Lettre de BIOGECO                      N° 105 Mai 2020
Edito

Bonjour à tous,

Nous entamons cette avant-dernière (si on s'en tient à la date du 11 mai) semaine de confinement avec une pensée toujours aussi forte pour les personnes qui se trouvent en première ligne face à la covid-19. Pour autant, vous savez que pour la plupart d'entre nous qui pouvons télétravailler, le retour sur nos deux sites de Pessac et Cestas n'est pas encore inscrit à l'agenda (la DG INRAE indique au mieux le 2 juin). Le déconfinement se fera donc de façon progressive, avec une priorité donnée au personnel permanent et non-permanent ayant eu une autorisation spéciale d'absence (ASA) pendant ces deux derniers mois, aux doctorants post-doc et stagiaires (dont le séjour pourra être rallongée) pour leur permettre d'avancer et de boucler leurs travaux, au personnel du pôle de gestion et enfin aux TTeuses et TTeurs pour des besoins très ponctuels. En tout état de cause le 11 mai et les journées suivantes jusqu'au 13 seront consacrées à l'adaptation des locaux et la mise en place de procédures d'hygiène renforcées. Nous avons besoin de ce temps pour préparer la ré-ouverture.

Les bureaux des personnes en TT pourront être "réaffectés" pour permettre au personnel présent sur site de disposer d'un bureau où il.elle pourra travailler seul.e. Un nouveau plan d'organisation des bureaux sera donc mis en place en fonction de vos réponses à l'enquête disponible sur le NAS. Du 11 au 13 mai , seul le personnel de la cellule de prévention élargi à quelques personnes, ainsi que la Direction et le pôle de gestion seront admis au sein de chaque site.

Un plan de reprise d'activité (calibré avec les services concernés de l'UB et d'INRAE) encadrera la reprise du travail dans les meilleures conditions de sécurité. Nous y travaillons et je tiens à vous remercier d'avoir complété l'enquête qui facilitera sa mise en œuvre. Les situations individuelles de fragilité ou de difficultés d’organisation personnelle ou familiale seront bien sûr prises en compte. Les personnes fragiles resteront confinées chez elles. En la matière, vous devez prendre contact avec votre médecin généraliste ou le médecin de la prévention si vous avez un doute sur la compatibilité entre votre reprise en présentiel et votre état de santé.


Il y a encore beaucoup d'inconnues et d'interrogations sur les bonnes pratiques (même si l'ensemble des compétences en la matière sont mobilisées). Tout ne sera pas réglé comme du papier à musique le 14 et les jours suivants, il y a aura certainement des erreurs de commises et des améliorations a apporter dans nos procédures et comportements de protection envers autrui ... nous apprendrons ensemble à vivre différemment sur une période qui s'annonce prolongée.

Plus que jamais...
i) que ce soit dans le monde académique avec la publication à la va vite d'articles non évalués par les pairs dans des archives ouvertes, voire de travaux publiés en quelques heures dans des journaux pourtant réputés et dont on peut alors se poser des questions quant aux garanties attendues par la relecture des pairs,
ii) que ce soit au travers d'études dont  les données ne soutiennent manifestement pas les conclusions,
iii) que ce soit dans les plus grands médias avec des prix Nobel et Professeurs de médecine (des voix qui comptent ... en principe!) exposant à leurs concitoyens - en omettant toute éthique scientifique - leurs propres thèses, théories et interprétations les plus rocambolesques, aussi vite relayées sur les réseaux sociaux et dans la presse,

...cette période montre ô combien il y a urgence à renforcer notre communication  (sur nos thèmes de recherche) auprès du grand public et surtout renforcer la pensée critique, via la démarche scientifique, auprès des plus jeunes dans les écoles, pour éviter les amalgames, rumeurs, confusions et mauvaises interprétations en tout genre qui peuvent alors avoir de graves conséquences (cf les âneries récemment proférées par un homme d'affaire, animateur TV devenu Président). Considérant que l'on ne peut défendre que ce que l'on aime et qu'on connait, nous devrons certainement discuter collectivement dans les mois à venir d'un positionnement renforcé à ce sujet.

Vous trouverez dans ce numéro quatre communiqués de presse relayant des recherches récentes impliquant notre unité, un accès à une première version du document d'évaluation HCERES dont je vous invite à prendre connaissance avant d'en discuter par 'intermédiaire des élus en CU le 18 mai, des coups de cœur (je vous conseille celui sur la science et l'héroisme collectif), et bien d'autres infos comme les nouveaux équipements de PGTB, la prochaine animation scientifique ...

Pour terminer, je tiens encore à remercier les volontaires qui dans le cadre d'un plan de continuité d'activité ont œuvré pendant toutes ces semaines pour faciliter la reprise.

Profitez quand même de ce printemps chantant si vous avez la chance d'entendre les oiseaux!
Christophe

et pour les avides de covid:

-les excellentes synthèses (mises à jour) de l'équipe de S. Alizon sur les modélisations de l'épidémie de covid-19 contextualisées à la France
ici
-tout ce que vous auriez aimé savoir sur le coranavirus ici
-comment la COVID-19 se déplace dans le monde et évolue au sein des populations ici
Sommaire
 

La photo du mois : (© Sylvain Delzon) Figure | Les bryophytes et l'anatomie de leur appareil vasculaire. Polytrichum commune dans son habitat (a et c) et plusieurs exemples d'observation de son anatomie en microscopie électronique (SEM, b et e; CRYO_SEM, d;  TEM, f).



Nous ouvrirons le bal le 5 mai (9h en visio) avec une journée d'échange "pré-HCERES" avec les Directions de nos deux tutelles (départements Sciences de l'Environnement de l'UB et Ecologie des milieux faiblement anthropisés d'INRAE) ainsi que le Président du Centre INRAE. Le matin sera consacré à la présentation des quatre thèmes de notre projet d'unité et l'après-midi à un entretien avec la Direction. Le 11 mai (13h30 en visio) nous poursuivrons avec un débriefing -en codir élargi aux "GT projet"- des recommandations des tutelles, et le 18 mai (9h30 en visio) nous discuterons en CU de la contribution des membres élus à l'autoanalyse de l'unité  (SWOT), au BILAN et au PROJET du rapport HCERES.

Elena innovera le 7 mai avec pour la première fois une soutenance de thèse entièrement en visioconférence. Bonne chance à toi Elena !

11 12 13 mai :quelques personnes mobilisées au B2 et à Pierroton pour préparer les conditions sanitaires optimales d'un retour du personnel (très peu de personnes d'ailleurs) sur site ainsi que pour les missions sur le terrain...qui pourront commencer à partir du 14.
Nouveau documents dans le GED
-->section "communication scientifique":
Mise à jour par Aviscan des recommandations pour la signature des articles scientifiques dans le domaine des sciences de la vie et de la santé.
Charte de déontologie INRAE

-->section "OEL/TERRAIN"
Nouveau répertoire (mission terrain en situation de la COVID) pour stocker les fichiers décrivant les mesures prises pour respecter les distances et gestes barrières sur le terrain. Les transmettre à Sandrine pour qu'elle puisse les poster à cet endroit lorsque vous rédigez une procédure.

Rapport sur le BILAN HCERES disponible pour le personnel permanent en mode "commentaire" jusqu'au 30 mai (cf message d'invitation envoyé pour l'accès au document) ou en téléchargement ici.
Le mois d'avril a été dense en terme d'interactions...des réunions d'équipe qui se sont poursuivies en visio-conférence et qui permettent d'avoir des nouvelles de chacun.e d'entre nous, deux comités de direction successifs consacrés à l'auto-analyse (force faiblesse risque opportunité) de l'unité et aux quatre thèmes de recherche que nous mettons en avant dans le cadre du prochain mandat, de nombreux temps d'échange ouverts à tous pour justement affiner notre identité scientifique au travers de ces thèmes, des préparations de projet de recherche (Biodiversa, ANR...), des webinars dédiés dont celui du projet européen B4EST en lieu et place de la réunion annuelle,...autant d'opportunités qui nous permettent de garder un lien avec nos communautés scientifiques.

Et d'autres ont donné de leur temps pour les autres en ces temps difficiles.


Martine au front pour livrer des masques aux étudiants bordelais.
Communiqués de presse INRAE (mars et avril 2020)

*Le rôle crucial de l’eau pour l’avenir de nos forêts
Les arbres occupent une place essentielle dans la construction de la biodiversité terrestre. Leur tronc, véritable squelette de carbone, joue un rôle crucial en reliant les feuilles-exposées de la canopée qui assurent la photosynthèse - et les racines, indispensables à l’acquisition de nutriments et d’eau grâce à leur système vasculaire évolué. Mais sont-ils les seuls à pouvoir transporter l’eau de la sorte ? Dans un article paru dans Nature plants et un autre paru dans Science le 16 avril, des chercheurs INRAE reviennent sur la gestion de l’eau des organismes clés de voute des forêts : les arbres et les mousses. A la lumière de cette découverte, les chercheurs proposent un modèle pour prédire l’effet du changement climatique sur la vulnérabilité des forêts.

*La génomique du chêne fait ses preuves
Un an et demi après la publication de la séquence complète du génome du chêne pédonculé par un consortium national mené par INRAE et le CEA, les premiers résultats s’appuyant sur cette ressource génomique font l’objet d’une série d’articles publiés le 16 avril 2020 dans la revue New Phytologist. Ces nouveaux résultats précisent l’histoire évolutive des chênes, des racines profondes de leur diversification jusqu’à l’évolution plus récente des chênes blancs européens, ainsi que l’identification de gènes clés impliqués dans l’adaptation à certains environnements ou dans la résistance à des agents pathogènes

*Les écoliers peuvent-ils aider la recherche en écologie ? Premiers enseignements du projet de recherche "Gardiens des chênes"
De nombreux projets de recherche ont un volet de sciences participatives et font appel à la contribution des citoyens, initiés ou professionnels, grand public, élèves ou étudiants…. Les chercheurs INRAE, dans le cadre du projet « Gardiens des chênes » initié en 2018 font appel à des écoliers, collégiens et lycéens de différents pays européens pour étudier les mécanismes de la résistance des chênes aux insectes herbivores, à travers les différents climats, depuis le Portugal jusqu’à la Finlande. Ils ont intégré à leur démarche la question essentielle de la fiabilité des données ainsi collectées par les élèves. Ces premiers enseignements sont publiés le 18 mars 2020 dans la revue Citizen Science : theory and practices. Les travaux montrent que pour des scientifiques non spécialistes et pour des élèves, il existe des biais de surestimation de prédation qui peuvent être corrigés par des procédures adaptées. Ainsi, une fois le biais identifié et corrigé, les données des élèves peuvent être prises en compte et participer à la production de nouvelles connaissances scientifiques.

*Biodiversité après 2020 : la diversité génétique oubliée
En janvier, le secrétariat de la Convention sur la diversité biologique (CBD) a publié la première version de son « cadre mondial pour la biodiversité après 2020 » (1) . Dans un article publié le 6 mars 2020 dans Science (2), des scientifiques de plusieurs universités et instituts de recherche autour du globe, dont l’université de Bordeaux et INRAE, l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, alertent que les objectifs et indicateurs proposés dans ce document négligent la diversité génétique – l’élément de base de l’évolution et de toute la diversité biologique. Une abondance de preuves scientifiques reconnaît aujourd’hui le rôle crucial de la diversité génétique au sein des espèces pour la résilience des écosystèmes, la survie des espèces et leur adaptation, en particulier face aux menaces imposées par le changement global.

Interview:Portrait : Christophe Plomion ici

En lien avec le confinement

*Pour celles et ceux qui aiment la musique, pas mal d'initiatives à suivre !! tous les soirs, sur le compte Facebook de Baboo Music, Francis Cabrel poste une chanson. Ou abonnez vous à la newsletter de l'Arkea Arena de Floirac : une playlist par jour ! (https://www.arkeaarena.com/fr/experiences/arena-newsletter/). Et pour ceux qui aiment le classique, retrouvez plusieurs liens de musique en streaming, de solistes ou de l'opéra de Paris ou New York (https://www.francetvinfo.fr/culture/musique/opera/si-tu-ne-viens-pas-a-la-musique-la-musique-viendra-a-toi-pour-contourner-le-coronavirus-les-artistes-se-produisent-en-ligne_3869691.html).

En lien avec nos métiers


*La science est un héroïsme collectif

*Eco-Evo seminar

* Phylogenetics in the Genomic Era

*L'encyclopédie de l'Environnement (EEnv)

* sur le site de la FRB
-date un peu mais toujours d'actualité:
RÉPONSES ET ADAPTATIONS AUX CHANGEMENTS GLOBAUX QUELS ENJEUX POUR LA RECHERCHE SUR LA BIODIVERSITÉ ?

-Tout récent: Covid-19 et biodiversité : vers une nouvelle forme de cohabitation entre les humains et l’ensemble des vivants non-humains


*Un appel à agir urgemment pour limiter le changement climatique et inverser la perte de la biodiversité de la part des Sociétés Savantes d’Écologie et d’Évolution ici.

 
*Réécouter L’«intelligence végétale» pour repenser radicalement notre (rapport au) monde ? ici
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
  • La PGTB a profité de cette période de confinement pour se créer un nouveau logo ! L’ancien logo mentionnait le CGFB (Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux), qui n’existe plus aujourd’hui. L’identité visuelle rouge demeure mais les deux principales activités de la PGTB sont désormais bien visibles !
 
  • Dans le cadre du projet Labex COTE AGIS porté par la PGTB, nous allons acquérir le système de qPCR portable Franklin (Biomeme), afin de tester la possibilité de réaliser des analyses génétiques in situ. Ce système miniature permet d’analyser sur le terrain jusqu’à 16 échantillons simultanément, en fluorescence classique comme en sondes marquées.
  • La PGTB va acquérir le nouveau modèle CPM384 du MassARRAY (Agena Bioscience), que certains connaissent mieux sous le nom de Sequenom. Ce nouveau système offre des performances supérieures grâce à une nouvelle génération de puces avec des spots 4 fois plus grands, offrant ainsi un meilleur signal et réduisant le bruit de fond. Une grande partie des opérations est automatisée, réduisant les risques d’erreur ou de contamination, et les analyses peuvent être lancées sur la nuit. Le système actuel sera conservé mais converti au format 96 : il sera dédié au génotypage ciblé de sites méthylés qui va être développé ce printemps, et plus ponctuellement aux petits projets de génotypage SNP. Cet important investissement est financé par la CNOC, le GIS IBISA, la Région Nouvelle Aquitaine et la PGTB.
 

 
Vendredi 29 mai, Airial 9h30-11h30

L'exposé de Thierry LAMANT (ONF) est maintenu (en visioconférence car les rassemblements de plus de 10 personnes sont strictement interdits jusqu'à nouvel ordre) 
--> "le monde des chênes et les chênes du monde; de nouvelles espèces de chênes à planter en ville". Il sera suivi d'un échange pour celles et ceux qui sont intéressés pour construire le débat Science - Société de la fin d'année sur le thème de "l'écologie urbaine",  thème en pleine émergence au sein de l'unité.
-->Coordonnées pour la connexion en visioconférence à venir le 29 Mai à 9h.

 
*Financé par la Région Nouvelle-Aquitaine
Projet de transfert et médiation scientifique ayant pour objectif de discuter des changements de pratiques de gestion en prairie et bocage, en réponse aux changements climatique/ Annabel en partenariat avec le CIVAM (Centre d'Initiative pour Valoriser l'Agriculture et le Milieu rural ) de Charente Limousine et l'UMR UREP de Clermont Ferrand / 

*Financé par le programme Hubert Curien "Amadeus"
Développement des échanges et les collaborations en écologie des arbres exotiques envahissants. Annabel en partenariat avec une équipe de recherche autrichienne


*Financés par le département Sciences de l'Environnement de l'Université (Appel d'Offre "projets émergents")
-Role of structural variation in evolutionary processes of perennial plants (Ludovic en partenariat avec l'UMR BFP)
-From genes to forest litter: microbes and leaf defense mediate the effect of tree genetic variation on forest litter decomposition (Virgil et Ben, partenairat avec l'UMR ISPA)


*Financé par le l'UE

Action COST CA19116 Trace metal metabolism in plants (PlantMetals) dont Michel coordonnera la délégation française.
Quelles solutions audio-visio conférences pour quels usages ? voir le document INRAE consultable sur l’intranet national.
.... qui font toujours plaisir!

Bonjour,
En ces temps de confinement, cette Lettre du mois d'avril est une bouffée d'air pur. J'y ai trouvé de multiples sujets d'intérêt. 
Félicitations à la rédactrice et à Christophe pour son édito.
Amitié.  Michel Arbez
T. J. Brodribb, M. Carriquí, S. Delzon, S. A. M. McAdam, N. M. Holbrook (2020) Advanced vascular function discovered in a widespread moss. Nature Plants 6, 273–279 (2020)
Une découverte sur le fonctionnement hydrique et photosynthétique d'une mousse qui en dit long sur l'évolution des plantes vasculaires.


Martínez-Sancho,….. González-Martínez S, .........Hure lA,....Le Provost G,....Plomion C, …..(2020)  The GenTree Dendroecological Collection, tree-ring and wood density data from seven tree species across Europe. Scientific Data 7 : 1
Data paper du projet GENTREE sur les données de dendrochronologie collectées sur 3600 arbres de 142 populations de 7 espèces d'arbres forestiers en Europe. L'unité a participé à l'acquisition de données sur le chêne sessile et le pin maritime.


Damestoy T, Moreira X, Jactel H, Valdes-Correcher E, Plomion C, Castagneyrol B. Growth and mortality of the oak processionary moth, Thaumetopoea processionea L., on two oak species: direct and trait-mediated effects of host and neighbour species identity. Entomologia Generalis
Article de la thèse de Thomas.
INRAE

*Pendant la durée du confinement et au delà, une ligne d’écoute confidentielle et gratuite INRAE: N° vert : 0800 20 30 10 est à la disposition de tous les agents du lundi au samedi de 9h à 19h

*Le document intégral « Travail à distance et confinement » est à télécharger sur l’intranet DRHDD
ici.

*Les modalités d’application au sein de INRAE de l’ordonnance traitant de la prise de jours de RTT et de congés annuels pendant la période d’urgence sanitaire sont disponibles ici.


*le "Flyer" de l'infrastructure de recherche RARe est disponible ici.

 *l'adresse intranet du Centre pour celles et ceux qui la cherche désespérément!
https://intranet.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/

UB
La journée du département SE (7 mai 2020, Agora) est reportée.

3R BIOSENA: En raison des nouvelles consignes liées à la pandémie de COVID-19, les Journées Scientifiques Pluridisciplinaires " Biodiversité et Services écosystémiques" sont reportées aux lundi 2 et mardi 3 Novembre 2020 au Forum des Pertuis, La Rochelle. En savoir plus.
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En accès libre "
Les services écosystémiques dans les espaces agricoles Paroles de chercheur(e)s " rédigé à partir des conférences données en 2015 dans le cadre du MP EcoServ, " Les Mardis d'EcoServ ". En plus du livre entier, chaque chapitre est référencé individuellement et proposé comme ressource documentaire (accès libre). Par le lien https://hal.archives-ouvertes.fr/search/index/?q=Les+services+%C3%A9cosyst%C3%A9miques+dans+les+espaces+agricoles.+Paroles+de+chercheur%28e%29s&submit
= vous trouverez la liste des chapitres (non ordonnés) + le livre. En cliquant sur le nom de l'auteur ou le titre du chapitre, vous aurez accès à tout chapitre.
 
Sur les pages HAL du livre et de chaque chapitre, vous trouverez les informations documentaires habituelles, y compris un DOI (panneau de droite).

Appels Partenariats Hubert Curien (mobilités) :
  - Thèses avec la Chine avant le 4 mai (YuanPei)
  - Mobilités Turquie avant le 11 juin (tous thèmes, avec un focus agriculture)
  - Mobilités Iran avant le 30 juin

Reports de dates de soumissions :
  - Appel LIFE : juillet ou octobre 2020, en fonction des topics
  - Appel PRIMA :
          Section 1 : 6 mai 2020
          Section 2 : 13 mai 2020.
  - Appel PAUSE : 15 mai 2020

Green Deal :
Remontée de 3 topics ECOFA  à l’occasion du Green Deal :
  • Un sur le multi-risque en forêt “ Interdisciplinary and integrated approaches to evaluate and manage multiple risks in European forest socio-ecosystems and their connected value chains”
  • Un sur « Natural Forest Regrowth in Europe: from Challenge to Opportunity”
  • Un plutôt autour des systèmes d’observation : “Early detection & attribution of climate and environmental impacts on land ecosystems production, services and biodiversity”.
En préparation :
  • Un topic autour de la biodiversité, intitulé pour l’instant « Transforming nature-society interactions for a biodiverse sustainable future », est également en préparation.
  • Nous souhaitons également formaliser un topic avec SPE sur les flux internationaux de ravageurs.
  • Un topic existe par ailleurs sur l’écologie fonctionnelle/grands ongulés avec certaines de nos équipes
Nos 7 sujet de thèse soumis à l'Ecole Doctorale accessibles ici

bases génétiques et valeur adaptative des métabolites spécialisées chez les chênes blancs européens
Genetic bases and adaptive value of leaf specialized metabolites in European white oaks

Effet du changement climatique sur la biodiversité et le fonctionnement des communautés d'organismes associés au chêne en Europe
Tracking the effect of climate change on the biodiversity and functioning of oak-associated communities with citizen science at European scale

Etude du rôle des facteurs écologiques locaux dans la conservation de la biodiversité : exemple de la ripisylve du Ciron
Study of the roles of local ecological factors in biodiversity conservation: the Ciron riverine forest case

Evolution de l’isolement reproductif post-zygotique chez les chênes.
Evolution of post-zygotic reproductive isolation in Quercus species.

Évaluation du microbiote et des chaînes trophiques dans un contexte de migration assistée d'arbres forestiers
Microbiota and trophic cascade assessment in assisted migration of forest trees

Mutation dans la canopée de la forêt tropicale
Mutation in the tropical tree canopy

Sélection génomique chez le pin maritime.
Genomic selection in maritime pine.

Structuration de la diversité biologique au sein des communautés végétales des dunes côtières atlantiques
Structuration of biological diversity within plant communities in Atlantic costal sand dune

 
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