelle des communautés fongiques et bactériennes) par séquençage massif (analyses métagénomiques et métagénétiques).

 Vous serez plus particulièrement en charge de :
- La supervision d'expériences en serre et sur le terrain pour évaluer l'efficacité du biopesticide.
- Le développement d'approches méthodologiques pour évaluer i) les modifications des communautés microbiennes associées à la plante et ii) la teneur en métabolites de la vigne (analyse de la diversité spécifique et fonctionnelle des communautés fongiques et bactériennes) par séquençage massif (analyses métagénomiques et métagénétiques ).
- La valorisation des résultats à travers des publications dans des revues scientifiques internationales.

 Conditions particulières d’activité :
Vous devrez participer activement à la conception des protocoles, aux méthodes de mesure et aux modes opératoires, que ce soit en serre ou à la vigne. Vous serez en charge de la valorisation scientifique des résultats et serez impliqué dans leur transfert vers les services de vulgarisation.

Le profil que nous recherchons

 Nous recherchons des candidats très motivés avec un doctorat en science moléculaire végétale / écologie microbienne / biologie moléculaire. Elle / il doit montrer un vif intérêt pour le développement des méthodes de biocontrôle par l'utilisation de micro-organismes et / ou de la phytopathologie et / ou de la physiologie végétale (prélèvement, analyse, etc.).

 Compétences appréciées:

- Méthodes de biologie moléculaire telles que l'extraction d'acide nucléique, la qPCR et le séquençage de nouvelle génération (Illumina);
- Analyses de données NGS à l'aide de divers outils bio-informatiques (métagénomique, statistiques)
- Connaissance des ressources informatiques et matérielles (environnement et programmes basés sur R).
- chaînes de transformation en écologie / évolution des communautés microbiennes et analyses de la diversité.
Aptitudes requises: D'excellentes compétences en communication en anglais (écrit et parlé) sont requises.

 Modalités d’accueil

 Unité: UMR SAVE (Santé et Agroécologie du vignoble) - INRAE Bordeaux, 71 avenue Edouard Bourlaux, 33140 Villenave d’Ornon, France.
 Supervision scientifique: Marie = Cécile Dufour (INRAe) Jessica Vallance (BSA)
 Type de contrat : CDD
 Durée du contrat : 24 mois
 Date d’entrée en fonction : 1er mai 2021
 Rémunération : 2 371 € HT (1 950 € HT). Le salaire sera ajusté en fonction de l'expérience du candidat

 Modalités pour postuler

Envoyez une lettre de motivation décrivant votre parcours et vos compétences liées au projet, un CV, ainsi que les noms et coordonnées de deux référents à Marie-Cécile Dufour.

 Par e-mail : marie-cecile.dufour@inrae.fr

 Date limite pour postuler : 31 mars 2021