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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne - UMR 1287 EGVF

UMR 1287 - EGVF

Unité Mixte de Recherche (INRA, ENITAB, Université de Bordeaux)

Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne
I.S.V.V Bordeaux, 210 Chemin de Leysotte

33882 Villenave d’Ornon Cedex, France

DARRIAUT Romain

ROOTi

DARRIAUT Romain
Doctorant Université de Bordeaux

Nationalité: France

Sujet de thèse

Rôle du microbiome dans le fonctionnement de la rhizosphère de différents porte-greffes de Vigne et influence sur la croissance du greffon.

  • Ecole doctorale: Sciences de la Vie et de la Santé - Université de Bordeaux
  • Encadrement : Virginie LAUVERGEAT
  • Financement : FranceAgriMer
  • Projet : VITIRHIZOBIOME
  • Dates: depuis le 29/10/2018

Résumé

La Vigne cultivée est une plante greffée. Le génotype du porte-greffe est un facteur majeur du développement du greffon (croissance, phénologie, rendement), mais également de la qualité du raisin, et la résistance aux stress biotiques et abiotiques. Chez la Vigne, les bases physiologiques et moléculaires des réponses morphologiques et fonctionnelles du système racinaire en réponse aux contraintes abiotiques sont encore mal connues, en partie à cause de la difficulté de caractériser les racines in situ, de la complexité des traits adaptatifs analysés et de la structure et de la composition des sols viticoles. L’interaction entre les racines et le microbiome du sol joue un rôle essentiel dans l’acquisition des ressources minérales et hydrique nécessaires au bon développement de la plante. L’association symbiotique avec des mycorhizes à arbuscules permet non seulement une meilleure acquisition des nutriments comme le phosphore et l’azote mais intervient également dans la résistance des plantes à certains pathogènes du sol. Afin de mieux comprendre l’importance du génotype de porte-greffe dans les processus d’adaptation aux contraintes environnementales et dans le développement du plant greffé, ce projet se focalisera sur le fonctionnement de la rhizosphère en condition de dépérissement du sol. L’objectif de ce travail sera donc d’acquérir des connaissances sur le fonctionnement de la vigne greffée en se focalisant sur le développement racinaire et les mécanismes adaptatifs qui régulent le prélèvement hydrominéral par le système racinaire pour différents génotypes de porte-greffe. Les travaux effectués permettront de répondre aux questions suivantes :
- Les porte-greffes de Vigne précédemment caractérisés pour leur capacité contrastée à réguler le développement du greffon ont-ils des capacités différentes à mettre en place des interactions symbiotiques fonctionnelles avec des mycorhizes à arbuscules ? - Dans quelle mesure le greffage joue-t-il un rôle dans la régulation de ces processus ?
- Quel est l’effet de la qualité du sol sur la rhizosphère et le fonctionnement de la symbiose mycorhizienne et son effet sur le développement de la plante greffée ?
Des expérimentations en conditions semi-contrôlées seront menées avec des sols viticoles en condition de dépérissement ou non afin de répondre à ces différentes questions. Deux porte-greffes, 1103Paulsen et Riparia Gloire de Montpellier, induisant respectivement une forte et une faible vigueur du greffon, seront étudiés. Leur capacité à former des symbioses avec Rhizophagus irregularis et/ou Glomus mosseae, un champignon mycorhizien à arbuscules, dans différentes conditions de contraintes sera quantifiée par des approches de microscopie et de biologie moléculaire. Les mécanismes impliqués dans la mise en place de l’interaction symbiotique chez ces deux porte-greffes seront étudiés. Les plants seront également soumis à l'application de biostimulants (commercial et PGPR) afin d'évaluer leurs effets en condition de dépérissement du sol. L’effet du greffage sera évalué en réalisant différentes combinaisons de porte-greffe/greffon. L’effet sur la physiologie et le développement des plants sera évalué. La diversité microbienne du sol sera analysée en collaboration avec l’UR d’œnologie (ISVV). Les interactions fonctionnelles entre le microbiome du sol et les plants des deux porte-greffes seront caractérisées. En parallèle, afin de se rapprocher au plus près des conditions du vignoble, un essai sera mené en parcelle de façon à évaluer l’effet de la symbiose mycorhizienne sur la reprise de plants et leur développement. Cet essai sera mené en collaboration avec Vitinnov, cellule de transfert de l’ISVV.

Publications

  • Darriaut R, Martins G, Dewasme C, Mary S, Darrieufort G, Ballestra P, Marguerit E, Vivin P, Ollat N, Masneuf-Pomarède I, Lauvergeat V, 2021. Grapevine decline is associated with difference in soil microbial composition and activity. OENO One 3, 67-84.
  • Darriaut R, Wastin J, Martins G, Ballestra P, Deswame C, Mary S, Darrieutort G, Marguerit E, Vivin P, Ollat N, Masneuf-Pommarède I, Compant S, Lauvergeat V, 2019. Contrasting soil microbial profiles in healthy and declined vineyards. MiCrope 2019 International Symposium, 2-5 Décembre, Vienna, Austria. (poster)