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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Biogeco - Biodiversité Gènes et Communautés

Salin Franck

Ingénieur

    De 2006 à fin 2018, j’ai assuré la direction technique, le management, le développement et la gestion d’ une plateforme en Génomique : la PGTB. Au fil des années, j’ai su développer cette structure afin de la faire passer de simple plateau technique à celui de plateforme de dimension européenne avec 8 personnels techniques, un budget important et des équipements de pointe. Cette plateforme est maintenant labélisée IBISA, CNOC, certifiée ISO 9001-2016 et NFX 50-900 et est devenue une ISC INRAE (fin 2018) et sera bientôt une IR.
     Début 2019, après 13 ans de direction, j’ai souhaité évoluer et donner un nouvel élan à ma carrière en me rapprochant de la recherche scientifique. Après avoir produit des Téra-bases de données, je consacre maintenant une partie de mon temps à les gérer, les analyser et les valoriser. Pour cela, j’ai intégré une équipe de recherche INRAE/INRIA à 50 % ETP : l’équipe Pléiade. D’autre part, 50% de mon temps est consacré au PCM Informatique de l’Unité.

Equipe Pléiade

     Cette équipe mixte INRAE/INRIA est une équipe-projet interdisciplinaire au service de la biodiversité. Pléiade a comme enjeu de contribuer au développement des outils et méthodes numériques en métabarcoding, avec un investissement dans le calcul intensif, pour une meilleure caractérisation des patterns de diversité.

Contact
      Franck SALIN
      Ingénieur - Equipe Pléiade/PCM informatique
     UMR 1202 BIOGECO
     69 route d'Arcachon 33610 Cestas
     Tel :+33(0)5.35.38.53.38
     Courriel : franck.salin_at_inrae.fr

Formation

1997 Doctorat de Biologie et Physiologie Cellulaires - Université Bordeaux 1
« Les hydrocarbures terpéniques volatils : Aspects biochimique et moléculaire chez le Pin maritime (Pinus pinaster Ait. ) et le Calamondin (Citrofortunella mitis) »

1992 DEA biologie SANTE : Organisation membranaire et transductions cellulaires- Université de Bordeaux 2
1989 Maîtrise de biologie Cellulaire - mention Génétique- Clermont Ferrand II

Publications choisies depuis 2013

  • Lepais, Olivier, Emilie Chancerel, Christophe Boury, Franck Salin, Aurélie Manicki, Laura Taillebois, Cyril Dutech, et al. «  Fast Sequence-Based Microsatellite Genotyping Development Workflow ». PeerJ 8 (4 mai 2020): e9085. https://doi.org/10.7717/peerj.9085
  • Ruiz, E.; Talenton, V.; Dubrana, M.-P.; Guesdon, G.; Lluch-Senar, M.; Salin, F.; Sirand-Pugnet, P.; Arfi, Y.; Lartigue, C. CReasPy-Cloning: A Method for Simultaneous Cloning and Engineering of Megabase-Sized Genomes in Yeast Using the CRISPR-Cas9 System. ACS Synthetic Biology 2019. https://doi.org/10.1021/acssynbio.9b00224.
  • Awounou, D.; Barlier, C.; Fagan, J.; Salin, F.; Boury, C.; Thiam, S.; Mounier, C.; Tavernier, E.; Hamzeh-Cognasse, H.; Cognasse, F.; et al. Étude transcriptomique dans les réactions post-transfusionnelles plaquettaires. Transfusion Clinique et Biologique 2019, 26 (3), S87. https://doi.org/10.1016/j.tracli.2019.06.176.
  • Zarrillo, S.; Gaikwad, N.; Lanaud, C.; Powis, T.; Viot, C.; Lesur, I.; Fouet, O.; Argout, X.; Guichoux, E.; Salin, F.; et al. The Use and Domestication of Theobroma Cacao during the Mid-Holocene in the Upper Amazon. Nature Ecology & Evolution 2018, 2 (12), 1879–1888. https://doi.org/10.1038/s41559-018-0697-x.
  • Staedel, C.; Tran, T. P. A.; Giraud, J.; Darfeuille, F.; Di Giorgio, A.; Tourasse, N. J.; Salin, F.; Uriac, P.; Duca, M. Modulation of Oncogenic MiRNA Biogenesis Using Functionalized Polyamines. Scientific Reports 2018, 8, 1667. https://doi.org/10.1038/s41598-018-20053-5.
  • Rosa, A. L.; Miot-Sertier, C.; Laizet, Y.; Salin, F.; Sipiczki, M.; Bely, M.; Masneuf-Pomarede, I.; Albertin, W. Draft Genome Sequence of the Starmerella Bacillaris (Syn., Candida Zemplinina ) Type Strain CBS 9494. Microbiology Resource Announcements 2018, 7 (3). https://doi.org/10.1128/MRA.00872-18.
  • Plomion, C.; Aury, J.-M.; Amselem, J.; Leroy, T.; Murat, F.; Duplessis, S.; Faye, S.; Francillonne, N.; Labadie, K.; Le Provost, G.; ...Salin, F et al. Oak Genome Reveals Facets of Long Lifespan. Nature Plants 2018. https://doi.org/10.1038/s41477-018-0172-3.
  • Dumas, P.-Y.; Mansier, O.; Prouzet-Mauleon, V.; Koya, J.; Villacreces, A.; Brunet de la Grange, P.; Luque Paz, D.; Bidet, A.; Pasquet, J.-M.; Praloran, V.; et al. MiR-10a and HOXB4 Are Overexpressed in Atypical Myeloproliferative Neoplasms. BMC Cancer 2018, 18 (1). https://doi.org/10.1186/s12885-018-4993-2.
  • Blanchard, P.; Chaumeil, P.; Frigerio, J.-M.; Rimet, F.; Salin, F.; Thérond, S.; Coulaud, O.; Franc, A. A Geometric View of Biodiversity: Scaling to Metagenomics. arXiv:1803.02272 [q-bio, stat] 2018.
  • Avramova, M.; Cibrario, A.; Peltier, E.; Coton, M.; Coton, E.; Schacherer, J.; Spano, G.; Capozzi, V.; Blaiotta, G.; Salin, F.; et al. Brettanomyces Bruxellensis Population Survey Reveals a Diploid-Triploid Complex Structured According to Substrate of Isolation and Geographical Distribution. Scientific Reports 2018, 8 (1). https://doi.org/10.1038/s41598-018-22580-7.
  • Khoury, M. E.; Campbell-Sills, H.; Salin, F.; Guichoux, E.; Claisse, O.; Lucas, P. M. Biogeography of Oenococcus Oeni Reveals Distinctive but Nonspecific Populations in Wine-Producing Regions. Appl. Environ. Microbiol. 2017, 83 (3), e02322-16. https://doi.org/10.1128/AEM.02322-16.
  • Masneuf-Pomarede, I.; Salin, F.; Börlin, M.; Coton, E.; Coton, M.; Jeune, C. L.; Legras, J.-L. Microsatellite Analysis of Saccharomyces Uvarum Diversity. FEMS Yeast Research 2016, 16 (2), fow002. https://doi.org/10.1093/femsyr/fow002.
  • Frigerio, J.-M.; Rimet, F.; Bouchez, A.; Chancerel, E.; Chaumeil, P.; Salin, F.; Thérond, S.; Kahlert, M.; Franc, A. Diagno-Syst: A Tool for Accurate Inventories in Metabarcoding. arXiv preprint arXiv:1611.09410 2016.
  • Börlin, M.; Venet, P.; Claisse, O.; Salin, F.; Legras, J.-L.; Masneuf-Pomarede, I. Cellar-Associated Saccharomyces Cerevisiae Population Structure Revealed High-Level Diversity and Perennial Persistence at Sauternes Wine Estates. Appl. Environ. Microbiol. 2016, 82 (10), 2909–2918. https://doi.org/10.1128/AEM.03627-15.
  • Albertin, W.; Setati, M. E.; Miot-Sertier, C.; Mostert, T. T.; Colonna-Ceccaldi, B.; Coulon, J.; Girard, P.; Moine, V.; Pillet, M.; Salin, F.; et al. Hanseniaspora Uvarum from Winemaking Environments Show Spatial and Temporal Genetic Clustering. Frontiers in Microbiology 2016, 6. https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.01569.
  • Plomion, C.; Aury, J.-M.; Amselem, J.; Alaeitabar, T.; Barbe, V.; Belser, C.; Bergès, H.; Bodénès, C.; Boudet, N.; Boury, C.;...Salin, F; et al. Decoding the Oak Genome: Public Release of Sequence Data, Assembly, Annotation and Publication Strategies. Molecular Ecology Resources 2015, n/a-n/a. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12425.
  • Masneuf-Pomarede, I.; Juquin, E.; Miot-Sertier, C.; Renault, P.; Laizet, Y.; Salin, F.; Alexandre, H.; Capozzi, V.; Cocolin, L.; Colonna-Ceccaldi, B.; et al. The Yeast Starmerella Bacillaris (Synonym Candida Zemplinina ) Shows High Genetic Diversity in Winemaking Environments. FEMS Yeast Research 2015, 15 (5), fov045. https://doi.org/10.1093/femsyr/fov045.
  • Mandrou, E.; Denis, M.; Plomion, C.; Salin, F.; Mortier, F.; Gion, J.-M. Nucleotide Diversity in Lignification Genes and QTNs for Lignin Quality in a Multi-Parental Population of Eucalyptus Urophylla. Tree Genetics & Genomes 2014, 10 (5), 1281–1290. https://doi.org/10.1007/s11295-014-0760-y.
  • Albertin, W.; Panfili, A.; Miot-Sertier, C.; Goulielmakis, A.; Delcamp, A.; Salin, F.; Lonvaud-Funel, A.; Curtin, C.; Masneuf-Pomarede, I. Development of Microsatellite Markers for the Rapid and Reliable Genotyping of Brettanomyces Bruxellensis at Strain Level. Food Microbiology 2014, 42, 188–195. https://doi.org/10.1016/j.fm.2014.03.012.
  • Albertin, W.; Chasseriaud, L.; Comte, G.; Panfili, A.; Delcamp, A.; Salin, F.; Marullo, P.; Bely, M. Winemaking and Bioprocesses Strongly Shaped the Genetic Diversity of the Ubiquitous Yeast Torulaspora Delbrueckii. PLoS ONE 2014, 9 (4), e94246. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0094246.
  • Terenina, E.; Babigumira, B. M.; Le Mignon, G.; Bazovkina, D.; Rousseau, S.; Salin, F.; Bendixen, C.; Mormede, P. Association Study of Molecular Polymorphisms in Candidate Genes Related to Stress Responses with Production and Meat Quality Traits in Pigs. Domestic Animal Endocrinology 2013, 44 (2), 81–97. https://doi.org/10.1016/j.domaniend.2012.09.004.
  • Chancerel, E.; Lamy, J.-B.; Lesur, I.; Noirot, C.; Klopp, C.; Ehrenmann, F.; Boury, C.; Le Provost, G.; Label, P.; Lalanne, C.;...Salin, F et al. High-Density Linkage Mapping in a Pine Tree Reveals a Genomic Region Associated with Inbreeding Depression and Provides Clues to the Extent and Distribution of Meiotic Recombination. Bmc Biology 2013, 11 (1), 50.