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Equipe Ecogere & PGTB

Olivier Lepais

UMR 1202 Biodiversité Gènes & Communautés
INRA
69 route d'Arcachon
33610 CESTAS – France

Tel : 05 35 38 52 96
Fax : 05 35 38 53 81

Courriel : olivier.lepais_at_inra.fr

Twitter : @olepais

Parcours professionnel et formation

• 2019-présent : Responsable Scientifique de la Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux (PGTB) [lien : https://pgtb.cgfb.u-bordeaux.fr/fr]
• 2018-présent : Chargé de recherche, INRA, UMR 1202 BIOGECO, France.
• 2011-2018 : Chargé de recherche, INRA, UMR 1224 ECOBIOP, France.
• 2010-2011 : Postdoctoral Research Fellow of the Leverhulme Trust, Early Career Fellowship, Biological and Environmental Sciences, University of Stirling, Grande Bretagne.
• 2008-2010 : Postdoctoral Research Assistant, Biological and Environmental Sciences, University of Stirling, Grande Bretagne.
• 2008 : Attaché Temporaire d'Enseignement et de Recherche, Université de Bordeaux, France.
• 2008 : Doctorat en Ecologie Evolutive, Fonctionnelle et des Communautés, Université de Bordeaux, France. Titre : Dynamique d'hybridation dans le complexe d'espèces des chênes blancs européens (sous la direction de S. Gerber et A. Kremer). [lien: http://www.theses.fr/129616028]

Thématiques de recherches

Mes recherches s’articulent principalement autour de deux thèmes :

• Etudier l’impact de l’hybridation dans les processus d’invasion et de succession d’espèces, en particulier l’effet des facteurs environnementaux sur l’isolement reproductif.

• Comprendre les effets relatifs des changements environnementaux et de l’écologie des espèces sur la structuration de la diversité biologique à l’échelle des populations (diversité génétique) et des communautés (diversité spécifique).

Une thématique centrale de mes travaux concerne l’acquisition de connaissances et le développement d’outils pour améliorer les pratiques de gestion et de conservation pour des espèces végétales et animales d’intérêt écologique comme économique.

Depuis une dizaine d’années, je m’intéresse aux domaines de la bio-informatique et de la biologie computationnelle pour tirer parti des nouvelles possibilités offertes par le séquençage haut-débit dans le domaine de l’étude de la biodiversité, et en particulier pour pouvoir appliquer de nouvelles méthodes d’inférence permettant de relier les patrons de diversité observés aux processus évolutifs les ayant générés.

Principaux projets de recherches

DuneBioDiv : From gene to ecosystem: multilevel structure of biological diversity across environmental gradients in the Atlantic coastal sand dune plant community, coord. O Lepais, financement LabEx COTE (2019-2021).

Hybridation entre la grande alose et alose feinte, coord. O Lepais dans le cadre d’un projet multidisciplinaire sur la conservation de l’alose coordonné par F Daverat, financement Région Nouvelle-Aquitaine & Agence de l’Eau Adour Garonne (2016-2020).

NombReEff : Estimation du nombre de reproducteurs efficaces : un nouvel indicateur de l'état des populations, coord. O Lepais, financement Agence Française pour la Biodiversité, Fiche Action 221_A13 pole Gest’Aqua AFB-INRA (2016-2017).

TrackNat : Traçabilité ADN pour la gestion des ressources naturelles, application aux espèces forestières et piscicoles, coord. R Petit, financement Région Aquitaine 2015-1R20301-00005174 (2016-2018).

GenEarly: Genetic determination of early male parr maturation in Atlantic salmon natural populations, coord. O Lepais, financement Marie Curie Career Integration Grant, Commission Européenne PCIG10-GA-2011-30352 (2012-216).

Connectivity of alder riparian woodlands, coord. O Lepais, financement Leverhulme Trust Eearly Career Fellowship ECF/2010/0166 (2010-2011).

Exemple de publications

Liste complète ici.

Lepais O, Chancerel E, Boury C, Salin F, Manicki A, Taillebois L, Dutech C, Aissi A, Bacles CFE, Daverat F, Launey S, Guichoux E (2020) Fast sequence-based microsatellite genotyping development workflow. PeerJ, 8:e9085, doi: 10.7717/peerj.9085

Taillebois L, Sabatino S, Manicki A, Daverat F, Nachón DJ, Lepais O (2020) Variable outcomes of hybridization between declining Alosa alosa and Alosa fallax. Evolutionary Applications, 13:636-651. doi: 10.1111/eva.12889

Bacles CFE, Bouchard C, Lange F, Manicki A, Tentelier C, Lepais O (2018) Estimating the effective number of breeders from single parr samples for conservation monitoring of wild populations of Atlantic salmon Salmo salar. Journal of Fish Biology, Online Early, doi: 10.1111/jfb.13537.

Lepais O, Manicki A, Glise S, Buoro M, Bardonnet A (2017) Genetic architecture of threshold reaction norms for male alternative reproductive tactics in Atlantic salmon (Salmo salar L.). Scientific Reports, 7 :43552.

Lepais O, Weir JT (2014) SimRAD: an R package for simulation‐based prediction of the number of loci expected in RADseq and similar genotyping by sequencing approaches. Molecular Ecology Resources, 14:1314-1321.

Lepais O, Muller SD, Ben Saad-Limam S, Benslama M, Rhazi L, Belouahem-Abed D, Daoud-Bouattour A, Gammar AM, Ghrabi-Gammar Z, Bacles CFE (2013) High genetic diversity and distinctiveness of rear-edge climate relicts maintained by ancient tetraploidisation for Alnus glutinosa. PLoS ONE, 8:e75029.

Lye GC, Lepais O, Goulson D (2011) Reconstructing demographic events from population genetic data: the introduction of bumblebees to New Zealand. Molecular Ecology, 20:2888-2900.

Lepais O, Gerber S (2011) Reproductive patterns shape introgression dynamics and species succession within the European white oak species complex. Evolution, 65: 156-170.

Goulson D, Lepais O, O'Connor S, Osborne JL, Sanderson RA, Cussans J, Goffe L, Darvill B (2010) Effects of land use at a landscape scale on bumblebee nest density and survival. Journal of Applied Ecology, 47: 1207-1215.

Lepais O, Darvill B, O’Connor S, Osborne J L, Sanderson R A, Cussans J, Goffe L, Goulson D (2010) Estimation of bumblebee queen dispersal distances using sibship reconstruction method. Molecular Ecology 19: 819-831.

"Nuage de mots" construit avec les résumés des articles auxquels j'ai participé.