Lettre de BIOGECO                      N° 128 Septembre 2022
Edito

Bonjour à tous,
J'espère que vous avez passé un bel été, malgré les canicules et autres dilatations thermiques qui se sont succédé depuis juin. Espérons que celles et ceux qui partent en septembre soient plus chanceux que les thermidoriens, qui auront vainement tenté de chanter faux pour faire tomber quelques gouttes ... je conseille personnellement le Pas-de-Calais, une destination à haut potentiel ... mais seulement pour encore quelques décennies (pas de temps pour dépasser allègrement les +1.2°C actuels depuis la révolution industrielle) . Les parc à huitres de la baie d'Authie et le vignoble des collines de l'Artois n'auront rien à rougir des feus équivalents girondins.

Après ce moment de déconnexion pour certain.e.s ou de reconnexion pour d'autres, je vous souhaite une très bonne rentrée avec la reprise des enseignements, la poursuite ou le démarrage de vos projets et la préparation de nouveaux (cf. les projets incitatifs du département ECODIV d'INRAE, les projets exploratoires du département Sciences de l'Environnement de l'UB abondés cette année par le Centre INRAE NA-Bordeaux, les AAP région NA et ANR, etc etc...). J'espère que vous serez plus chanceux que les collègues qui ont préparé le PEPR FORESTT. Nous ne créerons donc pas cette coalition -tant espérée- de scientifiques de différentes disciplines ... en tout cas pas dans la temporalité attendue des
assises nationales de la forêt et du bois. Nous ne renforcerons donc pas nos liens avec nos alliés de la société civile et ne développerons pas plus rapidement les solutions -tant attendues- pour relever les défis auxquels font face les socio-écosystèmes forestiers et la filière-bois. On attendait tellement de l’hybridation des savoirs  pour « construire » la forêt de demain et garantir à la fois sa résilience et son exploitation durable dans nos territoires. C’est donc une profonde déception ... mais qu’on se rassure : l'ANR financera des projets pour trouver une exoplanète viable ou d’autres sur le numérique sobre … avec des millions de voitures électriques autonomes on en aura forcément besoin ... # $ @ ! ! ! % % *  £ ! comme disait le capitaine.

Le mois de septembre s'annonce très riche en termes d'animation scientifique. J'espère que nous serons nombreux à nous retrouver le 2 sept. pour discuter des opportunités de recherche suite aux incendies "Girondins" ...  qu'on se rassure la "Montagne" est toujours là !

Bienvenue aux nouveaux, dont Heidy et Irene parmi les titulaires. Cet automne nous accueillerons également une nouvelle promotion de six doctorant.e.s. qui nous accompagnera dans nos recherches pendant les trois prochaines années.


Pour terminer je profite de cette lettre pour remercier, au nom de la Direction, les 51 personnes (dont 10 extérieures à l’unitéb!) qui ont pris le temps de répondre à l’enquête sur la lettre d’information de l’UMR. Le taux de consultation de la lettre est très bon (90%) mais la plupart des rubriques ne sont lues que de façon occasionnelle à régulière (rarement de façon systématique, sauf pour certain.e.s externes !). Les rubriques les moins lues par le personnel de l'unité concernent les « appels à projet » (ça se comprend très bien puisque que vous recevez ces infos via d’autres canaux d’information et au fil de l'eau), « les actu des tutelles » (qui vous parviennent également directement), et « on parle de nous » (qui ne présente pas un intérêt particulier). Par soucis de simplification, elles ne seront plus alimentées, ainsi que d'autres comme la rubrique « coup de cœur » que je suis –à quelques exceptions près- le seul à alimenter (ce qui répond aussi à un commentaire sur l’anonymat de cette rubrique)....merci Sophie de m'avoir accompagné pour avoir tenté d'ouvrir la lettre sur d'autres enjeux.
16 personnes ont laissé des commentaires et suggestions très utiles pour simplifier ce vecteur d’information. Il ressort que la lettre est trop longue (alors désolé pour celle-ci rédigée avant que Virgil analyse vos réponses !) et que les agents de l’unité n’ont pas le temps de la lire ou la survole juste. Nous proposons néanmoins de conserver au moins 6 numéros par an pour coller au mieux à l'actualité mais d'alléger le contenu. Il a aussi été suggéré d’ajouter une photo des nouveaux arrivants, ce qui fait écho à de nombreuses demandes formulées par ailleurs sur le trombinoscope d’unité, alors que le temps passé sur site est pour certain.e.s très réduit, ne facilitant pas la connaissance d’autrui.



Bonne rentrée à toutes et à tous,

Christophe

ps1. N'oubliez pas de formuler vos souhaits de formation (individuelles et collectives) auprès de Sandrine en septembre.
ps2. Cet été Sandrine a mis à jour la liste des publications sur le site
web de l'unité pour les années 2020 et 2021. Merci de les vérifier néanmoins et de revenir vers elle pour des modifications éventielles.
Sommaire
 

La photo du mois : (© Clément Larue)
A nos yeux de primates, les fleurs mâles et femelles du châtaignier se ressemblent. S'agit-il d'un réel mimétisme de la plante pour tromper les insectes pollinisateurs, en leur faisant prendre des inflorescences femelles pour d'appétissants chatons mâles ?  Avant de sauter à cette conclusion, nous nous sommes demandés si les insectes, avec leurs yeux composés, voyaient la même chose que nous. Cette question est importante si on veut comprendre la coévolution entre arbres et insectes pollinisateurs. Alors que nous sommes sensibles aux longueurs d’onde comprises entre 390 et 750 nm, les abeilles ou les papillons sont sensibles aux longueurs d’ondes plus courtes, entre 300 et 650 nm. Ils voient donc les ultraviolets, mais pas le rouge… Grâce à la technique d’UVIVF (Ultraviolet-Induced Visible Fluorescence), il est possible d’avoir une idée de ce que voient les insectes : en éclairant les fleurs avec des lampes UV 365 nm, celles-ci fluorescent, et la lumière qu'elles réfléchissent devient visible. Sous lumière naturelle, les fleurs mâles et femelles du châtaignier sont uniformément jaunes. Sous lumière UV, les glomérules des chatons mâles, organes sécrétant le nectar, fluorescent : ils sont donc bien visibles par les pollinisateurs. Au contraire, les fleurs femelles ne fluorescent pas. L'hypothétique ressemblance entre les fleurs des deux sexes n'est donc pas confirmée.


merci à toutes celles et ceux qui proposent des photos pour alimenter cette rubrique

CU : 5 sept. 9h30 Airial, nous aborderons les items suivants
- retour d’expérience des doctorants sur les modules de formation Publier & Rédiger ; Communiquer & Valoriser ; Evaluer
- comment favoriser la communication des doctorant.es par rapport à leurs sujets de thèse
- retour sur les entretiens des doctorant.e.s avec la Direction
- proposition pour la suite du Journal Club

- bilan des points de suggestion (campagne 2021)
- synthèse sur les repos compensatoires/mission terrain

- modification du CU (départ-arrivée) et de la Direction d’UMR
- procédure de recrutement (CDD, stagiaires, doc) INRAE et UB
- bilan GPEC  et promotions
- CHSCT et plan d'action biogeco
- bilan des investissements
- fonctionnement de la serre de Pierroton

CODIR : 12 sept. 13h30 Airial, avec notamment les présentations des

-allocations doctorales à soumettre à INRAE ECODIV

-bourses M2 financées par l’unité

 


AG : 3 oct. Airial (matin 9h30-12h30 : vie d'unité, dpt SE de l'UB, qualité, prévention, projets et partenariats - apéro dînatoire inscription obligatoire ici - après-midi 14h-17h: animation scientifique transversale, organisation Jean-Charles) /
       4 oct. matin : Campus de la Grand Ferrade - Visite serre S2+ par Marc  inscription obligatoire ici / après-midi : suite visite serre sur Pierroton (Benjamin et Gilles)
Nous souhaiterions alimenter cette rubrique avec les photos des nouveaux arrivants, modulo leur accord bien entendu.

ARRIVEES

Thèse

*Julien  Bonnier qui commencera sa thèse en oct. 2022 (ADEME, Univ. Guyane)
Titre: Adaptation de la gestion des forêts guyanaises au changement climatique : caractérisation génomique et écologique de la ressource en bois de Guyane", Dir. Myriam & coDir. Niklas Tysklind (UMR ECOFOG)

*Nattan Plat qui commencera sa thèse en oct. 2022 (eco2dapt)
Titre: Vers un bocage forestier: connectivité et multifonctionnalité des lisières feuillues en paysages de plantations de pin. Dir. Hervé
*Clémence Bécans qui commencera sa thèse en oct. 2022 (ED Sciences et Environnement) Titre:  Evolution d’Hymenoscyphus fraxineus, un champignon pathogène forestier en expansion, Dir. Jean-Paul & codir Cécile
 
*Marion Boisseaux (Univ. Guyane) effectuera sa dernière année de thèse à Biogeco. Son arrivée est prévue début 2023. Titre : Traits mécanistes et distribution des arbres tropicaux à travers des habitats contrastés dans un contexte de changement climatique. Dir. Heidy, & codir. Clément Stahl, Sabrina Coste (UMR ECOFOG)

*en cours de recrutement  (thèse interdisciplinaire) Titre: Mechanisms of water loss after stomatal closure and their implications for the plant survival under severe drought. Dir Sylvain et codir Jérôme Joubès (LBM)

*Marion Carme qui commencera sa thèse en janvier 2023 (INRAE ECODIV, Région NA) Titre: Les niches de germination des arbres forestiers comme condition préalable au succès de la restauration. Dir. Marta
 

Stage de longue durée

Timothé Renard, étudiant ingénieur en 4e année à Bordeaux Science Agro, sera accueilli du 1er septembre au 28 février en stage de césure pour travailler avec Rémy et Clément sur la pollinisation du châtaignier. Son stage portera notamment sur l'identification des pollinisateurs efficaces du châtaignier et les préconisations pour optimiser la pollinisation du châtaignier en verger.


Sukanya Denni qui effectuera son apprentissage de M2 en bio-informatique (18 mois) sous l'encadrement de Ludovic. 
Pôle de Gestion

Ophélie Lacaule rejoint le pôle administratif (site de Cestas) à compter du 22 août pour une durée de 12 mois. Ophélie prend en charge la gestion des missions.

Céline Arcelin rejoindra le pôle administratif (site de Pessac) à compter du 15 septembre pour une durée de 3 mois. Céline est recrutée à mi-temps en soutien aux activités d'Alice (missions, commandes, actes de gestion et d’accueil diverses).


 

DEPARTS

Virginie Boucherie nous a quitté pour rejoindre le service des contrats des SDAR de Bordeaux suite à sa réussite au concours externe. Nous lui souhaitons une belle réussite professionnelle.

 
Rappels

1/ Véhicules de Services

> Pratique de réservation des VS
Il convient de rappeler quelques règle simples de courtoisie en la matière. Ignorer que nous travaillons dans un collectif n'est pas envisageable.
Ainsi, il n'est pas autorisé de 1/ réserver un VS sur une longue période de temps (à vous d'apprécier ce qui semble raisonnable), sur plusieurs jours pour cause de météo incertaine, ou lorsqu'on a besoin d'un VS de façon récurrente pour un projet. Lorsqu'une équipe ou un personnel a besoin d'un VS dans ces conditions, la pratique ne peut pas être "je bloque la voiture et tant pis pour les autres". Dans ce cas, la location de véhicule s'impose. Dans le même état d'esprit, un collectif ne peut bloquer la quasi totalité des VS. Soit les manips doivent être optimisées en incluant ce facteur, soit une location s'impose également.

>Entretien des VS de l'unité après une mission
Nous demandons à chaque membre de l'unité de faire un effort et de respecter les consignes -maintes fois rappelées- concernant l'utilisation des Véhicules de Services (VS). Il n'est pas correct de rendre un VS dans un état de saleté (intérieur comme extérieur) avancé, et il n'est pas du ressort des responsables de la gestion du parc (Yannick et Olivier) de palier la négligence de certain.e.s. Ils sont déjà assez bien occupés pour maintenir un parc vieillissant en bon état de fonctionnement.

Vous disposez de kits de nettoyage (pour l'intérieur) dans l'armoire où sont entreposés les papiers des véhicules, d’un aspirateur et d’un Karcher dans la serre. Vous pouvez également nettoyer les véhicules dans les stations de lavage automobiles en payant avec la carte Total (coût : 10 €). A minima svp prenez quelques minutes pour récupérer vos déchets et passer l'aspirateur au sol après une mission. L'entretien des VS comme tout autre équipement est l'affaire de tous !

>Possibilité de réserver un VS à la Grande Ferrade
-->se connecter au GIR pour réserver les voitures.

https://reservations-vehicules.inra.fr/ (GIR)
Il y a 4 voitures : 2 Peugeot 308,  1 Renault Clio,  1 Yaris (donc pas de voitures tout terrain). La Peugeot Rifter qui est affichée sur le site n’est pas disponible.
 
-->lors de la réservation vous obtenez un code qui permet d'ouvrir une boîte à clés, dans la petite cour du château, là où se trouvent les VS (au niveau de la porte de la médecine du travail). La petite cour est près de l'entrée de la cantine (ne pas confondre avec la grande cour au milieu du château. Les papiers et cartes sont dans chaque VS. Les codes des cartes essence sont avec les papiers du véhicule. Pour Total c’est le même code que pour Biogeco. Il faut rendre la voiture avec au moins la moitié de carburant.
-->Gaëtan Perrot s’occupe de ces 4 VS. L’avertir en cas de problème technique (06 71 60 52 42 ou
gaetan.perrot@inrae.fr)

> Assurance
INRAE n'est assuré qu'au tiers pour l'ensemble de son parc de VS. Toute réparation due à un accident est donc du ressort de l'unité.



2/ Recrutements à  INRAE
Tous les recrutements en CDD doivent obligatoirement faire l'objet d'une publicité via  INRAE jobs. Une maquette en français et en anglais pour la rédaction du profil de poste est disponible auprès de Sandrine.
Cette rubrique ne sera plus maintenue.

>Parution du livre d'Emmanuel Petit : « Science et émotion - Le rôle de l'émotion dans la pratique de la recherche » téléchargeable librement depuis la page de l'éditeur. Préface rédigée par Sophie Gerber.

>Après "Sous la forêt", parution du second opus de Francis Martin : "Les arbres aussi font la guerre"

>LA MISSION AGROBIOSCIENCES-INRAE
Centre national de médiation et d’instruction des controverses, la MAA-INRAE est chargée de repérer les signaux faibles et d’analyser les tensions qui traversent la société dans les domaines de l’agriculture, de l’alimentation, de l’environnement, des sciences et des techniques du vivant.
C'est ici, et la revue Sesame ici.

> France Inter avec Francis Martin : En forêt, pour prendre des nouvelles de la santé de nos arbres

> Ruée minière .... la surexploitation de la table de Mendeleïev et ses conséquences, par Aurore Stephant

> Quand il vaut mieux compter sur les citoyens que sur l'ANR ! Recherche en forêt de Chantilly

> Pour ceux et celles qui ont raté la venue de Philippe Bihouix en juin 2022, voici une interview qui illustre son point de vue.

>
Scientists rush to save 1,000-year-old trees on the brink of death

> An Otherworldly Species: Joshua Trees and the Conservation-Climate Dilemma

Cette rubrique ne sera plus maintenue.

>Transition écologique et systèmes forêt-bois : création du réseau de recherche franco-canadien FORWARD

>Une coalition de chercheurs appelle à la prise en compte de la biodiversité génétique dans l’accord mondial de la Convention sur la Diversité Biologique.

> les hêtres du Ciron  à l'honneur sur France Culture avec Alexis le 7 juillet à 8h35

La hêtraie du Ciron, vieille de plus de 40 000 ans, est un cas unique d'adaptation d'une essence d'arbre à des changements climatiques drastiques. Elle abrite une faune exceptionnellement diversifiée. La hêtraie du Ciron a traversé la dernière période de glaciation, il y a 18 000 ans, elle est plus ancienne que la grotte de Lascaux, les hommes de Néandertal auraient pu l’habiter et les mammouths la côtoyer …Il faut voir cette forêt de hêtres qui s’est constituée sur les bords de la rivière du Ciron. Les arbres suivent le cours d’eau, les cimes se courbent autour de la rivière, pour se rejoindre et former un dôme de verdure, un enclos mystérieux

> nombreuses interventions radiophoniques (France Inter, France Culture, Europe 1,...), TV (TF1, FR3, France Info, Arte ...) et interviews (Le Monde, Le Temps, Libération, La Vie, Actu.fr, LaCroix, La dépêche du Bassin, Sud-Ouest ...) par des membres de l'unité suite aux incendies....merci pour vos disponibilités.


> communiqué de presse INRAE:
Des gènes au microbiote des plantes

> et pour terminer la tribune d'Hervé dans le Monde : "Créons un secrétariat d’Etat à la forêt, il en existe bien un chargé de la mer !"

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Quelques projets au programme de cette rentrée :
  • De la transcriptomique sur les glandes à venin des fourmis de Guyane, en collaboration avec Niklas Tysklind de l’UMR ECOFOG de Guyane
  • Du séquençage Illumina pour analyser les mécanismes d'interactions bactéries-champignons lors du processus de colonisation et de décontamination de bois traité aux cuivre-azoles, en collaboration avec Aurélie Deveau de l’UMR IAM de Nancy
  • Du séquençage Illumina de microsatellites pour caractériser de la diversité génétique de Ganoderma boninense, champignon pathogène du palmier à huile, en collaboration avec Letizia Camus Kulandaivelu, de l’UMR AGAP de Montpellier
  • Du séquençage Cut & Run sur Fusarium graminearum, une méthode utilisée pour analyser les interactions des protéines avec l'ADN, en collaboration avec Nadia Ponts de l’UR MycSA de Bordeaux
Les 26 et 27 septembre, la PGTB passera son audit interne dans la cadre de sa certification ISO 9001 et NFX 50:900.

Par soucis de simplification de la lettre et de non redondance nous vous invitons désormais à consulter la page web dédiée aux animations scientifiques au sein de l'unité. Elle est mise à jour au fil de l'eau par le groupe d'animation.

>2 sept. - 9-12h (Airial) espace de discussion scientifique "post-incendie"

>8 septembre
13h à 14h, en visioconférence. L’inscription est obligatoire.
début d'un cycle de dix webinaires intitulé l’érosion de la biodiversité, aspects et enjeux (BIOSENA)
Comment concevoir des socio-écosystèmes, évaluer leur santé ?
par Denis COUVET (FRB et MNHN) et Didier ALARD (Université de Bordeaux et INRAE).

>9 septembre 10h00 - 12h00 Airial, présentiel - Grégory Lambert (Cellule de Communication INRAE-Nouvelle Aquitaine) accompagné de deux scientifiques de l'unité EABX  - Jeu sur la biodiversité. Le jeu est un serious game créé par l'unité EABX avec deux objectifs: (i) le premier est de fournir aux participants un objet de médiation répondant à un des objet de recherche, afin que sans trop de préparation n'importe quel collègue de l'unité puisse participer à des évènements de culture scientifique (fête de la science, etc...), (ii) le deuxième est que ce jeu soit adapté du collège au public adulte. 

en visio de 9h30-9h45
https://inrae-fr.zoom.us/j/5462729327?pwd=WUl1ZE02Q2s3VTB4MmZDRHo4Qk5BUT09
Grégory Lambert (zoom) & Margaux Herschel (présentiel) : un peu de théorie sur les jeux sérieux et la médiation scientifique
 
en présentiel à partir de 9h45h : test de deux jeux « biodiversité » visant à comprendre leur mécanique.
9h45h-10h45 (2 groupes pour 2 jeux : grand public & gestionnaires, 30’ par jeu)
10h45-11h05 Patrick Lambert : réflexion, et l'articulation science/médiation, coûts, bilan, difficultés
11h05-11h30 discussion

> 16  sept.  9h30 -10h30 Airial et visio - Andrea Rau, Leveraging multi-omic data for integrative exploratory, predictive, and network analyses

Abstract: The increased availability and affordability of high-throughput sequencing technologies in recent years have facilitated the use of multi-omic studies, expanding and enriching our understanding of complex systems across hierarchical biological levels. Integrative methods for these heterogeneous and multi-faceted omics data have shown promise for enhancing the interpretability of exploratory analyses, improving predictive power, and contributing to a holistic understanding of systems biology. However, such integrative analyses are accompanied by several major obstacles, including the potentially ambiguous relationships among omic levels, high dimensionality coupled with small sample sizes, technical artefacts due to batch effects, potentially incomplete or missing data… and the occasional difficulty in posing well-defined and answerable research questions of such data. In light of these challenges, in this talk I will discuss a few of our recent methodological contributions to integrate multi-omic data for (1) exploratory analyses, (2) genomic prediction, and (3) network inference, all with a focus on enhanced interpretability and user-friendly software implementations.

 

>29 septembre - après-midi, Webinaire de restitution du projet TREEPEACE

Ce webinaire à destination de l'ONF et d'un public large offrira un résumé des principaux résultats du projet TREEPEACE sous forme vulgarisée.

Introduction : Treepeace, s’inspirer des leçons du passé pour comprendre l’évolution contemporaine et future des chênes. Antoine Kremer

Que nous apprend l’ADN ancien sur l’évolution des chênes ? Stéfanie Wagner

Introgression et adaptation chez les chênes blancs européens. Thibault Leroy

Changements évolutifs au cours de l’Anthropocene chez les chênes blancs. Antoine Kremer

Fructification des chênes et changement climatique. Thomas Caignard

Adaptation à la sécheresse chez le genre Quercus: variations phénotypiques et génétiques des traits hydrauliques. Sylvain Delzon

Conclusion : Les ingrédients nécessaires à l’adaptation, comment actionner le potentiel adaptatif ? Antoine Kremer

 

>30 septembre - 13h00 - 17h00 B2 Pessac et Zoom - Animation transversale sur les Forêts tropicales: enjeux scientifiques et sociétaux de la production de bois en Guyane

orateur invité - Plinio Sist, CIRAD, UMR Forêts et Sociétés, Montpellier

Plinio Sist nous donnera un aperçu de la production de bois tropicaux en Amérique du Sud. Il y aura ensuite deux ou trois orateurs dont Géraldine Derroire, CIRAD, de l'UMR Ecofog, qui se concerteront pour exposer le contexte de production de bois en Guyane. Les agents Biogeco qui le souhaiteront pourront intervenir pour exposer leurs compétences et intérêts de recherche dans ce contexte, et nous ouvrirons la demi-journée à des externes (UMRs AGAP, AMAP) pour une table ronde que nous espérons riche en discussions pour une éventuelle construction de projet de recherche collectif.

Région NA
Le projet "les populations du chêne-liège les plus septentrionales de la planète : une ressource de la Nouvelle Aquitaine pour l'adaptation des forêts aux nouvelles conditions climatiques" (coord. Marta) a été accepté.
Toute piqûre de tique doit obligatoirement donner lieu à une déclaration dans les cahiers RSST disponibles au niveau des deux secrétariats (Pierroton et B2). En cas de piqûre pensez à participer au projet de recherche participative CITIQUE... voir ici.
Rappel : pour éviter les piqûres de tiques, pensez à vous équiper avec une tenue adaptée : pantalon long, bottes ou chaussures fermées, manches longues. Pour mémoire, des répulsifs contre les moustiques et les tiques sont disponibles.


         Vous vous déplacez en vélo pour rejoindre Pierroton ou le B2, alors réservez la date du 15 septembre (10h à 16h, en face de l'amphi de la Grande Ferrade) pour assister à la journée prévention 2 roues. Suite à une augmentation des accidents de trajet, notamment en deux roues, le service prévention national a décidé de mettre en place dans chaque centre INRAE une journée de sensibilisation à la prévention des risques routiers, avec un focus sur l’utilisation des deux roues.
Thibault Leroy, ancien post-doc de Biogeco, est recruté à Inrae comme chargé de recherche en génomique des abeilles mellifères (Toulouse). Nous lui souhaitons pleine réussite dans ces nouvelles missions.
Brachi B, Filiault D, Whitehurst H, Darme P, Le Gars P, Le Mentec M, Morton TC, Kerdaffrec E, Rabanal F, Anastasio A, et al. 2022. Plant genetic effects on microbial hubs impact host fitness in repeated field trials. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119: e2201285119.
Cette étude, initiée lors de mon postdoc à l’université de Chicago, est basée sur des expériences de jardins communs installés dans quatre sites en Suède, en 2011 et 2012. Chaque expérience incluait près de 5000 plantes représentant 200 génotypes de l’espèce modèle Arabidopsis thaliana. Une partie des plantes de chaque expérience (environ 8000 échantillons) a été utilisée pour étudier l’influence de la variation génétique de l'hôte sur les communautés bactériennes et fongiques foliaires. L’autre partie a permis l’estimation de la production de graines, une composante importante sur succès reproducteur chez cette espèce annuelle et autogame. L’analyse des données et l’interprétation des résultats fut un travail continu depuis 2014, et que j’ai continuées depuis mon arrivée à BIOGECO en 2016. Brièvement, nos résultats indiquent que la variation génétique des hôtes influence principalement des micro-organismes rencontrés fréquemment par les plantes, et structurant des communautés microbiennes. La variation génétique de l’influence des hôtes sur ces micro-organismes contribuent à la variation génétique pour la production de graines et les gènes associés sont enrichies pour des processus biologiques assez attendus, tel que le système immunitaire ou la production de métabolites spécialisés. 

Chat J, Lamarins A, Lepais O. 2022. Sea trout (Salmo trutta) straying rate decreases as distance from river mouth increases. Journal of Fish Biology.

Rabarijaona A., Ponton S., Bert D., Ducousso A., Richard B., Levillain J., Brendel O., 2022. Provenances differences in water-use efficiency among sessile oak populations grown in a mesic common garden. Frontiers in Forest and Global Change 5:914199;
Le projet ANR H2Oak a permis de publier un article en 2020 (doi: 10.1371/journal.pone.023458) basé sur des prélèvements de bois des tests de provenances de chênes situés à Petite-Charnie, Vincence et Sillegny. Certains échantillons issus du test de Sillegny (Moselle) ont été ensuite analysés à Champenoux du point de vue de leur composition isotopique. Celle-ci permet une estimation de la WUEi (efficience de l’eau à l’échelle de la feuille). L’article qui vient de paraitre décrit les résultats obtenus sur les cernes des années 2000 (humide), 2003 (très sèche) et 2005 (sèche) par le doctorant A. Rabarijaona sur 600 arbres de 16 provenances françaises et allemandes (encadré par S Ponton et O Brendel). Des différences significatives de WUEi ont été trouvées parmi les populations, mais une variabilité beaucoup plus grande a été observée au sein des populations qu'entre elles. La WUEi de la population de jeunes chênes poussant dans les conditions relativement mésiques du jardin commun n'a montré aucune relation avec un indice de déficit hydrique modélisé pour les sites d’origine des provenances. Cependant, une plus grande plasticité de WUEi de la population à la sécheresse sévère était liée à une plus grande proportion de limon et de carbone du sol et une plus faible proportion de sable dans le sol des sites de provenance. Pour l'année humide seulement, les populations avec une WUEi plus élevée avaient également une croissance plus élevée. En bref, les résultats suggèrent une adaptation locale du chêne sessile, à confirmer... Ces travaux ont été également présentés à EGU General Assembly 23-27 May 2022, Vienna, Austria : https://doi.org/10.5194/egusphere-egu22-7275.

Gregoire Le Provost, Theo Gerardin, Christophe Plomion, Oliver Brendel (2022) Molecular plasticity to soil water deficit differs between sessile oak (Quercus Petraea (Matt.) Liebl.) high- and low-water use efficiency genotypes, Tree Physiology, tpac087,
Les bases moléculaires et physiologiques de l’efficience d’utilisation de l’eau (EUE) ont été étudiées en détail chez les plantes cultivées dans le contexte de l'amélioration génétique des plantes. Ces connaissances restent encore très limitées chez les arbres forestiers, malgré la nécessité d'identifier des populations ou des génotypes capables de faire face à des périodes de sécheresse plus longues et plus intenses. Dans cette étude (réalisée dans le cadre du projet ANR H2Oak), nous avons utilisé un plan factoriel complet dans lequel des semis de chênes sessiles présentant des valeurs d'EUE contrastées ont été élevés dans des conditions limitantes ou non d’alimentation en eau. Le caractérisation physiologique et moléculaire de ces quatre groupes de génotypes a permis de mettre en évidence des différences d'expression de quelques gènes. Nous nous sommes focalisés sur ceux présentant une interaction GxE, c'est-à-dire présentant des différences d'expression entre les deux groupes de plantes (EUE faible vs. élevée) en fonction de leur niveau d'alimentation en eau. Ces gènes révèlent les "stratégies moléculaires" de chaque groupe pour faire face au déficit hydrique imposé; un résultat qui contribue à alimenter nos  connaissances sur la diversité des réponses adaptatives du chêne sessile face à la sécheresse.


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Quel éditeur accorde aux chercheurs INRAE des réductions sur les frais de publication en accès libre et comment en bénéficier ?  A quel coût publier en accès libre chez plusieurs éditeurs ? Combien dépense INRAE chaque année en frais de publications ?
L’équipe Ressources électroniques de la DipSO répond à ces questions dans :
-
une fiche de synthèse
- une rubrique dédiée sur le site reselec :
 
L’Equipe Ressources électroniques de la DipSO (Karine Louembé, Karine Robineaud, Laurence Porte :
dipso-reselec@inrae.fr
) reste à votre disposition pour tout renseignement complémentaire
 

 
Cette rubrique ne sera plus alimentée pour éviter (i) la redondance avec les messages (plus complets) que vous recevez directement de nos deux tutelles (notamment les notes de service d'INRAE que vous pouvez aussi retrouver via ce lien et les notes de cadrage de l'UB), (ii) ainsi que le biais dans la sélection des items qui vous été présentés.

UB

>Vous avez été nombreux/ses à suivre la formation/ prise en main de l'outil Open4Research, base de données en ligne des financements pour la recherche.
Nous espérons que cette formation vous aura été utile!
Pour celles et ceux d'entre vous qui n'ont pu y assister vous pouvez retrouver l'essentiel de ce qui a été présenté sur 3 modules vidéo  :
 

https://youtu.be/GyZV-RzUA1U : comment s’enregistrer
https://youtu.be/MHp1bKo7o20 : recherche par mots clés bonnes pratiques
https://youtu.be/ixeKcMlxLJg - Comment créer une alerte

INRAE

>Une nouvelle évolution a été portée sur l’élaboration des OM. Il s’agit du niveau de vigilance du pays d’arrivée dans l’ordre de mission. Vous devez simplement renseigner un champ supplémentaire lors de la création de l’OM indiquant le niveau de vigilance du pays de destination (vert, jaune etc.) et cette information sera portée à la connaissance de l’approbateur de l’OM.


>Régime indemnitaire des personnels enseignants et chercheurs (RIPEC)
Porté dans le protocole d’accord relatif à l’amélioration des rémunérations et des carrières du 12 octobre 2020 dans le cadre de la loi de programmation pour la recherche, le régime indemnitaire dédié aux chercheurs devait être revu en profondeur afin de renforcer l’attractivité des métiers de la recherche. Un nouveau régime indemnitaire pour les personnels enseignants et chercheurs (RIPEC) est donc créé. Les personnels éligibles à ce dispositif sont les agents et agentes des corps de chargé de recherche et de directeur de recherche.
 La mise en œuvre du RIPEC doit se faire sans discrimination et comprend 3 composantes, deux indemnités et une prime :
  • une indemnité statutaire versée en application d’un barème annuel défini par arrêté (C1) qui remplace l’ancienne « prime de recherche » ;
  • une indemnité fonctionnelle liée à l’exercice de certaines fonctions ou responsabilités particulières et plafonnée par groupes de fonctions ou de niveau de responsabilités (C2) qui remplace l’ancienne ISFIC;
  • une prime individuelle liée à la qualité des activités et à l’engagement professionnel des chercheurs et chercheuses au regard de l’ensemble de leurs missions (C3). Elle nécessite d’en faire la demande via un dossier à remplir par chaque chercheur ou chercheuse qui souhaite candidater et à déposer dans le cadre de la première campagne à partir du 5 septembre et au plus tard le 17 octobre 2022, minuit. Les dossiers seront à envoyer à « ripec-c3@inrae.fr ». Le début du versement pour les lauréats de cette campagne débutera en janvier 2023. A noter que le département n’intervient pas dans ce processus de sélection. 
 
Plus d’infos et dossier de candidature à télécharger
ici
 
Cette rubrique ne sera plus alimentée pour éviter les redondances avec les nombreux messages que vous recevez par ailleurs, notamment l'infomail d'ECODIV que vous recevez toutes les semaines.
 
>ECOLE-CHERCHEURS MULTIRISQUES
Développer une approche scientifique autour des risques multiples dans un contexte de changements globaux. Partager et co-construire les concepts et les méthodes.
Du 14 au 18 novembre, en résidentiel proche de la forêt de Chantilly


>Santé des écosystèmes forestiers : enjeux de société
Le GIP Ecofor et ses partenaires ont le plaisir de vous annoncer l'organisation du colloque scientifique “
Santé des écosystèmes forestiers : enjeux de société” le 21 et le 22 mars 2023 au Muséum National d'Histoire Naturelle, Jardin des Plantes. 

>TRIDIFOR – Méthodes innovantes d’analyse de données 3D en forêt

INRAE, l’ONF, l’Université de Sherbrooke, Ressources Naturelles Canada et le GIP Ecofor ont le plaisir de vous inviter à assister au colloque « TRIDIFOR – Méthodes innovantes d’analyse de données 3D en forêt ».
Le colloque aura lieu de manière simultanée au Québec et en France, en visioconférence du 20 au 22 septembre, avec trois sessions d’une demi-journée de 14h30 à 17h30 heure de Paris (UTC+2) et de 8h30 à 11h30 heure du Québec (UTC-4).
Il s’inscrit dans la continuité des ateliers LiDAR-t pour la communauté francophone organisés de 2010 à 2018. Ce colloque s’adresse à l’ensemble de la communauté scientifique francophone utilisant des données 3D de scènes forestières. Il a pour objectif de créer un espace d’échanges multidisciplinaires sur l’état de l’art, les perspectives et les enjeux attachés aux traitements de ces données dans un contexte forestier.
La première session portera sur le LiDAR aéroporté. La deuxième session sera dédiée aux logiciels de manipulation et visualisation des données 3D. Enfin, la troisième session s’intéressera au LiDAR terrestre

 
Vous pouvez consulter l’annonce et le programme détaillé du colloque à ce lien :
http://www.gip-ecofor.org/wp-content/uploads/2022/07/TRIDIFOR-Programme-final.pdf.
L’inscription est obligatoire. Vous recevrez un lien de connexion à la visioconférence à l’adresse mail utilisée pour remplir le formulaire d’inscription :
https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfJj8B4AtCoIwdbSj9sDVreTevX7DaNsalLhvYBDb4pUukl4A/viewform?usp=sf_link.
N’hésitez pas à faire suivre le programme aux personnes que vous jugeriez intéressées. 


>EPSO FoPD: It’s still possible until November 2022 to organize events for Fascination of Plants Day 2022. If you are interested in, please contact your national coordinatorl.


>Un atelier consacré aux applications de la télédétection pour le suivi de la santé des forêts aura lieu à Nancy le 4 octobre. Les inscriptions à cet atelier sont gratuites mais le nombre de places est limité. Plus d’information sur cet atelier coorganisé par le Cnes, l’ONF, le CNPF, INRAE et l’Université d’Orléans à cette adresse : https://www.theia-land.fr/foret/2022-sante-foret

Actualités 2RI FORWARD :
A notre demande, la plupart des conférenciers ont accepté de partager leurs présentations dès à présent .
Vous trouverez donc ces présentations sur le site de la conférence :

https://www.forests-multirisks2021.com/
 
  • Le site web du réseau a été mis en ligne https://2ri-forward.hub.inrae.fr/ (merci à Lucile Paulignan qui a construit ce site lors de stage fin aôut, qui a pris fin en aôut  )
N’hésitez pas à nous faire parvenir toutes offres de stages ou thèses ou post-docs qui pourraient donner lieu à un échange avec le Québec, et toute recherche de partenariat pour développer une projet de recherche avec nos partenaires.
 
 
 
 
 Cette rubrique ne sera plus alimentée pour éviter les redondances avec les nombreux messages que vous recevez par ailleurs.
 
> AAP conjoint du département Sciences de l'Environnement de l'Université de Bordeaux et d'INRAE.

Appel à propositions : "Projets exploratoires"
Montant : 20 000€
Durée du projet : 1 an (octobre 2022-octobre 2023)
Date limite d'envoi des dossiers : 14 septembre 2022

 
>vous pouvez d'ores et déjà vous préparer à la soumission des projets à la région NA. Date de soumission estimée: mi-déc. 2022.

> Plan d'action et AAP générique pour 2023 à retrouver sur le site web de l'ANR.

>En ce mois de septembre n’oubliez pas de finaliser vos demandes de crédits incitatifs au département ECODIV. Merci de les envoyer à Sandrine courant septembre pour une soumission fin sept. Seules les demandes de 1/2 bourse de thèse font l'objet d'une priorisation en CoDir.
 
Type Date de retour Formulaire à compléter et à déposer Lien de dépôt de fichiers
Allocations doctorales 3 octobre  17h Formulaire + CV éventuel du candidat Fichiers à déposer
sur l’outil web IB
Post-Doc Formulaire + CV éventuel du candidat
Pari-scientifique ECODIV Formulaire
Transitions techniques ou technologiques applicables aux actifs patrimoniaux Formulaire +devis + tout autre document utile
Missions à l’étranger Formulaire
Projet COST Formulaire
Organisation d’Ecoles Chercheurs/Thématiques Formulaire
Réseau animation scientifique 7 novembre octobre minuit Formulaire Fichier à déposer sur ce lien
Déclaration MOO – CDI 15 octobre Montant à déclarer en ligne sur l’outil web IB
Colloques : Le département ne propose pas de financement en ce sens (hormis les colloques faisant l’objet d’une animation portée par un réseau scientifique).
Equipements moyens En 2023  
AO non pilotés par ECODIV
DAPP : Appui aux politiques publiques 3 octobre 12h Formulaire (appel piloté par la DAPP) Fichier à déposer sur ce lien
Métaprogrammes 3 octobre  17h Se référer aux consignes Fichiers à déposer
sur l’outil web IB
DGDSI – DRI AMI TSARA Se référer aux consignes
DRI : Soutien à la mobilité internationale Se référer aux consignes
Equipement moyen DISC Fin septembre Infos à venir Outil DISC


 
Un poste de Conservateur.trice de la réserve naturelle nationale de la plaine des Maures est à pourvoir en CDI au sein de la SNPN, Société nationale de protection de la nature. En savoir plus
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