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Intitulé du stage 

Expérimentations au vignoble et biotests en conditions contrôlées sur des bactéries antagonistes du champignon pathogène Botrytis cinerea, responsable de pourriture grise de la vigne

Contexte scientifique 

Actuellement, de nombreuses recherches, notamment en France, visent à réduire l’usage des pesticides chimiques en agriculture. Les pesticides de synthèse font, en effet, l’objet de nombreuses critiques en raison des effets néfastes qu'ils exercent sur l'environnement et sur la santé humaine.

Ce stage s’intéresse à une maladie cryptogamique de la vigne extrêmement redoutée par les viticulteurs et œnologues : la pourriture grise dont l’agent pathogène est Botrytis cinerea. Elle occasionne sur raisins de table, comme raisins de cuve, de graves dégâts quantitatifs et qualitatifs à la vendange. Le seuil de tolérance est atteint dès 5% de baies atteintes à la vendange dans les conditions de production de vins rouges qualitatifs du Bordelais. Par ailleurs, B. cinerea développe très facilement des souches résistantes à de nombreux fongicides spécifiques. La recherche de nouveaux produits antifongiques alternatifs répond donc aux besoins actuels de développement de méthodes de protection écologiquement durable du vignoble.

Objectifs du stage

- Des bio-tests sur vigne, sur baies de raisin détachées, seront réalisés en conditions contrôlées dans des enceintes climatiques. Ils viseront à tester :

• la dynamique de la croissance/développement des cultures bactériennes en milieu liquide à différentes températures. Test du potentiel d'adaptation aux conditions climatiques naturelles du vignoble.
• l'effet de produits naturels, utilisés comme additifs, sur la croissance et la survie de quelques souches bactériennes ciblées (tests sous différents régimes de températures et d'humidité relative). De plus, sera testé l'effet de ces produits naturels sur l'adhésion des cellules bactériennes à la surface des baies de raisin.
• l'effet de produits naturels, utilisés comme additifs et qui ont une activité connue sur le pathogène, en interaction avec l'efficacité des bactéries (synergie …). Biotests sur baies de raisin inoculées artificiellement par B. cinerea.

- En parallèle, le second objectif majeur de ce stage sera de mettre en œuvre au vignoble, suivre et analyser deux expérimentations principales :

• Le premier essai consistera en l'application de quelques souches bactériennes (en nombre très réduit) de biocontrôle selon des stratégies différentes pour mesurer leur efficacité in natura. Les stratégies incluront des stratégies classiques basées sur des stades phénologiques (floraison "A", fermeture de la grappe "B", veraison "C", 15j-21j avant vendange "D"), comme des stratégies plus élaborées faisant appel à de la modélisation épidémique en lien aux périodes de risque de développement du pathogène au vignoble.
• Le second essai sera mis en place et suivi par le stagiaire, mais les résultats ne seront pas analysés dans le cadre de son stage (hormis les résultats épidémiologiques). Cet essai similaire au précédent dans ces modalités expérimentales (autre parcelle expérimentale) est destiné à étudier le microbiote et ses variations à la surface des baies de raisin en lien à l'application des bactéries antagonistes. Les résultats de suivis épidémiques, ainsi que les prélèvements, feront partie intégrante du stage. Cependant, les analyses moléculaires du microbiote ne seront pas intégrées au mémoire.

Responsable(s) de stage

Profil recherché et compétences  

Le candidat devra faire preuve de la capacité à travailler au sein d'une équipe, de rigueur dans le travail et d’une bonne connaissance en Microbiologie et en essais agronomiques de terrain. Une bonne connaissance et un intérêt pour la biologie végétale/viticulture sera apprécié ainsi que la maîtrise d’outils bureautiques et statistiques (Word, Excel, Power Point,…..). Enfin un bon niveau en anglais est vivement souhaité.

Conditions matérielles  

Une rémunération d'environ 550 € par mois sera assurée par l’UMR SAVE pour toute la durée du stage. Restaurant d’entreprise à partir d'env. 1.80 € pour les repas de midi. Période de stage de 6 à 7 mois, en intégrant de façon très souhaitable le mois de septembre (essentiel dans ce cas spécifique de cette pathologie à développement tardif en saison).