Bonjour,

Alors que nous rentrons dans une nouvelle phase de confinement (certes partielle), la distanciation au sein des collectifs de recherche, comme le clivage entre TTeurs et non TTeurs, s'affirme de jour en jour. Devant ce risque de repli sur soi et de déstabilisation de notre vie professionnelle -qui se nourrit par essence d'échanges avec autrui- il est de notre responsabilité collective d'éviter que la crise sanitaire que nous vivons entame le fondement de notre métier.

Pour retisser du lien social, redynamiser nos interactions et favoriser une atmosphère de créativité scientifique, mais aussi questionner nos habitudes (ce qui nous semblait réglé comme du papier à musique dans nos pratiques de recherche), il est fort à parier que nos échanges furtifs lors des pauses café, des repas du midi ou des animations scientifiques ne suffiront pas ! Les activités de l'ADAS contribueront certainement à réinstaurer un lien social et collectif, mais nous devons aller plus loin. En nous appuyant sur les compétences en écologie de l'unité, nous souhaitons retisser du lien social en proposant des sorties naturalistes sur des sites naturels dont certains emblématiques pour les recherche de l'unité. Afin de préparer dès maintenant puis mettre en œuvre cette phase de reconstruction du collectif au contact de la nature, nous sollicitons toutes les bonnes volontés pour accompagner Alexis (qui se porte volontaire) et répondre à cet enjeu. Ces sorties pourront également donner lieu à des discussions sur nos métiers et notre posture vis-à-vis de la société, sujet hautement d'actualité en ces temps où la recherche en environnement est sollicitée et fortement attendue par les citoyens.

Vous retrouverez dans ce nouveau numéro un grand nombre d'informations. J'attire cependant votre attention sur trois points : 1/ la tribune d'Alexis appelant toute bonne volonté pour  participer à la reconstruction du lien social au sein de notre collectif, et ce dès que la situation le permettra, 2/ l'amélioration de nos moyens de communication pour favoriser l'inclusion du personnel en télétravail lors des réunions des collectifs, des animations  ou des instances (cf note du PCM INFO à ce sujet) et 3/ notre journée annuelle d'animation S&T du 4 décembre pour laquelle nous attendons des volontaires (idéalement une vingtaine reparti.e.s dans tous les collectifs) pour nous présenter un évènement de leur choix vécu en 2020. Nous alternerons ce "marathon" S&T avec une consultation du personnel sur la nouvelle GPEC en cours de construction.


Christophe

 

NOVEMBRE
3 nov. 9h30-12h, CoDir (1er partage sur la nouvelle GPEC), en distanciel

13 nov. 9h30, "Projet de conservation des ressources génétiques du chêne pédonculé en France". Alexis Ducousso, en français.

              14h, Rentrée des doctorant.e.s à l'ED Sciences et Environnements (présentiel : amphi GABA - bâtiment B5 - campus Bordes à Pessac - ou distanciel)

30 nov. 9h-17h visite du CHSCT INRAE à Pierroton


DECEMBRE
4 dec. 9-17h, Animation Scientifique et Technique, en distanciel
Deux séquences d'1h30 de Marathon S&T (n'oubliez pas de vous faire connaitre auprès du groupe d'animation d'ici mi-novembre afin de préparer le programme) en alternance avec deux séquences de contribution du personnel à la construction de la GPEC. Merci de compléter l'enquête https://framadate.org/kyT1cuu7zOJey5VO afin de constituer les groupes de discussion autour de la GPEC.

7 dec. 13h30-17h, CoDir, Airial et.ou distanciel

10 dec. Soutenance de thèse de Sylvain Schmitt, 14h Airial et.ou distanciel, sous réserve de l'autorisation de l'école doctorale. La thèse est intitulée:  "Génomique écologique de l'exploitation de niche et de la performance individuelle chez les arbres forestiers tropicaux".

14 dec. 9h30-12h, CU, Airial et.ou distanciel

> Suite aux nouvelles mesures prises pour lutter contre la seconde vague de l'épidémie de coronavirus, les réunions en présentiel ne sont plus autorisées. Les déplacements professionnels sur site ainsi que les missions passent dorénavant par une attestation de déplacement fournie par chaque tutelle. Retrouver ici les dernières consignes.

> Le HCERES nous a informé que compte tenu de la situation sanitaire, et pour que tous les laboratoires soient traités de la même façon, toutes les visites de structure « Sciences de la Vie » de la vague B se feront obligatoirement et sans dérogation possible en visioconférence.  

> Les modes opératoires pour créer un OM, réserver un billet ou un véhicule, se faire rembourser les frais d'une mission sont disponibles sur le GED ici. Un grand merci à Chantal et Léa.

> Formation: le catalogue des formations permanentes bureautique et informatique ici.

> Retrouvez l'enregistrement de l'AG ici pour celles et ceux qui n'auraient pas pu y assister.

> Le flyer de présentation de notre nouvel outil #Temps est disponible ici. Pour mémoire, la gestion du temps de travail, des congés, les absences sont gérés par Véronique et Léa. Votre interlocutrice pour le module «mes activités» est Florence.
 

 

Récolte de carottes de bois par Geoffrey dans un dispositif d'Eucalyptus globulus près d’Obidos (Portugal).
 

> Nous sommes de nouveau confinés!

Nous allons donc être isolés socialement ce qui n'est pas favorable au développement d'un esprit d'équipe ni à la coopération entre les chercheurs, l'un des points forts de notre vie professionnelle.

Tu m'enrichis car tu as des connaissances et des analyses différentes des miennes et je t’enrichis avec mes connaissances et mes analyses qui sont différentes des tiennes.

Ces échanges ont lieu lors des réunions, des pauses café, du repas partagé au restaurant de Pierroton, dans les couloirs, etc ... Les confinements successifs et les gestes barrières détruisent à petit feux ce pilier de la recherche.

Lorsque la situation redeviendra "normale", je ne pense pas que les simples animations scientifiques et les réunions habituelles suffiront à rétablir cet esprit particulier de la recherche. Il faudra aller beaucoup plus loin pour recréer un lien social favorable à la créativité scientifique.

Nous devons tous nous impliquer dans la limite de nos moyens pour organiser des événements collectifs afin de retisser ce ciment. L'ADAS et éventuellement la formation permanentes sont des outils qui peuvent nous aider en organisant des petits séjours avec des formations, des événements sportifs ou culturels et des petits séjours de réflexion.

Je vous appelle à vous mobiliser pour l’après confinement. Évidemment avec cet appel, je dois montrer l’exemple Je peux participer à cet effort et apporter la petite goutte d'eau du colibri.

Nous sommes dans une unité dédiée à la biodiversité mais beaucoup d’entre nous ne savent pas reconnaitre une fleur, écouter un chant d'oiseau, observer simplement la nature... Je peux vous proposer des journées de découverte de la nature avec nos collègues naturalistes, nous avons de nombreux sites formidables dans la région : vallée de la Leyre, bassin d’Arcachon, dunes du littoral, forêt usagère de la Test, vallée de la Leyre, vallée du Ciron, coteaux calcaire de la Dordogne, lagunes, Pyrénées, etc, etc …

Si vous êtes intéressés, je vous propose des initiations à la botanique, à l’observation et à l’écoute de la nature, à la photographie naturaliste …

Prenez soin de vous et au plaisir de vous revoir bientôt, Alexis.

 

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
 
Dans le cadre du projet Labex COTE AGIS, porté par la PGTB, nous allons réaliser les premiers tests d’extraction sur différentes espèces d’esturgeon, dans le laboratoire confiné situé à la Pagode. L’objectif est de pouvoir à terme, à partir d’échantillons d’eau filtrée et directement sur le terrain, détecter la présence de l’espèce Acipenser sturio, grâce à des protocoles rapide d’extraction d’ADN sur système portable PDQEx et d’amplification sur qPCR portable Biomeme Franklin, ces deux appareils ayant été récemment mis en service et validés à la PGTB. Ce projet sur l’esturgeon, sur lequel travaillera Héloïse Delval dans le cadre de son stage de BTS Bioanalyses et Contrôles, est une des composantes du projet AGIS qui s’intéresse également à d’autres problématiques : détection de champignons phytopathogènes, détermination des espèces et des hybrides chez  les aloses, description des communautés bactériennes et fongiques associées à la phyllosphère d’arbres, …
 
Quelques exemples d’autres projets en cette fin d’année :
 
-   Les premiers tests de capture de régions méthylées chez le peuplier dans le cadre du projet ANR EPITREE (Impacts évolutif et fonctionnel de variations épigénétiques chez des arbres forestiers, coordination Stéphane Maury de l’Université d’Orléans). Plusieurs collègues de BIOGECO sont impliqués sur ce projet pilote : Ludovic Duvaux, Grégoire Le Provost, Isabelle Lesur et Christophe Plomion.
-   Du séquençage Illumina afin de déterminer la variabilité des séquences PAM reconnues par la Cas9 de Mycoplasma gallisepticum, bactérie responsable de maladies respiratoires chez les poulets (collaboration Pascal Sirand-Pugnet et Thomas Ipoutcha de l’UMR BFP).
-   Du metabarcoding pour caractériser les communautés fongiques des litières de feuilles de frêne issues de placettes forestières différemment affectées par la chalarose du frêne, en collaboration avec Marc Buée et Simon Laubray de l’UMR IAM à Champenoux.
 
Qualité
 
Les 9, 10 et 11 décembre, nous passerons notre audit de renouvellement dans le cadre de notre certification ISO 9001|NFX 50-900.
 
Formation
 
Le 24 novembre, nous accueillerons (si les conditions le permettent)  15 étudiants de Master 1 dans le cadre de l’UE « Séquençage Haut-Débit et Analyses ».

PCM INFO
 

>TRANSFERT DE DONNES
A l'université, nous rencontrons des problèmes de transfert de données via le voisinage réseau (protocole SMB/CIFS). Tous les ordinateurs ne sont pas touchés et seuls certains ordinateurs en W10 semblent touchés. Cela concerne notamment l'accès au NAS en voisinage réseau et en montage de lecteur réseau. Pour le moment l'origine du problème n'a pu être trouvé. L'accès via l'interface web du NAS n'est pas touchée mais plus lente. En attendant de trouver l'origine du dysfonctionnement, un protocole plus robuste, très simple à utiliser et plus performant : WebDav, va être mis en place.

>SAUVEGARDE DES POSTES
Un espace d'archivage pouvant héberger vos données "non vivantes" mais importante a été mis en place sur le NAS de backup à Pierroton. Contrairement à des disques externes, les NAS supportent la panne d'un disque dur sans perte de données. Une sauvegarde est également mise en place pour plus de sécurité. Si vous êtes intéressés, veuillez contacter le PCM-info.

Contrairement à Pierroton, actuellement aucune solution de sauvegarde n'est proposée pour le B2. Après étude des solutions existantes, un logiciel de sauvegarde multi-plateformes gérant le versionnement, l'encyptage et la déduplication (et non une simple synchronisation miroir) est actuellement en test. Si la solution est validée, elle pourra être proposée d'ici fin novembre.

Une licence GoToMeeting vient d'être achetée par l'unité. Le nombre de réunions et la durée ne sont pas limités mais la licence ne permet qu'une seule réunion simultanée. Une section a donc été rajoutée au GRR d'unité pour réserver les créneaux de visioconférence.

Un lien à été créé sur la page des services http://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/biogeco/info_unite.php. Vous y trouverez toutes les informations nécessaires et les liens vers les 14 salles permanentes créées pour les 7 équipes, les 4 PCM, le Pôle de Gestion, la Direction ainsi que pour le groupe d'Animation S&T.

Si vous souhaitez organiser une réunion avec GoToMeeting, veuillez récupérer le login et mot de passe du compte GoToMeeting de l'unité auprès de Léa. Vous en aurez besoin pour ouvrir la réunion. Vous devrez ensuite renseigner un mot de passe (de votre choix) pour chaque réunion afin d'éviter les intrusions de personnes tierces. Les participants n'auront besoin que du lien permanent et du mot de passe de la réunion.

>NOVEMBRE

13 nov. 9h30 en visio, Alexis. "Projet de conservation des ressources génétiques du chêne pédonculé en France". En français

>DECEMBRE

4 dec. Airial (visio possible) Journée d'animation Scientifique et Technique. Inscription (que vous soyez en présentiel ou distanciel)  ici. Cela nous permettra d'organiser des groupes de travail pour la GPEC.
Au programme:
*Marathon S&T 9h-10h30 & 13h30-15h . Merci d'envoyer vos propositions d’intervention  à animation.biogeco@inrae.fr  avant le 15 novembre
*Contribution du personnel à la GPEC 11h-12h30 &15h30-17h.

11 déc. à 9h30 (salle des séminaires du B2 au rdc, visio possible)
Antoine Dolez, récent docteur en sociologie, pour parler de modélisation des forêts.
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> suite à l'animation scientifique et technique sur HAL, voici qqs informations supplémentaires :
- Reconnaitre les revues prédatrices
- Liste de vérification pour reconnaitre les revues prédatrices : 
- Liste des journaux prédateurs. Nous demandons à l'ensemble du personnel pour ne plus soumettre d'articles dans ces journaux
-Passeport pour la science ouverte. Guide pratique à l'usage des doctorants
-Je publie, quels sont mes droits ?
 

> Le projet MixForChange a été retenu pour financement par l'ANR dans le cadre de l'appel à projets BioDivClim de BiodivERsA. D'une durée de 3 ans il va permettre d'évaluer le potentiel des plantations forestières constituées d'essences en mélange à contribuer à l'atténuation du changement climatique (via la séquestration de carbone) tout en manifestant des bonnes capacités d'adaptation aux changements climatiques (notamment via la résistance à la sécheresse). Coordonné par une équipe du CIRAD située au Brésil, ce projet implique des équipes belges, allemandes, suédoises, autrichienne, brésiliennes, et françaises (INRAE - SILVA à Nancy, URFM à Avignon, ISPA à Bordeaux et BIOGECO - BIODIV avec Inge, Bastien et Hervé) ainsi que la FAO.

> Deux projets d'acquisition d'équipement ont été soumis en 2020 par PGTB et PHENOBOIS dans le cadre du premier appel d'offre de la Fédération des plateformes de l'Idex de Bordeaux. Ils ont été retenus et permettront d’acquérir des équipements supplémentaires.
 

Zhang X, Knappett JA, Leung AK, Ciantia MO, Liang T, Danjon F (2020) Small-scale modelling of root-soil interaction of trees under lateral loads. Plant Soil
Simulation à échelle réduite des interactions sol/système racinaires à l'aide d'une centrifugeuse géotechnique, rôle de la teneur en eau, rupture de racines. J'ai fourni les données des deux systèmes racinaires qui ont été utilisés et qui ont été imprimé en 3D à l'échelle 1:20 et ai contribué avec mes connaissances sur la mécanique des systèmes racinaires.

Un article en français de Myriam Baibout sur le Prosopis cineraria, arbre indien sur lequel elle effectue sa thèse, est paru le 11 octobre en ligne sur le média The Conversation rubrique International, dans le cadre de la Fête de la Science. Cette nouvelle édition a pour thème : « Planète Nature ».

Défossez P, Veylon G, Yang M, Bonnefond JM, Garrigou D, Trichet P, Danjon F (2021) Hydrologic impact on overturning resistance of young Pinus Pinaster in sandy soil. Forest Ecology and Management 480. https://authors.elsevier.com/c/1bvSv1L~GwOHtl

Saint Cast C, Meredieu C, Défossez P, Pagès L, Danjon F 2020. Clustering of Pinus pinaster coarse roots, from juvenile to mature stage. Plant Soil accepted 09/2020 https://link.springer.com/article/10.1007/s11104-020-04736-5#citeas
Deuxième article de la thèse de Clément Saint Cast, qui est en fait le travail préparatoire avant le premier article qui présentait la modélisation de la croissance du système racinaire du pin maritime de la germination à 50 ans.
Analyse de partitionnement de données ("clustering") de 11 000 racines de pins âges de 3, 4, 6, 13 et 50 ans sur des critères morphologiques. Nous avons obtenu les 5 mêmes groupes de racines latérales quelque soit l'âge. Le système racinaire du pin maritime est fortement différencié d'un point de vue géométrique. La partie centrale du système racinaire est formée à 4 ans.
Premier partitionnement dans la littérature sur un système racinaire complexe.

Poeydebat, C., Jactel, H., Moreira, X., Koricheva, J., Barsoum, N., Bauhus, J., Gravel, D, Castagneyrol, B (2020). Climate affects neighbour‐induced changes in leaf chemical defences and tree diversity‐herbivory relationships. Functional Ecology.
Il s'agit d'une étude réalisée sur le réseau d'expérimentation de la diversité des forêts TreeDivNet, financée par les projets BioPiCC (Ecofor) et DiPTiCC (ANR)

Une version française, résumée et très accessible de la thèse de Thomas Damestoy vient d'être publiée dans le revue technique :  Les rendez-vous techniques de l'ONF, librement téléchargeable ici.



Martín-Forés I, Magro S, Bravo-Oviedo A, Alfaro-Sánchez R, Espelta JM, Frei T, Valdés-Correcher E, Rodríguez Fernández-Blanco C, Winkel G, Gerzabek G, González-Martínez SC, Hampe A,  Valladares F (2020) Spontaneous forest regrowth in South-West Europe: consequences for nature’s contributions to people. People and Nature 2.
Ce papier à l'interface entre les sciences biologiques et sociales applique le nouveau cadre conceptuel de l'IPBES 'Nature's Contributions de People' (NCP) à la reforestation spontanée. Il se base sur quatre des cinq cas d'étude de SPONFOREST et représente l'article le plus intégrateur du projet.

Sellier D, Ségura R (2020) Radial growth anisotropy and temporality in fast-growing temperate conifers. . Annals of Forest Science 77:85.
Cet article est le résultat d’une expérimentation réalisée lors de ma mission en Nouvelle Zélande. Damien Sellier, modélisateur de la croissance des arbres forestiers souhaitait décrire chez le pin radiata, la dynamique temporelle de la croissance secondaire en enregistrant le fonctionnement du cambium à travers l’installation de microdendromètres au niveau des 4 points cardinaux. Les résultats assez étonnants montrent des différences de croissance allant du simple au double pour un arbre. La direction préférentielle de croissance varie selon les arbres et nous avons même constaté un changement de direction préférentielle au cours de la saison de croissance. L’effectif de pin radiata étant faible, j’ai en projet avec l’équipe Xylomes et Damien de reproduire cette expérimentation sur un plus grand effectif et sur pinus pinaster prochainement.
 

>Séminaire SSD du département ECODIV
Les présentations plénières et restitutions des ateliers sont disponibles ici.

• introduction de Catherine Bastien (pdf présentation ou video youtube), 
• 3 présentations sur le climat, la biodiversité et l’analyse politique de la transition écologique, 
• présentation sur le contexte institutionnel de Thierry Caquet  (pdf ou video youtube)
• synthèse sur les restitutions d’ateliers (pdf).

>ECODIV et l’ingénierie des connaissances :   
L’atelier initialement prévu au séminaire à Lyon devient un webinaire programmé en décembre 2020.   

>JOURNÉE FRB 2020 :   
Pour l’édition 2020 de ses Journées, la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) consacre une journée à la thématique des aires protégées le mardi 3 novembre 2020. 

>Le WEBINAIRE SUR LA THEMATIQUE DE LA RECONSTITUTION DES PEUPLEMENTS FORESTIERS SINISTRES POST-TEMPETE du 26 Octobre 2020, est disponible sur le site web du projet ici.

>Le groupe Sciences en questions organise deux conférences à Paris (siège Inrae) avec transmissions en direct :
Le 27 novembre, 14h : Vincent Devictor « La biodiversité ingouvernable »
Le 17 décembre, 14h : Emmanuel Petit « Le rôle de l’émotion dans la pratique de la recherche »
 

 

 

 

> ouverture AAP Région (recherche et plateforme)
-lettre d'intention attendue pour le 20 nov. au niveau du Centre INRAE, 16 nov. au niveau UB
-déposer en ligne dès maintenant les lettres de soutien des acteurs socio-économiques
-anticiper dès maintenant la construction financière avec l'IPP Ingénieur Projet et Partenariat  (Valérie Dansin) pour INRAE, avec Alice pour UB
-Cette année la 3ème priorité (sur les sciences participatives) permet de demander un budget de fonctionnement (80%)
-Clôture  début janvier

> L’appel à projets blancs CESAB 2020 vient d’ouvrir. 3 projets seront financés cette année. Clôture des pré-propositions : 1er décembre 2020.

>Appel à projets – Biodiversa et Water JPI : Présentation des attentes et des critères de sélection des projets ici.

>Calendrier des appels ERC (clôture) : 

• 09/03/2021 pour les ERC Starting Grant 
• 20/04/2021 pour les ERC Consolidator Grant