Vous serez accueilli dans l'UMR Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (UMR EGFV) située dans la région bordelaise. L'EGFV rassemble un large éventail de compétences interdisciplinaires, de l'écophysiologie à la physiologie moléculaire, en passant par la biochimie et la génétique, afin d'étudier le fonctionnement de la vigne et les déterminants de la qualité des baies de raisin. L'UMR EGFV offre l'environnement scientifique et technique nécessaire au projet postdoctoral. https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/egfv/

La viticulture fait face à de nouveaux défis dans le contexte du changement global, où l'on peut s'attendre à des conditions environnementales plus contraignantes. Le choix du porte-greffe est un levier potentiel d'adaptation du vignoble aux conditions environnementales futures car on peut améliorer les performances de la plante sans modifier le cépage greffon, et par conséquent la typicité du vin. Cependant, la plupart des porte-greffes actuellement utilisés ont été sélectionnés il y a plus d'un siècle et ces porte-greffes ont un patrimoine génétique restreint, ce qui pourrait compromettre leur potentiel adaptatif. Nos recherches visent à étudier l'intérêt du compartiment Vitis sauvages pour élargir les sources d'allèles d'intérêt pour l'adaptation.

Le postdoc sera associé au projet VITOMICS. L'objectif de ce projet est d'identifier les déterminants moléculaires (au niveau génomique et transcriptomique) de caractères clés qui pourraient être utilisés pour la sélection de porte-greffes de vigne en utilisant une gamme plus large d'espèces sauvages de Vitis peu explorées jusqu’au présent. Dans ce projet, des génomes de référence pour des espèces de vigne sauvage hautement hétérozygotes seront produits. Cela nous permettra d'étudier la variation structurelle du génome et les polymorphismes génétiques dans les régions d'intérêt (identifiées par une méta-analyse QTL et une étude ARN-seq dans les racines dans des conditions de sécheresse). De plus, nous proposerons des traits intermédiaires (transcripts) liés à des phénotypes racinaires complexes. Les résultats de ce projet fourniront des outils pour accélérer le criblage des traits désirables dans les porte-greffes.

Vous serez plus particulièrement en charge de :
- Identifier les Gènes Différentiellement exprimés (DEG) en réponse à la sécheresse dans les racines des espèces sauvages de Vitis à partir des données RNA-seq.
- Identifier les polymorphismes génétiques entre différentes espèces de Vitis à partir du séquençage du génome entier.
- Participer à une méta-analyse QTL pour les espèces de Vitis.
- Inspecter la variation génomique des régions d'intérêt entre les génomes des espèces de Vitis.

Conditions particulières d’activité : Les activités impliqueront principalement des travaux informatiques et occasionnellement des travaux de terrain ou de laboratoire pourraient être nécessaires.

Formation recommandée : Thèse de doctorat en génomique ou bio-informatique.
 Connaissances souhaitées : Génomique quantitative ou des populations.
 Expérience appréciée : Une expérience antérieure de travail avec des données NGS sera appréciée. Publications scientifiques des travaux antérieurs.
 Aptitudes recherchées : intérêt pour la compréhension des bases génétiques de la variation phénotypique chez les plantes, travail d'équipe et pensée critique.

En rejoignant INRAE, vous pourrez bénéficier selon le type de contrat :
 jusqu’à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
 d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
 de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
 d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
 de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
 d'activités sportives et culturelles ;
 d'une restauration collective.

Date d’entrée en fonction : 01/01/2023

Rémunération brute mensuelle : selon expérience (à partir de 2600€ brut/mois)

Transmettre avant le 30/11/22 une lettre de motivation et un CV à marina.de-miguel@inrae.fr