Bonjour à tous,

Les trajectoires d'évolution des systèmes écologiques et humains font toujours l'objet d'intenses efforts de compréhension et de modélisation théorique. Le cycle du renouvellement d'Holling établit que la durabilité des systèmes repose sur une double boucle. Une dynamique "avant" permet la consolidation des systèmes et son avancée vers un état d'équilibre théorique avec son environnement. Une dynamique "arrière" est déclenchée sous l'action d'agents de perturbations extérieures. Elle engendre une sortie de l'état d'équilibre, et est immédiatement  suivie d'une étape de réorganisation créatrice permettant la reprise d'une dynamique "avant". Équilibre, perturbation, réorganisation régleraient donc la durabilité  et la résilience des socio-écosystèmes. Vaste débat certes, mais à coup sûr une invitation à mieux intégrer les perturbations extérieures multi-échelles dans nos recherches et dans notre dynamique d'Unité. 

Bon mois d'avril. En gardant le fil.

Manu



 

 

>Assemblée de site Pessac - 26 avril - 10h
>Echange Direction  - ITA, sur la campagne de promotion et avancement au choix. 6 avril 9h-11h / 7 avril 13h30-15h30 / 8 Avril 13h30-15h30
 

>Merci de continuer à remplir vos présences à Cestas ou Pessac sur le fichier disponible sur le NAS synology.

>Au personnes du site de Pierroton: Nous vous demandons de bien vouloir fermer vos fenêtres de bureau et de labo avant de partir le soir, surtout si vous quittez le site après 19h (heure de passage de Martine ou Laurent dans les bâtiments).

>Mise en place d'un forfait mobilité incitant les agents à venir au travail en vélo; voté en CA INRAE.

> Pour tout contact concernant la communication au sein du centre INRAE ainsi que les communiqués de presse: votre contact est Grégory Lambert

>Pour tout contact concernant le Développement Durable au sein du Centre INRAE: votre contact est Lise Poulet

> Rappel TT: Les demandes de télétravail pour les agents INRAE peuvent être déposées à tout moment de l’année via Ariane.
A l’appui de ta demande, il faut fournir les justificatifs suivants :

• Attestation sur l’honneur de conformité aux normes de son installation électrique, spécifiant l’accès à un environnement et à un mobilier propice au travail et à la concentration
• Attestation d'assurance responsabilité civile personnelle prenant en compte l'exercice d'une activité en télétravail
• Attestation d'abonnement à un réseau internet illimité en temps et en volume de données. Une facture de moins de 3 mois peut servir d’attestation d’abonnement.

 Dans le champs gestionnaire d’unité du formulaire  indiquer Sandrine Gardet

> Retrouver les fiches sur les parcours professionnels et les rémunérations des personnels ITA/BIATSS ici

> retrouver la liste des classes virtuelles de l'IST INRAE  ici

>Léa Peypelut a été titularisée. Félicitation Léa !

>Le CU accueille trois nouveaux membres en ce début d'année. Santiago accompagne désormais Marie pour représenter les post-doc et CDD, et Domitille rejoint Alex pour les doctorant.e.s. Greg reprend le flambeau pour XYLOMES. Un grand merci pour votre engagement.
 

>Bravo à Raphaël, Yannick et Benjamin pour l'obtention de leur brevet de télépilote drone. Grâce au drone DJI Phantom 4 pro V2, nous continuons les essais sur le dispositif de pins maritimes "NTB" (familles de plein-frères dont la croissance radiale est suivi par des capteurs) afin de mettre au point un protocole de mesure de la hauteur des arbres en forêt de plantation.
Plusieurs projets pilotes vont commencer en 2021, notamment sur le suivi du dépérissement des arbres avec Cyril Dutech. L'utilisation de caméra multispectrale (Parrot Sequoia) fait partie également des développements futurs au sein de Biogeco. Nos trois télépilotes vont également recevoir une formation sur la photogrammétrie 3D et l'utilisation du logiciel dédié Agisoft metashape.

>Les journées des doctorant.e.s de l'ED Sciences et Environnements ont eu lieu les 18 et 19 mars. Juliette, Alex et Julia ont présenté leurs travaux.

>Hervé a été nommé au Conseil Scientifique de l'ONF

>Après plusieurs mois de "disparation", il va être l'heure de retrouver le Journal Club ! Domitille, Victor (doctorants 1ère année) et Alex (doctorant 2ème année) souhaitent relancer cette activité dans un format proche du précèdent. L'idée serait donc de réserver un créneau toutes les deux semaines, afin d'échanger autour d'articles et de sujets scientifiques, au gré des propositions des différents participants. Ce créneau pourra également servir aux stagiaires, doctorants ou autres, voulant s'entrainer pour des oraux. Le créneau retenu serait donc le vendredi de 11h à 12h, une semaine sur deux. Nous espérons lancer la première réunion fin avril début mai. Comme les conditions sanitaires ne permettent pas pour le moment de tous nous réunir sur site, nous nous retrouverons dans un premier temps par visioconférence, puis peut être en extérieur avec l'arrivée des beaux jours. Vous recevrez prochainement toutes les informations nécessaires par mail. 
 

>Vous connaissez les Peer Community In ? Sinon c'est ici et bientôt en live un vendredi matin!

>Deux ateliers Maison du Vélo du campus ici

>Si vous habitez une des communes de Bordeaux métropole, vous avez la possibilité de louer un vélo gratuitement pour 10 mois (location facilitée pour les étudiants). En savoir plus et vous pouvez accéder également gratuitement à la presse en ligne et à des films récents ici

>Informations sur les principaux problèmes sanitaires des forêts ici

>Cette année, la crise sanitaire planétaire liée au coronavirus a obligé l’humanité à ralentir, à moins se déplacer et moins consommer MAIS ...cf Analyse de l'ADEME

> RMT AFORCE Les changements climatiques & Les impacts des changements climatiques sur la forêt

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
Projets
 
Quelques exemples de nouveaux projets en ce mois d’avril:
 
-   Du génotypage MassArray sur le courbaril, arbre tropical d'Amérique du Sud, dans le cadre du projet LargeScale « Development of genetic reference data to identify timber origin » (collaboration Céline Blanc-Jolivet du Thunen Institute en Allemagne).
-  Du développement de marqueurs microsatellites pour séquençage Illumina (SSR-Seq) sur Stevia, Tilleul et Eschweilera, dans le cadre du projet Labex Multitypage porté par la PGTB.
-  Du metabarcoding pour étudier les modifications du microbiote vaginal de patientes ayant reçu un traitement antibiotique suite à une infection à chlamydia (collaboration Bertille de Barbeyrac du CHU de Bordeaux)


PCM INFO

• "La CLSI (Comission Locale des Systèmes d'information) s'est réunie le 4 mars pour son installation. Elle est présidée par O. Lavialle, est composée de membres experts : J. Foury (DU du SIIR SO) & C.Charlot (DSA); et de 11 membres nommés. P. Chaumeil était présent en tant que représentant d'usagers. La CLSI a pour mission de traiter toutes les questions d’organisation des systèmes d’information sur le centre. Organe d’information et d’échange prospectif, elle permet de faire le lien entre la DSI, les services informatiques du centre, les services de proximité et la direction du centre. Elle accompagne le président en informant et exprimant des avis consultatifs sur les questions relatives aux moyens de calcul, aux infrastructures de stockage (data center, …), à la vie collective des IP/PRI, à l’infogérance. Elle se réunit 3 à 4 fois par an. Deux intervenant ont été invités. S.Paris pour présenter l'évolution des datacenters régionaux et M.Lelièvre pour l'infogérance. (Les documents relatifs sont disponibles sur le GED en section Informatique)"
• L'application web - base de données ECHANTILLONS fait peau neuve. Celle-ci permet maintenant la gestion des échantillons mais également des matériels / équipements présents sur les 2 sites.
• Cette nouvelle base de données est en ligne depuis le 29 Mars 2021. Vous avez dû recevoir à cette date un message contenant le lien pour y accéder.
• L'ancienne application (http://arachne.pierroton.inra.fr:9092/accueil_echantillons) sera quant à elle rendue inaccessible à cette même date. Rassurez-vous, toutes les données présentes dans l'ancienne application ont été transférées vers la nouvelle base de données.
• Rappel : Les services informatiques évoluent notamment sur les outils de visio. La page des services http://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/biogeco/info_unite.php vous permet de trouver les informations à jour. De l’espace de stockage et d’archivage est disponibles dans l’unité. N’hésitez pas à contacter le PCM-info.
• La plate-forme Genotoul propose des foramtions bioinformatique de qualité avec entre autres des introduction à Linux, à l’utilisation de cluster de calcul et “variants calling”. Plus d’infos ici: http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/Lettre_info_34.pdf
• Le CBIB propose également des formations (Analyses de séquences, python, NGS, R…) : https://www.cbib.u-bordeaux.fr/fr/ateliers-et-formations

Appel à volontaires
Nous actualisons les listes des personnes serre-fil de l'unité. Les personnes intéressées peuvent se manifester auprès de l'équipe de prévention : prevention-biogeco@inrae.fr.
Vaccination
Dans le cadre des vaccinations Covid-19 en entreprise, l’AHI 33 propose une vaccination contre le virus de la Covid-19.
Cette vaccination est anonyme, gratuite et basée sur le principe du volontariat.
Chacun d’entre vous souhaitant être vacciné doit se rendre sur le site www.ahi33.org/vaccination. Il y trouvera les informations nécessaires :

• Les critères de priorité établis par les autorités sanitaires pour être vacciné (âge, état de santé, profession…), ces critères évoluent avec l’avancement de la campagne de vaccination,
• Une information sur le vaccin Astrazeneca (nécessité de 2 injections, efficacité, contre-indications…),
• Le lien informatique vers le formulaire d’inscription.

 
Lors de votre inscription, afin de vérifier votre affiliation à l’AHI 33, le numéro SIRET d'INRAE vous sera demandé. Ce numéro est le suivant : 18007003901274.
Cette inscription permettra à l’AHI 33 de vous adresser une convocation à un rendez-vous dans les meilleurs délais.
Le médecin du travail reste disponible pour répondre à toutes vos questions.

Larue C, Austruy E, Basset G, Petit RJ (2021) Revisiting pollination mode in chestnut (Castanea spp.): an integrated approach. Botany Letters 0:1–25.
Dans cet article cosigné par Eva Austruy (stagiaire ingénieur en 2020) et par Gaëlle Basset (stagiaire M1 en 2019), nous présentons les résultats d'une approche intégrée (expérimentations, observations, synthèse biblio) sur le mode de pollinisation du châtaignier. Après avoir mis en évidence le rôle clé des insectes (et le rôle négligeable du vent) dans la dispersion du pollen par des approches expérimentales, nous identifions les insectes pollinisateurs du châtaignier grâce à des approches de suivi photographique (inspirés du programme de Science Participative Spipoll). Enfin, nous comparons le syndrome de pollinisation des châtaigniers et des chênes (pollinisés par le vent) afin de mettre en évidence les adaptations liées à la pollinisation par les insectes versus par le vent. Nous montrons notamment pour la 1ère fois que le châtaignier pratique l'automimétisme ! Clément et Rémy.
 
Larue C, Barreneche T, Petit RJ (2021) Efficient monitoring of phenology in chestnuts. Scientia Horticulturae 281:109958.
Le châtaignier a une floraison complexe : 2 types de fleurs (mâles et femelles), répartis sur deux types de chatons différents (unisexués mâles ou bisexués). De plus, il y a deux pics d'émission de pollen, les fleurs mâles se trouvant sur ces deux types de châtons fleurissent à près de 15 jours d’intervalle. Pour pouvoir noter précisément la phénologie des châtaigniers, nous avons développé une nouvelle échelle BBCH, qui prend en compte toutes ces spécificités de la phénologie du châtaignier. Le travail a été effectué avec Teresa (INRAE, unité BFP) qui travaille depuis longtemps sur ce sujet. Clément et Rémy.

Hoban, S., Paz-Vinas, I., Aitken, S., Bertola, L.D., Breed, M.F., Bruford, M.W., Funk, W.C., Grueber, C.E., Heuertz, M., Hohenlohe, P., Hunter, M.E., Jaffé, R., Fernandes, M.L., Mergeay, J., Moharrek, F., O’Brien, D., Segelbacher, G., Vernesi, C., Waits, L., Laikre, L., 2020. Effective population size remains a suitable, pragmatic indicator of genetic diversity for all species, including forest trees. Biol. Conserv.
Ce travail est le fruit d'une collaboration dans le cadre du réseau COST G-BIKE sur la génomique de la conservation et du GEOBON Genetic composition group dans lesquels Myriam Heuertz est active. C'est une réponse à un récent commentaire de Fady et Bozzano (Biological Conservation 2020, DOI 10.1016/j.biocon.2020.108904) qui questionnent l'utilisation de la taille populationnelle efficace comme indicateur pour la conservation génétique chez les arbres.

Lars Opgenoorth, Benjamin Dauphin, Raquel Benavides, Katrin Heer,.....  Alexis Ducousso, .... Santiago C González-Martínez, ...Agathe Hurel, .... Celine Lalanne, ... Gregoire Le-Provost,... Christophe Plomion, ... Stephen Cavers (2021). The GenTree Platform: growth traits and tree-level environmental data in 12 European forest tree species, GigaScience, Volume 10, Issue 3.
Travail mené dans le cadre d'une collaboration Européenne (Projet H2020 GENTREE) avec un focus sur le pin maritime et le chêne sessile pour Biogeco.

Monnet AC, Cilleros K, Médail F, Cheikh Albassatneh M, Arroyo J, Bacchetta G, Bagnoli F, Barina Z, Cartereau M, Casajus N, Dimopoulos P, Domina G, Doxa A, Escudero M, Fady B, Hampe A, Matevski V, Misfud S, Nikolic T, Pavon D, Roig A, Santos Barea E, Spanu I, Strid A, Vendramin GG, Leriche A (2021) WOODIV, a database of occurrences, functional traits, and phylogenetic data for all Euro-Mediterranean trees. Scientific Data 8: 89.
Cet article présente la principale base de données générée durant le project CESAB WOODIV.

del Río, M., Löf, M., Bravo-Oviedo, A., & Jactel, H. (2021). Understanding the complexity of mixed forest functioning and management: Advances and perspectives. Forest Ecology and Management. Volume 489, 119138
Il s'agit de la publication introductive d'un numéro spécial de la revue Forest Ecology and Management sur le fonctionnement des forêts mélangées (26 articles), en aval du projet européen REFORM (http://www.reform-mixing.eu/)

Ma Y., Fort T., Marais A., Lefebvre M., Theil S., Vacher C., Candresse T. 2021. Leaf-associated fungal and viral communities of wild plant populations differ between cultivated and natural ecosystems. Plant-Environment Interactions, online (doi.org/10.1002/pei3.10043)
Dans cet article en collaboration avec l'UMR BFP, nous avons analysé conjointement le virome et le mycobiome de plantes sauvages dans des environnements fortement vs. faiblement anthropisés. Nos résultats suggèrent que l'anthropisation augmente la richesse virale mais réduit la richesse fongique. L'étude repose sur une combinaison d'approches, relevant de la métagénomique et de la culturomique, qui pourront être mises en œuvre à l'avenir pour mieux comprendre les interactions plante-champignon-virus.

UB
>ED: retrouvez le calendrier du concours de l'ED ici

>Rappel: Les Comités de Suivi de Thèse doivent impérativement avoir lieu chaque année, entre début mai et mi-septembre, précédant toute réinscription en 2ème, 3ème et 4ème année dérogatoire.

>Les Bibliothèques universitaires proposent de nouvelles sessions de leurs ateliers documentaires sur la recherche et la gestion de l'information scientifique ainsi que sur les thématiques de la science ouverte (accès ouvert aux publications, identités numériques et présence web, données de recherche...). Ces formats courts (45mn à 1h) en mode webinaire sont ouverts à toutes et tous. Vous trouverez le programme et les dates ici.

INRAE

> Vous trouverez sur ce lien, le document de travail lié à la présentation des Grands Objectifs Scientifiques (GOS) pour le Schéma Stratégique de Département ECODIV 2021 – 2025.

> Le département ECODIV prépare actuellement sa contribution aux trois consultations publiques européennes mentionnées ci-dessous. Nous vous invitons à y répondre également, individuellement et/ou à l’échelle de collectifs.
Pour connaître les questions de ces consultations sans avoir à vous connecter au site de la commission, vous pourrez consulter les PDF mis en ligne sur le sharepoint ECODIV. 
-Consultation publique sur une nouvelle stratégie de l’UE pour les forêts (date butoir : 19 avril)
-Consultation publique sur la nouvelle stratégie pour la protection des sols (date butoir : 27 avril)
-Consultation publique sur les initiatives stratégiques de l’UE en matière de biodiversité (date butoir : 25 avril)

> tout savoir sur le Direction des relations internationales ici

>HAL INRAE
Nous avons l'obligation de déposer sur l'archive ouverte HAL nos postprint non formatés des articles publiés dans journaux en non-open access, avec 6 mois d'embargo. Les postprint formatés des revues en open access sont eux automatiquement moissonnés dans HAL. Vous devez pour cela créer un identifiant  IdHAL. Des formations sont possibles tous les mois dans le cadre des Open Class…https://ist.inrae.fr/produit/hal-inrae-formation/


>FEUILLES DE TEMPS
Tous les agents INRAE doivent dorénavant déclarer leur temps sur # temps, https://temps-activites.inra.fr/fr/ , dans module activité.
 
Le principe est la saisie d’activités tous les mois, des mails de rappels sont envoyés en cas de non saisie.
Vous déclarerez votre implication sur une ou plusieurs activités du projet par, ½ journée, 1/3 de journée ou journée entière.
N’oubliez pas d’ajouter un descriptif du travail réalisé.
Ce descriptif est à indiquer soit en ajoutant une note pour le(s) jour(s) marqué(s) sur le projet, soit dans le commentaire global de la feuille de temps mensuelle.
Les journées en DPSE (Dispositif ponctuel pour situation exceptionnelle) ou Télétravail sont à compléter comme les autres jours.
 
Par défaut, si vous ne déclarez pas votre temps sur un projet, vous choisirez « Autre activité de recherche »
 
La saisie est possible sur  la période écoulée : le mois en cours + 2 mois précédents.
Passé ce délai, aucune modification ne sera possible.
 
Une fois la déclaration effectuée, vous devez l’envoyer pour validation.
Il y aura 2 validations via # temps :

1. Par le coordinateur scientifique du projet (valideur projet)
2. Puis par le Directeur d’unité (valideur Hiérarchique)

 
 
NB : vous n’avez pas besoin d’éditer et signer vos feuilles chaque mois. Les données enregistrées dans #temps serviront de justificatif.
 
Voici le lien pour retrouver le manuel du déclarant des activités : http://inra-manuels.ohris.info/fr/ACTIVITY_DECLARANT/#
Consultez en priorité les points 8.3 8.4 et 8.5.
 
ATTENTION : lorsque la fiche Activité est validée, aucune modification ne pourra être faite
POUR MEMO concernant LE CET : ne pas oublier que durant l’année 2021, vous devez poser impérativement 20 jours de congés 2021 (CA ou congés annuels) pour pouvoir alimenter votre CET en fin d’année
 
 
>VISIOCONFERENCE
 
Retrouvez le panorama complet des solutions INRAE, avec les accès, fonctionnalités, usages et limites pour chaque cas ici.
L'offre s'est considérablement élargie (dans les nouveautés il y a également BigBlueButton) et vous noterez les usages recommandés et limites de chaque solution (en particulier en terme de niveau de sécurité pour l’échange d’informations sensibles). Sur la nouvelle offre zoom établissement ("Pas sécurisé pour les échanges d’informations sensibles") à ne pas confondre avec "la version gratuite (grand public) de Zoom (qui) ne doit pas être utilisée pour un usage professionnel", une Foire Aux Questions, traitant notamment de la mise en œuvre, a été préparée par la DSI.

• Atelier sur les liens entre santé et biodiversité : le mardi 4 mai à 14 h  
• Atelier sur les interfaces et dynamiques de la biodiversité et des services écosystémiques : le lundi 17 mai à 14 h  

-Webinaire du 8 avril 2021  « DNA et al. in paleoenvironments»
-Webinaire du 10 juin 2021  « Microbial Horizontal Evolution» 
 

> ANR Colloque "Arbre, Bois, Forêt et Sociétés" dispo ici
 

EUROPE
Webminaire sur le programme ERC
Les nouveaux panels ERC
Les Classes ERC
Le programme de travail de 2021

FRB
La Fondation pour la recherche sur la biodiversité lancent un appel pour soutenir l’accueil de stagiaires M2 travaillant sur la biodiversité. Les équipes lauréates recevront un financement pour la gratification d’une ou d’un stagiaire pour un stage de 4 à 6 mois.  Date limite de soumission : le 16 avril 2021. Plus d’informations    

OFB
AMI pour la surveillance des espèces et habitats à enjeux de conservation. Candidatures ouvertes jusqu’au 23 mai 2021. Plus d’informations.