Lettre de BIOGECO                      N° 125 Mai 2022
Edito

Bonjour à tous,

Le mois de Mai correspond en général à une période de forte activité au sein de notre unité. Nos nombreux stagiaires sont à fond dans leurs manips et/ou analyses, et de façon générale les membres des PCM et équipes sont tous très occupés et impliqués au labo ou sur le terrain.
Plusieurs animations nous sont de plus proposées :  la conférence IUFRO fagacées disponible  en ligne, un ciné-débat sur les abeilles à Villenave, un séminaire sur la fragilité génétique et le changement climatique, la présentation du projet PantNet…
Enfin afin d’améliorer nos pratiques et réaliser notre travail dans les meilleures conditions, la direction doit rédiger un plan d’action qui sera soumis au CHSCT fin juin, suite à sa visite des locaux de Pierroton en juillet 2021 et de Pessac en Décembre 2021. Nous souhaitons présenter ce plan d’action préparé par les AP à tous les Pierrotonnais lors d’une assemblée de site, le 23 mai à 11h. Des discussions ont déjà été menées avec le personnel de Pessac à ce sujet. Il est important que l’on échange sur ce plan d’action à Pierroton pour qu’il soit validé par le plus grand nombre possible.
 
Je souhaite à toutes et tous un joli mois de Mai !
 
Cécile
 
Sommaire
 

La photo du mois : (© Juliette Arhambeau) Unité Conservatoire des ressources génétiques du pin maritime de Lacanau.
 
CU : 16 mai Airial 9h30

Assemblée de site Pierroton : 23 mai Airial 11h

CODIR : 23 mai Airial 13h30

Arrivée
Théo Dokhelar est arrivé en Mars pour un CDD IE de 5 mois dans l’équipe BIODIV. Il travaille avec Audrey sur une méta-analyse et va également conduire des missions de terrain ce printemps. 

Timothé Lajubertie rejoint l'équipe BIODIV le 9 mai pour une durée de 2 mois. Son stage s'intègre dans l'étude de l'impact de l'herbivorie précoce des herbivores natifs sur la punaise envahissante du chêne (Corythucha arcuata) dans les différentes espèces de chênes en ville. Il travaillera avec Elena Valdés-Correcher, Bastien Castagneyrol et Laura Schillé.

L’équipe Biodiv accueille Tom Barlier en stage de L3 intitulé « étude du lien entre la diversité des arbres, la répartition des lézards et les tiques associées en forêts péri-urbaines ». Il participera avec Audrey et Théo au suivi des populations de lézards dans trois bois péri-urbains autour de Bordeaux, à la récolte des tiques associées aux lézards, et au traitement numérique des données

Tom Roussel, étudiant en L3 en Sciences du Vivant à l'Université de Bordeaux, va rejoindre l'équipe Gemfor à partir du 9 mai 2022. Il travaillera avec Lisa Eichenlaub, doctorante au sein de l'équipe. Il aura l'occasion de travailler sur les causes biotiques des dépérissements des chênes et notamment sur la thématique de l'Acute Oak Decline. Il sera amené à aller sur le terrain pour réaliser des prélèvements et à poursuivre le travail en laboratoire afin d'exploiter les échantillons récoltés.

Julie Rouffignat débute un stage de cinq semaines au sein de l'équipe Gemfor dans la cadre de sa deuxième année de Licence. Elle contribuera aux manipulations en cours visant à caractériser le développement de la Chalarose du frêne, et sera encadrée par Jean-Paul Soularue.


Nous accueillons José-Alberto Ramirez Valiente, chercheur au CREAF (Centre for Ecological Research and Forestry Applications de l’Université de Barcelone), pour un séjour de 6 mois (Mai-Octobre 2022). José Alberto est écophysiologiste  et  travaillera  sur l’analyse  comparative des taux d’évolution de plusieurs caractères adaptatifs, suivis dans de le cadre de monitoring allochronique réalisé à plusieurs échelles de temps chez les chênes dans les dispositifs Treepeace. José Alberto sera alternativement au B2 et à Pierroton, et travaillera en étroite collaboration avec Antoine et Sylvain.

Départ
Alejandra Goncalves, de l'Institut de Biologie Tropicale de Posadas, Misiones, Argentine, termine son séjour scientifique à BIOGECO. Elle a produit des données SSR-Seq sur l'arbre subtropical Anadenanthera colubrina, en collaboration avec la plateforme PGTB et Myriam.

 
>rappel: Merci de  pas utiliser un VS pour des convenances personnelles et surtout de ne pas  transporter des enfants ! Le siège enfant oublié dans un VS est au secrétariat.

>C'est avec une immense tristesse que nous avons appris le décès de Jean-Marc Guehl, chercheur à Nancy, ancien chef du département EFPA (voir son parcours professionnel ici). Nous perdons un scientifique qui a tracé la route à de nombreux écophysiologistes, un homme à l'humanité exceptionnel pour toutes celles et ceux qui ont eu la chance de travailler avec lui ou de le côtoyer. L'unité adresse à sa famille et ses proches toutes ses condoléances.
 
Le Prix Jussieu a été décerné  par la Société botanique de France. à   Clément Larue, Eva Austruy, Gaëlle Basset et Rémy Petit pour leurs travaux sur la pollinisation du châtaignier . Bravo à eux!
 

>URGENCE: Le troisième volet du rapport du Groupe intergouvernemental d'experts sur l'évolution du climat se penche notamment sur les différentes pistes à suivre afin de limiter au maximum le réchauffement climatique par rapport à l'ère pré-industrielle. Ce rapport fait suite au deuxième volet du sixième rapport d’évaluation du Giec publié le 28 février 2022 qui portait sur les effets, les vulnérabilités et les capacités d’adaptation à la crise climatique. Quant au premier volet, en date d'août 2021, il concluait que le changement climatique était plus rapide que prévu.

>SOLAGRO - Avril 2022_ La Face cachée de nos consommations - Quelles surfaces agricoles et forestières importées?

Cette étude menée par Solagro éclaire la question des importations sous un angle inédit. Elle s’intéresse aux surfaces agricoles et forestières dont nous avons besoin, à l’autre bout de la planète, pour produire nos biens de consommation courante, alimentaires et non-alimentaires et elle présente les impacts induits de l’exploitation de ces surfaces. L’originalité de cette étude consiste à ne plus seulement mesurer les importations en euros et en tonnes mais en surfaces, éclairant les enjeux environnementaux sous un angle nouveau. La France est exportatrice nette de 2,7 millions d’hectares. Néanmoins, ce solde positif cache de nombreux flux d’imports et d’exports : "La face cachée de nos consommations". En effet, la France reste très dépendante de l’étranger. Les produits que nous importons (soja, cacao, café, viandes, huile de palme, coton, fruits et légumes, bois...) nécessitent une surface de 14 millions d’hectares hors de nos frontières soit 25% de la surface de la France. Pour la plupart, ces productions génèrent de fortes pressions environnementales : déforestation, assèchement des nappes, usage massif de pesticides... Cette brochure illustrée décrit 7 des principaux produits d’importation et leurs conséquences. Elle présente les raisons pour lesquelles notre système n’est plus durable et décrit les leviers qui peuvent être mobilisés pour réduire notre empreinte importée : sobriété, efficience, relocalisation, substitution, équité.

>Nous vous invitons à écouter cette conférence passionnante de Catherine Larrère sur l'éthique de la recherche et des chercheurs, avec en trame de fond les sciences participative.

>Animation d'une projection-débat à la bibliothèque de Saint Savin, vendredi 6 mai 2022
"Les  plantes : vivantes, étonnantes et passionnantes"
Seul le troisième des films coréens sera diffusé, vous pouvez regarder les 3 :
Green Animals Part 1. Propagation    https://youtu.be/bwRu9UetAu4
Green Animals Part 2. Starvation        https://youtu.be/Hfofo55KygU
Green Animals Part 3. Mating              https://youtu.be/sIUyxSmumcI


>Contes de nos forêts

> Découvrez la genèse des œuvres créées à Vent des Forêts.

>  Complex trait prediction

 

Sylvain, Déborah et Thomas nous parlent des projets menés sur la forêt urbaine de Floirac et du projet InterReg ForManRisk dans le JT 19-30

>Un modèle pour prédire la croissance des arbres forestiers dans un nouvel environnement. Communiqué de presse publié suite aux travaux de recherche de Juliette.


 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Colloque
 
Les plateformes PGTB (Bordeaux), EPGV (Evry), Gentyane (Clermont-Ferrand), et Get-Plage (Toulouse), réunies au sein d’INRAE Genomics, organisent leur premier colloque de génomique du 16 au 18 mai 2022 à Orléans (centre INRAE Val de Loire et hôtel Mercure Porte de Sologne).
Tous les détails, le programme, et les modalités d’inscription sont à retrouver sur la page du colloque : https://genomics.colloque.inrae.fr/
 
Projets
 
Quelques exemple de projets en ce mois de mai :
  • Du typage HLA en séquençage long reads Oxford Nanopore, en collaboration avec Philippe Moreau (CEA)
  • De la transcriptomique dans le cadre d’un projet qui étudie l'influence de l'enrichissement (sensoriel et physique) du milieu de vie des porcs sur le phénotype de leurs cellules immunitaires sanguines. Ce travail se fait en collaboration avec l’UMR PEGASE de Saint-Gilles (Elodie Merlot)
  • Toujours de la transcriptomique en collaboration avec Jean-Charles Leplé, pour appréhender les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l’élaboration du phénotype à partir du génotype chez le pin maritime
  • Du metabarcoding pour analyser la colonisation du système racinaire et foliaire de peupliers modifiés dans leur capacité à produire de l'éthylène, travail réalisé en collaboration avec Aurélie Deveau (UMR IAM de Champenoux)
 
Communication
 
Depuis le début du mois d’avril, la PGTB a un nouveau site internet : https://pgtb.fr
Vous y retrouverez l’ensemble de nos applications et équipements, accessibles en collaboration, mise à disposition ou prestation.
 
  Activité de broyage à Pierroton :

Actuellement les broyages de végétaux, feuilles, cambium, glands... sont réalisés en routine dans des pots de broyage en polyacétal. Mais ce matériau étant altéré avec des échantillons chargés de sables ou de minéraux, l'atelier broyage s'est équipé de pots en acier inoxydable AISI 420. Ce matériau permettra des broyages de litières, de racines ou de sol. Ces pots comme ceux en polyacétal sont étanches (joint NBR) et peuvent être refroidis dans l'azote liquide et passés à l'autoclave ou exposés au UV).
Nous disposons actuellement de 6 pots, qui sont à votre disposition pour des essais ou des broyages de petites séries.

 
>6 mai, visioconférence, 13h30 - 17h00

Séminaire sur les indicateurs de fragilité génétique pour l’anticipation des changements climatiques
Le lien de connexion sera envoyé aux inscrits avant l’événement.
Inscription ici.

Intervenants
❖ Jean-Louis Durand , Directeur de recherche INRAE Nouvelle-Aquitaine-Poitiers, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies Plantes Fourragères (UR P3F).
❖ Jean-Paul Sampoux, Ingénieur de recherche INRAE Nouvelle-Aquitaine-Poitiers, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies Plantes Fourragères (UR P3F).
❖ Philippe Gallusci, Professeur de biologie moléculaire végétale à l’Université de Bordeaux, Unité mixte de recherche ecophysiologie et génomique fonctionnelle de la vigne.
❖ Myriam Heuertz, Directrice de recherche INRAE, Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux, Unité mixte de recherche Biogeco.
❖ Elsa Barrillon, Chargée de mission Futurs-ACT (Animatrice) 
Contact : Elsa Barrillon - Chargée de mission Futurs-ACT - info@futurs-act.fr

>20 mai - B2 Pessac et visio -

❖ Pierre Bonnet, CIRAD - Présentation du projet Pl@ntnet
❖ Atelier participatif Biogeco sur The Global Vegetation Project ...venez nombreux pour contribuer via vos spots préférés.
Goncalves, A.L., García, M.V., Barrandeguy, M.E., González-Martínez, S.C., Heuertz, M. Spatial genetic structure and mating system in forest tree populations from seasonally dry tropical forests: a review. Tree Genetics & Genomes 18, 18 (2022).

Participation de l'unité (Hervé, Antoine, Sylvain, Christophe) au 2nd numéro de ressources: Quelles gestions des forêts pour demain?
INRAE


>Un nouveau site pour guider les accueils internationaux à INRAE

 

Un nouveau guide des accueils internationaux INRAE, sous forme de site web, est désormais à leur disposition pour faciliter leur venue et leur séjour dans l’institut. Piloté par le service Mobilité internationale et interculturalité (M2i) de la DRI-DRH, ce guide bilingue s’adresse spécifiquement aux scientifiques étrangers qui souhaitent rejoindre INRAE ou viennent d’intégrer l’institut récemment.
> Ciné-débat autour du film « Être avec les abeilles », Le Cube, Villenave d’Ornon, mercredi 4 mai à 19h (fin prévue vers 21h15).
 Une projection du film « Être avec les abeilles » est organisée par la mairie de Villenave d’Ornon, dans le cadre d’une programmation de rendez-vous durables permettant de sensibiliser le grand public aux thématiques environnementales et plus largement au développement durable. Le film sera suivi d’un échange avec nos collègues Rémy Petit et Frédéric Revers, et une apicultrice, Mme Gaulin. Cette soirée aura lieu mercredi 4 mai au Cube, chemin de Cadaujac à Villenave d’Ornon. Projection gratuite et ouverte à tous. Rendez-vous à 19h (fin prévue vers 21h15).

> The talks of the “IUFRO Fagaceae and Nothofagaceae" available on ” Youtube Channel
Online meeting 2nd of May, 12-14 - 16h

>Kai Voss-Fells, professeur de génétique à l'Université de Geisenheim (Allemagne) - 10 mai à 14h00 à l'amphi INRAE (Grande Ferrade).  Accelerating crop genetic gains via genomics-assisted breeding

> Mémoire épigénétique chez les plantes, par Philippe Gallusci et Bernadette Rubio.
18 mai à 14h. L'inscription est obligatoire. Un lien de connexion sera envoyé aux participants.
 
Lancement de la campagne d’accompagnement ERC Starting & Consolidator 2023 et webinaire d’information le 20/05
 
La procédure de sélection INRAE afin d’accompagner les chercheurs souhaitant déposer un projet ERC aux prochains appels Starting 2023 (clôture de l’appel : 25 octobre 2022) et Consolidator 2023 (clôture de l’appel : 2 février 2023) est ouverte.
Un webinaire, intitulé « ERC, pourquoi pas moi ? », est organisé à cette occasion le vendredi 20 mai, entre 10h et 12h.
> Inscriptions obligatoires, avant le 18 mai.
> Plus d’informations sur le webinaire
Les personnes intéressées par le dépôt d’une ERC sont invitées à se rapprocher au plus vite de Christophe Plomion et Barbara Lacor et de faire remonter leur candidature via le formulaire, leur CV et leur liste de publications avant le vendredi 20 mai, pour analyse du département ECODIV.
> Plus d’informations sur les attentes du Conseil Européen de la Recherche (ERC)
> Consultez la page INRAE dédiée aux ERC
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