Bonjour à tous,

En cette période pré-printannière, BioGeCo connaît une activité particulière, en plus de la traditionnelle préparation des campagnes de terrain. Mi-février ont été soumis 4 profils de TR/AI, 1 profil d'IE "Etiologie des maladies émergentes" et d'1 profil de CR  "Restauration écologique". Ces deux derniers seront présentés fin mars au CS d'EFPA. Par ailleurs, les résultats de l'Appel à Projet du Labex  COTE, nous ont été  plutôt favorables avec quatre projets acceptés dans lesquels sont impliqués plusieurs membres de l'Unité. Le plan de rénovation des bâtiments du site de Pierroton se poursuit avec l'appel d'offre pour les travaux de rénovation du bâtiment Pagode/Pyramide, dont l'ouverture des plis est programmée pour le 7 mars.
Mais des frimas subsistent... Nous venons d'apprendnre que de nombreux de postes d'enseignant-chercheurs seront gelés pendant plusieurs années, réduisant nos perspectives de recrutement à l'Université de Bordeaux. Nous rencontrons également des difficultés à étoffer la flotte de nos véhicules sur le site universitaire, ce qui nous demande d'insister encore et toujours pour que nos besoins soient reconnus.
Enfin, les différents collectifs de BioGeCo sont désormais en marche. Avec des calages et ajustements nécessaires, mais avec une dynamique d'organisation et de fonctionnement portée par l'ensemble de l'Unité. Un grand merci à tous,

Emmanuel

 

1/ ANR AAP générique 2019. Les résultats de la phase 1 ont été notifiés mi février. Pour la phase 2, la direction rappelle aux porteurs ou partenaires de notre unité (à notre connaissance BIONUTS, PLANTSFIT, PALEOPLANT) de préparer les projets en amont  avec les pôles de compétences métiers si leur contribution est envisagée ainsi qu'avec le pôle administratif. Une interaction le plus tôt possible avec Fabienne Schneider est également souhaitable pour préparer la fiche budgétaire.
 

Le conseil comprend une trentaine de membres au total. Il se réunira le 14 mars pour la première fois.
 

 

4/ Concours DR2 Inra: Les dates d’ouverture et de clôture de la période d’inscription sont avancées par rapport aux années précédentes, soit ouverture le 20 juin 2019 et clôture le 22 août 2019. Nous rappellons à ce titre la procédure pour les candidatures externes:
      1/ Expressions d’intérêt jusqu’au 1^er mars
      2/  Sélection interne (mars - avril)
      3/  Co-construction du projet (mai-ooût) avec un.des chercheurs référents.
Chaque candidature devra avoir fait l’objet d’une présentation et d’une interaction avec le personnel de l’unité entre avril et fin juin.

5/ Nous avions déjà communiqué mi 2018 sur la création de la nouvelle infrastructure de recherche nationale In-Sylva. Vous accéderez au site web ici et à une description synthétique ici. Les actifs sur lesquels l'UMR est positionnée ont par ailleurs été actualisés:
- in situ: Réseau ressources génétiques Chênes blancs ; Réseau GRAL
- in lab: PGTB ; Génobois
- in silico: Quercus portal ; Pinus Portal ; Cavisoft ; Metapop).

6/ de nombreuses demandes ont été formulées fin 2018 par les agents qui ont choisi le télétravail afin de mieux connaitre l'offre collaborative Mercure (Outlook, Skype, One Drive, Sharepoint... ) en accompagnement de ce nouveau mode de travail. Nous vous invitons à prendre connaissance  des mémos et tutoriels disponibles sur la plate-forme de e-learning de la formation permanente. Ils sont très bien faits, et parfois suffisants. Comme nous faisons un point fin mars sur la mise en place du TéléTravail au sein de l'UMR nous réactualiserons alors vos demandes concernant cette demande de formation. N'hésitez pas de contacter Loïc pour tout problème technique rencontré quant à l'installation de ces outils.

7/ Rappel: les demandes concernant les petits travaux doivent être rentrés dans la base de données ad hoc disponible sur l'intranet (section travaux: GDU Pierroton)

8/ Le Centre et le département ont attribué ‘4+1’ mois de CDD pour compenser le départ d’Olivier en mobilité sur le Centre en février 2019. Ces cinq mois seront cogérés avec PGTB  dans le cadre de la transversalité qu’assurait Olivier pour la plate-forme et pour soutenir les activités de GEMFOR.

9/ le DU de l'UMR ESE (Rennes) cherche quelqu'un en mars qui aurait une mission en Bretagne pour rapatrier un véhicule INRA (réparé au garage de Saint-Savin, 33920).

Retrouvez la mise à jour des plans des bureaux de Pierroton ici et de Pessac là.

Le nouvel organigramme de l'unité est disponible ici.

Suite du chantier de rénovation sur le site de Cestas:
L’appel d’offre pour les travaux de restructuration du bâtiment Pagode/pyramide a été lancé. Les lauréats seront informés en semaine 11. En respectant les délais légaux et notamment celui de préparation de chantier, nous pouvons espérer un début des travaux d'ici fin Avril. Nous communiquerons courant mars des solutions temporairement mises en place au niveau : 1/ du secrétariat, 2/ du vestiaire, 3/ du photocopieur...

Serre S2...suite: La DG de l'Inra vient de donner son feu vert pour la construction (sur le site de la Grande Ferrade) de l’équipement de confinement dédié entre autres au programme « nématodes du Pin », un calendrier des opération à venir a été établi. La publication de l'avis d'appel public à la concurrence est prévue pour le 1^er Mars 2019. L’organisation du jury qui sélectionnera les candidats admis à concourir se tiendra courant Mai 2019. Le choix définitif du lauréat devrait intervenir courant Novembre 2019. Un démarrage du chantier peut donc être envisagé pour le 2^ème semestre 2020 et une livraison de l’équipement pour début 2021.  A partir de ce moment là pourra être effectuée la demande d’agrément pour la manipulation du nématode Bursaphelenchus xylophilus avec un délai de réponse sous environ 6 mois.  Au regard de ce nouveau calendrier, les 1ères expérimentations avec le nématode pourraient se dérouler dans le meilleur des cas 2^ème semestre 2021». 
Les interactions avec la DRAAF de la Nouvelle Aquitaine débuteront également en mars 2019. Au niveau du Centre, le Président doit nommer deux préfigurateurs (SPE et EFPA) d'une  Infrastructure Scientifique Collective à venir, autour des équipements de confinement.
 
A. Franc & J.-M. Frigerio (équipe Pleiade) organisent à Lyon en collaboration avec le GIS France-Grille, l'INRIA de Bordeaux et le mésocentre de Grenoble un atelier de deux jours (28 février - 1er mars) sur le portage des outils développés à Pleiade pour le métabarcoding, qui permettent de comparer des méthodes exactes et approchées pour la construction d'OTUs sur des jeux de reads d'échantillons environnementaux. Les outils disseq (distance Smith-Waterman), dekam (distances des kmers courts) développés par Philou en C en privilégiant l'efficacité seront présentés, ainsi que les programmes en python développés par jmf & af de visualisation de nuages de points (coll. Inria Hiepacs) et construction d'OTUs faisant appel à ces distances (yapotu). Les OTUs sont comparés à ceux produits avec SWARM. L'atelier rassemble 21 personnes venant de 10 pays différents, et est une action du COST DNAqua.Net (http://dnaqua.net/) dont Pleiade fait partie.

Du 11 au 14 février, Manu et Ludovic étaient dans la Drôme (en Forêt de Marsanne) pour débuter l'installation des mésocosmes en France dans le cadre de la thèse de Ludovic. L'installation est terminée dans la Drôme, la plantation de plants de hêtres et de faines se fera à partir du 4 mars. En parallèle, ils organisent l'installation et la plantation en Gironde, Normandie et Lorraine qui se fera du 4 au 15 Mars. 

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
Arrivée
Laure Dubois rejoint le PCM PGTB pour 6 mois à partir du 01/03/19 en qualité d’AI pour travailler sur les projets HOMED (collaboration Marie-Laure Desprez-Loustau) et GENTREE (collaboration Christophe Plomion).
 
Projets
Au programme de ce mois de mars :

• Du génotypage Sequenom sur châtaignier dans le cadre de la thèse de Clément Larue et sur du sapin de Céphalonie avec l’INRA Avignon (collaboration Caroline Scotti-Saintagne).
• Dans le projet « Ressources génétiques et innovation variétale chez le pin maritime », coordonné par Laurent Bouffier, nous allons génotyper sur Sequenom près de 6000 pins d’ici l’été prochain. L’objectif est d’assurer la traçabilité de l’ensemble des individus de la population d’amélioration en créant une carte d’identité moléculaire pour chaque arbre et chaque copie clonale conservée dans les parcs à clones du Groupement d’Intérêt Scientifique « Pin Maritime du Futur ». Ce travail est réalisé dans le cadre du Master de Geoffrey Haristoy, en collaboration avec Marc Kleinhentz.
• Du séquençage bactérien et fongique sur MiSeq dans le cadre du projet BCMicrobiome « Learning microbial networks from metabarcoding data : application to biological control », en collaboration avec Corinne Vacher et Julie Faivre-d’Arcier.
• Le test du tout nouveau kit de librairies Swift Biosciences qui permet d’analyser simultanément l’intégralité du 16S et de l’ITS pour l’étude du microbiote (bactéries et champignons) et offrir ainsi une meilleure résolution taxonomique.

 
Equipement
La PGTB a investi dans un nouveau système de robotique micro-fluidique haut-débit Dragonfly (TTP Labetch) qui a été mis en service fin février. Ce robot permet la dispense de mix à partir de plusieurs sources différentes et garantit une absence totale de contamination entre les différents échantillons analysés grâce à son système de déplacement positif. Il permettra de réduire les coûts des analyses réalisées à la PGTB (PCR, qPCR, Sequenom) grâce à la miniaturisation des volumes réactionnels jusqu’à 200nL. N’hésitez pas à venir faire des tests !
 
Colloque
Pour rappel, la PGTB organise le Nanopore Day 2019 le lundi 18 mars prochain de 9h30 à 17h30, à l’Agora du Haut-Carré à Talence. Cet événement national, dont ce sera la troisième édition, est l’occasion de découvrir les dernières avancées et applications en séquençage long-reads Oxford Nanopore, que vous soyez néophyte ou utilisateur averti de la technologie. Ce colloque est entièrement gratuit, mais les places sont limitées. Toutes les informations sont sur le site du colloque.

Le conseil scientifique du Labex COTE a délivré son verdict tant attendu! Sont retenus pour l'UMR les projets de recherche suivants, un excellent cru pour ce dernier appel à projet :

-DUNE BIODIV (coord. O Lepais) "From gene to ecosystem: multilevel structure of biological diversity across environmental gradients in the Atlantic coastal sand dune plant community."

-SEEFOREST (coord. F Revers) "Study of roles of socio-economic and ecological factors on forest socio-ecosystem functioning: example of the Ciron Valley." Ce projet sera conduit en partenariat avec l'unité ETBX (sociologue, économiste) de l'Irstea de Cestas sur une durée de 3 ans.

-ROOTSEAL (coord. G Le Provost) "Root sealing and its role in adaption to waterlogging and drought in woody perennials". Ce projet fait intervenir 3 laboratoires  : l’ UMR Biogeco (G. Le Provost), l’ UMR EGFV (G. Gambetta) et le laboratoire de Biogénèse Membranaire (Frédéric Domergue). L’objectif principal du projet ROOTSEAL est de décrypter au niveau racinaire le rôle de la voie de biosynthèse de la subérine dans la réponse et l’adaptation aux stress abiotiques (i.e. excès ou défaut d’eau) en utilisant une approche comparative entre des espèces naturelles (chênes) et cultivées (vignes). Il vise notamment à développer une approche intégrative et complémentaire (transcriptome, bio-informatique, phénotypage et complémentation de mutants d’Arabidopsis) afin d’identifier des gènes qui comptent pour l’adaptation aux stress abiotiques.

-LEAFSHED (coord. R Burlett) "An integrated approach to understand the contribution of leaf shedding in tree responses to drought." Le projet  a pour objectif de comprendre la contribution de la diminution de la surface transpirante (par la chute de feuilles) dans la réponse des arbres à la sécheresse. Cette diminution permet d'augmenter le temps de survie des plantes. Ce projet, en collaboration avec l'unité EGFV et ISPA, repose sur une approche multidisciplinaire (écophysiologie, physique, transcriptomique, modélisation) pour caractériser ces mécanismes d'isolation hydraulique des feuilles et quantifier leur impact pour 10 espèces d'arbres tempérés (5 décidus et 5 sempervirents). Le projet est principalement basé sur une expérimentation de déshydratation en serre à Villenave d'Ornon (plateforme Bord'O), comportant un suivi de l'ensemble des relations hydriques et ecophysiologiques ainsi que les gènes exprimés pendant le stress, à la fois sur des feuilles fonctionnelles et dysfonctionnelles. Les résultats serviront à  une implémentation de ce phénomène dans deux modèles fonctionnels (Sureau et Musica).

Le projet Européen EOSC-pillar vient d'être accepté. Il durera trois ans (2019-2021). Il est un des piliers du projet EOSC (European Open Science Cloud, associant calculs et données distribuées). Pleiade en fait partie, suite à une proposition écrite par A. Franc, en collaboration avec l'INRIA Bordeaux (Olivier Coulaud, Hiepacs & François Rué, SED). C'est la suite du projet pico2, en collaboration avec l'IN2P3 (Institut du CNRS sur la physique des hautes énergies) et la Grille de Calcul. La tâche dans laquelle nous sommes, pilotée par l'IN2P3, consiste à faciliter la circulation des codes entre machines différentes (laptop, seveur local, mésocentre, centre national de calcul, grille) via des technologies en plein développement d'"empaquetages" (voir par exemple GUIX, les containers) ou la facilité d'accès pour qui n'est pas passé maître dans l'art de la soumission de jobs MPI (via par exemple un bloc note Jupyter). L'idée est de faciliter l'accès en réseau à une diversité de machines, et choisir celle la mieux adaptée à son besoin, en facilitant la circulation des codes et des données.

Pont C, Wagner S, Kremer A, Orlando L, Plomion C, Salse J. Paleogenomics: reconstructions of plant evolutionary trajectories using modern and ancient DNA. Genome Biology 20: 29
Cette synthèse fait le point sur des processus macro- et micro-évolutives (via l'analyse de l'ADN ancien) qui ont façonné les génomes modernes des plantes.

Bouteiller, X.P., Verdu, C.F., Aikio, E., Bloese, P., Dainou, K., Delcamp, A., De Thier, O., Guichoux, E., Mengal, C., Monty, A., Pucheu, M., van Loo, M., Porté, A.J., Lassois, L., Mariette, S., 2019. A few north Appalachian populations are the source of European black locust. Ecol. Evol.

Dans ce papier, grâce à une collaboration internationale impliquant de nombreux chercheurs européens et américains ainsi que des sources de financements multiples (ANR Xyloforest, EU COST action NNEXT, Agence de l'eau, SFE, UMR Biogeco, Gembloux AgroBiotech), nous avons pu échantillonner 63 populations de robinier (Robinia pseudoacacia) à travers toute l'aire native américaine et toute l'aire introduite européenne. Les individus ont été génotypés grâce à des marqueurs SNPs développés au laboratoire et nous avons pu démontrer que le robinier européen avait été introduit à partir d'un nombre limité de populations situées dans le Nord des Appalaches. Nous avons également mis en évidence qu'il existe un goulot d'étranglement génétique entre les deux aires. Enfin, nous avons pu établir que la clonalité était supérieure dans l'aire d'introduction européenne. 
 
Thanks to an international collaboration involving many European and American researchers and many funding grants( ANR Xyloforest, EU COST action NNEXT, Agence de l'eau, SFE, UMR Biogeco, Gembloux AgroBiotech ), we realized large‐scale sampling in both the invasive and native ranges. 63 populations were sampled and individuals were genotyped using SNPs developed in our lab. First, we demonstrated that European black locust was introduced from just a limited number of populations located in the Appalachian Mountains. Second, we showed that there is a genetic bottleneck between the ranges. Lastly, we found more clonality within European populations.
 

Labex COTE
La Summer School du LabEx COTE se tiendra du 3 au 7 juin 2019. Elle aura pour thème : "Ecology and society: frontiers and boundaries". Les doctorants ont jusqu'au 31 mars 2019 pour soumettre leurs candidatures.

Le LabEx COTE propose toujours des appels à projets au fil de l'eau afin de soutenir des actions de transfert, valorisation et de formation. Les appels d'offres plates-formes et colloques scientifiques sont eux aussi toujours disponibles.

GEDEOP (GEstiondes Données d’Expérimentations, d’Observations et de Pratiques sur les agro-socio-éco-systèmes) : François Ehrenmann
IUMAN (Informatisation et Utilisation des Modèles pour les Agroécosystèmes Numériques) : Frédéric Raspail
IMOTEP (Information, Modèles et Traitement des données en Epidémiologie et dynamique de Populations) : Jean-Paul Soularue
PROSODIe (Compilations Reproductibilité et Qualité pour l’Informatique Scientifique) : Jean-Marc Frigerio
BIOS4BIOL (Bio-informatique et Statistiques pour la Biologie) : Ludovic Duvaux

CLASSES VIRTUELLES en IST - Mars 2019
Retrouvez le programme des classes virtuelles en IST du mois de mars ici. Les séances sont également ouvertes aux personnels non Inra des UMR Inra. L'inscription aux séances et aux tests de connexion (recommandé avant une première participation) se fait via ce formulaire. Pour tout complément d'information ou question : formadoc@inra.fr

L'Inra recrute 125 ingénieurs, cadres, techniciens et personnels administratifs (H/F)
Les inscriptions aux concours externes sont ouvertes jusqu'au 21 mars 2019 : découvrez les profils de postes offerts et accédez aux informations utiles pour postuler.

IUFRO Tree Biotechnology 2019  Meeting (Raleigh, NC, 23-28 June 2019), inscription ici.
 

 

Summer School 2019 (labex TULIP) "Biological interactions : from genes to ecosystems" inscription ici.

La conférence "Adapting forest ecosystems and wood products to biotic and abiotic stress " a lieu du 12 au 15 mars à Bariloche, Argentine. Clôture du projet TOPWOOD et lancement du LIA (laboratoire international associé), coordonné par R Rozenberg de l'INRA d'Orléans et Guillermina dalla Salda et Alejandro Martinez Meier  de l'INTA (Investituto Nacional de Tecnologia Agropecuaria), station de Bariloche. Elle impliquera de nombreux chercheurs du département EFPA de BIOFORA et URZF (Orléans), URFM (Avignon), PIAF (Clermont-Ferrand), SILVA (Nancy) et BIOGECO.

Les 1ères journées du GDR Pollinéco (pollinisation) auront lieu du 25 au 27 mars 2019 à Montpellier.

Le colloque international « Habitats forestiers et forêts habitées. Comment usages, gestions et pratiques sociales interagissent avec la faune sauvage en forêt ? » se tiendra au Domaine national de Chambord les 26 et 27 mars 2019.

Les 3èmes rencontres nationales « Espaces naturels protégés et recherche » se dérouleront les 17 & 18 avril 2019 – Annecy.

La Fondation L'Oréal, en partenariat avec l'UNESCO et l'Académie des Sciences a lancé l'appel à candidature de l'édition 2019 des Bourses France L'Oréal-UNESCO Pour les Femmes et la Science.  Date limite de dépôt des dossiers de candidature : dimanche 14 avril 2019.

Ouverture aux concours externes d’un poste de CR en modélisation de la dynamique des systèmes socio-écologiques au LISC (labo Irstea). La date limite pour candidater est fixée au 14 mars 2019. Vous trouverez les détails pour postuler ici et là pour en savoir plus sur le labo.

Ouverture en concours externe d'un poste d'IR en  paléogénomique. L'IR sera positionné au sein de la plate-forme d'ADN ancien de Toulouse et mènera des projets de recherche en lien avec les équipes du département EFPA. Pour l'unité cela concerne surtout les recherches menées sur l'évolution des populations de chênes au cours de l'Holocène. - Clôture des inscriptions : 21 mars 2019.