PGTB - Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux

Responsables scientifiques : Olivier Lepais (INRAE) et Laurence Delhaes (CHU-UB)

Responsable technique : Erwan Guichoux (Univ. Bordeaux)

Gestionnaire référente : Florence Le Pierres

Présentation

Cette plateforme a obtenu en 2018 et 2019 le statut d'Infractructure Scientifique Collective d'INRAE et de l'Université de Bordeaux, respectivement.

Objectifs

• Réaliser des développements technologiques et des prestations dans le domaine du séquençage et génotypage à moyen et haut débit
• Réaliser de la veille technologique pour anticiper les besoins
• Conseiller et former les utilisateurs et co-développer des méthodes d’analyse de données

La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux (PGTB) est une structure académique spécialisée en séquençage et génotypage. Elle est née de la volonté de l’Université de Bordeaux et d'INRAE de mutualiser des compétences, des moyens technologiques et humains au service de la communauté scientifique. La PGTB fait partie de la Fédération des Plateformes de l'Université de Bordeaux, et elle est un Pôle de Compétences Métier au sein de l’unité d’adossement : l’UMR 1202 Biodiversité, Gènes et Communautés (INRAE-UB). La PGTB est labélisée Infrastructure Scientifique Collective INRAE, Plateforme Stratégique Régionale par la Commission Nationale des Outils Collectifs (CNOC) d'INRAE et plateforme stratégique par le GIS-IBISA. Par ailleurs, elle fait partie de l’Infrastructure de Recherche Distribuée INRAE Genomics et du réseau France Génomique qui regroupe les plateformes de séquençage et génotypage au niveau national.

Elle a pour missions principales :

• D’assurer un service de prestation dans les domaines du séquençage et du génotypage,
• De réaliser du développement technologique et d’innover,
• De mettre à disposition ses équipements et d’accompagner les communautés scientifiques dans leurs projets,
• De conseiller et d’apporter son expertise,
• De transmettre ses savoirs et ses compétences technologiques,
• De former les utilisateurs et les étudiants.

Compétences métiers

• Séquençage short reads Illumina et long reads Oxford Nanopore Technologies
• Génotypage par séquençage (capture, amplicons)
• Métagénomique ciblée
• Génotypage SNP par spectrométrie de masse et microsatellites par séquençage
• PCR, qPCR, dd-PCR

Principe de fonctionnement

La PGTB apporte ses services et son savoir-faire pour des projets régionaux, nationaux et internationaux via des collaborations de recherche (en mode service ou projet de recherche et de développement) dans des domaines aussi variés que l’agronomie, l’environnement et la santé. Elle a pour vocation de satisfaire les besoins en génotypage et en séquençage liés aux activités de recherche des laboratoires, et d’être un centre ouvert à l’ensemble de la communauté scientifique académique (INRAE, CNRS, INSERM, IFREMER, Universités, CHU...) et aux acteurs industriels.

La PGTB est engagée dans les certifications ISO 9001 et NFX 50-900. Cette démarche s’inscrit dans une volonté de réponse aux attentes d'INRAE, de l’Université de Bordeaux, des financeurs (Etat, Région Nouvelle-Aquitaine, INRAE, GIS IBiSA) dans une stratégie d’ouverture aux utilisateurs académiques et industriels, et de partenariat avec d’autres plateformes régionales et nationales. Cette démarche garantit aux utilisateurs le respect de leurs exigences et de la réglementation, ainsi que la traçabilité et la qualité des analyses et des résultats produits. La PGTB vise à accroître la satisfaction de ses utilisateurs par l’amélioration continue de son fonctionnement et de ses activités. A ce titre, une Responsable Management Qualité a été nommée pour animer cette démarche.

Mots clés

Génomique, Séquençage, Génotypage, Biodiversité, Metabarcoding, Longs-reads, Bioanalyse

Membres du PCM

Site web: https://pgtb.fr/