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Mail: manon.paineau@inrae.fr

Sujet de thèse: Adaptation du mildiou face aux résistances partielles de la vigne : apports croisés de l'évolution expérimentale et de la génomique des populations

• Encadrants: Frédéric Fabre & François Delmotte
• Financement: INRA-CIVB
• École doctorale 304 Science et Environnement, Université de BOrdeaux
• Période: 2019-2022

Objectifs et résumé de thèse:

L’utilisation de cépages résistants au mildiou est une nouvelle piste pour réduire l’utilisation des fongicides en viticulture. Cette innovation soulève de nouvelles questions, la principale résidant dans la durabilité de ces systèmes. En effet, l'utilisation de la résistance variétale peut conduire à la sélection de souches d’agents pathogènes capables d’infecter les cépages initialement résistants. 

L'objectif de la thèse est d'acquérir de nouvelles connaissances sur l'évolution des populations de mildiou face aux résistances partielles de la vigne. Nous chercherons à comprendre comment, et à quelle vitesse, le mildiou s’adapte aux résistances de la vigne. Deux types d’approches expérimentales seront mises en œuvre. 

• D’une part, l’érosion des résistances sera étudiée au laboratoire par évolution expérimentale. Les isolats de mildiou issus de l’expérimentation seront re-séquencés pour analyser les modifications génomiques impliquées dans l’adaptation à la résistance. 
• D’autre part, la dynamique épidémique du mildiou sur les cépages résistants sera étudiée au vignoble. En s’appuyant sur l’observatoire national du déploiement des cépages résistants (OsCar), nous utiliserons la génomique des populations pour évaluer les effets de fondations des populations liés à la colonisation des nouvelles parcelles. 

Les données issues de la thèse serviront à valider les modèles développés par l’équipe dans le but d’accompagner le déploiement au vignoble des nouveaux cépages résistants.

Formation:

2013 – 2017 : Formation d’ingénieur agricole : Ecole Supérieure d’Agricultures d’Angers

2017 – 2018 : Option ingénieur inter-établissement (Montpellier SupAgro, AgroCampus-Ouest Rennes, AgroParisTech) : Protection des Plantes et Environnement (PPE)

Expérience professionnelle:

Mars 2018 – Septembre 2018 : Stage de fin d’étude à l’INRA de Nancy, UMR 1136 Interaction Arbres Micro-organismes. Sujet : Influence des conditions biotiques et abiotiques sur la cinétique de développement d’un champignon biotrophe : Melampsora larici-populina, agent de la rouille du peuplier. Encadrant : Fabien HALKETT

Mai 2017 – Aout 2017 : stage en recherche et innovation à RITTMO Agroenvironnement de Colmar. Sujet : Evaluation d’agent de biocontrôle microbiens contre des phytopathogènes telluriques. Encadrant : Najat NASSR

Juillet 2015 – Octobre 2015 : Stage en entreprise à la société coopérative agricole Tom d’Aqui de Parentis-en-Born. Sujet : Etude technique et physiologique sur les tomates en éco-serre hors sol. Encadrant : Toby WRIGHT