Lettre de BIOGECO                      N° 130 Novembre & Décembre 2022
Edito

Bonjour,

Vous avez dit sobriété énergétique ? Ne tombons pas  dans les solutions infantilisantes qui nous sont proposées par différents canaux de communication, cette fois-ci sur la question de la sobriété énergétique. Chacune et chacun d’entre nous sait ce qu’elle.il a à faire et on en restera là pour les consignes de température, d’extinction de lumière, de veille des appareils, de protocole de chauffage des pâtes  et d’autres écogestes qui vont d’eux-mêmes … Il nous suffit de tourner la tête vers l’Est pour réaliser ô combien l’effort individuel qui nous est demandé sur ces points est dérisoire. Dans la même veine, le TéléTravail (qui entame déjà fortement les liens sociaux dans les collectifs) ne peut  constituer un outil pour contrôler la gestion de l’énergie dans les bureaux comme cela a été suggéré... c'est  l'opinion que je me suis forgé  sur le sujet mais je suis bien sûr ouvert à la contradiction. Les locaux de l'unité resteront donc ouverts le vendredi et lundi. Il vous appartient par contre de réfléchir dès maintenant à des regroupements permettant de diminuer drastiquement le chauffage dans les bureaux ainsi vidés et de vous réorganisez en conséquence cet hiver.

Parmi les actions « faciles à mettre en œuvre » et qui peuvent « rapporter gros » nous allons tout d'abord nous concentrer sur nos pratiques en termes de stockage à froid d’échantillons (un des postes les plus énergivores ... oui: il y en a d'autres !). Vous pouvez d’ores et déjà réaliser votre propre tri en vous aidant de l'extrait de la base de données "échantillon" disponible
ici. Vous pouvez aussi opter pour un rdv personnalisé en novembre  (l’indiquer en colonne F du fichier disponible ici, d’ici fin oct) pour cette opération de tri qui sera alors accompagnée par Patrick et Céline (pour pierroton) et Virgil et Régis (pour le B2), compter 30’ par créneaux donc bien réfléchir avant à ce que vous souhaitez faire de vos échantillons. Un 1er objectif est de diminuer le taux de remplissage des congélateurs ce qui permettra de débrancher voire de se débarrasser des congélateurs les plus énergivores. A très court terme (début 2023) nous visons une diminution du parc de congélateurs de façon durable. Les actions que nous mènerons dans un cadre professionnel n’auront de sens vis-à-vis de la crise écologique que si nous les déployons sur le long terme et de façon irréversible.

Nous le savons bien, cette crise énergétique n'est que le symptôme d'un système (de production et de consommation) agonistique. Intégrer les enjeux climatiques à la politique énergétique nous détourne de l'essentiel : une transition radicale associant nos compétences au-delà des clivages qui divisent (Bruno Latour)... qui aurait dû être prise il y a 20 voire 30 ans. A ce titre les dernières
estimations du CNRS et météo France font "froid" dans le dos : c'est +3.8°C  pour la métropole d'ici 2100 pour un scénario moyen (plausible) de forçage radiatif. Est-ce une fatalité ? Non, mais un immense défis d'adaptation pour les écosystèmes. Je suis persuadé que les recherches que nous menons peuvent contribuer à accompagner la transition des écosystèmes même en situation de forte incertitude. Concrètement, nous devons continuer à acquérir des connaissances pour concevoir puis mettre en œuvre, sur des bases solides et un diagnostique de vulnérabilité, des solutions d’adaptation flexibles explorant tout les leviers possibles, si tant est qu'elles n'impactent pas négativement la biodiversité. Le PEPR FORESTT devrait nous y aider. Si réfléchir à la signification d'un monde à +4°C (vu sous l'angle de la gestion.restauration.conservation des écosystèmes sur lesquels nous travaillons) vous intéresse, nous pourrions réserver un créneau un vendredi matin pour échanger nos points de vues. A vous lire sur cette proposition.

Christophe

 

Sommaire
 

La photo du mois : (© Régis Burlett) De nouveaux capteurs ont été installés dans la forêt expérimentale de Floirac. Après le suivi des mesures de croissance et de flux de sève, nous pouvons maintenant suivre en continu le potentiel hydrique, et connaitre l'intensité du stress hydrique subi par les arbres.

>CU: 14 nov. Airial 9h30 (nous accueillerons deux nouveaux membres : Franck qui a été tiré au sort pour le corps des Ingénieurs et qui accompagnera Marc - Guillaume volontaire pour accompagner Adélaïde et représenter les doctorant.e.s). Au programme : Budget (bilan et prévisionnel), Prévention (incendie), Qualité (PGD), GPEC 2023,  Articulation PCM OEL-INFO,  RSE (sobriété énergétique), Formation (bilan pour 2023 et retour du CU sur la satisfaction des formations suivies)...

>CoDir: 28 nov Airial 13h30

>Soutenance de thèse: Alex Stemmelen 8 nov. 9h amphi Grande Ferrade

Résistance des forêts mélangées aux insectes ravageurs exotiques envahissants.

>A noter dans vos agendas : 15-17 mars 2023 séminaire des chercheurs, enseignants chercheurs et ingénieurs du département ECODIV (lieu non communiqué)

ARRIVEES
n'oubliez pas de remplir l’enquête pour les nouveaux arrivants (stagiaires et CDD notamment)
ici afin de faciliter leur accueil en 2023.

>Nous souhaitons une bonne continuation aux doctorants (Alex et Geoffrey) qui vont soutenir leurs travaux de thèse en cette fin d'année.


>Estelle-Marie Blanquart nous rejoindra au 1er décembre 2022 pour commencer sa thèse intitulée « Diversité génétique et taxonomique des communautés à isoétides des lacs et étangs du littoral aquitain » (financement Région Nouvelle-Aquitaine et Métaprogramme Biosefair, co-direction Aurélien Jamoneau et Olivier Lepais). Elle sera principalement hébergée à l’UR EABX de Cestas-Gazinet mais sera régulièrement à Pierroton pour les analyses moléculaires.

>Gaëlle Brahy, de la Vrije Universiteit Brussel (Belgique), nous rend visite à Biogeco en Novembre et Décembre 2022 dans le cadre d'une bourse Erasmus+ associée à son M2. Elle travaillera sur la collecte de données proxy (distributions de populations, recensements) pour le calcul d'indicateurs de diversité génétique et sera encadrée par Myriam Heuertz et Ivan Paz Vinas (Colorado State University).



DEPARTS

>Emilie Chancerel nous quittera au début de l'année 2023. Tu vas nous manquer Emilie!

Emilie,
Nous avons été nombreux à avoir eu la chance de travailler à tes côtés depuis ton arrivée en 2007 puis ta titularisation en oct. 2015 (cf photo ci-dessous). Très curieuse, avide d'échange et proactive tu n'as eu de cesse de faire évoluer tes compétences et d'en faire bénéficier la communauté scientifique pendant toutes ces années. Ton plein d'énergie et ton entrain on fait le reste et tu es très vite devenue indispensable à la mise en œuvre de nombreux projets au sein de l'unité. Nous te souhaitons une bonne continuation pour la suite de ta carrière professionnelle. Tu vas beaucoup nous manquer.

 

EXPRESSION PUBLIQUE
Cet été a été riche en expression publique. Vous trouverez ici des éléments extrêmement complets pour vous aider dans ces échanges avec les médias. Il est notamment important (lorsqu'on s'exprime en tant qu'expert, d'accompagner sa signature par la phrase suivante même lorsqu'on signe INRAE ou UB en tant qu'expert: "Le point de vue présenté dans cette tribune et son contenu n’engagent que son auteur." tout simplement parce que la plupart des sujets font aussi l'objet de "controverses scientifiques" au sein de nos établissements. Lorsqu'on s'exprime en tant que non-expert sur un sujet, on signe en tant que citoyen pas agent INRAE.

SOBRIETE ENERGETIQUE
Nous allons mettre en œuvre un plan d'action qui vise à réduire notre empreinte écologique négative sur l’environnement. Un 
plan de maitrise énergétique INRAE, se déclinant et piloté au niveau de chaque centre, inclut notamment la mise en place d'actions visant à la sobriété énergétique de nos activités professionnelles. Objectif visé : -10 % de consommation dès 2023. Au regard des dernières estimations alarmantes du CNRS et Météo France pour la métropole (+3.8°C d'ici 2100) nous devons faire vite et être exemplaire !


DANS LE CADRE DE NOTRE STRATEGIE OPEN SCIENCE-->EN SAVOIR PLUS SUR PEER COMMUNITY IN
Pré-inscription préconisée pour 2 webinaires:
-Le mardi 22 novembre 2022 de 14:00 à 15:00
-Le jeudi 24 novembre 2022 de 14:00 à 15:00

 
> Journée hommage à Axel Kahn - Enrichir le dialogue entre sciences et éthique au service de la société

> coalition européenne sur l’évaluation de la recherche disponible 
ici.
>5 octobre : au collège Gérard Philippe de Cergy, Bastien a parlé science biodiversité et écologie avec le support de TreeBodyguards.
 
  Image

>6 octobre : accueil par Céline, Fred Bernier et Christophe des élèves ingénieurs de Gembloux Agro-Biotech (ULiège, spécialité "Gestion des ressources forestières et des milieux naturels") accompagnés par Hughes Classens.
 
>14 oct. Séquence Formation à @Forest_UB dans le cadre du master international ECT+
Image

>13 et 14 Octobre, BIOGECO a hébergé la réunion du réseau génétique du département ECODIV. La réunion, organisée par Guillaume Evanno et Stéphane De Mita , a été l’occasion de présentations scientifiques, par des étudiants et des chercheurs, d’une sortie au restaurant entre collègues à Bordeaux, et d’un atelier sur l’outil de simulation gMetapop, développé à Biogeco par Pauline Garnier-Géré, Frédéric Raspail, et Stéphanie Mariette, en collaboration avec Frédéric Austerlitz. Tous les participants ont été ravis de l’accueil à BIOGECO (merci Ben pour l'organisation) et de la qualité des échanges, et sont impatients de se retrouver à Avignon en 2023!


 
> 21 oct. Sylvain guide la Ministre de l’enseignement supérieur et de la recherche, Sylvie Retailleau, au sein de la Forêt expérimentale de l'Université de Bordeaux. A quand le "canopy walk" ?
Image

> fin oct. Le verger "push-pull" s'enrichit.
merci à Emilie, Isa, Franck, Benjamin, Alexis and co qui ont été à la manœuvre depuis cet été.


>Heidy Schimann, Rosalía Piñeiro et Myriam Heuertz se sont rendues en Guyane pour assister aux Journées Annuelles du Labex CEBA, le Centre d'Études de la Biodiversité Amazonienne, organisées les 4 et 5 octobre sur le Campus de l'Université de Guyane à Cayenne. Si vous avez envie de découvrir quelques activités du Labex, vous pouvez visiter sa chaîne Youtube.
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
Quelques exemples de projets au programme en cette fin d’année :
  • De la recherche de parenté par approche SSRseq sur Quercus faginea, en collaboration avec Arndt Hampe et Olivia Lorente-Casalini, de l’Université d’Alcala en Espagne.
  • Du metabarcoding pour étudier les communautés fongiques associées aux coléoptères de l'ambroisie, en collaboration avec Cécile Robin.
  • De la capture de génome de bactéries phytopathogènes non cultivées, des phytoplasmes, à partir de plants de vigne malades, en collaboration avec Xavier Foissac (UMR BFP)
  • Du séquençage long-reads Oxford Nanopore sur des souches de Fusarium spp., en collaboration avec Nadia Ponts, de l’UR MycSA
 
Formation
Le 22 novembre nous accueillons les étudiants de M1 Séquençage Haut-Débit et Analyses.
 
Qualité
Le 15 décembre la PGTB passera son audit externe dans la cadre de sa certification ISO 9001 et NFX 50:900.

 
> Lancement du projet Vigie-Lacs. Pour une meilleure connaissance de la végétation aquatique des lacs du littoral aquitain dans un contexte de changements globaux. Projet de recherche multi-partenarial (EABX, BIOGECO avec Olivier et PGTB, Bordeaux INP, ARB NA).

> MICROBIOMIQ « Approches multi-omiques pour la caractérisation du lien entre la biodiversité structurelle et l’activité microbienne dans l’évolution naturelle de la fonction photosynthétique et sa réponse au stress chimique au sein des communautés périphytiques », projet exploratoire 2022-2024, financé par le Métaprogramme Biosefair et coordonné par Nicolas Creusot (UR EABX et plateforme Bordeaux Metabolome) et Olivier Lepais (UMR BIOGECO, plateforme PGTB). Ce projet a pour objectif d’associer métagénomique et méta-métabolomique pour d’apporter des connaissances nouvelles sur les facteurs environnementaux déterminants dans les changements de la biodiversité structurelle, l’activité microbienne et les fonctions portées par les communautés périphytiques et leur synchronisation éventuelle, pouvant conduire à une modulation de la sensibilité au stress chimique (ici, un herbicide) de ces communautés. Elle permettra également de mieux comprendre les mécanismes adaptatifs dans la sensibilité de la fonction photosynthétique à la contamination chimique. Au sein de la PGTB, Emilie Chancerel, Erwan Guichoux, Benjamin Penaud et Zoé Delporte seront impliqués dans les analyses de métagénomique pour déterminer la composition des communautés d’organismes associés aux biofilms et sa variation au cours des saisons et en réponse au stress chimique.

 
Retrouver une fiche de sensibilisation au télétravail. Vous trouverez également une fiche dédiée au travail sur écran. Pour ceux qui télétravaillent, pensez à compléter sur le NAS vos horaires de travail (horaires fixes), les moyens de communications pour vous joindre, vos jours de télétravail fixes, ...

Rappel:
>Dans les journaux sous abonnement (payer pour lire) vous devez avoir le réflexe (c'est une obligation, cf Loi Lemaire) d'utiliser la
voie verte de la publication, c'est-à-dire de garder le droit sur la version auteur, validée par les pairs, corrigée, mais non formatée, et ce en la déposant sur HAL. 6 mois après la publication dans le journal, l'embargo est levé et vous pouvez alors récupérer le pdf formaté et l'utiliser sur une archive de dépôt (HAL) voire un réseau de communication (ex: Research Gate). A ce titre, il convient de préciser que RG est un réseau de communication fermé, pas une archive ouverte. Communiquer dans RG ne nous exonère donc pas de déposer dans HAL.

> Retrouver les bonnes pratiques pour éviter les journaux prédateurs ici.

-----------------------------------------------------------------------------------

Fried, G., Blanchet, C., Cazenave, L., Bopp, M. C., Kazakou, E., Metay, A., Christen, M., Alard D. & Cordeau, S. (2022). Consistent response of weeds according to Grime's CSR strategies along disturbance and resource gradients in Bordeaux vineyards. Weed Research, 62:347–359.

van Halder I., Sacristan A., Martín-García J., Pajares J.A. & Jactel H. Pinus pinea: a natural barrier for the insect vector of the pine wood nematode? Annals of Forest Science 79: 43 (2022)

Fournier P. (*), Pellan L. (*), Barroso-Bergadà D., Bohan D. A., Candresse T., Delmotte F., Dufour M.-C., Lauvergeat V., Le Marrec C., Marais A., Martins G., Masneuf-Pomarède I., Rey P., Sherman D., This P., Frioux C., Labarthe S., Vacher C. 2022. The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime. Advances in Ecological Research, sous presse. (*) co-premiers auteurs (doi: 10.1016/bs.aecr.2022.09.001).
Ce chapitre s'intéresse à la dynamique et aux fonctions du microbiote de la vigne à différentes échelles: des racines jusqu'aux baies, de la greffe en pépinière jusqu'au dépérissement au vignoble, depuis la domestication de la plante jusqu'à nos jours. La dernière section s'intéresse aux méthodes qui pourront être utilisées à l'avenir pour mieux connaitre et exploiter le potentiel fonctionnel du microbiote de la vigne. C'est le premier chapitre de la thèse de Paola Fournier.

Twitter Biogeco
Internet Biogeco