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L’ISC ECP est piloté, sous la supervision du Directeur d’Unité de l'UMR 1224 Ecobiop, par un responsable identifié (Ingénieur de recherche des systèmes naturels) qui s’appuie sur le responsable de chaque site (technicien animalier ou technicien des milieux naturels et ruraux) pour la gestion et la coordination des activités et  l’Unité d’Appui à la Recherche (UAR) pour assurer la maintenance des outils .

Un Conseil Scientifique des Utilisateurs (CSU) se tient annuellement et vise à orienter les projets et les axes de développement de l’ISC ECP en lien avec le cadrage du Département INRAE ECODIV  (Étude et COmpréhension de la bioDIVersité). Bien qu’adossée à l’unité mixte de recherche, l’ISC dispose de ressources budgétaires identifiées (comptabilité analytique) et elle est régulièrement soutenue financièrement par la CNUE (Commission Nationale des Unités et installations Expérimentales) sur les projets de modernisations ou d'évolutions de ses outils.