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Depuis 2022, l'UMR EGFV est structurée en 4 thématiques de recherche (ADAPT, QUALyGrapE, GENEPI et ROOTi) et 6 pôles de compétences techniques (Administration, Matériel végétal, Laboratoire, Phénotypage, Bio-informatique, Transfert), sous une gouvernance composée d’une Directrice d'Unité et de deux Directeurs d'Unité Adjoints.

Un conseil scientifique (CoSci) et un conseil de services (CoSer) complètent la gouvernance. Le CoSci aborde la politique scientifique interne et les relations avec les partenaires scientifiques et les institutions de tutelle, la gestion des ressources humaines, les réponses aux appels à projets et l'allocation des ressources financières. Le CoSer discute du fonctionnement quotidien de l'UMR, des besoins en nouveaux équipements, de la maintenance des infrastructures, de l'établissement de règles et de la mise en œuvre des tâches collectives.

Une Assemblée générale de l'UMR se réunit deux fois par an pour faire le point sur les réalisations scientifiques, les ressources humaines et financières, les devoirs collectifs et les réalisations des pôles de ressources partagées. De nombreuses missions transversales sont également assurées par le personnel de l’unité.