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Nationalité: France

Sujet de thèse

Rôle du microbiome dans le fonctionnement de la rhizosphère de différents porte-greffes de Vigne et influence sur la croissance du greffon.

• Ecole doctorale: Sciences de la Vie et de la Santé - Université de Bordeaux
• Encadrement : Virginie LAUVERGEAT
• Financement : FranceAgriMer
• Projet : VITIRHIZOBIOME
• Période : 29/10/18 - 25/03/2022

Résumé

Chez la Vigne, le génotype du porte-greffe détermine le développement du greffon et la résistance du plant face aux contraintes biotiques et abiotiques. Le dépérissement du vignoble est un phénomène complexe, qui se traduit par une baisse subie de la productivité du cep et éventuellement de sa mort. La principale stratégie pour pallier ce manque de production est le remplacement des pieds non productifs ou morts par de nouveaux jeunes plants. Ce processus est causé par de nombreux facteurs parfois liés à la qualité du sol viticole et à son microbiote. En effet, l’interaction entre les racines et le microbiote du sol joue un rôle essentiel dans le contrôle des phytopathogènes telluriques mais aussi dans l’acquisition des ressources minérales nécessaires à la croissance du cep. La rhizosphère, qui est la portion de sol proche des racines, est au cœur de ses interactions. L’objectif de ces travaux vise à mieux comprendre le rôle du microbiome du sol et des racines dans un contexte de dépérissement du vignoble. Les sols d’inter-rang de quatre parcelles en dépérissement, qui n’était pas dû à des symptômes de carences minérales ou de maladies, ont révélé un dérèglement de la diversité microbienne et de l’activité enzymatique. Une analyse plus poussée sur les racines et la rhizosphère des plants en déclin d’une de ces parcelles a mis en évidence une forte présence de microorganismes potentiellement pathogènes mais aussi bénéfiques. Dans un second temps, une expérimentation en serre sur de jeunes plants de vignes plantées sur du sol de parcelle viticole présentant des signes de dépérissement, a montré que le porte-greffe modifiait la composition microbienne des racines et de la rhizosphère. Une caractérisation fonctionnelle in vitro de rhizobactéries de ces plants a permis d’identifier des isolats modifiant les systèmes aériens et racinaires de plantule de vignes. Ces résultats contribuent à la compréhension des interactions entre la vigne et le microbiote du sol, mettant en évidence le rôle de la dimension génétique du porte-greffe

Publications

• Darriaut R, Antonielli L, Martins G, Ballestra P, Vivin P, Marguerit E, Mitter B, Masneuf-Pomarede I, Compant S, Ollat N, Lauvergeat V, 2022. Soil composition and rootstock genotype drive the root associated microbial communities in young grapevines. Frontiers in Microbiology 13, 1031064.
• Darriaut R, Lailheugue V, Masneuf-Pomarede I, Marguerit E, Martins G, Compant S, Ballestra P, Upton S, Ollat N, Lauvergeat V, 2022. Grapevine rootstock and soil microbiome interactions: Keys for a resilient viticulture. Horticulture Research 9, uhac019.*
• Darriaut R, Martins G, Dewasme C, Mary S, Darrieutort G, Ballestra P, Marguerit E, Vivin P, Ollat N, Masneuf-Pomarède I, Lauvergeat V, 2021. Grapevine decline is associated with difference in soil microbial composition and activity. Oeno One 55, 67-84.

• Darriaut R, Wastin J, Martins G, Ballestra P, Deswame C, Mary S, Darrieutort G, Marguerit E, Vivin P, Ollat N, Masneuf-Pommarède I, Compant S, Lauvergeat V, 2019. Contrasting soil microbial profiles in healthy and declined vineyards. MiCrope 2019 International Symposium, 2-5 Décembre, Vienna, Autriche. (poster)