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Mail: etienne.dvorak@inrae.fr

Sujet de thèse

Bases génomiques responsables de l’adaptation du mildiou aux résistances de la vigne (identification des gènes d’avirulence)

• Encadrants : François Delmotte, Marie Foulongne (MYCSA)
• Financement : Université de Bordeaux
• Période: 2021-2024

Résumé

L’agent du mildiou de la vigne, Plasmopara viticola, est un oomycète parasite introduit accidentellement en Europe à la fin du 19^ème siècle. Il s’agit d’une des maladies les plus destructrices sur vigne dont le contrôle nécessite de très nombreux traitements phytosanitaires. Des programmes récents d’amélioration de la vigne ont abouti à la création de nouveaux cépages naturellement résistants au mildiou. Avec la diffusion de ces cépages, nous assistons à l’émergence de souches capables de contourner certaines de ces résistances, suggérant une capacité d’adaptation très rapide du pathogène. Gérer durablement le déploiement des résistances de la vigne nécessite une connaissance approfondie de la génétique de l’interaction entre la plante et le pathogène. Si les facteurs de résistances sont aujourd’hui bien décrits, nous ne disposons d’aucune connaissance sur les facteurs d’avirulence du pathogène.

Les ressources génomiques acquises par notre équipe, couplées à la maitrise récente du cycle sexué du pathogène, permettent aujourd’hui d’envisager de nouvelles approches pour découvrir ces gènes. L’objectif du projet de thèse est d’identifier, par une approche de génétique quantitative par croisement, les déterminants génomiques de l’avirulence impliquée dans le contournement de trois facteurs de résistances de la vigne (Rpv3, Rpv10, Rpv12). Plusieurs centaines de descendants issus de deux croisements de P. viticola seront caractérisés pour leur agressivité vis-à-vis de ces facteurs de résistances. Ils seront génotypés (hybridation sur puce, amplicon sequencing) et la matrice des polymorphismes obtenue permettra de construire les cartes génétiques. Les données de virulence seront associées aux données de génotypage pour identifier les régions génomiques (QTL) impliquées dans le déterminisme génétique des caractères étudiés (nombre de loci, dominance/additivité, pléiotropie/épistasie). Ces résultats nous permettront de comprendre la dynamique d’apparition de nouvelles virulences et d’anticiper l’émergence de nouveaux contournements. L’identification des régions impliquées dans la virulence permettra également de développer un nouvel outil moléculaire adapté au suivi en routine des profils de virulence des populations de mildiou au vignoble.