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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Quercus Portal

Quercus Portal
Système d'information européen sur les ressources génétiques et génomiques des chênes

Quercus Portal est un portail web contenant des informations sur les données génomiques et génétiques sur les chênes.

Le portail regroupe plusieurs bases de données :

  • Map database : données génotypiques et phénotypiques pour des arbres appartenant à des pedigrees de cartographie
  • CMap database : cartes génétiques / QRL de différentes espèces de chênes et de châtaigniers
  • Oak provenance database : données passeport de toutes les provenances et tests de provenances de chênes installés en Europe
  • TreePop database : données phénotypiques et génotypiques de chênes isolés appartenant à des populations d'association, de parcelles d'étude intensive ou de sites d'étude intensive
  • GD² database ; données de diversité génétique, géo-référencées de différentes unités génétiques (populations, arbres individuels), analysées lors d'enquêtes génétiques conduites dans des populations naturelles.
  • SSR database : Séquences d'ADN de microsatellites et séquences d'ADN d'amorce (Quercus, Castanea, Fagus, Lithocarpus)
  • Candidate gene database : séquences et informations associées des gènes candidats pour différentes espèces de chênes
  •  SNP database : polymorphismes nucléotidiques dans les gènes candidats de chênes

Il comprend également des pages d’information générale sur le genre Quercus. Le portail a été développé dans le cadre du réseau EVOLTREE et est aujourd’hui administré par François Ehrenmann (francois.ehrenmann_at_inra.fr).

Ce portail est connecté au laboratoire virtuel (eLab) d’EVOLTREE développé par Dieter Kopecky, Johanna Schmidt et Stephan Gaubitzer de AIT (Austrian Institute of Technology Gmbh). Le eLab regroupe des nombreuses autres bases de données hébergées par d’autres laboratoires européens, d’accès libre quand elle sont consultées individuellement. Il comprend aussi un moteur de recherches (accessible par les membres d’EVOLTREE) permettant d’interroger de manière interopérable toutes les bases.

Il est également connecté à Forest Tree GnpIS, qui fait partie de GnpIS, le système d’information multi-espèces dédié aux plantes et parasites des cultures. Forest Tree GnpIS est dédié à la gestion des données génétiques, génomiques et phénomiques des arbres forestiers.