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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Biogeco - Biodiversité Gènes et Communautés

Coq--Etchegaray Domitille

Doctorante

Equipe E4E

Domitille Coq--Etchegaray

PhD Subject :

Genetic bases of specialized metabolites variation and effect on biotic interactions in a major crop and a dominant forest tree.

Supervisors :

Benjamin Brachi & Christophe Plomion (UMR BIOGECO) & Thierry Langin (UMR GDEC)

Abstract :

The production of specialized metabolites is an important component of plant defense against natural enemies such as insect herbivores and pathogens. In addition, the variation in metabolite production among individuals or populations in dominant plant species also influences local biotic environments, an effect sometimes termed the extended phenotype. While natural variation of these metabolites is involved in complex biotic interactions, the underlying genetic architecture is often remarkably simple. The fact that few genetic loci drive natural variation allows identifying its genetic bases with methods such as association mapping, making these biochemical traits attractive models to study evolutionary processes driven by biotic interactions. During this PhD, we will study the genetic bases and evolution of specialized metabolite variation and investigate its role in the response of populations to biotic selective pressures in two species dominating their respective environment: wheat (agro-system) and oak (ecosystem). For the two systems, the goals of this work will be to 1) identify candidate genes associated with specialized metabolites variation, 2) study signals of selection and diversity at these loci and study the evolutionary history of specialized metabolism within the two species, and finally 3) design genetic markers to study larger populations. These genetic markers will be usable in wheat genetic amelioration program and allow studying of the adaptive value and diversity of specialized metabolites within oak forests.

This work will allow us to understand the impact of specialized metabolites variation within a semi-natural perennial species and an highly selected annual species.

This PhD will create a new collaboration between the UMR BIOGECO and the UMR GDEC located at Clermont-Ferrand.