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Equipe E4E

Christophe PLOMION

INRAE, UMR 1202 "Biodiversité Gènes & Communautés"
69 route d'Arcachon
33610 CESTAS – France

email: plomion.christophe_at_inrae.fr

Emplois / Formation / Diplômes / Prix

2022 : Prix de l'Etat décerné par l'Académie des Sciences

2019-...: Directeur de l'UMR BIOGECO (INRAE, Univ. Bordeaux)

2008-2018: Chef de Département Adjoint Ecologie des Forêts, des Prairies et des Milieux Aquatiques (INRA) - Interim de la direction en 2017

2009-2021: Nommé DR1-DREx au sein de l’UMR 1202 BIOGECO, INRAE, Centre de Bordeaux Nouvelle Aquitaine

2000: HDR Université de Paris-XI-Orsay - « Contribution au développement de la génomique chez le pin maritime »

1995: Thèse de Doctorat « Biologie et Agronomie » de L’ENSA de Rennes : « Cartographie et déterminisme génétique de la hauteur juvénile chez le pin maritime (Pinus pinaster Ait. en condition de croissance accélérée».Thèse réalisée pour moitié aux Etats-Unis (Forest Biotech Group, NCSU, Raleigh, NC)

1992-1995: Agent Scientifique Contractuel, INRA Bordeaux

1992: DAA «Génétique et Amélioration des Plantes», ENSA Rennes

Thèmes de recherche

Depuis 1992 mon programme de recherches porte l'étude du déterminisme génétique et environnemental de caractères d’intérêt économique (qualité du bois, production de biomasse) et écologique (adaptation à l'environnement) chez les arbres forestiers. Mes recherches portent essentiellement sur trois modèles biologiques : le pin maritime, les chênes sessiles et pédonculés, les hydrides entre eucalyptus grandis et urophylla. L’ampleur de la tâche et la complexité des caractères étudiés me conduisent à favoriser une approche multi-échelle et pluri-disciplinaire en m'appuyant sur des collaborations étroites entre généticiens, bioinformaticiens, biologistes moléculaires, écophysiologistes et technologues du bois, et plus récemment pathologistes et entomologistes. Au moment où la recherche en biologie prend le virage de la biologie intégrative, cette approche présente des atouts évident notamment pour aborder une question centrale de la biologie: la relation phénotype-génotype-environnement. Les résultats obtenus permettent d’approfondir nos connaissances sur les déterminismes de ces caractères complexes et les forces évolutives qui ont façonné leur variabilité, ainsi que d’entrevoir les mécanismes physiologiques et moléculaires qui aboutissent à un phénotype donné. J'étudie plus précisément la contribution de la régulation de l'expression des gènes et du polymorphisme structural à la variabilité phénotypique par des approches de génétique directe (détection de QTL et études d'association) et de génomique fonctionnelle (au niveau transcriptomique et protéomique). J'ai pour cela développé des ressources génétiques et génomiques allant de l'installation de dispositifs au champ, au séquençage de génome. En terme d'impact à plus long terme, ces recherches devraient d'une part pouvoir proposer aux améliorateurs des critères de sélection (phénotypique et/ou moléculaires dans le cadre de la sélection génomique) pour créer des variétés répondants aux attentes de la profession et adaptées aux futures conditions environnementales, et d’autre part fournir aux gestionnaires forestiers de nouvelles méthodes pour évaluer la diversité adaptative des peuplements et leur potentiel d’évolution face aux changements climatiques en cours. Depuis plus récemment, mes recherches s'orientent vers la compréhension des processus adaptatifs et démographiques pour prédire le devenir des populations d'arbres dans le contexte du changement climatique. Ces connaissances permettront d'améliorer les stratégies de conservation et de gestion des populations naturelles (modèle chênes) et domestiquées (modèle pin maritime). Dans ce cadre, j'étudie les deux grands processus évolutifs à l'origine de la diversité biologique : l'adaptation locale et la spéciation par des approches allochroniques (étude de l’ADN ancien) et synchroniques (gradients environnementaux). Cet intérêt sur l’origine et le destin de nouvelles mutations va jusqu’à l’étude de l’hétérogénéité intra-individuelle avec l’analyse des mutations somatiques, de leurs effets phénotypiques que je vais aborder chez le chêne et le hêtre.

Projets de recherche en cours (intégralité en pdf)

• (2017-2021) ANR "France Génomique", BEECHGENOME. Genome sequence variation in European beech: analysing adaptation and adaptability in an ecologically and economically major European forest tree species challenged by climate change”, coordonné par I Scotti.
• (2018-2022) ANR EpiTree: Evolutionary and functional impact of EPIgenetic variation in forest TREEs, coordonné par S Maury.
• (2018-2022) : Les faux de Verzy (Fagus sylvatica L. var. tortuosa Pépin) : Elucider les bases moléculaires du phénotype tortillard et comprendre son histoire évolutive. Mécénat de LVMH, Coordinateur.

Suivez nos avancés sur le séquençage du génome du chêne ici

Communiqués de presse INRAE

• La génomique du chêne fait ses preuves (2020)
• Le génome du chêne lève un voile sur la longévité des arbres (2018)
• Séquençage ADN haut débit des bois anciens : une nouvelle méthode pour explorer l’évolution des forêts (2018)
• Imaginer les forêts de demain (2016)
• Le carrefour international des recherches en génétique et génomique forestières (2016)
• Les marqueurs génétiques au service de l’amélioration du pin maritime (2016)
• La variabilité des séquences de l'ADN permet de prédire la vulnérabilité du Pin maritime face au changement climatique (2015)
• Parution de l'ouvrage Land Plant-Trees (2015)
• Le génome du chêne séquencé (2015)
• Un nouveau modèle évolutif du génome des conifères (2015)

Contribution à des dossiers de presse INRAE

• Kremer A, Plomion C (2021) "Réaction en chêne". La biodiversité au coeur des recherches d'INRAE : des diagnostics aux solutions p12
• Plomion C, Bastien C (2016) « Imaginer les Forêts de demain ». Des ressources génétiques pour les forêts. p24-25
• Plomion C (2019) « Biodiversité : Les chercheurs de l’Inra engagés ». Les arbres font de la résistance. p35

Tribunes

La forêt landaise n’est pas l’horreur écologique que décrivent certains. Le Monde 14 septembre 2022

Méthode Miyawaki : pourquoi les « microforêts » ne sont pas vraiment des forêts. The Conversation 24 février 2021

Publications depuis 2010 (intégralité sous google scholar ou HAL)

2023

• Le Provost G, Lalanne C, Lesur I, Louvet JM, Delzon S, Kremer A, Labadie K, Aury JM, Da Silva C, Moritz T, Plomion C. Oak stands along an elevation gradient have different  molecular strategies for regulating bud phenology. BMC Plant Biology 23: 108  https://doi.org/10.1186/s12870-023-04069-2
• Wagner, Stefanie; Seguin-Orlando, Andaine; Leplé, Jean-Charles; Leroy, Thibault; Lalanne, Céline; Labadie, Karine; Aury, Jean-Marc; Poirier, Sandy; Wincker, Patrick; Plomion, Christophe; Kremer, Antoine; Orlando, Ludovic. Tracking population structure and phenology through time using ancient genomes from waterlogged white oak wood. Mol Ecol http://doi.org/10.1111/mec.16859
• Song Y, Bouteiller XP, Larter M, Plomion C, Sin F，Delzon S. A safe breeding ground: genetically improved maritime pine for growth and stem form has more efficient but not more vulnerable xylem. Tree Physiol 10.1093/treephys/tpac125
• Scotti I, Lalagüe H, Oddou-Muratorio S, Scotti-Saintagne C, Ruiz Daniels R, Grivet D, Lefèvre F, Curby Ph, Fady B, González-Martínez SC, Roig A, Lesur I, Bagnoli F,  Guerin V, Plomion C, Rozenberg Ph, Vendramin G. Common microgeographical selection patterns revealed in four European conifers. Mol Ecol 32 10.1111/mec.16750

2022

• Le Provost G, Brachi B, Lesur I, Lalanne C, Labadie K, Aury JM, Da Silva C, Postolache D, Leroy T, Plomion C. Gene expression and genetic divergence in two sympatric oak species highlights adaptive genes to soil water constraints. Plant Phys. 190: 2466-2483
• Le Provost G, Gerardin T, Plomion C, Brendel O. Molecular plasticity to soil water deficit differs between sessile oak (Quercus Petraea (Matt.) Liebl.) high- and low-water use efficiency genotypes. Tree Physiol. 42: 2546-2562
• Archambeau J, Benito Garzón M, Barraquand F, De Miguel Vega M, Plomion C, González-Martínez SC. Combining climatic and genomic data improves range-wide tree height growth prediction in a forest tree. Am Nat 200:E141-E159
• Liang YY, Yuan S, Shi Y, Zhou BF, Chen XC, QQ, Ingvarsson PK, Plomion C, Wang B. Linked selection shapes the landscape of genomic variation in three oak species. New Phytol 233: 555-568
• de Miguel M, Rodríguez-Quilón I, Heuertz M, Hurel A, Grivet D, Jaramillo-Correa JP, Vendramin GG, Plomion C, Majada J, Alía R, Eckert AJ, González-Martínez SC. Polygenic adaptation and negative selection across traits, years and environments in a long-lived plant species (Pinus pinaster Ait., Pinaceae). Mol Ecol 31 (7), 2089-2105
• Saleh D, Chen J, Leplé JC, Leroy T, Truffaut L, Dencausse B, Lalanne C, Labadie K, Lesur I, Bert D, Lagane F, Morneau F, Aury JM, Plomion C, Lascoux M, Kremer A. Genome-wide evolutionary response of oaks since the Little Ice Age. Ecology Letters 6 (1), 4-20
• Bagdevi Mishra, Bartosz Ulaszewski, Joanna Meger, Jean-Marc Aury, Catherine Bodénès, Isabelle Lesur-Kupin, Markus Pfenninger, Corinne Da Silva, Deepak K Gupta, Erwan ,Guichoux, Katrin Heer, Céline Lalanne, Karine Labadie, Lars Opgenoorth, Sebastian Ploch, Grégoire Le Provost, Jérôme Salse, Ivan Scotti, Stefan Wötzel, Christophe Plomion, Jaroslaw Burczyk, Marco Thines. A chromosome-level genome assembly of the European Beech (Fagus sylvatica) reveals anomalies for organelle DNA integration, repeat content and distribution of SNPs. Front Genet doi: 10.3389/fgene.2021.691058
• Sterck L, de María N, Cañas RA, de Miguel M, Perdiguero P, Raffin A, Budde KB, López-Hinojosa M, Cantón FR, Rodrigues AS, Morcillo M, Hurel A, Vélez MD, de la Torre FN, Modesto I, Manjarrez LF, Pascual MB, Alves A, Isabel MP, Callejas M, Pizarro A, El-Azaz J, Hernández-Escribano L, Guevara MA, Majada J, Salse J, Grivet D, Bouffier L, Raposo R, de la Torre A, Zas R, Cabezas JA, Ávila C, Trontin JF, Sánchez L, Alía R, Arrillaga I, González-Martínez SC, Miguel C, Cánovas FI, Plomion C, Díaz-Sala C, Cervera MT. In : The pine Genome. Chapter 5 : Maritime pine genomics in focus. 67-123. Springer

2021

• Gailing O,Hipp AL, Plomion C, Carlson JE (2021) Oak Population Genomics. In: Population Genomics. Springer, Cham. doi.org/10.1007/13836_2021_100
• Hurel A, de Miguel M, Dutech C, Desprez-Loustau ML, Plomion C, Rodríguez-Quilón I, Cyrille A, Guzman T, Alía R, González-Martínez SC, Budde KB. Genetic basis of growth, phenology and susceptibility to biotic stressors in maritime pine. Evolutionary Applications 14: 2750-2772
• Lang T, Abadie P, Léger V, Decourcelle T, Frigerio JM, Burban C, Bodénès C, Guichoux E, Le Provost G, Robin C, Tani N, Léger P, Lepoittevin C, El Mujtar V, Hubert F, Tibbits J, Paiva J, Franc A, Raspail F, Mariette S, Reviron R, Plomion C, Kremer A, Desprez-Loustau ML, Garnier-Géré P. High-quality SNPs from genic regions highlight introgression patterns among European white oaks (Quercus petraea and Q. robur). PCI Forest and Wood Sciences. DOI : 10.1101/388447
• Damestoy T, Moreira X, Jactel H, Valdes-Correcher E, Plomion C, Castagneyrol B. Growth and mortality of the oak processionary moth, Thaumetopoea processionea L., on two oak species: direct and trait-mediated effects of host and neighbour species identity. Entomologia Generalis 41: 13-25
• Opgenoorth L, ………….Plomion C …………... . The GenTree-Platform: linking phenotypes, tree-level environmental data, and genotypes in twelve major European forest tree species. Gigascience 10(3):giab010.
• Benavides R, …… Plomion C, ….. The GenTree leaf collection: inter- and intraspecific leaf variation in seven forest tree species in Europe. Global Ecology and Biogeography 30: 590-597
• Bert D, Le Provost G, Delzon S, Plomion C, Gion JM. Needle anatomic plasticity is related to better water-use efficiency and resistance to embolism in fast-growing Pinus pinaster families in conditions of water scarcity. Trees 35: 287–306

2020

• Kremer A, Plomion C, Leroy T, Alexandre H, Truffaut L, Delzon S, Ducousso A, Torres-Ruiz JM, Wagner S. Evolution passée et contemporaine des chênes. Rev For Fr 72 : 297-318
• Martínez-Sancho E ….. Plomion C, …... The GenTree Dendroecological Collection, tree-ring and wood density data from seven tree species across Europe. Scientific Data 7:1
• Damestoy T, Jactel H, Belouard T, Schmuck H, Plomion C, Castagneyrol, B. Tree species identity and forest composition affect the number of oak processionary moth captured in pheromone traps and the intensity of larval defoliation. Agricultural and Forest Entomology 22: 169-177
• Bartholomé J, A. Mabiala A, Burlett R, Bert D, Plomion C, Gion JM. The pulse of the tree is under genetic control: eucalyptus as a case study. Plant J 103: 338-356
• Wagner S, Plomion C, Orlando L. Uncovering signatures of DNA methylation in ancient plant remains from patterns of post-mortem DNA damage. Frontiers in Ecology and Evolution 8:11
• Plomion C, Martin F. Oak genomics is proving its worth. New Phytol 226: 943-946
• Plomion C. Profile. New Phytol 226: 084-986
• Bartholomé J, Brachi B, Marçais B, Mougou-Hamdane A, Bodénès C, Plomion C, Robin C, Desprez-Loustau ML. The genetics of exapted resistance to two exotic pathogens in pedunculate oak. New Phytol 226: 1088-1103
• Hipp AL, Manos PS, Hahn M, Avishai M, Bodénès C, Cavender-Bares J, Crowl A, Deng M, Denk T, Fitz-Gibbon S, Gailing O, González-Elizondo MS, González-Rodríguez A, Grimm GW, Jiang XL, Kremer A, Lesur I, McVay JD, Plomion C, Rodríguez-Correa H, Schulze ED, Simeone MC, Sork VL, Valencia-Avalos S. Genomic landscape of the global oak phylogeny. New Phytol 226: 1198-1212
• Leroy T, Louvet JM, Lalanne C, Le Provost G, Labadie K, Aury JM, Delzon S, Plomion C, Kremer A. Adaptive introgression as a driver of local adaptation to climate in European white oaks. New Phytol 226: 1171-1182
• Leroy T, Rougemont Q, Dupouey JL, Bodénès C, Lalanne C, Belser C, Labadie K, Le Provost G, Aury JM, Kremer A, Plomion C. Massive postglacial gene flow between European white oaks uncovered genes underlying species barriers. New Phytol 226: 1183-1197
• Leroy T, Plomion C, Kremer A. Oak tree symbolism in the light of genomics. New Phytol 226: 1012-1017

2019

• Damestoy T, Brachi B, Moreira X, Jactel H, Plomion C, Castagneyrol B. Oak genotype and phenolic compounds differently affect the performance of two insect herbivores with contrasting diet breadth. Tree Physiol. 39: 615–62
• Pont C, Wagner S, Kremer A, Orlando L, Plomion C, Salse J. Paleogenomics: reconstructions of plant evolutionary trajectories using modern and ancient DNA. Genome Biology 20: 29

2018

• Tuskan GA, Groover A, Schmutz J, DiFazio S, Myburg A, Grattapaglia D, Smart L, Yin T, Aury J-M, Kremer A, Leroy T, Le Provost G, Plomion C, Carlson J, Randall J, Westbrook J, Grimwood J, Muchero W, Jacobson D, Mitchener J. Hardwood tree genomics: Unlocking woody plant biology. Front Plant Sci 9: 1799.
• Lesur I, Alexandre H, Boury C, Chancerel E, Plomion C, Kremer A. Development of target sequence capture and estimation of genomic relatedness in a mixed oak stand. Front Plant Sci 9: 996
• Plomion C, Aury JM, Amselem J, Leroy T, Murat F, Duplessis S, Faye S, Francillonne N, Labadie K, Le Provost G, Lesur I, Bartholomé B, Faivre-Rampant P, Kohler A, Leplé JC, Chantret N, Chen J, Diévart A, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Bergès H, Bodénès C, Bogeat-Triboulot MB, Bouffaud ML, Brachi B, Chancerel E, Cohen D, Couloux A, Da Silva C, Dossat C, Ehrenmann F, Gaspin C, Grima-Pettenati J, Guichoux E, Hecker A, Herrmann S, Hugueney P, Hummel I, Klopp C, Lalanne C, Lascoux M, Lasserre E, Lemainque A, Desprez-Loustau ML, Luyten I, Madoui MA, Mangenot S, Marchal C, Maumus F, Mercier J, Michotey C, Panaud O, Picault N, Rouhier N, Rué O, Rustenholz C, Salin F, Soler M, Tarkka M, Velt A, Zanne A, Martin F, Wincker P, Quesneville H, Kremer A, Salse J. Oak genome reveals facets of long lifespan. Nature Plants 4: 440-452
• Cannon CH, Brendel O, Hipp AL, Kremer A, Kua C-H, Min D, Plomion C, Romero-Severson J, Sork VL. Building a global genomic perspective on Fagaceae diversity. New Phytol 218: 894-897
• Wagner S, Lagane F, Seguin-Orlando A, Schubert M, Leroy T, Guichoux R, Chancerel E, Bech-Hebelstrup I, Bernard V, Billard C, Billaud Y, Bolliger M, Croutsch C, Čufar K, Eynaud F, Heussner KU, Köninger J, Langenegger F, Leroy F, Lima C, Martinelli N, Momber G, Billamboz A,  Nelle O, Palomo A, Piqué R, Ramstein M, Schweichel R, Stäuble H, Tegel W, Terradas X, Verdin F, Plomion C, Kremer A, Orlando L. High-Throughput DNA sequencing of ancient wood. Mol Ecol 27: 1138-1154
• Dia Sow M, Allona I, Ambroise C, Conde D, Fichot R, Gribkova S, Jorge V, Le-Provost G, Pâques L, Plomion C, Salse J, Sanchez-Rodriguez L, Segura V, Töst J, Maury S (2018) In: Advances in Botanical Research. Epigenetics coming of age for breeding applications. Epigenetics in forest trees: state of the art and potential implications for breeding and management in a context of climate change. 88: 387-453

2017

• Song J, Brendel O, Bodénès C, Plomion C, Kremer A, Colin F (2017) X-ray computed tomography to decipher the genetic architecture of tree branching traits: oak as a case study. Tree Genet Genomes 13: 5
• Holliday J, Aitken S, Cooke J, Fady B, González-Martínez S, Heuertz M, Jaramillo-Correa J, Lexer C, Staton M, Whetten R, Plomion C (2017)Advances in ecological genomics in forest trees and applications to genetic resources conservation and breeding. Mol Ecol 26: 706-71
• Leroy T, Roux C, Villate L, Bodénès C, Romiguier J, Paiva J, Azema Dossat C, Aury JM, Plomion C, Kremer A (2017) Extensive recent secondary contacts between four European white oak species. New Phytol 214: 865-878
• Vidal M, Plomion C, Raffin A, Harvengt L, Bouffier L (2017) Forward selection in a maritime pine polycross progeny trial using pedigree reconstruction. Ann For Sci 74: 21

2016

• Le Provost G, Lesur I, Lalanne C , Da Silva C, Labadie K, Aury JM, Leplé JC, Plomion C (2016) Implication of the suberin pathway in adaptation to waterlogging and hypertrophied lenticels formation in pedunculate oak (Quercus robur L.). Tree Physiol 36: 1330-1342
• Bartholomé J, van Heerwaarden J, Bink MCAM, Chancerel E, Boury C, Lesur I, Isik F, Bouffier L, Plomion C (2016) Linkage and association mapping for two major traits of the maritime pine breeding program: tree height and stem straightness. PlosOne 11: e0165323 (PDF)
• Plomion C, Bartholomé J, Bouffier L, Brendel O, Cochard H, de Miguel M, Delzon S, Gion JM, González-Martínez SC, Guehl JM, Lagraulet H, Le Provost G, Marguerit E, Porté A (2016) The genetic basis of adaptation to water deficit in trees through the examination of water use efficiency and cavitation resistance: maritime pine as a case study. JPH 3: e-008 (PDF)
• Bartholomé J, Van Heerwaarden J, Isik F, Boury C, Vidal M, Plomion C, Bouffier L (2016) Performance of genomic prediction within and across generations in maritime pine. BMC Genomics 17:604
• Bodénès C, Chancerel E, Ehremann F, Kremer A, Plomion C (2016) High-density linkage mapping and distribution of segregation distortion regions in the oak genome. DNA Res 23:115-24
• Hego E, Vilain S, Barré A, Claverol S, Dupuy JW, Lalanne C, Bonneu M, Plomion C, Mench M (2016) Copper stress-induced changes in leaf soluble proteome of Cu-sensitive and tolerant Agrostis capillaris L. populations. Proteomics16, 1386-1397
• Isik F, Bartholomé J, Farjat A, Chancerel E, Raffin A, Sanchez L, Plomion C, Bouffier L (2016) Genomic selection in maritime pine. Plant Science 242, 108-119
• Lesur I, Köller A, Martin F, Kremer A, Plomion C, Le Provost G (2016) Transcriptomic resources for Hazelnut tree (Corylus avellana L.) in Genomic Resources Notes. Dryad Digital Repository. Mol Ecol Res 16: 377
• Plomion C, Bartholomé J, Lesur I, Boury C, Rodríguez-Quilón I, Lagraulet H, Ehrenmann F, Bouffier L, Gion JM, Grivet D, de Miguel M, de María N, Cervera M, Bagnoli F, Isik F, Vendramin GG, Gonzalez-Martinez SC (2016) High-density SNP assay development for genetic analysis in maritime pine (Pinus pinaster). Mol Ecol Res 16: 574-587
• Plomion C, Aury JM, Amselem J, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Bergès H, Bodénès C, Boudet N, Boury C, Canaguier A, Couloux A, Da Silva C, Duplessis S, Ehrenmann F, Estrada-Mairey B, Fouteau S, Francillonne N, Gaspin C, Guichard C, Klopp C, Labadie K, Lalanne C, Le Clainche I, Leplé JC, Le Provost G, Leroy T, Lesur I, Martin F, Mercier J, Michotey C, Murat F, Salin F, Steinbach D, Faivre-Rampant P, Wincker P, Salse S, Quesneville H, Kremer A (2016) Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies. Mol Ecol Res 16: 254-265
• Plomion C, Bastien C, Bogeat-Triboulot MB, Bouffier L, Déjardin A, Duplessis S, Fady B, Heuertz M, Le Gac AL, Le Provost G, Legué V, Lelu-Walter MA, Leplé JC, Maury S, Morel A, Oddou-Muratorio S, Pilate G, Sanchez L, Scotti I, Scotti-Saintagne C, V, Trontin JF, Vacher C (2016) Forest tree genomics: 10 achievements from the past 10 years and future prospects. Ann For Sci 73: 77-103
• Jacquot JP, Couturier J, Didierjean C, Gelhaye E, Morel-Rouhier M, Hecker A, Plomion C, Gütle D, Rouhier N (2016) Structural and functional characterization of tree proteins involved in redox regulation: a new frontier in forest science. Ann For Sci 73: 119–134
• Cabezas JA, González-Martínez SC, Collada C, Guevara MA, Boury C, de-María N, Eveno E, Aranda I, Garnier-Géré P, Brach J, Alía R, Plomion C, Cervera MT (2016). Nucleotide polymorphisms in a pine ortholog of the Arabidopsis degrading enzyme cellulase KORRIGAN are associated with early growth performance in Pinuspinaster. Tree Physiol 1000-1006

2015

• Vidal M, Plomion C, Harvengt L, Raffin A, Boury C, Bouffier L (2015) Paternity recovery in two Maritime pine polycross mating designs and consequences for breeding. Tree Genet Genomes 11: 105
• de Miguel M, Bartholomé J, Ehrenmann F, Murat F, Moriguchi Y, Uchiyama K, Ueno S, Tsumura Y, Lagraulet H, de Maria N, Cabezas AJ, Cervera MT, Gion JM, Salse J, Plomion C (2015) Evidence of intense chromosomal shuffling during conifer evolution. GBE 7: 2799-2809
• Mauriat M, Leplé JC, Claverol S, Bartholome J, Negroni L, Richet N, Lalanne C, Bonneu M, Coutand C, Plomion C (2015) Quantitative proteomic and phosphoproteomic approaches to decipher the signaling pathway of reaction wood formation in poplar. J Prot Res 14: 3188-3203
• Lepoittevin C, Bodénès C, Chancerel E, Villate L, Lang T, Lesur I, Boury C, Ehrenmann F, Zelenica D, Boland A, Besse C, Garnier-Géré P, Plomion C, Kremer A (2015) Single-nucleotide polymorphism discovery and validation in high density SNP array for genetic analysis in European white oaks. Mol Ecol Res 15:1446-59
• Lesur I, Le Provost G, Bento P, Da Silva C, Leplé JC, Murat F, Ueno S, Bartholomé J, Lalanne C, Ehrenmann F, Noirot C, Burban C, Loustau ML, Léger V, Amselem J, Belser C, Quesneville H, Stierschneider M, Fluch S, Feldhahn L, Tarkka M, Herrmann S, Buscot F, Klopp C, Kremer A, Salse J, Aury JM, Plomion C (2015) The oak gene expression atlas:  insights into Fagaceae genome evolution and the discovery of genes regulated during bud dormancy release. BMC Genomics 16:112
• Lesur I, Bechade A, Lalanne C, Klopp C, Noirot C, Leplé JC, Kremer A, Plomion C, Le Provost G (2015) A unigene set for European beech (Fagus sylvatica L.) and its use to decipher the molecular mechanisms involved in dormancy regulation. Mol Ecol Res 15:1192-1204
• Jaramillo-Correa JP, Rodriguez-Quilon I, Grivet D, Lepoittevin C, Sebastiani F, Heuertz M, Garnier-Géré P, Alía R, Plomion C, Vendramin GG, González-Martínez SC (2015) Molecular proxies of climate maladaptation in a long-lived tree (Pinus pinaster Aiton, Pinaceae). Genetics 199: 793-807
• Bartholomé J, Mabiala A, Savelli B, Bert D, Brendel B, Plomion C, Gion JM (2015) Genetic architecture of carbon isotope composition and growth in Eucalyptus across multiple environments. New Phytol 206: 1437-1449
• Goicoechea PG, Herrán A, Durand J, Bodénès C, Plomion C, Kremer A (2015) A linkage disequilibrium perspective on the genetic mosaic of speciation in two hybridizing Mediterranean white oaks. Heredity 114: 373-86
• Bartholomé J, Mandrou E, Mabiala A, Jenkins J, Nabihoudine I, Klopp C, J Schmutz, Plomion C, Gion JM (2015) High-resolution genetic linkage maps of Eucalyptus improve BRASUZ1 reference genome assembly. New Phytol 206:1283-96
• Legay M, Bastien C, Bastien JC, Bartet X, Davi H, Dhôte JF, Ducousso A, Benito- Garzón M, Caquet T, Dreyfus P, Jambois A, Lefèvre F, Marçais B, Mengin-Lecreulx P, Micheneau C, Pinto P, Plomion C, Sardin T (2015) Adaptation : vers un enrichissement du dialogue recherche-gestion. Innovations Agronomiques’. Carrefours de l'Innovation Agronomique, "Intensification durable des systèmes de production forestière", 47, 121-130.
• Plomion C, Adam-Blondon AF, éditeurs (2015) Land plants: Trees. Série "Advances in Botanical Research, Elsevier", ISBN:  9780123985484.

2014

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• Garcés M, Le Provost G, Lalanne C, Claverol S, Barré A, Plomion C, Herrera R (2014) Proteomic analysis during ontogenesis of secondary xylem in maritime pine. Tree Physiol 34:1263-1277
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Collaborateurs (voir liste complète ici)