Lettre de BIOGECO                      N° 115 Mai 2021
Edito
 

Cher(e)s collègues, cher(e)s ami(e)s,

En mai, fait ce qu’il te plaît, c’est le temps du muguet … Cela fait 17ans que je suis à Pierroton, et 42 ans que je travaille, et il est temps semble-t-il que je raccroche les crampons. Place aux jeunes !  Comme plusieurs d’entre nous, j’ai fait mes études, puis travaillé, en un temps où il n’y avait que le face à face, le courrier et le téléphone pour communiquer. Et pourtant, déjà, les scientifiques communiquaient avec le reste du monde quelle que soit la discipline. On prenait le train pour voyager en Europe. L’époque était très idéologique, certes, au temps de la guerre froide, mais la qualité des résultats scientifiques d’un pays n’avait cure des régimes qui gouvernaient. Par ces quelques mots, je voudrais vous dire la joie que j’ai de travailler au sein de notre communauté scientifique qui traverse toutes les époques et s’adapte à la diversité des contextes. Pour cela, il faut à la fois franchise et nuance. Et qu’est-ce que la démarche scientifique, sinon les articuler ? Un art de la controverse raisonnée … sans anathèmes mais avec débats. Les faits chatouillent constamment nos belles théories … Comme beaucoup le savent, j’ai successivement travaillé à l’ONF, au Cemagref, à l’Engref puis à l’Inra. Chaque étape est un vrai et bon souvenir : la production de connaissance, sa transmission, son utilisation en recherche dite finalisée, et la mise en œuvre concrète sur le terrain. Simplement, je l’ai fait dans le désordre, en commençant par la fin. Mais tout cela est un tissu intimement mêlé. La curiosité qui nous anime en recherche est probablement notre dénominateur commun à tous. J’ai tenté de l’exercer à cette interface miraculeuse entre mathématiques appliquées et diversité … Le coté intégratif de nos recherches à BioGeCo est une véritable richesse … Il reste beaucoup plus de choses à faire en ces domaines qui prennent de plus en plus d’importance sociale loin des tours d’ivoire que de choses accomplies… il reste du pain sur la planche … c’est maintenant à vous de jouer … A tous ceux et celles que j’ai côtoyé(e)s, proches ou moins proches, de Pierroton ou d’ailleurs, toujours avec plaisir, je dis :  « salut et à bientôt» !

 

Alain

Sommaire
 

La photo du mois : (© Alain Franc) Petite pervenche (Vinca minor, Apocynaceae). Commune de Cestas.

3 mai
9h30 Conseil d'unité - Visio
13h30 Codir - Visio

ARRIVEES

Clémence Bécans
, étudiante en Master 1 Biologie Agrosciences de Bordeaux, débute un stage de 3 mois encadré par Jean-Paul Soularue. Elle travaille sur la caractérisation de la virulence d'Hymenoscyphus fraxineus, l'agent causal de la Chalarose du frêne.

Arrivée de Arthur Abeihlou (Univ. Poitiers, 2 mois) et Evan Castillo (Univ. Rouen, 3 mois) qui travailleront sur l'adaptation de la forêt urbaine et des haies bocagères aux changements climatiques (encadrement A Porté, X Bouteiller).

Nina Taulet-Vérité, stagiaire de Licence 3 de l'UB, va travailler du 3 au 28 mai avec Soizic et Laure pour génotyper des individus de Bursaphelenchus xylophilus échantillonés au Portugal et de B. mucronatus échantillonnés dans la forêt des Landes de Gascogne, sur des marqueurs SSR en cours de développement.

Thiphaine Gabrielli (L3 Sciences du Vivant UB) rejoint Ecogere à partir du lundi 3 mai pour un stage de 6 semaines. Elle participera notamment aux relevés botaniques sur l'Île de Raymond (accompagnement du stage de Master 2 BFT d'Alix Lafitte) ainsi qu'au projet DuneBioDiv (encadrement Marie-Lise Benot).

Audric Argillier et François Druyer (M1 Biodiversité, Écologie, Évolution) rejoignent Ecogere à partir du lundi 3 mai pour un stage de 3 mois dans le cadre du projet DuneBioDiv. Ils participeront aux campagnes de terrain et mesures de traits fonctionnels végétaux (co-encadrement Marie-Lise Benot et Maya Gonzalez - BSA/ISPA).


Marie-Astrid Bouvier est accueillie en stage de Licence 3 jusqu'au 30 juin et sera encadrée par Pauline et Camille. Son stage s'intitule "Evolution des barrières reproductives au sein d'espèces de chênes : effets des changements climatiques (dépérissements liés aux sécheresses estivales)".

> Alain,
A l'aube de cette nouvelle étape de ta vie, quelques mots pour te témoigner combien nous sommes reconnaissants de tes apports scientifiques (qui  auront permis de tisser des liens très originaux entre écologie évolutive, diversité biologique, biogéographie historique et calcul intensif) et humains (qui auront marqué notre unité durablement).
Tu as eu une vie professionnelle très riche, et la dernière étape s'est inscrite au sein de Biogeco que tu as rejoint en mars 2004 ... 17 ans déjà ... C'est un départ en douceur car tu continueras à nous accompagner pendant quelques années dans le cadre d'une mission. En attendant de fêter ton départ à la retraite lors d'un moment plus convivial; merci !
> Jean-Marc et Franck prennent le relais d'Alain et siégerons respectivement au CoDir et au CU. Merci pour votre investissement dans le collectif.

> Départ des travaux de construction de la serre S2 (phase de terrassement). © M. Kleinhentz 29.04.21


 
>Restauration forestière...une série d'interview du GIP ecofor.

>
La gestion forestière et le bois, une affaire d’émotions et de sciences humaines et sociales!


> Parution, en avril 2021, d'« Un autre regard sur la forêt » par Sophie Bertin, écologue et forestière.
 
Dans Reporterre: Des forêts en ville ? La méthode Miyawaki n’est pas la solution miracle

Notre article sur la transmission maternelle du mycobiome chez le chêne (Fort et al. 2021, cf dernières publications) a fait l'objet d'un commentaire publié dans New Phytologist. Ce commentaire comporte une très belle figure qui représente les différentes voies d'acquisition du microbiome par les glands, depuis leur formation jusqu'à leur germination. Il pose un cadre de travail pour les futures études sur ce thème.

 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
 
Quelques exemples de nouveaux projets en ce mois de mai :
 
- Du développement de marqueurs microsatellites pour séquençage Illumina (SSR-Seq) sur le nématode Bursaphelenchus mucronatus (collaboration Laure Villate) et sur le champignon Microdochium (collaboration Marie Foulongne-Oriol), dans le cadre du projet Labex Multitypage porté par la PGTB.
- De la droplet digital PCR sur bactéries et champignons dans le cadre du projet MICROMIC avec Corinne Vacher.
- Du metabarcoding sur le phytoplancton en eau douce, dans le cadre du projet PhytoDOM (collaboration Alexis Canino de l’UMR Carrtel).
- Du génotypage MassArray sur Douglas, Châtaignier, Pin taeda et Eucalyptus, dans le cadre d’un projet avec le FCBA (collaboration Luc Harvengt).

7 mai, 9h30-10h30 Denis Bourget / Thomas Guillemaud (en français)

Title : Peer Community In: A free recommendation process of preprints based on peer reviews (en français)

Abstract : The Peer Community in (PCI, https://peercommunityin.org) project offers an alternative to the current system of publication - which is particularly expensive and not transparent. PCI is a non-profit scientific organization that aims to create specific communities of researchers reviewing and recommending, for free, unpublished preprints in their field (i.e. unpublished articles deposited on open online archives like arXiv.org and bioRxiv.org). Each PCI is a group of several hundred recommenders playing the role of editors who recommend such preprints based on peer-reviews to make them complete, reliable and citable articles, without the need for publication in ‘traditional’ journals (although the authors can submit their recommended preprints afterwards). Evaluations and recommendations by a PCI are free of charge. When a recommender decides to recommend a preprint, they write a recommendation text that is published along with all the editorial correspondence (reviews, recommender's decisions, authors’ replies) by PCI. The preprint itself is not published by PCI: it remains in the preprint server where it has been posted by the authors and can therefore be submitted to a journal. The first Peer Community in has been launched in 2017: Peer Community in Evolutionary Biology (PCI Evol Biol). More than 1200 recommenders have already joined PCI Evol Biol, PCI Paleontology, PCI Ecology, PCI Animal Science, PCI Zoology, PCI Mathematical and Computational Biology, PCI Archaeology, etc. We've won the 2020 LIBER award for library innovation of the European League of Research Libraries.
 

https://global.gotomeeting.com/join/803634877 ou https://www.gotomeet.me/secretairesbiogeco8/animations

Vendredi 21 mai, 9h30-10h30 Jérôme Santolini, chercheur CEA
Titre : Algues, plantes et arbres: leur évolution et leurs fonctions vus sous l'angle de la NO-synthase (à confirmer)

Vendredi 28 mai, 9h30-10h30 Antoine Bouzin
Titre : 
Interroger le rapport aux sciences en situation d'urgence écologique et sanitaire. Le cas des ingénieurs engagés dans le militantisme "vert" 

--------------------------------------------------
à venir en juin
-Le 4 juin 9h30 : R3 Futurs-ACT sur l’Anticipation du Changement Climatiques dans les Territoires en Transition (
https://futurs-act.fr/) par Benoit Sautour (Université de Bordeaux).
-Le 11 juin 9h30 : R3 Biosena sur la Biodiversité et les Services Ecosystémiques (
https://biosena.univ-lr.fr/) par Pascale Garcia (La Rochelle Université) et R3 Sylvana sur la Bioéconomie Forestière par Arnaud Sergent (Inrae).

Résumé : Au travers du Schéma Régional de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation la Région Nouvelle Aquitaine a affirmé son intention de jouer un rôle moteur en accompagnant l’émergence et la structuration de réseaux pluridisciplinaires de recherche reconnus aux niveaux national et international sur des thématiques stratégiques pour son territoire. Cette initiative du Conseil Régional de Nouvelle-Aquitaine s’est traduite par la création récente de plusieurs Réseaux Régionaux de Recherche (R3) dont nous vous proposons un tour d’horizon au travers la présentation :


Projet ANR « Montage de réseaux scientifiques » (coord. Santi).
Ce projet vise à construire le consortium d’un topic du programme Horizon Europe (
HORIZON-CL6-2021-BIODIV-01-15: Protection and sustainable management of forest genetic resources of high interest for biodiversity, climate change adaptation, and forest reproductive materials).
Kremer A, Plomion C, Leroy T, Alexandre H, Truffaut L, Delzon S, Ducousso A, Torres-Ruiz JM, Wagner S. Evolution passée et contemporaine des chênes. Revue forestière française, AgroParisTech, 2020, 72 (4), pp.297-318
Cette revue propose une synthèse des principaux résultats obtenus dans le cadre du projet Treepeace.


Vallejo-Marín M, Friedman J, Twyford AD, Lepais O, Ickert-Bond SM, Streisfeld MA, Yant L, van Kleunen M, Rotter MC & Puzey RJ. 2021. Population genomic and historical analysis suggests a global invasion by bridgehead processes in Mimulus guttatus. Communication Biology 4, 327.
Une participation à l’analyse par coalescence et ABC pour le test d’hypothèses sur l’histoire démographique de l’invasion de Mimulus guttatus au Royaume-Uni avec mon ancien collègue Mario Vallejo-Marín de Stirling University.
 
Aissi A, Beghami Y, Lepais O & Véla E. 2021. Analyse morphologique et taxonomique du complexe Quercus faginea (Fagaceae) en Algérie. Botany 99: 99-113.

Travail sur la morphologie foliaire issu de la thèse d’Abdeldjalil Aissi que nous avions reçu à BIOGECO lors d’une courte visite de deux semaines pour initier l’analyse de la diversité génétique de ces populations.


Fort T., Pauvert C., Zanne A. E., Ovaskainen O., Caignard T., Barret M., Compant S., Hampe A., Delzon S., Vacher C.  2021. Maternal effects shape the seed mycobiome in Quercus petraea. New Phytologist, 230: 1494-1608 (doi: 10.1111/nph.17153)
U'Ren J. M. & Zimmerman N. B. 2021. Oaks provide new perspective on seed microbiome assembly. New Phytologist, 230:1293-1295

Palahí, M., Valbuena, R., Senf, C. Acil, N., Pugh, T.A.M., Sadler, J., Seidl, R., Potapov, P., Gardiner, B., Hetemäki, L., Chirici, G., Francini, S., Hlásny, T., Lerink, B.J.W. Olsson, H., González Olabarria, J.R., Ascoli, D., Asikainen, A., Bauhus, J., Berndes, G., Donis, J., Fridman, J., Hanewinkel, M., Jactel, H., Lindner, M., Marchetti, M., Marušák, R., Sheil, D., Tomé, M., Trasobares, A., Verkerk, P.J., Korhonen, M., Nabuurs, G.J. (2021). Concerns about reported harvests in European forests. Nature, 592, E15–E17

Laikre L, Hohenlohe PA, Allendorf FW, Bertola LB, Breed MF, Bruford MW, Funk WC, Gajardo G, González-Rodríguez A, Grueber CE, Hedrick PW, Heuertz M, Hunter ME, Johannesson K, Liggins L, MacDonald AJ, Mergeay J, Moharrek F, O’Brien D, Ogden R, Orozco-terWengel P, Palma-Silva C, Pierson J, Paz-Vinas I, Russo I-RM, Ryman N, Segelbacher G, Sjögren-Gulve P, Waits LP, Vernesi C, Hoban S. 2021. Authors’ Reply to Letter to the Editor: Continued improvement to genetic diversity indicator for CBD. Conserv Genet (2021).
Avec des collègues de plusieurs organisations, nous nous intéressons à la génétique de la conservation et surtout à faire progresseur les indicateurs de diversité génétique dans le cadre politique international de conservation auprès de la Convention pour la Diversité Biologique. Cet article est une réponse à une lettre du généticien de la conservation Richard Frankham, qui proposait des améliorations à l'indicateur de taille génétique efficace de population.

 
UB
Nous cherchons régulièrement à lire des articles de la presse quotidienne, et nous n'avons pas toujours les accès si l'on n'est pas abonné à titre personnel. Mais, savez-vous que l'Université de Bordeaux possède un abonnement aux archives, anciennes et récentes, de toute la presse grand public ? Toute, je n'ai pas vérifié ... mais Sud Ouest, Libération, Le Monde, La Charente libre, Ouest France, 20 mn, Le Figaro, La croix, L'équipe ..... Il y a aussi des ressources en langue étrangère (anglais, allemand, espagnol, portugais), comme the NY Times, Mural, El Norte ...
Allez chercher l'info sur le
site de la BU, catégorie "Des titres de presse et d'actualité". Il faudra vous identifier avec votre code ENT.

INRAE
> Forfait Mobilité Durable : La note de service relative à la prise en charge des frais de déplacements domicile-travail par l'Institut est sortie. Si vous venez au travail avec votre vélo personnel, à assistance électrique ou conventionnel, et/ou en covoiturage, vous pouvez bénéficier de ce forfait dont le montant maximum s'élève à 200€/an. En savoir plus

> le Challenge de la mobilité : Inscrivez-vous ! Transports en commun, marche, vélo mais aussi télétravail, toutes les alternatives à la voiture solo sont valorisées !
                                  
> Nouvelles modalités de Télétravail:  De nouvelles modalités de télétravail vont se déployer au sein de notre institut à l’issue de la crise sanitaire.  Afin de permettre d’anticiper au mieux cette reprise, nous vous transmettons la 
présentation de la nouvelle note de service, et la note correspondante

>Rappel: Sélections professionnelles pour l’accès au grade d’IR hors classe au titre de l’année 2022 : La date limite de candidature et de dépôt du dossier est fixée au : 31/05/2021 (ns2021-19)

>LimeSurvey évolue avec de nouvelles fonctionnalités  :
• une ergonomie améliorée pour offrir une interface d'administration plus intuitive ; • les questionnaires sont mieux adaptés aux smartphones et tablettes (Responsive).
Cette solution intègre deux instances :
• une dédiée aux enquêtes internes (Intranet) :

https://sondages.intranet.inrae.fr/admin
• une autre dédiée aux enquêtes ouvertes à tout public (Internet) :
https://sondages.inrae.fr/admin
La nouvelle fiche de service Ariane est disponible :
https://ariane.inrae.fr/block?id=ariane_sc_cat_item&sys_id=d52605f90f84c600db98936792050e3b

Documentation sur l'import/export de questionnaires :
https://wiki.inra.fr/wiki/solweb/Enquetes-LimeSurvey-v3/Exporter-Importerunquestionnaire
>EVOLTREE Conference, 14-17 Septembre, 2021, WSL Birmensdorf (Switzerland): "Genomics and adaptation of trees and interacting species from evolutionary, demographic, and ecological perspectives" Inscription et site web.

>Plant Biology Europe Conference (PBE 2021); a joint conference by EPSO and FESPB, online 28.6. – 1.7.2021.

> Le spectacle Chic Botanique  devrait se jouer en plein air, dans le verger, le dimanche 6 juin à 15h à l'Abbaye de Vaucelles

> Philosophy of Plant Biology Workshop. Organisers: Özlem Yilmaz and John Dupré
Egenis, the Centre for the Study of Life Sciences, University of Exeter, 5-7 May 2021 (Virtual). Program:
http://sites.exeter.ac.uk/plantphenome/philosophy-of-plant-biology-workshop/
Register here: https://www.eventbrite.co.uk/e/philosophy-of-plant-biology-workshop-tickets-148313095461


Le spectacle Chic Botanique  devrait se jouer en plein air, dans le verger, le dimanche 6 juin à 15h à l'Abbaye de Vaucelles

> « Fascination of Plants Day 2021 »
Une journée mondiale pour célébrer les plantes… qui durera un an !
Si ça vous intéresse faites le savoir à la Direction de l'Unité on essaiera de proposer qqchose de collectif.
 
La journée mondiale de célébration des plantes (Fascination of Plants Day), qui aura lieu le 18 mai 2021, ouvre la porte à de nombreux événements à travers la France et le monde. L’occasion de créer du lien entre le public et le monde du végétal.
 
Créé en 2012 sous l’égide de l’Organisation européenne des sciences végétales (EPSO), qui fête ses 20 ans cette année, et en partenariat avec INRAE, coordinateur en France de l’événement, le Fascination of Plants Day a pour ambition de promouvoir l’importance des plantes dans notre quotidien et des travaux de recherche menés dans le domaine du végétal. Premières productrices de biomasse mondiale, les plantes sont essentielles pour l’alimentation (humaine et animale), la santé, la production d’énergie, et font l’objet de nouveaux usages.
 
En cette année 2021 un peu spéciale, le Fascination of Plants Day sera majoritairement virtuel !
 
Pour l’occasion, un site internet a été créé pour la France et rassemble plus de 70 contenus numériques (vidéos, reportages, expositions, conférences, jeux, ressources pédagogiques, etc.).  Ce site sera accessible début mai et restera ouvert jusqu’à la prochaine édition en 2022.
De plus, plusieurs événements auront lieu en régions, en distanciel ou en présentiel (entrée libre ou sur inscription, selon les manifestations).
Une quinzaine de partenaires provenant de toutes les régions de France se sont mobilisés pour proposer ces contenus et événements au grand public et aux jeunes générations. Près d’une centaine d’organisations ont participé à la réalisation des contenus.
 
Il y en a pour tous les goûts, tous les âges et tous les publics ! Tous les curieux sont les bienvenus, ainsi que les étudiants et les médias abordant de près ou de loin la science des plantes, la recherche agricole, la conservation de l’environnement, la biodiversité ou l’éducation.
Des cellules végétales aux systèmes agricoles et aux forêts, de nos jardins et laboratoires à des contrées de l’autre côté du globe, découvrez comment les plantes se développent et interagissent avec leur environnement et comment l’homme cherche à comprendre le végétal. Médiation scientifique, ludique, poétique… Instant d’apprentissage ou d’évasion… Que vous soyez passionné de plantes ou juste avide de connaissances, vous trouverez de quoi satisfaire votre curiosité !



Le calendrier provisoire pour les appels ERC de 2022 vient d'être publié. De façon à assurer que les candidat.e.s de l'unité puissent profiter d’un accompagnement d’INRAE merci de me tenir au courant d'une éventuelle demande.
Message de la section ADAS de Pierroton :
Il est encore temps de prendre votre cotisation 2021 à l’ADAS pour bénéficier des avantages des adassiens (
https://www6.inrae.fr/adas/) et soutenir le développement des activités de la section ADAS de Pierroton :
• soit auprès de François Ehrenmann (
francois.ehrenmann@inrae.fr) si vous êtes nouvel adhérent
• soit en ligne (
https://adasservices.inrae.fr/ ) si vous avez déjà adhéré les années précédentes (contacter François Ehrenmann si vous ne connaissez pas votre identifiant)
La cotisation 2021 (année civile) est de 10€ pour tout le monde.
Conscients de l'arrêt d'un bon nombre d'activités depuis le mois de Mars 2020, nous vous rappelons néanmoins que le budget de notre section dépend du nombre d’adhérents. Cette année, les adassiens de Pierroton auront droit à un chèque-cadeau-culture d'un montant de 40 euros, utilisable dans de nombreuses enseignes en Gironde (
https://www.cheques-cadeaux-culturels.fr/ou-utiliser-cadeau-culturel/ ).
Twitter Biogeco
Internet Biogeco