En savoir plus

Notre utilisation de cookies

« Cookies » désigne un ensemble d’informations déposées dans le terminal de l’utilisateur lorsque celui-ci navigue sur un site web. Il s’agit d’un fichier contenant notamment un identifiant sous forme de numéro, le nom du serveur qui l’a déposé et éventuellement une date d’expiration. Grâce aux cookies, des informations sur votre visite, notamment votre langue de prédilection et d'autres paramètres, sont enregistrées sur le site web. Cela peut faciliter votre visite suivante sur ce site et renforcer l'utilité de ce dernier pour vous.

Afin d’améliorer votre expérience, nous utilisons des cookies pour conserver certaines informations de connexion et fournir une navigation sûre, collecter des statistiques en vue d’optimiser les fonctionnalités du site. Afin de voir précisément tous les cookies que nous utilisons, nous vous invitons à télécharger « Ghostery », une extension gratuite pour navigateurs permettant de les détecter et, dans certains cas, de les bloquer.

Ghostery est disponible gratuitement à cette adresse : https://www.ghostery.com/fr/products/

Vous pouvez également consulter le site de la CNIL afin d’apprendre à paramétrer votre navigateur pour contrôler les dépôts de cookies sur votre terminal.

S’agissant des cookies publicitaires déposés par des tiers, vous pouvez également vous connecter au site http://www.youronlinechoices.com/fr/controler-ses-cookies/, proposé par les professionnels de la publicité digitale regroupés au sein de l’association européenne EDAA (European Digital Advertising Alliance). Vous pourrez ainsi refuser ou accepter les cookies utilisés par les adhérents de l'EDAA.

Il est par ailleurs possible de s’opposer à certains cookies tiers directement auprès des éditeurs :

Catégorie de cookie

Moyens de désactivation

Cookies analytiques et de performance

Realytics
Google Analytics
Spoteffects
Optimizely

Cookies de ciblage ou publicitaires

DoubleClick
Mediarithmics

Les différents types de cookies pouvant être utilisés sur nos sites internet sont les suivants :

Cookies obligatoires

Cookies fonctionnels

Cookies sociaux et publicitaires

Ces cookies sont nécessaires au bon fonctionnement du site, ils ne peuvent pas être désactivés. Ils nous sont utiles pour vous fournir une connexion sécuritaire et assurer la disponibilité a minima de notre site internet.

Ces cookies nous permettent d’analyser l’utilisation du site afin de pouvoir en mesurer et en améliorer la performance. Ils nous permettent par exemple de conserver vos informations de connexion et d’afficher de façon plus cohérente les différents modules de notre site.

Ces cookies sont utilisés par des agences de publicité (par exemple Google) et par des réseaux sociaux (par exemple LinkedIn et Facebook) et autorisent notamment le partage des pages sur les réseaux sociaux, la publication de commentaires, la diffusion (sur notre site ou non) de publicités adaptées à vos centres d’intérêt.

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit des cookies sessions CAS et PHP et du cookie New Relic pour le monitoring (IP, délais de réponse).

Ces cookies sont supprimés à la fin de la session (déconnexion ou fermeture du navigateur)

Sur nos CMS EZPublish, il s’agit du cookie XiTi pour la mesure d’audience. La société AT Internet est notre sous-traitant et conserve les informations (IP, date et heure de connexion, durée de connexion, pages consultées) 6 mois.

Sur nos CMS EZPublish, il n’y a pas de cookie de ce type.

Pour obtenir plus d’informations concernant les cookies que nous utilisons, vous pouvez vous adresser au Déléguée Informatique et Libertés de l’INRA par email à cil-dpo@inra.fr ou par courrier à :

INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Logo Principal

UR 1264 - MYCSA : Mycologie et securite des aliments

MycSA

Mycologie & Sécurité des Aliments
INRA Bordeaux-Aquitaine
BP 81
33883 Villenave d'Ornon Cedex

Séquençage du génome du champignon phytopathogène Fusarium tricinctum, producteur de mycotoxines « émergentes »

Le génome du champignon phytopathogène Fusarium tricinctum, souche INRA104, a été séquencé à un taux de couverture supérieur à 500 ×. Un total de 22 scaffolds ont été obtenus, plus un pour le génome mitochondrial, pour une taille de génome totale de 42,8Mb, avec une teneur moyenne en GC de 45% et 13387 gènes prédits

La fusariose de l’épi est une maladie fongique infectant régulièrement les récoltes de céréales. Elle s’accompagne fréquemment d’une contamination des grains par des « cocktails » variés de mycotoxines qui se retrouvent dans les produits transformés, même en absence de symptômes sur les grains à la récolte. Certaines de ces mycotoxines, comme les trichothécènes de type B, sont des mycotoxines dites majeures qui constituent un risque sanitaire et un enjeu économique importants et dont les teneurs sont règlementées par l’EFSA. D’autres sont considérées comme des mycotoxines dites « émergentes », telles la fusaproliferine, la beauvericine, les enniatines ou la moniliformine. En effet, bien qu’elles possèdent un large spectre d’activités biologiques (insecticides, antifongiques, antibiotiques, cytotoxiques), la prise en compte de leurs capacités toxiques, en particulier en mélanges, est encore récente et peu documentée. Depuis plusieurs années, les enquêtes menées par Arvalis-Institut du Végétal et France Agrimer sur la qualité́ sanitaire des céréales mettent en exergue une contamination de certains blés et orges par des enniatines. Les espèces productrices de ces toxines sont essentiellement Fusarium avenaceum et Fusarium tricinctum, avec une présence majoritaire de F. tricinctum dans les orges de brasserie. Outre l’absence d’une bibliographie étayée sur la toxicité́ de ces molécules, très peu de données existent sur la diversité́ des agents producteurs, les voies de biosynthèse et régulation de ces toxines. Comprendre les déterminants de la contamination est indispensable pour maitriser les teneurs en enniatines des grains et anticiper l’effet des changements de pratiques agronomiques mis en œuvre pour réduire l’utilisation de pesticides, mais aussi les conséquences des modifications climatiques. Ces deux facteurs sont en effet des éléments majeurs, susceptibles de moduler la composition du cocktail de mycotoxines contaminant les grains et auquel le consommateur peut être exposé. Un des freins à l’acquisition de connaissances et à la compréhension des évènements conduisant à l’accumulation des mycotoxines produites par F. tricinctum dans les grains est l’absence d’un génome de référence pour cette espèce.

Nous avons donc réalisé le séquençage, l’assemblage, et l’annotation du génome d’une souche française déposée au CIRM champignons filamenteux, dans le cadre d’une collaboration Franco-Chinoise avec l’ASAG, Academy of State Administration of Grain, P. R. China. La souche INRA104 de F. tricinctum a été isolée en 2001 à partir de grains de maïs collectés dans un champ français dans une région agricole située à environ 150 km au sud de Paris (département 45, Loiret). L'ADN génomique a été extrait et séquencé en utilisant une combinaison de séquençage de troisième génération (plate-forme PacBio Sequel) et de séquençage de nouvelle génération (plate-forme Illumina HiSeq) ayant généré plus de 22 milliards de bases. Après assemblage, nous avons obtenu le constitution d’un génome du noyau comportant 42,8 Méga paires de bases et d’un génome de mitochondrie de 48506 paires de base. La prédiction de gènes de novo, en utilisant le génome de Fusarium graminearum PH-1 comme référence, a identifié 13387 gènes codant des protéines.

Il s’agit à présent d’affiner l’annotation du génome de F. tricinctum en utilisant des données de transcriptomique et en procédant à des curations manuellement pour notamment in fine décrypter les voies de biosynthèse des enniatines et leurs régulations. Également, la séquence du génome sera utilisée pour étudier la diversité et les dynamiques de population chez cette espèce via notamment le développement de marqueurs génétiques et d’outils de détection et de quantification sensibles et spécifiques de F. tricinctum et des enniatines produites, utilisables pour l’évaluation et la surveillance du risque dans les aliments dérivés des céréales. Les informations ainsi obtenues permettront de produire des connaissances indispensables pour être capable de prédire et anticiper les conséquences des changements de systèmes de culture et modifications climatiques sur la contamination des céréales par les enniatines.

Publication :

Ponts N, Richard-Forget F, Zhang H, Barroso G, Zhao C. “Genome sequence of the emerging mycotoxin-producing filamentous fungus Fusarium tricinctum strain INRA104”. Genome Announc. 2018 Jun 21;6(25). pii: e00509-18. doi: 10.1128/genomeA.00509-18. PubMed PMID: 29930037; PubMed Central PMCID: PMC6013609.