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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne - UMR 1287 EGVF

UMR 1287 - EGVF

Unité Mixte de Recherche (INRA, ENITAB, Université de Bordeaux)

Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne
I.S.V.V Bordeaux, 210 Chemin de Leysotte

33882 Villenave d’Ornon Cedex, France

Offre de thèse en génétique de la vigne (POURVUE)

du 1er octobre 2019 au 30 septembre 2022

Offre de thèse en génétique
Architecture génétique de la réponse à la contrainte hydrique chez l'espèce Vitis berlandieri.

L'UMR EGFV propose un sujet de thèse en génétique de la vigne conduite en co-tutelle avec l'Université de Geisenheim (Allemagne) dans le cadre de l'alliance BAG Bordeaux-Geisenheim-Adélaide. (POURVU)

Titre de la thèse

Architecture génétique de la réponse à la contrainte hydrique chez l'espèce Vitis berlandieri.

Résumé du projet

Le changement climatique peut affecter la disponibilité en l'eau et aggraver les problèmes de sécheresse. Parmi les solutions possibles pour adapter les vignobles, l'utilisation de porte-greffes résistants à la sécheresse semble être l'une des options les plus durables qui permettrait de conserver les cépages traditionnels et de maintenir des vignobles là où l'irrigation n'est pas possible. L'espèce V. berlandieri est originaire de régions très sèches d'Amérique du Nord. Elle peut présenter des traits adaptatifs à la sécheresse et à des conditions environnementales extrêmes. Les objectifs du projet de thèse sont: 1-caractériser la diversité génétique au sein d'une population de V.berlandieri et 2-identifier les associations génétiques entre le polymorphisme des polymorphismes de marqueurs moléculaires et la variabilité des réponses au déficit en eau. Ces informations pourraient également être utilisées pour créer de nouveaux porte-greffes. Le doctorant étudiera une importante population de V. berlandieri (plus de 4000 accessions) déjà introduite en Allemagne par le partenaire allemand. La première étape du travail consistera à définir un sous-échantillon de cette population en fonction de ses capacités d’enracinement et de sa vigueur (environ 250 individus). Au cours de la seconde étape, cette sous-population sera génotypée à l'aide de techniques GBS et un grand nombre de marqueurs seront définis pour des études ultérieures. La troisième étape correspond au phénotypage du sous-échantillon en tant que porte-greffe dans des conditions de contrôle et de déficit en eau. Les plantes en pots seront soumises à un déficit hydrique contrôlé et à une surveillance de la transpiration, de l'efficacité d'utilisation de l'eau et des réactions de croissance végétative à la sécheresse. La capacité d'enracinement sera analysée. La quatrième étape du travail sera l’étude d’association afin de relier les données génotypiques et phénotypiques. La taille de cette population est appropriée pour mener une approche d'association à l'échelle du génome qui est originale pour les études de Vitis sauvages. Le projet combinera les compétences existantes en France et en Allemagne en matière de génétique et de sélection de porte-greffes, ainsi que des analyses de réponse à la sécheresse. Le travail de thèse sera conduite pour partie en Allemagne (Université de Geisenheim) et pour partie à Bordeaux (INRA-ISVV).

Profil du candidat

Master 2 en Biologie végétale avec des connaissances reconnues et un gout marqué pour les disciplines liées à la génétique: génétique quantitative, génotypage, et analyse bio-informatique. Goût et capacités pour l'expérimentation végétale et le phénotypage en serre. Rigueur scientifique. Ouverture à l'international. Volonté pour réaliser une partie du travail en Allemagne et une partie en France à Bordeaux.

Encadrement

Le doctorant sera encadré en France par le Dr Nathalie OLLAT. Le Dr Elisa MARGUERIT participera également à cet encadrement. Il sera co-encadré en Allemagne par le Professeur Joachim SCHMID.

Candidature

UMR 1287 Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne
Institut des Sciences de la Vigne et du Vin Bordeaux-Aquitaine
210 chemin de Leysotte - 33140 Villenave d'Ornon - France.

LM et CV à transmettre à Nathalie OLLAT (nathalie.ollat@inra.fr) ou Elisa MARGUERIT (elisa.marguerit@agro-bordeaux.fr)

Voir aussi

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