Parcours

Recherches et/ou compétences

L’UMR ISPA est spécialisée dans l’expérimentation et la modélisation multi-échelles : (i) du carbone, de l’eau et des éléments minéraux majeurs et mineurs, et (ii) des transferts et flux d’énergie au sein des écosystèmes agricoles et forestiers pour leur gestion durable dans un contexte de changements climatiques. Il est maintenant bien documenté que les communautés microbiennes, sont les principales contributrices à la minéralisation des nutriments, la décomposition des litières et la formation de la matière organique (MO) du sol. Cependant, elles ne sont encore que trop rarement prises en compte lors de l’évaluation des principaux facteurs limitants les processus du sol. Par conséquent, évaluer la diversité fonctionnelle des microorganismes apparait être comme un verrou à lever afin d’évaluer les cycles biogéochimiques dans le cadre des écosystèmes forestiers et agricoles.

Mon projet de recherche s’intègre dans les activités portés par Nicolas Fanin dans l’équipe Bionet sur la compréhension du rôle fonctionnel des communautés microbiennes du sous-bois dans les flux d'éléments minéraux au sein des écosystèmes forestiers gérés. Je vais m’attacher à l’étude de la structuration des communautés microbiennes et les liens entre diversité fonctionnelle et diversité taxinomique en fonction du mode de gestion forestière (et/ou des pratiques culturales), et dans un contexte de changements climatiques globaux.

A ce titre, je vais développer des expérimentations pour alimenter ces questions, en particulier l’étude de l’ADN environnemental, de la phyllosphère à la rhizosphère.

Projets de recherche

A-Projet MixForChange Mixed Forest plantations for climate Change mitigation and adaptation’ BIODIVERSA call 2021-2024. Etude de la diversité fonctionnelle de la végétation sur le processus de décomposition via l’effet des traits fonctionnels et la modification du microclimat dans un contexte de changement climatique.

B-Projet ENDLESS EvaluatioN De La qualitE deS Sols viticoles : impacts des pratiques sur la biodiversité multi-taxa et le fonctionnement des sols’ Appel à manifestation d’intérêt du CIVB 2021-2024.

Compétences

Mots clés : Génétique – Génomique - Biologie et Physiologie végétale

Publications

Bres C*, Petit J*, Reynoud N, Brocard L, Marion D, Lahaye M, Bakan B, Rothan C (2022) The SlSHN2 transcription factor contributes to cuticle formation and epidermal patterning in tomato fruit. Mol Horticulture https://doi.org/10.1186/s43897-022-00035-y. *co-premiers auteurs

Petit J, Bres C, Reynoud N, Lahaye M, Marion D, Bakan B, Rothan C (2021) Unraveling Cuticle formation Structure and Properties by Using Tomato Genetic Diversity. Front Plant Sci 12:778131 https://doi.org/10.3389/fpls.2021.778131.

Reynoud N, Petit J, Bres C, Lahaye M, Rothan C, Marion D and Bakan B (2021) The Complex Architecture of Plant Cuticles and Its Relation to Multiple Biological Functions. Front Plant Sci 12:782773 https://doi.org/10.3389/fpls.2021.782773.

Deslous P, Bournonville C, Decros G, Okabe Y, Mauxion JP, Jorly J, Gadin S, Bres C, Mori K, Ferrand C, Prigent S, Ariizumi T, Ezura H, Hernould M, Rothan C, Petriacq P, Gibon Y, Baldet P (2021) Overproduction of ascorbic acid impairs pollen fertility in tomato. Journal of Experimental Botany https://doi.org/10.1093/jxb/erab040.

Alaguero-Cordovilla A, Gran-Gómez FJ, Jadczak P, Mhimdi M, Ibáñez S, Bres C, Just D, Rothan C, Pérez-Pérez JM (2020) A quick protocol for the identification and characterization of early growth mutants in tomato. Plant Science https://doi.org/10.1016/j.plantsci.2020.110673.

Steelheart C, Alegre ML, Baldet P, Rothan C, Bres C, Just D, Okabe Y, Ezura H, Ganganelli I, Gergoff Grozen GE, Bartoli CG (2020) The effect of the low ascorbic acid content on tomato fruit ripening. Planta doi:10.1007/s00425-020-03440-z.

Mieulet D, Aubert G, Bres C, Klein A, Droc G, Vieille E, Rond-Coissieux C, Sanchez M, Dalmais M, Mauxion JP, Rothan C, Guiderdoni E, Mercier R (2018) Unleashing meiotic crossovers in crops. Nature Plants doi:10.1038/s41477-018-0311-x .

Pereyre S, Bénard C, Brès C, Le Roy C, Mauxion JP, Rideau F, Sirand-Pugnet P, Henrich B, Bébéar C (2018) Generation of Mycoplasma hominis gene-targeted mutants by targeting-induced local lesions in genomes (TILLING) BMC Genomics doi:10.1186/s12864-018-4917-1.

Petit J, Bres C, Mauxion JP, Bakan B, Rothan C (2017) Breeding for cuticle-associated traits in crop species: traits, targets, and strategies Journal of Experimental Botany doi:10.1093/jxb/erx341.

Tenreira T, Pimenta Lange MJ, Lange T, Bres C, Labadie M, Monfort A, Hernould M, Rothan C, Denoyes B. (2017) A Specific Gibberellin 20-oxidase Dictates the Flowering-Runnering Decision in Diploid Strawberry. The Plant Cell doi: 10.1105/tpc.16.00949.

Garcia V*, Bres C*, Just D*, Fernandez L*, Wong Jun Tai F, Mauxion JP, Le Paslier MC, Bérard A, Brunel D, Aoki K, Alseekh S, Fernie AR, Fraser PD, Rothan C. (2016) Rapid identification of causal mutations in tomato EMS populations via mapping-by-sequencing. Nature Protocols 11: 2401–2418. *co-premiers auteurs et autrice pour correspondance

Petit J*, Bres C*, Mauxion JP, Tai FW, Martin LB, Fich EA, Joubès J, Rose JK, Domergue F, Rothan C (2016) The Glycerol-3-Phosphate Acyltransferase GPAT6 from Tomato Plays a Central Role in Fruit Cutin Biosynthesis. Plant Physiol 171: 894-913. *co-premiers auteurs

Philippe G, Gaillard C, Petit J, Geneix N, Dalgalarrondo M, Bres C, Mauxion JP, Franke, Rothan C, Schreiber L, Marion D, Bakan B. 2015. Ester-crosslink Profiling of the Cutin Polymer of Wild Type and Cutin Synthase Tomato (Solanum lycopersicum L.) Mutants Highlights Different Mechanisms of Polymerization. Plant Physiol. 170:807-820.

Almeida J, da Silva Azevedo M, Spicher L, Glauser G, vom Dorp K, Guyer L, del Valle Carranza A, Asis R, Pereira de Souza A, Buckeridge M, Demarco D, Bres C, Rothan C, Pereira Peres LE, Hörtensteiner S, Kessler F, Dörmann P, Carrari F, Rossi M, 2015. Down-regulation of tomato PHYTOL KINASE strongly impairs tocopherol biosynthesis and affects prenyllipid metabolism in an organ-specific manner. J. Exp. Bot. doi:10.1093/jxb/erv504.

Petit J, Bres C, Just D, Garcia V, Mauxion JP, Marion D, Bakan B, Joubès J,Domergue F, Rothan C, 2014. Analyses of Tomato Fruit Brightness Mutants Uncover Both Cutin-Deficient and Cutin-Abundant Mutants and a New Hypomorphic Allele of GDSL Lipase. Plant Physiol. 164(2):888-906.

Kobayashi M, Nagasaki H, Garcia V, Just D, Bres C, Mauxion JP, Le Paslier MC, Brunel D, Suda K, Minakuchi Y, Toyoda A, Fujiyama A, Toyoshima H, Suzuki T,Igarashi K, Rothan C, Kaminuma E, Nakamura Y, Yano K, Aoki K, 2014. Genome-Wide Analysis of Intraspecific DNA Polymorphism in 'Micro-Tom', a Model Cultivar of Tomato (Solanum lycopersicum). Plant Cell Physiol. 55,2:445-54.

Baldet P, Bres C, Okabe Y, Mauxion JP, Just D, Bournonville C, Ferrand C, Mori K, Ezura H, Rothan C, 2013. Investigating the role of vitamin C in tomato through TILLING identification of ascorbate-deficient tomato mutants Plant Biotechnology 30,3:309-314

Just, D, Garcia, V, Fernandez, L, Bres C, Mauxion JP, Petit J, Jorly J, Assali J, Bournonville C, Ferrand C, Baldet P, Lemaire-Chamley M, Mori K, Okabe Y, Ariizumi T, Asamizu E, Ezura H, Rothan C, 2013. Micro-Tom mutants for functional analysis of target genes and discovery of new alleles in tomato. Plant Biotechnology 30,3: 225-231

Okabe Y, Asamizu E, Saito T, C., Matsukura C, Ariizumi T, Bres C, Rothan C, Mizoguchi T, Ezura H, 2011 Tomato TILLING technology: development of a reverse genetics tool for the efficient isolation of mutants from Micro-Tom mutant libraries. Plant and cell physiology. 52: 1994-2005.

Levy J*, Brès C*, Geurts R, Chalhoub B, Kulikova O, Duc G, Journet EP, Ane JM, Lauber E, Bisseling T, Denarie J, Rosenberg C, Debelle F, 2004. A putative Ca2+ and calmodulin-dependent protein kinase required for bacterial and fungal symbioses. Science. 303: 1361-1364. *co-premiers auteurs

David JL, Benavente E, Bres-Patry C, Dusautoir JC, Echaide M. 2004. Are neopolyploids a likely route for a transgene walk in the wild? The Aegilops ovata x Triticum durum case. The Biological Journal of The Linnean Society. 82,4: 503 – 510

Bres-Patry C, Lorieux M, Clément G, Bangratz M, Ghesquière A, 2001. Heredity and mapping of domestication traits in temperate japonica weedy rice. Theoretical and Applied Genetics. 102: 118-126

Bres-Patry C, Bangratz M, Ghesquière A, 2001. Genetic diversity and population dynamics of weedy rice in Camargue area. Genetics Selection Evolution. 33: 425-440

Brevet

Bres-Patry C, Debellé F, Levy J, Rosenberg C. A CCaMK involve in nodulation and endomycorrhization. 04290107.4 15.01.2004 EP Brevet européen déposé par VIALLE-PRESLES, Marie, José et al.