Lettre de BIOGECO                      N° 98 Septembre 2019
Edito

Bonjour à tous,

Après une interruption estivale, voici le nouveau numéro de la "Lettre de Biogeco". Elle marque la reprise de nos activités de recherche et d'enseignement, qui ont été allégées pendant quelques semaines.
Nous avons eu des retours très positifs des participants, externes et internes, à notre débat Science-société que nous avions organisé à l'occasion de notre AG. Merci à tous les collègues de l'UMR qui ont contribué à cette organisation et aux présentations. Le succès rencontré nous a conduit à organiser un second débat Science-Société, portant cette fois-ci sur la biodiversité. Emmanuel Corcket s'est proposé pour préparer cette rencontre qui aura lieu en janvier. N'hésitez pas à le contacter pour lui faire part de vos idées et suggestions.
Au cours de l'été, nos deux PCM GENOBOIS ET PGTB ont été lauréats (i) de la campagne de labellisation de l'Université, ce qu'il leur ouvre la possibilité de répondre à des appels d'offre de l'Idex (ii) de l'appel à projet PF du labex COTE, ce qui leur permettra de poursuivre leurs développements technologiques. Bravo à eux!
Nous souhaitons à tous une très bonne rentrée, rentrée qui comme d'habitude s'annonce chargée avec la reprise des cours, le démarrage de nouveaux projets et la préparation de nouveaux (cf appel d'offres INRA, région, ANR  ..). N'oubliez pas non plus de formuler vos souhaits de formation!

Cécile
Sommaire
 

La photo du mois : Benjamin Brachi) Génotype A4 de chêne pédonculé (Arcachon) utilisé pour les croisements contrôlés. L'étiquette est encore là 25 ans après avoir été posée par Guy Roussel !

Mardi 3 septembre
> Conseil d'unité (9h30, Airial, Cestas)


Mercredi 11 septembre
> Soutenance de l'HDR par Stéphanie Mariette (13h30, B2, Pessac) "Histories évolutives et systèmes de reproduction d'arbres forestiers et domestiqués"


Lundi 16 septembre
> Codir (10h, B5, Pessac)

Lundi 23 septembre
> Assemblée de site de Pessac (10h, B2, Pessac)

Leander Love-Anderegg, de l'Université de Californie, Berkeley, est invité du 1er au 19 septembre pour une collaboration sur la prévention de la mortalité forestière. Il est accueilli par Sylvain Delzon sur le site de l’université.

> Pour l'AAP ANR (cf rurique plus bas), notez la date du 24 octobre (pendant les vacances de la Toussaint) pour la clôture de la soumission des prépropositions  (PRC, PRCE, JCJC) et l'enregistrement des projet PCRI. Au sein de l'unité, merci d'anticiper les contacts auprès des collègues potentiellement impliqués (notamment ceux œuvrant au sein des PCM). Pour la partie budgétaire, merci d'anticiper votre interaction auprès de Florence et Fabienne Schneider (pour l'Inra) et Alice (pour l'UB) début octobre selon que le porteur est un personnel INRA ou UB. Il faut en effet mettre en ligne les infos administratives et caler le budget global sur le site web de l'ANR. L'ANR a changé ses rubriques budgétaires...elle portent vraiment à confusion. Ce interaction est donc vraiment importante.

> Prolongation du contrat doctoral au delà des trois ans. cf note de la DRH Inra ici.
Depuis le 01/01/2019, les nouvelles règles de gestion pour les agents contractuels doctorants recrutés par l’INRA sont les suivantes :
Toute demande de prolongation devra être analysée et validée par :
  • Le service RH de Centre pour toutes demandes < ou = à 3 mois
  • Le Pôle gestion et emploi des contractuels du DAP de la DRH pour toutes demandes > à 3 mois
Pour info au-delà de 6 mois, les demandes font l’objet d’une validation par le DG délégué aux affaires scientifiques.

La demande de prolongation est transmise au moins 1 mois avant l’expiration du contrat doit être accompagnées des documents suivants
  • Demande écrite de l’agent
  • Avis du DU
  • Avis du chef de département (une contre signature de l’avis du DU peut être suffisante)
  • La vérification de la soutenabilité financière (engagement de l’unité)

> Contrat CDD Inra
Depuis le 01/07/2019, une nouvelle grille de rémunération pour les contractuels est applicable à l’Inra. Elle s’accompagne de l’introduction du versement du SFT (supplément familial de traitement = prime versée en fonction du nombre d'enfants) et de l’IR (indemnité de résidence = seules certaines villes sont concernées, la Gironde en est exclue). Cette rémunération sera applicable à tous nouveaux recrutements ou renouvellements de contrat à compter de ce même jour, mais sans effet rétroactif.
A l’attention des recruteurs : Pensez à prévoir un complément pour le SFT en plus du salaire pour les prochains recrutements ou prolongations de contrat. Le montant du SFT dépend du nombre d’enfants à charge et de l’indice de rémunération.
Pour en savoir plus

> Le recours au service de covoiturage Blablacar pour les transports et au service de location entre particuliers avec Airbnb pour l’hébergement n’est pas autorisé (en France et à l'étranger) pour des raisons notamment d’assurance et de responsabilité.

> N'oubliez pas de vous inscrire aux sessions d'automne de la formation initiale SST (sauveteur secouriste du travail) et pour le recyclage, merci de passer par Sandrine pour trouver une date commune pour celles et ceux qui souhaitent le faire sur Pierroton (il nous faut au moins 5 personnes).

> Réception de colis - rappel :
 - les bons de livraisons doivent être systématiquement remis aux secrétaires
 -vérifier que le matériel réceptionné est intact ou qu'il ne manque rien en pointant les articles

> L'ensemble des Véhicules de Service du site de Cestas sera indisponible le 20 sept. de 13h30-14h30 pour une inspection générale.
> Mission GENTREE avec l'UEFM d'Avignon dans les forêts de chênes sessiles en Charentes...stéfanie en train de torturer un chêne ... ou plutôt l'inverse !



>Depuis le 1er mars 2019, Antoine KREMER est nommé en qualité de Référent intégrité scientifique de l’INRA pour une durée de trois ans. Retrouver le le 6 décembre pour une présentation de ce chantier au sein de l'INRA.

>Retrouvez
ici toutes les présentations faites lors de l'AG des 24 & 25 juin dernier.
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
 
6 septembre
9h30-10h30 à l'Airial
Xosé Lopez Goldar
(Misión Biológica de Galicia, MBG-CSIC): Relationship between genetic variation in resistance to a key insect herbivore and inducible plant secondary metabolites in maritime pine
(diapo en anglais, présentation en anglais)

13 septembre
9h30-10h30 au rdc du B2 Pessac
Christophe Orazio (IEFC). EFIPLANT activités et devenir de la ‘EFI planted forest facility’ de Pierroton (diapo en anglais, présentation en français). Départ de Pierroton à 9h en Traffic (8 places, cf Christophe si vous êtes intéressés).

20 septembre: en cours

27 septembre
9h30-10h45 à l'Airial
Simon Labarthe (UMR MaIAGE Jouy-en-Josas, UMR Biogeco), Mathematical modeling and microbial ecology (diapo en anglais, présentation en français)

* Projet AGIS : analyses génétiques in situ  (coord. Olivier Lepais)
Le PCM PGTB a obtenu un financement du Labex COTE dans le cadre de l’Appel d’offre plates-formes d’analyse pour une durée de  3 ans afin de développer et tester trois types d’outils d’analyses génétiques sur le terrain (séquençage d’ADN Oxford Nanopore Technologies MinION, mini qPCR et amplification isothermique). Ces approches seront appliquées au cours de 5 études pilotes abordant différentes problématiques (détection de la présence d’espèces, identification d’espèces et caractérisation des communautés) en collaboration avec les unités EABX (Marie-Laure Acolas, Françoise Daverat) et BIOGECO [équipes BIODIV (Corinne Vacher) et GEMFOR (Marie-Laure Loustau et Cécile Robin)]. L’objectif est de tester la pertinence de ces méthodes dans le cadre d’applications pouvant bénéficier d’un résultat rapide loin de tout laboratoire spécialisé. L’identification et la levée de certains verrous technologiques devrait permettre de faire émerger de nouveaux usages des outils de la génétique, et en particulier de faciliter leur transfert d’applications au secteur socio-économique.

* Projet CAVIPLACE : Visualisation de l'embolie vasculaire dans les feuilles et transpiration cuticulaire (coord. Régis Burlett).
Le PCM GENOBOIS a obtenu un financement du Labex COTE dans le cadre de l’Appel d’offre plates-formes d’analyse pour une durée de  3 ans afin de développer la technique de visualisation de l'embolie vasculaire dans les feuilles ainsi que la transpiration cuticulaire.

* Projet * Projet Post-doc Idex "Dépérissement du pin à crochet dans les Pyrénées".(coord. Sylvain Delzon)
Ce projet sera mené en partenariat avec Todd Dawson et Lee Anderegg qui étudient les dépérissements de séquoia en Californie.


* Projet ANR FOREPRO "Impact of climate change on forest reproduction and regeneration " avec comme partenaires LBBE (coord.), BIOGECO, ESE, CEFE, ONF. Pour BIOGECO seront impliqués Sylvain, Antoine, Jean-Marc, Benjamin, Gaëlle, post-doc 24 mois, technicien CDD 12 mois.
 In this project, we will study oak forests (Quercus spp.). Oak masting has massive impact on the demography of various acorn consumer species (insects, birds, ungulates), and could, by extent,
also impact the dynamics of forest ecosystems as a whole. This project aims at (i) quantifying the impact of societal decisions on seed production and regeneration and (ii) providing guidance to sustainable forest
management through acquiring sound knowledge and accurate tools for regeneration policies, following three axes: (1) identifying the physiological, climatic and societal factors that alter oak masting, (2) analyzing the interactions between oak masting and insect specialist acorn consumer dynamics, and (3) providing forest managers with tools or knowledge in support to their policies. We will focus on three species living in contrasted environments (pedunculate and sessile oaks -Q. robur and Q. petraea- in temperate and mountain regions and holm oaks Q. ilex in Mediterranean region).
> Info du Centre INRA: Une action de sensibilisation sur le risque routier va avoir lieu la journée du 26 septembre sur le site de la Grande Ferrade.

Fort T., Pauvert C., Zanne A. E., Ovaskainen O., Caignard T., Barret M., Compant S., Hampe A., Delzon S., Vacher CMaternal effects and environmental filtering shape seed fungal communities in oak trees. BioRxiv,

Cette étude a été initiée en 2015 lors de la visite d'Amy Zanne à Biogeco. Nous avons échantillonné, pendant deux années consécutives, des glands (dans l'arbre et au sol) le long des gradients altitudinaux Pyrénéens puis analysé leurs communautés fongiques par métabarcoding. Nous mettons en évidence des effets de l'altitude et des effets maternels sur ces communautés. Nos résultats suggèrent également la transmission verticale de champignons pathogènes, en association avec leurs antagonistes. Un grand bravo à Tania Fort pour ce premier article de thèse!


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> Le mémento FCBA 2019 est paru! Retrouvez vite toutes les données publiques concernant les secteurs forêt bois papier ameublement. Plus d'infos

> La nouvelle version de NORIA (NOtoriété des Revues et Indicateurs d'Articles) est disponible (accès via le LDAP) sur le site de l'IST. pour plus d'information se reporter à la notice d'information.

> Pour consulter le Plan national pour la science ouverte, c'est
ici.


> Rappel : pour consulter les productions scientifiques, lettres d'infos, rapports et autres archives du GIP ECOFOR, c'est ici.

> Retrouver régulièrement  la lettre d'information de la mission économie de la biodiversité ici.
Les PCM GENOBOIS et PGTB ont été labellisées par l'Université de Bordeaux...Bravo!
Ce label leur ouvre des possibilités de financement via l'IDEX.
INRA
> L'instruction budgétaire et l'appel d'offre incitatif 2020 émanant du département EFPA sont lancés. Nous ferons un bilan des demandes en CoDir le 16 septembre.

> La campagne INRA de recueil des souhaits de formation est ouverte. Le recueil se fait grâce aux processus aidés directement dans HR Access avec votre Ldap :
https://intranet6.inra.fr/sirh/INRA - menu sur la droite (HR Access (Cnx LDAP)). Puis dans votre profil agent, menu de gauche : ma formation – souhait de formation. Vous pouvez dès à présent exprimer vos souhaits, et ce, jusqu'au 20 septembre 2019.

> Découvrez le dispositif d’accompagnement des chercheurs de l'INRA à l'ERC ici.


> La bourse annuelle de mobilité interne (BAMI) 2019 est ouverte. Plus de 250 besoins susceptibles d’être pourvus sont proposés à la mobilité via le site web de l’Inra. Les candidatures sont ouvertes du 29/08/2019 au 19/09/ 2019 (17h00). Les agents pourront faire acte de candidature en ligne via le processus guidé d’HR access en joignant une lettre de motivation, un CV et/ou leur fiche carrière.

UB
> La campagne de recueil des besoins en formation est ouverte. Vous pouvez faire remonter vos besoins via votre/vos responsables d'équipe.

> 10 sept. 9h: Présentation du programme Marie Sklodowska Curie Actions ITN* & RISE** (Réseaux de formation doctorale* et d’échange de personnels**) - Auditorium IECB.

> Retrouvez ici le calendrier de l'école doctorale. A noter : mardi 3 septembre : dépôt des candidatures ADT / HDR
> L'édition 2019 des Rencontres d’Ecologie des Paysages se déroulera sur Bordeaux du 5 au 7 novembre 2019 (à BSA précisément). Le site pour s'inscrire et soumettre des résumés est ouvert ici.  Pour Biogeco, Inge, Marie-Lise, Didier et Fred participent au comité d'organisation.

> Training workshop on “Methods in forest conservation genetics”, December 10-13, 2019 at INIA, Madrid, Spain

As part of Gentree project (
www.gentree-h2020.eu) dissemination and training activities, this workshop aims to provide a general conceptual background and hands-on experience in the analysis of molecular and quantitative genetic data, and of trait-based species distribution models (ΔTraitSDM), for conservation genetics relevant problems in tree species. Emphasis will be on statistical and modelling tools, rather than on the data acquisition process.

Topics will cover: summary of relevant population genetic parameters in conservation; estimation of effective population size and inbreeding; estimation of genetic connectivity and introgression; surveying genome-wide molecular diversity in natural populations; inferences of selection and historical demography; design and analysis of common garden experiments to assess adaptive quantitative genetic variation and phenotypic plasticity; estimation of additive genetic variance, heritability and evolvability; trait-based species distribution models (ΔTraitSDM) as forecast tools for genetic conservation.

Registration is free and the organization will cover the accommodation expenses, breakfast and lunches of up to 20 students.


The application deadline is July 25th, please visit the workshop’s website for application instructions, the list of instructors, contact information, and other details.

>
Plant Genomes in a Changing Environment conference , 16-18 October 2019, Wellcome Genome Campus in Hinxton, near Cambridge, UK.

SAVE THE DATE pour 2020
> GENETREE FINAL CONFERENCE 27-31 Janvier 2020
Nous irons en véhicule de service (Trafic Renault). Les personnes intéressées : contacter christophe pour l'organisation.


> Le 9ème symposium international dédié à l'archéologie biomoléculaire se tiendra à Toulouse en 2020.

> Le Groupe de Recherche 3544 "Sciences du Bois" met à jour sa liste de membres. L’objectif de ce GDR est de structurer la recherche sur le bois en France pour lui (re)donner une visibilité nationale, contribuer au développement de la formation en sciences du bois et servir de relai aux réseaux internationaux de sciences du bois. Plus d'informations sont disponibles sur la page https://www6.inra.fr/gdr-sciences-du-bois/ .
Si vous souhaitez faire partie de la liste mail de ce GDR, écrivez à
camille.lepoittevin@inra.fr.
Sachez par ailleurs que les prochaines journées scientifiques de ce GDR auront lieu à Epinal du 18 au 20 novembre 2019. Le GDR offre des possibilités de financement pour les étudiants et docteurs sans emplois qui présentent un poster. Toutes les informations ici :

https://gdr-bois-2019.event.univ-lorraine.fr/


> Plant and Animal Genome conférence (San Diego jan 2020). PAG

> Séminaire IECB vendredi 13 septembre de Perdita Barran, University of Manschester : Increasing the Number of Women in Science, and how individual actions can make a difference.
> L'appel à projet générique de l'ANR est ouvert.

> Edition 2019 de l’appel à projets de recherche participative CO3 : Co-Construction des Connaissances pour la transition écologique et solidaire est  lancée et disponible
ici.

> Le partenariat avec la Nouvelle-Zélande pour 2020 (programme Hubert Curien Dumont d’Urville) est ouvert
ici. Retrouver la liste complète des appels en cours sur l'espace intranet de l'UMA RI - Unité Mixte (INRA CIRAD) d'Appui aux Relations Internationales (ex avec le Brésil).
Retrouvez ici de nombreuses offres de poste à l'International.
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