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UR 1264 - MYCSA : Mycologie et securite des aliments

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Mycologie & Sécurité des Aliments
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Travaux publiés récemment dans Applied Microbiology and Biotechnoloy

19 février 2015

Le champignon au goût d’amande, Agaricus subrufescens, n’est plus un orphelin de la génomique, grâce aux travaux publiés récemment dans Applied Microbiology and biotechnoloy par MycSA en collaboration avec l’URGI (INRA de Versailles).

Résumé :

Agaricus subrufescens est un des champignons comestibles et médicinaux cultivables qui présentent d’importants potentiels de produits à haute valeur ajoutée. Le développement de cette production agricole et des technologies de transformation associées est freiné, entre autres, par le manque d’outils moléculaires adaptés pour optimiser les ressources génétiques. Ce champignon était considéré comme une espèce génomiquement orpheline avec un nombre très limité de marqueurs moléculaires ou de séquences disponibles. Pour combler ce manque, nous avons produit et analysé le premier set d’étiquettes de séquences exprimées (EST) pour A. subrufescens. A partir de jeunes sporophores (SP) et de mycélium végétatif en culture liquide (CL), nous avons obtenu des fragments d’ADNc qui ont été séquencés par la technologie du pyroséquençage 454. Après un assemblage, 4989 and 5125 séquences ont été obtenues respectivement pour  SP et CL. Environ 87 % des EST présentent une similitude avec des protéines prédites dans le génome d’Agaricus bisporus, et 79 % correspondent à des protéines connues. Le classement en catégories fonctionnelles d’après ‘Gene Ontology’ a été possible pour 49 % des séquences. Nous avons pu identifier des familles de gènes potentiellement impliqués dans la biosynthèse de composés bioactifs. Un total de 232 séquences répétées simples (SSRs) a été identifié, et nous en avons tiré un set de 40 marqueurs polymorphes. Ce jeu de données d’EST fournit une nouvelle ressource génomique pour la découverte de gènes d’intérêt et le développement de marqueurs moléculaires. Il représente une base solide  pour de futures études de génétique et génomique chez A. subrufescens.

 

Foulongne-Oriol M., Lapalu N., Férandon C., Spataro C., Ferrer N., Amselem J., Savoie J.M. (2014) The first set of Expressed Sequence Tags (EST) from the medicinal mushroom Agaricus subrufescens delivers resource for gene discovery and marker development. Applied Microbiology and Biotechnology 98: 7879-7892