Lettre de BIOGECO                      N° 112 Février 2021
Edito

Bonjour,
Pour commencer je vous adresse, au nom de la Direction, tous mes vœux pour 2021 et vous souhaite beaucoup de bonheurs et de réussites dans votre vie privée et professionnelle.

2021 a été proclamée l'année internationale de la paix. Au delà de la situation sanitaire pesante que nous vivons (je pense surtout à nos enfants, à nos ainés ainsi qu'aux étudiants), rappelons nous juste que d'autres maux bien plus graves atteignent de nombreux peuples. Cette crise sera t-elle salutaire sur le changement de trajectoire que nous devons prendre? L'avenir nous le dira mais comme la paix, tout commence autour de chacun.e de nous et à chaque instant.

Pour revenir à des considérations plus terre à terre, ce début d'année a été marqué par la dernière étape de notre évaluation menée par les pairs. Au delà de ce point final, ce que je retiens c'est bien la dynamique qui nous a accompagné depuis maintenant plus d'un an et qui nous projette désormais sur de nouveaux horizons scientifiques; horizons enracinés dans ce que nous avons collectivement construit depuis 2003.

Un point final ? Non bien sûr ... mais bel et bien un départ vers  la construction de nouveaux savoirs, une "science belle et utile" (sic) (F. Houllier) que nous tenterons de rendre accessible au plus grand nombre ... un autre défi de taille !

Pour terminer, je souhaite la bienvenue aux nouveaux arrivants et je remercie toutes celles et ceux qui se sont investi.e.s et qui s'investissent dans leur accueil, ainsi que les encadrant.e.s et tout le personnel technique qui vont les suivre durant ce moment si important de leur formation.

Christophe
Sommaire
 

La photo du mois : (© Clément Larue) Lors d’un affût photo au fin fond du Périgord vert, un de ces matins glacés, une mésange bleue est venue se percher sur une branche de sumac gelée. Même si elle hérisse ses plumes, il ne faut pas la confondre avec une mésange huppée !
 
22 février : Assemblée de site Pessac

1er mars 9h-16h : Assemblée Générale (le programme sera envoyé en milieu de semaine prochaine)

ARRIVEES

Olivier Bonnard intègre l'unité (équipe BIODIV) suite à la campagne de mobilité. Olivier est rattaché à l'équipe Biodiv depuis le 1er février. Il apporte avec lui ses bagages en entomologie et en écologie chimique qui s'intègrent parfaitement dans les thématiques de léquipe. Bienvenue ! Olivier rejoint également l'équipe de prévention.

Marion Walbott revient dans l'équipe Ecogere pour les mois de février et de juin pour poursuivre le travail qu'elle a démarré dans le cadre du projet Seeforest. Le mois de février sera consacré à du traitement SIG et le mois de juin à mesurer plusieurs variables écologiques sur le terrain. Marion est installée au B2

Mathilde Flores, en stage de M2 avec l'université de Bordeaux, nous a rejoint du 4 janvier à fin juin 2021 au sein de Xylomes. Elle effectuera son stage sur le déterminisme génétique des microfluctuations du tronc chez le pin maritime. Elle est co-encadrée par Alexandre Bosc (UMR ISPA) et Jean-Marc Gion (UMR BIOGECO). Elle est positionnée dans les bureaux d'ISPA sur le site de Pierroton.

Marc Antoine Villechanoux en stage de dernière année Ingénieur SupAgro Grand-Ouest, nous rejoindra le 15 février jusqu'à mi aout 2021 au sein de Xylomes. Il effectuera son stage sur le déterminisme génétique des microfluctuations du tronc chez l'eucalyptus, dans le cadre du projet B4EST avec le CIRAD. Il sera co-encadré par Alexandre Bosc (UMR ISPA) et Jean-Marc Gion (UMR BIOGECO / CIRAD).

Sarah Gentet, de l'université de Lyon, a démarré son stage de M2 avec Rémy, Clément et Olivier. Il se déroulera de janvier à juin, sur le site de Pierroton. Le sujet est le suivant :  Étude de la dispersion des insectes pollinisateurs par caractérisation génétique de leur charge en pollen. Il s'agit d'un travail exploratoire pour tester la faisabilité du génotypage de pollen présent sur le corps des insectes pollinisateurs afin d'inférer les arbres donneurs de pollen visités par l'insecte.

Syrine Bouallegue a commencé son stage de master 2 bioinformatique au 18 Janvier. Il s'intitule "Détection de variants structuraux par assemblage de génome de novo chez l’abricotier et le chêne blanc". Elle sera encadrée par Ludovic Duvaux et Quynh-Trang Bui (UMR BFP)."

Cléo Berrehail nous rejoindra du 15 fev au 15 aout pour effectuer son stage de M2 (M2 Bioinformatique UB). Elle sera affectée à l'équipe E4E et travaillera sur des données de séquences d'ADN environnemental avec Benjamin et Virgil.

Johanna Bermudes fait son stage de M2 à BIOGECO en collaboration avec Anne Lassègue qui est responsable du pôle culture à l'université de Bordeaux. Elle va aider à organiser et animer le colloque du 17 mars (Ecologie, du labo à l'école, d'ailleurs, inscrivez vous !!). Elle va également préparer avec Anne 1-3 événements de culture scientifique en lien avec les activités de BIOGECO pour la prochaine rentrée universitaire.

Pol Fernández Mató rejoint Biogeco le 1er février pour son stage de M2 pendant cinq mois. Il est étudiant du Master Erasmus Tropimundo et travaillera sur la phylogéographie du genre Symphonia en Afrique; il est encadré par Myriam Heuertz et Olivier Hardy de l'Université Libre de Bruxelles.
 

1/ Développement Durable:

Votre contribution aux actions de développement Durable attendues jusqu'au 15 février ici
-nos forces, nos actions déjà en place pour limiter notre impact sur l’env.
-nos faiblesses, nos mauvaises pratiques en terme de DD
-proposition de solutions réalistes pour y remédier

2/ HAL
Comme vous le savez, INRAE et UB sont fortement engagés dans la promotion et mise en oeuvre de la science ouverte. Parmi les différents aspects associés à cette politique, permettre un accès ouvert à nos publications via le portail national HAL [dont HAL-INRAE (hal.inrae.fr) est une déclinaison institutionnelle] est primortial. L'ensemble de nos réalisations publiées sont concernées, y compris les études et rapports, articles techniques, articles de transfert, supports pédagogiques, etc.
HAL-INRAE regroupe déjà les publications et communications scientifiques (Inra et Irstea) jusqu’à la fin 2019. Mais il y a de  grands manques sur les autres types de publications. Nous vous invitons donc à déposer l'ensemble de vos productions sur l'archive au fur et à mesure, afin que toute la richesse de nos savoirs et savoir-faire soit ouverte et accessible au plus grand nombre.
BIOGECO co-organise le colloque "L'écologie, du labo à l'école" qui se tiendra en ligne l'après midi du 17 mars. Il s'agira d'interroger la place de l'écologie dans les programmes scolaires et les interactions entre le monde de la recherche et celui de l'enseignement, notamment au travers des sciences citoyennes.
 
 
>Certains d'entre vous avaient peut être participé a cette enquête. Jadis. Voici les résultats. Je ne sais pas s'il faut s'en étonner ou pas. S'en inquiéter peut être. Se poser des questions sûrement ! 

>À voir ou à revoir : 50 000 ans d’épopée humaine dans notre ADN - Quelles conséquences pour l'avenir ?

>Le doctorat en France : du choix à la poursuite de carrière
 
Policy brief SPONFOREST: BiodivERsA vient de publier son policy brief intitulé "How natural forest expansion in Europe can offer cost-effective benefits to people", téléchargeable ici.
 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
Projets
 
Quelques exemples de projets en ce début d’année :
  • Le démarrage du projet Multitypage « Répondre aux besoins d’analyses génétiques par le développement de méthodes de génotypage multiplex », porté par la PGTB et financé par le Labex COTE et la Fédération des Plateformes de l’Université de Bordeaux. Plusieurs équipes de recherche y sont associées (BIOGECO, EABX, ECOBIOP, BFP, MYCSA), ainsi que de nombreux stagiaires de l’unité (Sarah Gentet, Soizic Rossetti, Adélaïde Théraroz, Marie-Anne Garcia).
  • De la droplet digital PCR dans le cadre du projet GRAPHYTI (Etude du potentiel endophyte du champignon entomopathogène Metarhizium robertsii sur vigne), en collaboration avec Daciana Papura (UMR SAVE - BSA).
  • Du metabarcoding dans le cadre d’un projet avec Romain Darriaut et Virginie Lauvergeat (UMR EGFV - ISVV) pour étudier notamment les champignons mycorhiziens à arbuscules du sol.
  • Du génotypage MassARRAY sur Épicéa de Sitka (collaboration John MacKay de l’Université d’Oxford) et sur Alose (collaboration Françoise Daverat d’ECOBIOP).
Labo
 
Nous avons entièrement réaménagé la zone laboratoire en toute fin d’année. Désormais, il n’y a plus de bureau ou de salle d’analyse informatique dans la partie laboratoire et la disposition des salles a été repensée. Nous avons également fait abattre des cloisons pour faciliter la circulation, avons installé des armoires à déchets ventilées et fait poser par Noam, l’électricien du centre, des prises ondulées pour protéger les équipements sensibles. Un grand merci à Philippe et Céline pour leur aide pendant ces opérations !

Qualité
 
Les 9, 10 et 11 décembre, la PGTB a passé avec succès son audit de renouvellement dans le cadre de sa certification ISO 9001|NFX 50-900.
 

5 fév. 9h30-10h30 Elena Valdés Correcher 

Titre: Facteurs de l'herbivorie des insectes chez le chêne pédonculé (Quercus robur) de l'échelle de l'arbre à l'échelle biogéographique (THEME 3)

Lien de visioconférence : https://global.gotomeeting.com/join/764523341
Code d'accès : 764-523-341


26 fév. 9h30-10h30 François Ehrenmann et Philippe Chaumeil

Titre: Déploiement d'une nouvelle application de gestion des groupes d'échantillons et des équipements de l'unité

Descriptif:  ÉCHANTILLONS / ÉQUIPEMENTS est une application web adossée à une base de données développée pour gérer le stockage des échantillons et les équipements de l’UMR BIOGECO.Deux accès distincts permettent de consulter d'une part les groupes d'échantillons (Pessac et Pierroton), et d'autre part les équipements localisés dans les différents bâtiments de l'unité.Cette nouvelle application, basée sur Samples développée initialement à l'INRAE d'Orléans, permet notamment de mieux caractériser les groupes d'échantillons, de les localiser précisément et de leur appliquer différents traitements et analyses. Une courte présentation sera suivie d'une démonstration de cet outil.

---------------------------------------------------------------------------------------------------------
RAPPEL: Pour des propositions d'invitation aux animations Scientifiques et Techniques du vendredi matin c'est  ici

Elsa Alfonsi est, depuis novembre 2020, chargée de mission qualité et suivi environnemental à l'EPA Bordeaux Euratlantique. Elle a pour principales missions : à l'échelle des projets urbains, le suivi des mesures réglementaires et l'évaluation environnementale des projets, et, à l'échelle des projets immobiliers, le suivi et l'évaluation des engagements d'innovation et de transformation durable mis en œuvre par les opérateurs.

Depuis le début du mois de janvier 2021, Myriam Garrouj a intégré la commune de Champlan, sur le plateau Paris Saclay, en tant que chargée de mission en écologie. Elle a en charge la mise en œuvre et le suivi d'actions de restauration et développement des axes liés aux trames vertes et bleues, ainsi que le développement de projets en lien avec le monde scientifique et les laboratoires de recherche. Des projets impliquant des écoles avec Bastien et Elena sont déjà dans les tuyaux !
Fort T., Pauvert C., Zanne A. E., Ovaskainen O., Caignard T., Barret M., Compant S., Hampe A., Delzon S., Vacher C.  2020. Maternal effects shape the seed mycobiome in Quercus petraea. New Phytologist, online (DOI: 10.1111/nph.17153)
Cette étude sur le microbiome des glands a été initiée par Amy Zanne (Georges Washington University) lors de sa venue à Biogeco en 2015, puis elle a été réalisée par Tania Fort dans sa thèse. Nous avons échantillonné des glands dans la canopée et au sol le long du gradient altitudinal pyrénéen, sur deux années consécutives (2015 et 2016). En combinant de la microscopie confocale, des approches de métabarcoding et des modèles de réseau, nous avons montré que les glands contiennent une communauté fongique diversifiée. Nos analyses suggèrent la présence de champignons dans l'embryon ainsi que la transmission d'associations pathogène-mycoparasite de l'arbre mère à sa descendance. Nous avons aussi montré que les communautés fongiques associées aux glands diffèrent d'un arbre mère à l'autre au sein d'une même population de chêne. Cette étude, qui s'inscrit dans le thème 3 du projet d'unité, est actuellement prolongée par l'analyse des bactéries associées aux glands (collab. IRHS) et par des études similaires sur d'autres espèces (projet Holobrom en collaboration avec EcoFog, échantillonnage sur hêtre réalisé dans le Ciron en 2020).

Cheikh Albassatneh M, Escudero M, Monnet AC, Arroyo J, Baccheta G, Bagnoli F, Dimopoulos P, Hampe A, Médail F, Nikolic T, Ponger L, Vendramin GG, Fady B (2021) Spatial patterns of genus-level phylogenetic endemism in the tree flora of Mediterranean Europe. Diversity and Distributions, doi: 10.1111/ddi.13241.
Cet article est la plus récente production de WOODIV, un projet CESAB sur la diversité d'arbres en méditerranée.
 

INRAE
-Priorités stratégiques d’INRAE pour les 10 prochaines années et conférence de presse disponibles  ici
-Dans la continuité du séminaire ECODIV de Lyon Valpré d’octobre 2020 et dans l’objectif de rédiger son schéma stratégique 2021-2025, le département ECODIV organise une série d’ateliers en visioconférence appelée « ateliers ECODIV et la société » (en prenant le terme société au sens large : avec et pour les acteurs de la société dans leur ensemble (économique, sociétal, politique…) .
 
Ces ateliers participatifs viseront à préciser les concepts et périmètres de ces domaines, réfléchir aux priorités thématiques ou actions à porter ou mettre en avant pour ECODIV , partager vos expériences ou idées de projets, identifier les points de vigilances, les postures à adopter en cas de sollicitations, les soutiens et aides disponibles… Comment pouvons-nous nous organiser pour faire mieux collectivement ? 
 
Une 1ère série de 3 ateliers en parallèle aura lieu vendredi 12 mars de 9h à 12h30 en visioconférence, où nous vous invitons à contribuer et à venir débattre sur un des 3 domaines suivants :

  • Appui aux politiques publiques => inscription sur ce lien avant le 8 mars
  • Formation et enseignement =>  inscription sur ce lien avant le 8 mars
  • Sciences et recherches participatives => inscription sur ce lien avant le 8 mars

 
Un atelier sur la « place d’ECODIV dans les débats sociétaux » est également prévu le vendredi 9 avril 2021 de 9h00 à 12h30 (toujours en visioconférence)= > inscription sur ce lien avant le 7 avril
 
Enfin, les questions relatives à la « responsabilité sociale et environnementale » au titre du département seront abordées dans le cadre du conseil de gestion ECODIV du 26 mars. N’hésitez pas à contacter vos représentants pour contribuer aux réflexions.
 
L’inscription à ces ateliers est obligatoire : Seules les personnes inscrites dans l’atelier recevront le lien ZOOM correspondant. Le déroulé des ateliers, les présentations et sorties des ateliers seront progressivement mises en ligne sur les pages sharepoint dédiées.

UB

Les projets déposés au nom de l’université, incluant un montage budgétaire et/ou une signature, doivent être instruits en lien avec le Service Montage et Suivi de Projets. Toute demande de signature par le Président (seul représentant légal de l’établissement) doit transiter par le Service Montage & Suivi de Projets et en aucun cas ne doit être envoyée directement à la Présidence
      
En fonction de la complexité des projets, les délais d'instruction, auxquels s’ajoute le délai du circuit de signature, sont plus ou moins longs. Le tableau ci-après donne les délais minima à prendre en compte :
 

Pour un appui au montage administratif de votre dossier (budget/ formulaire admin./lettre engagements)

Contactez le SMSP au plus tard 15 jours avant la date limite de dépôt du projet
 

Pour un accompagnement « ingénierie de projets en partenariat »

Contactez le SMSP 1 mois avant la date limite de dépôt du projet
 

Pour un accompagnement « ingénierie de projets en coordination ». Ex :  Projet en coordination européen / projet individuel type ERC, FEDER/FSE, Programmes d'investissement d'avenir, chaires, Labcom etc.: 

Contactez le SMSP 6 mois avant la date limite de dépôt du projet
 

Contacts:
Katel Goeden, responsable du service : katel.goeden@u-bordeaux.fr
Pierrette Wyss, cheffe du bureau Financements Nationaux: pierrette.wyss@u-bordeaux.fr
Camille Le Borgne, cheffe du bureau Financements Europe/International: camille.le-borgne-conserva@u-bordeaux.fr
>METAPROGRAMME INRAE

Le métaprogramme DIGIT-BIO – Biologie numérique pour explorer et prédire le vivant - est en phase de lancement en ce début d'année 2021. Son objectif est de soutenir et développer des recherches sur des fronts de science en biologie, s'appuyant de façon intense sur l'intégration de données, la modélisation et les méthodes d'apprentissage dans un cadre résolument interdisciplinaire. 
Il vise à comprendre le fonctionnement et prédire le comportement des systèmes biologiques, anticiper les impacts de différentes contraintes sur ces systèmes, en raisonner la gestion et disposer de leviers d’action. À moyen terme, l’ambition est de développer un petit nombre de projets de suivi in silico de systèmes biologiques en s’inspirant et en adaptant le concept de jumeau numérique.  DIGIT-BIO s’adressera aux comportements des systèmes biologiques, par essence dynamiques et complexes, de l’échelle de la molécule à celle de l’organisme et de la population dans leurs environnements (environnements de « proximité » biotique, abiotique, pratiques et modes de gestion).
Le document directeur de DIGIT-BIO ne sera définitivement validé qu'après passage en conseil scientifique INRAE début mars 2021.
Mais sans attendre, un webinaire de lancement est organisé le mercredi 31 mars 2021 de 14h à 17h30 (en distanciel). Il permettra de faire connaître les objectifs de DIGIT-BIO, d’échanger autour des enjeux et de développer une compréhension commune de la problématique du MP. Il visera également à expliquer les attendus de l’appel à manifestation d’intérêt qui sera lancé en milieu d’année 2021.
Merci de noter la date dans vos agendas ! Le programme complet et le formulaire d’inscription seront prochainement disponibles.


>COLLOQUE ANR
« Arbre, forêt, bois et sociétés » les 30 et 31 mars 2021 : un évenement en ligne



>SCIENCE OUVERTE

Deux éditions de notre nouvelle formation “FAIR data : Science Ouverte et PGD - Comment gérer des jeux de données haut-débit en sciences de la vie et de la santé” sont proposées en distanciel synchrone (avec l’outil zoom) au printemps (du 15 au 19 mars 2021) et à l’automne (du 16 au 19 novembre) 2021. 

Cette formation cible l’ensemble des personnels scientifiques confrontés à la gestion de jeux de données en sciences de la vie et de la santé et souhaitant mettre en œuvre les principes « FAIR » tout au long du déroulement d’un projet. La formation abordera les différents points fondamentaux (théoriques, pratiques, juridiques) en lien avec la politique nationale d’ouverture des données de la recherche. Elle  présentera sous forme de séances pratiques et interactives les ressources accessibles à la communauté scientifique, en particulier dans le domaine des sciences de la vie et de la santé, ainsi que les solutions proposées par l’IFB pour gérer les données d’un projet de recherche. 

Vous trouverez plus d'informations sur notre site web dédié : https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-data-training .
La session 1 de printemps (mars 2021) cible plus particulièrement un public averti susceptible de devenir formateur sur cette thématique (ingénieurs bioinformaticiens en charge de la gestion de gros jeux de données, data managers et data stewards, responsables de plateformes). Les inscriptions sont gratuites mais obligatoires avant le 5 mars 2021 (15 participants maximum), merci de remplir le formulaire suivant : Formulaire Inscription 

La session 2 d’automne (novembre 2021), est ouverte à tout public, sans pré-requis ni expérience préalable d’outils de gestion de jeux de données, mais souhaitant monter en compétences sur cette thématique. Les inscriptions seront ouvertes au printemps prochain.
 
Enfin, il est proposé aussi une deuxième édition de la formation “FAIR bioinfo : Comment rendre un projet bioinformatique plus reproductible ?” du 28 au 30 juin 2021 en présentiel à Paris. Vous trouverez plus d'informations sur le contenu de cette formation sur notre site web dédié : https://ifb-elixirfr.github.io/IFB-FAIR-bioinfo-training. Les inscriptions seront ouvertes au printemps prochain.
Twitter Biogeco Twitter Biogeco
Internet Biogeco Internet Biogeco