Missions 

Face à l’accélération des émergences de maladies des plantes, il est nécessaire d’identifier les facteurs susceptibles de limiter durablement le développement épidémique des agents pathogènes. Le déploiement de variétés de plantes résistantes aux agents pathogènes est une des stratégies les plus prometteuses pour contrôler les épidémies et mener à bien la transition agroécologique. Néanmoins, les fortes capacités d’adaptation des agents pathogènes conduisent souvent à l’émergence de souches capables de contourner ces résistances, limitant l’efficacité de cette méthode dans le temps. Parmi les facteurs impliqués dans l’adaptation des champignons phytopathogènes, la variabilité des modes de reproduction et la grande plasticité de leurs génomes sont identifiées comme des facteurs clefs de ces contournements. L’objectif de ce projet de recherche est d’étudier ces caractéristiques biologiques et leur rôle dans les dynamiques évolutives de l’adaptation des agents pathogènes à leur hôte. In fine, ce projet a pour but de contribuer à identifier les facteurs biotiques et abiotiques qui diminuent les risques d’émergence des variants à l’origine des crises sanitaires.

Le projet portera sur trois espèces d’agents pathogènes, Cryphonectria parasitica - l’agent du chancre du châtaignier, Plasmopora viticola - l’agent du mildiou de la vigne, et Fusarium graminearum - l’agent de la fusariose du blé. Il s’appuiera sur les données phénotypiques et génomiques acquises par nos équipes sur ces trois espèces depuis de nombreuses années. Le/la candidat(e) mettra en œuvre des méthodes génériques d’analyses des génomes et de détection de signature de sélection prenant en compte les spécificités biologiques de chacune de ces espèces. Une attention particulière sera portée sur l’étude des systèmes de 

reproduction de chacune des espèces et leurs effets sur les dynamiques et signatures de sélection des gènes associés à l’adaptation des agents pathogènes.

Activités principales 

Les activités principales consisteront à :

1. Analyser la diversité des génomes séquencés et identifier les types de variations observées (SNPs, variations structurales…) entre les différentes populations d’agents pathogènes étudiées afin de mettre en évidence des régions génomiques divergentes et associer ces variations à de possibles pressions de sélection environnementales.
2. Inférer les paramètres démographiques et génétiques (taux de clonalité, taille efficace de populations, taux de mutations…) indispensables à la calibration des modèles évolutifs de détection de sélection. Cette étape aura pour objectif de développer les simulations de coalescence permettant de détecter les zones sous sélection.
3. Confronter les résultats obtenus sur les populations naturelles avec les données de génétique d’association obtenues par ailleurs. Une attention particulière sera portée aux interactions entre les traits mesurés (par exemple croissance et potentiel reproductif), afin d’identifier les compromis évolutifs susceptibles de modifier les trajectoires évolutives des populations de parasites soumises à différents environnements.

L’ensemble des résultats obtenus sur les différentes espèces permettra de conduire une synthèse sur la diversité des processus adaptatifs chez les champignons phytopathogènes.

Compétences 

Génomique et génétique des populations, Bio-informatique, Bio-statistique, des connaissances en pathologie végétale et en génétique quantitative seraient également fortement appréciées.

Contexte de travail

Le ou la candidate sera accueilli-e sur le campus INRAE Grande Ferrade de Villenave d’Ornon au sein de l’unité SAVE lui permettant de bénéficier d ’un large éventail de collaborations en bio-informatique et en biologie des populations.

Modalités d'accueil

Date d’embauche  prévue : 01/03/2022

Durée du contrat : 24 mois

Lieu : INRAE Bordeaux / Univ. Bordeaux

Quotité de travail : temps plein

Rémunération : entre 2596,06 et 2867,85 euros bruts mensuels selon expérience

Niveau d’études requis : Doctorat

Expérience souhaitée : Doctorat avec ou sans expérience post-doc

Contact 

Cyril Dutech – BIOGECO – cyril.dutech@inrae.fr – 33+ (0)5 35 38 52 97

François Delmotte – SAVE – Francois.delmotte@inrae.fr – 33+ (0)6 59 06 35 58

Marie Foulongne-Oriol – MYCSA – marie.foulongne-oriol@inrae.fr – 33 + (0)5 57 12 26 35

Genomic adaptation of fungal pathogens to their plant host