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Originaire du Jura, après des études à Besançon, Paris et en Allemagne, où il se passionne pour la botanique, Alexis Millardet est nommé professeur à la faculté des Sciences de Strasbourg en 1869 et devient titulaire de la chaire de Botanique de la faculté des Sciences de Nancy en 1871. A partir de 1874, il s’intéresse uniquement aux applications pratiques de la botanique, puis consacre ses recherches à peu près exclusivement à la vigne.

Déjà très connu quand éclate la crise phylloxérique, Millardet est désigné par la commission en charge de l’étude du phylloxéra de l’Académie des Sciences, pour étudier les vignes américaines et les ressources qu’elles pourraient offrir à la viticulture. C’est pour remplir cette mission qu’il vient à Bordeaux en 1876 où il enseigne parallèlement à la faculté des Sciences (chaire de Botanique).

Partant de ses premières observations établies en 1869, Millardet dresse, entre 1880 et 1891, un catalogue des vignes américaines suivant leur résistance intrinsèque au phylloxéra, aboutissant à la création d’un tableau de classement connu sous le nom d’Echelle de résistance et reconnu dès 1885 comme un véritable monument ampélographique décrivant plus de 40 cépages. De plus, son Histoire des principales variétés et espèces de Vignes qui résistent au phylloxéra met déjà en évidence le caractère héréditaire de la résistance de la plante au phylloxéra. De la sorte, les espèces sauvages pures et les hybrides, procédant de leur croisement, sont doués d’une résistance absolue à l’insecte. Avec l’aide de Charles de Grasset (viticulteur à Pézenas dans l’Hérault), il crée environ 12 000 hybrides variés dont quelques-uns constituent dès la fin du XIXe siècle des porte-greffes éprouvés pour certains terrains dont la reconstitution du vignoble aurait été impossible sans leur emploi (notamment pour les sols calcaires des Charentes).

Mais, ce qui a rendu le nom de Millardet particulièrement populaire, ce sont ses recherches sur le mildiou et les moyens de le combattre. Ses premiers travaux sur le traitement de la maladie remontent à 1882 quand il livre une description détaillée du champignon, ses spores d’été et d’hiver. Au mois d’octobre de cette même année, il remarque également les effets bénéfiques exercés contre le mildiou, des aspersions cuivreuses réalisées en Médoc, le long des chemins, sur la vigne et le raisin, pour prévenir le grappillage.
La première mention connue de l'emploi du sulfate de cuivre contre le mildiou (publiée dans le Zeitschrift für Wein) est à attribuer à Alexis Millardet. Après de nombreuses expériences, il établit avec Ulysse Gayon, la formule définitive de ce qui prendra très vite la dénomination de « bouillie bordelaise » et qu’il présente à la société d’Agriculture de la Gironde en 1885. Dès lors, les propriétaires de la Gironde, en grand nombre, traitent leurs vignes selon les indications du scientifique et leurs récoltes sont sauvées. En 1893, Alexis Millardet reçoit de l’Institut, le prix Morogues pour l’invention de ce traitement.

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