La soutenance de thèse de Geoffrey aura lieu le mercredi 14 décembre à 14H, dans la salle de conférence Airial, à l'INRAE BIOGECO de Cestas-Pierroton.
Elle sera également accessible en visio via ce lien : https://inrae-fr.zoom.us/j/8104501094?pwd=RGFKS0FxZ01vS2hsRE10ZGVLR1p1Zz09

Titre : Prédiction génomique dans une population d'amélioration multi-générations d'Eucalyptus globulus

Eucalyptus globulus est une espèce forestière utilisée en plantations dans le Sud de l’Europe, avec une surface totale estimée à environ 1.5 million d’hectares (Portugal et en Espagne). Cette espèce fait l’objet depuis 1960 d’un programme d’amélioration génétique basé sur la croissance et la survie, mené par l’entreprise portugaise Altri-Florestal. Le travail de thèse présenté sur la sélection génomique chez E. globulus a été réalisé dans le cadre du projet européen B4EST (n°773383), grâce à une collaboration entre le CIRAD, l’INRAE et Altri-Florestal.

Cette thèse explore la possibilité d’introduire les marqueurs moléculaires dans les stratégies d’amélioration génétique chez E. globulus. La sélection génomique représente une opportunité de raccourcir les cycles de sélection grâce à une sélection précoce, d’augmenter l’intensité de sélection, d’améliorer la précision des évaluations génétiques, et de prédire des caractères peu héritables ou difficiles à phénotyper. Dans ce cadre, 412 génotypes de trois générations successives ont été génotypés avec 14 716 marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Une approche de prédiction génomique a été testée, en utilisant des valeurs génétiques déregressées pour entraîner les modèles. Ces dernières ont été estimées par une évaluation généalogique conventionnelle, basée sur un pedigree dont les erreurs ont été au préalable corrigées grâce aux marqueurs génétiques. La précision des modèles a été évaluée par validation croisée selon deux types de scénarios: i) un premier basé sur une validation croisée conventionnelle, ne tenant pas compte des générations ; ii) un second (validation en descendance), utilisant les générations parentales pour prédire les descendants. Les précisions des prédictions ont varié de 0,46 à 0,60 pour le premier type de scénario, et de -0,56 à 0,72 pour le deuxième type de scénario. Ces précisions étaient plus élevées après correction du pedigree, et lorsque des descendants ont été ajoutés dans la population d'entraînement. En outre, la structuration génétique de la population de base du programme d’amélioration a été étudiée par rapport à un échantillon représentatif de la diversité des populations australiennes de l’aire d’origine de l’espèce. Cette étude a permis de confirmer les origines d’une partie de la population de base.

Ce travail de thèse ouvre de nouvelles perspectives pour la mise en application de la sélection génomique dans le programme d’amélioration génétique multigénérationnels d’E. globulus. Son développement pour prédire les interactions entre génotypes et environnement reste un défi à relever pour maximiser le gain génétique chez cette espèce, dans des environnements multiples et plus contraints.