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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2021

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UMR Biogeco - Biodiversité Gènes et Communautés

In silico : bases de données et modèles

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CONTACT

METAPOP

Plateforme de simulation.
Metapop simule l'évolution de méta-populations de plantes monoïques à travers des paysages hétérogènes. Basé sur la théorie de la génétique quantitative, Metapop décrit des individus avec une représentation explicite de leur génétique et de leur position spatiale. Sa structure comprend plusieurs modules en interaction. Metapop, développé dans l’UMR BIOGECO est un logiciel gratuit sous licence GNU General Public License version 3.

https://quercusportal.pierroton.inra.fr/metapop/metapop-user-documentation.pdf

Antoine Kremer

PINUS PORTAL

Portail web d'accès aux ressources en génomique et génétique sur les pinacées. Le portail donne accès à 5 bases de données distinctes (PINUSMAP, GD², CMap, EST, TREEPOP). Une section statique du portail est consacrée aux informations générales sur le genre Pinus.

https://pinusportal.pierroton.inra.fr

François Ehrenmann

QUERCUS PORTAL

Portail web d'accès aux ressources en génomique et génétique sur les fagacées. Le portail donne accès à 9 bases de données distinctes (QUERCUSMAP, GD², CMap, EST, TREEPOP, OAK PROVENANCE, SSR, CANDIDATE GENES, SNP). Une section statique du portail est consacrée aux informations générales sur le genre Quercus.

https://quercusportal.pierroton.inra.fr

François Ehrenmann

PINELINE

Application web / base de données pour le stockage des données de micro-variations journalières du pin maritime ainsi que les données environnementales associées (uniquement accès interne Biogeco).

http://pineline.pierroton.inra.fr/pineline/

François Ehrenmann

PGD BIOGECO

  • Interface web pour la saisie de jeux de données et métadonnées, dans le cadre du PGD de l'unité (accès intranet)
  • PGD d'unité et logigramme des flux de données de l'UMR (accès intranet)

François Ehrenmann / Philippe Chaumeil

R-SYST

Base de données mutualisée entre EFPA & SPE des bases de référence de barcoding / métabarcoding pour une diversité d'organises d'intérêt pour l'INRA.

http://www.rsyst.inra.fr

Alain Franc

OAK GENOME

Application web : site web concernant le séquençage du génome du chêne et identification des gènes importants pour l'adaptation des arbres forestiers.

http://www.oakgenome.fr/

François Ehrenmann

CAVISOFT

Logiciel d'acquisition de données, de contrôle et d'analyse dedié aux instruments cavitron.

http://sylvain-delzon.com/caviplace/cavisoft/

Régis Burlett

DISSEQ, DEKAM

Programmes en C de calcul de distances entre séqueces par l'algorithme de Smith-Waterman ; version parallélisée en MPI

Alain Franc

METABARCODING SUITE

Ensemble de programmes python d'apprentissage supervisé et non supervisé en métabarcoding (échantillons environnementaux) ; declic pour l'analyse des bases de référence (dictionnaire moléculaire / morphologique) ; diagno-syst pour l'apprentissage supervisé ; yapotu pour la construction d'OTUs (apprentissage non supervisé)

Alain Franc

FaMoz

Logiciel pour l'analyse de parenté à partir de marqueurs génétiques dominants et codominants. Publié en 2003, possède encore une vie minuscule.

http://www.pierroton.inra.fr/genetics/labo/Software/Famoz/

Sophie Gerber