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31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Biogeco - Biodiversité Gènes et Communautés

Logiciels, bases de données

Logiciels

CAVISOFT (Burlett R) : Logiciel d'acquisition de données, de contrôle et d'analyse dedié aux instruments cavitron.

 

Plateforme de simulation

METAPOP (Soularue JM et Kremer A) : Metapop simule l'évolution de méta-populations de plantes monoïques à travers des paysages hétérogènes. Basé sur la théorie de la génétique quantitative, Metapop décrit des individus avec une représentation explicite de leur génétique et de leur position spatiale. Sa structure comprend plusieurs modules en interaction. Metapop, développé dans l’UMR BIOGECO est un logiciel gratuit sous licence GNU General Public License version 3. Mol. Ecol. Resour. (2019) 19(1):296-305. 

 

Programmes

Disseq, MPI-Disseq, Diskm, Diagno-Syst

Objectifs : 

1) calculer les distances entre séquences d'un échantillon environnemental (smith-waterman pour disseq, parallélisé en mpi-disseq ; distances k-mers pour diskm ; traite des grands jeux de données

2) annotation taxonomique read par read d'un échantillon environemental par apprentissage supervisé (mapping sur une base de référence, calcul des distances query  x référence, décision d'assignation)

Les programmes et plus de précisions techniques sont disponibles sur github.La démarche générale est publiée dans : Frigerio JM, Rimet F, Bouchez A, Chancerel E, Chaumeil P, Salin F, Thérond S., Kahlert M, Franc A- (2016)  diagno-syst: a tool for accurate inventories in metabarcoding. arXiv:1611.09410v1 [q-bio.QM].

 

Systèmes d'informations / Bases de données

PINELINE (Ehrenmann F, Bouffier L, Segura R, Gion JM) : Application web / base de données pour le stockage des données de micro-variations journalières du pin maritime ainsi que les données environnementales associées (uniquement accès interne Biogeco).

Quercus Portal (Ehrenmann F) : Système d'information européen sur les ressources génétiques et génomiques des chênes . Portail web d'accès aux ressources en génomique et génétique sur les fagacées. Le portail donne accès à 9 bases de données distinctes (QUERCUSMAP, GD², CMap, EST, TREEPOP, OAK PROVENANCE, SSR, CANDIDATE GENES, SNP). Une section statique du portail est consacrée aux informations générales sur le genre Quercus.

Pinus Portal (Ehrenmann F) : Système d'information européen sur les ressources génétiques et génomiques des pins. Portail web d'accès aux ressources en génomique et génétique sur les pinacées. Le portail donne accès à 5 bases de données distinctes (PINUSMAP, GD², CMap, EST, TREEPOP). Une section statique du portail est consacrée aux informations générales sur le genre Pinus. 

SYLVCOOP : Application web / base de données locale pour les dispositifs de sylviculture (uniquement accès interne Biogeco) (Ehrenmann F, Meredieu C)

 

Sites Web

IN-SYLVA France: site web de l'infrastructure nationale de recherche regroupant tous les services (in-situ, in-lab et in-silico)  des principaux établissements travaillant sur la gestion forestière et son adaptation (Ehrenmann F, Saint-André L, Meredieu C, Plomion C)

Oakgenome.fr : site web regroupant toutes les données du génome du chêne (Ehrenmann F, Plomion C) 

 treepeace.fr : site web regroupant toutes les données du projet ERC TREEPEACE (Ehrenmann F)

 

Outils d'aide à la décision

-ForestGALES implémenté dans CAPSIS

Meredieu C, Labbé T, De Coligny F, Gardiner B (2015) ForestGALES in Capsis: a new library in JAVA. Mathematical Modelling of Wind Damage Risk to Forests, Arcachon (présentation orale)

-Impact de la plateforme Capsis sur la filière en France et dans le monde. [Vidéo] Anne Jambois, Philippe Dreyfus, François de Coligny, Céline Meredieu, Christine Deleuze, Benoît Courbaud, Thierry Sardin Mathieu Fortin, Ariane Gaunand, Laurence Colinet (2017) La plateforme de modélisation Capsis –de la recherche aux impacts. Etude Asirpa [Vidéo]. Paris, FRA : INRA