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L’esca est une maladie de dépérissement du bois de la vigne qui ne cesse de progresser en France et en Europe. Cette pathologie, à la symptomatologie complexe a, par exemple, été observée chez 8,2% des ceps dans le Jura et 4,2% dans le bordelais, des variations de sensibilité en fonction des cépages ont également été notées. L’esca réduit la durée de vie des ceps et altère la qualité du vin.

Plusieurs champignons sont impliqués dans l’esca mais leur rôle ainsi que la détermination de la microflore responsable de cette maladie sont encore sujet à interrogation. Dans ce contexte, l’objectif de nos travaux a été de caractériser et de comparer les microflores fongiques et bactériennes colonisant le bois de ceps d’âges différents ayant exprimé ou non des symptômes foliaires d’esca.

Une approche en métagénomique a permis de mettre évidence la grande diversité fongique et bactérienne des communautés microbiennes colonisant le bois. Cette diversité est nettement plus importante dans le bois sain de vignes jeunes (10 ans) que dans celui partiellement ou totalement nécrosé de ceps âgés. Des changements de microflores en fonction du temps (durant 1 année) ont aussi été mis en évidence. D’une façon générale, les espèces de champignons impliquées dans l’esca sont déjà présentes dans le bois apparemment sain de ceps esca-foliaires symptomatiques mais aussi des asymptomatiques.

Par contre, la forte présence de champignons mycoparasites et protecteurs du végétal, comme Trichoderma spp., dans les tissus fonctionnels de ceps asymptomatiques a aussi été observée.

Certaines communautés bactériennes spécifiques pourraient être associées à l’esca, leurs aptitudes trophiques étant en effet différentes selon les tissus, sains ou nécrosés, où elles étaient prélevées. A l’appui de cette hypothèse, on peut noter que des co-inoculations spécifiques « bactérie-champignon lignivore » accentuent le développement des nécroses dans le bois. L’aptitude de certaines bactéries à préparer le terrain aux champignons dégradateurs des tissus ligneux déjà présents à l’intérieur des ceps est également en cours d’étude.