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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Phytobs

Phytobs est un logiciel dédié au comptage au microscope d’échantillon de phytoplancton d’eau douce et à la bancarisation des données correspondantes. Il permet aussi le calcul de l’indice phytoplancton lacustre (IPLAC).

Développé dans l’équipe ECOVEA depuis 2009, Phytobs est un logiciel open-source construit autour d’une base de données en mySQL et s’exécute au moyen d’une application créée en JAVA.

Il repose sur une liste taxonomique du phytoplancton tenant compte de la synonymie avec la phylogénie, les codes Sandre des taxons (Service d’Administration Nationale des Données et Référentiels sur l’Eau) et les biovolumes unitaires.

Un module spécifique permet le calcul de biovolumes et l’ajout de taxons personnels.

Des fonctions d’export des données acquises (format pdf, csv et graphique) sont implémentées. Elles permettent de disposer des données sous forme de feuille de paillasse, de résultats de dénombrements (avec biovolumes par groupes algaux et précision des cyanotoxines potentielles), de tableaux de résultats aux champs configurables. Un format d’export dédié aux calculs dans le SEEE (Système d’Evaluation de l’État des Eaux) est aussi disponible.

Un module assure le calcul de l’indicateur IPLAC, basé sur la communauté phytoplanctonique, pour évaluer l’état écologique des plans d’eau français (mise en œuvre de la DCE). Les résultats sont visibles sous la forme d’un fichier de synthèse (pdf) et de tableaux (csv) avec les résultats intermédiaires.

Pour en savoir plus : https://hydrobio-dce.inrae.fr/phytobs/