L'année 2023 marquera le 20ième anniversaire de la création de l’Unité Mixte de Recherche BIOGECO – Biodiversité Gènes et Communautés (INRAE-Université de Bordeaux). a direction de l'unité souhaite organiser à cette occasion plusieurs manifestations pour favoriser le dialogue science-société et impliquer l'unité au niveau territorial dans les initiatives relatives à la préservation des milieux et de la biodiversité. Au-delà de l’aspect commémoratif inhérent à cet anniversaire, il s'agit d'attribuer à ces manifestations des perspectives tournées vers l’avenir et les nouveaux enjeux portant sur l’évolution de la diversité biologique.
A ce stade, nous vous proposons quatre pistes de réflexion sur lesquelles vos suggestions sont bienvenues (merci de les consigner dans le tableau KLAXOON disponible ici, nous aurons l'occasion d'en discuter d'ici in juin afin de constituer les groupes de travail au second semestre).
1. Organiser plusieurs événements au cours de l’année (séminaires, conférence, débats…) incluant des membres actuels et passés de l’UMR, des personnalités scientifiques extérieures, des porteurs d’enjeux, le long d’un « fil rouge » : La Biodiversité et Nous ?
2. Organiser ces événements dans des lieux différents, en s’adressant à des publics différents (académiques, citoyens, scolaires, professionnels)
3. Marquer l’anniversaire par le démarrage d’une opération de recherche-action associant les communautés territoriales locales.
4. Organiser une journée plus festive réservée au personnel y compris celles et ceux partis à la retraite depuis 2003.
Arrivées
Samantha Février rejoint BIOGECO à compter du 1er avril en tant qu'ingénieure d'étude en médiation des sciences de l'université de Bordeaux. Elle a été recrutée pour une durée de 24 mois et travaillera avec Fred Revers et Fred Barraquand pour mettre en place et animer le programme de sciences participatives sur les pollinisateurs (programme SPIPOLL) mené dans le cadre du projet Biodiver'cité sur Bordeaux Métropole. Elle sera basée au B2.
David Chagné rejoint l'équipe E4E (Avril - Août) dans le cadre d'une séjour sabbatique. David est responsable d'un labo de recherche "Genomics Otearoa" regroupant des composantes d'une dizaine d'institutions néo-zélandaise. Il est basé à Pierroton.
Lucile Paulignan débute son stage de Master 1 (master communication scientifique U. Bordeaux) sous la direction de Vincent Banos (UR ETTIS Cestas ) et Cécile Robin dans le cadre du réseau international de recherches France-canada Forêt-Bois-Marché (2RI FORWARD) . Sa mission est de nous aider à communiquer sur ce 2RI, en construisant en particulier un site web. Son bureau est dans l’observatoire. Elle viendra peut être vous rendre visite ! Et on vous donnera très bientôt plus d’information sur le 2RI.
Enora Pichonnet (stage M1: 19 avril - 29 juillet 2022) : " Contribution à l'étude de la diversité génétique d'une population d'Armillaire dans le massif landais". Equipe Gemfor - Encadrement C. Dutech et F. Robledo-Garcia.
Mathilde Chevillot, étudiante en 3ème année à l'ENSEGID, a rejoint l'équipe ECOGERE le 4 avril pour une durée de 6 mois. Son stage s'intègre dans l'étude de la variabilité intraspécifique des traits fonctionnels d'espèces végétales des dunes non boisées, menée dans le cadre de DuneBioDiv (resp. Olivier Lepais). Mathilde aura notamment en charge l'étude de traits fonctionnels anatomiques (tiges et racines). Elle est co-encadrée par Catherine Bodénès et Marie-Lise Benot côté BIOGECO, et Maya Gonzalez (Bordeaux Sciences Agro / ISPA).
Départs Bérengère Curtit qui était en contrat CDD technicien UB dans l'équipe ECOGERE a quitté l'UMR le 18 mars pour aller travailler au Conservatoire botanique national de Franche-Comté, sa région natale. Nous lui souhaitons une bonne continuation.
Marie Massot. C’est en février 2014 que Marie est arrivée au sein de BIOGECO, il y a déjà plus de huit ans ! D’abord à INRAE dans l’équipe GEMFOR, où elle a développé pendant trois années des outils moléculaires de détection et d'identification de pathogènes forestiers (Erysiphe spp., Cryphonectria parasitica, Ceratocystis platani, Ampelomyces spp.). Elle a ensuite rejoint l’Université de Bordeaux et la PGTB où elle a eu la responsabilité des projets PCR en temps réel et digital PCR, et où elle a apporté son expertise technique aux multiples activités de la Plateforme. Malheureusement, après toutes ces années passées à BIOGECO, son contrat n’a pas pu être prolongé. Un très grand merci Marie pour tout ce que tu as apporté à l’unité pendant ces huit années, pour ta gentillesse et ta bonne humeur. Nous te souhaitons le meilleur pour la suite.
Jean-Marc Louvet. Que nous aurons le plaisir de retrouver le 3 juin pour fêter (en présentiel) son départ à la retraite.
> L'interdiction de sortie de plantes sensibles à madame x est dorénavant levée par la DG INRAE. Un grand merci à toutes les personnes de l'UMR et aux collègues des autres unités (surtout Angers et UEFP) pour le suivi rigoureux et l'évolution du dossier vers ce levé de l'embargo. La vigilance reste néanmoins maximale en terme de traçabilité (entrée & sortie) du matériel végétal.
>Pour prolonger le débat sur le changement climatique, je vous invite à écouter Albert Moukheiber notamment sur le fossé qui existe entre Intention et Action.
>Biogeco 20 ans. Vous souhaitez participer à l'un des 6 évènements proposés, donner votre opinion, proposer autre chose: c'est ici.
> Sujets de thèse au concours de l'ED Sciences et Environnement
Pour les étudiants en M2 : Pour consulter les offres de thèse de l'Univ. de Bordeaux et candidater, c'est ici.
>Félicitation Ludovic et Marylise pour vos brillantes soutenances de thèse: Ludovic Lacombe: "Importance des facteurs locaux climatiques et édaphiques dans la dynamique de régénération des communautés de hêtre en marge d'aire de distribution" Marylise Marchand: "Barrières écologiques à la dissémination des agents de l'encre dans les châtaigneraies françaises"
>Sophie participe à une table ronde de “Plexus”, festival étudiant à l’initiative de la licence Culture Humaniste et Scientifique de l’Université Bordeaux Montaigne, porté à la fois par ses étudiant.es et l’association Culture Indisciplinée, ainsi que le Crous Aquitaine.
La première édition du festival abordera la notion de “résilience”, mercredi 13 et jeudi 14 avril 2022, avec des conférences performées, table-rondes, et atelier théâtre forum. Une scène musicale locale et dynamique se produira sur scène les soirs du 13, 14 et 15 avril.
>Un grand merci à Stéphanie pour l'organisation des "Fresques du climat" en ce début du mois de mars, puis pour l'animation scientifique sur le thème du changement climatique lors de la 1ère journée de l'AG.
Le mardi 15 mars 2022, une quarantaine de Biogecoteurs sont partis s’initier à l’ornithologie au parc du Teich. Le soleil était au rendez-vous mais il était voilé par un important nuage de poussières venant du Sahara. La sortie a commencé par une présentation des travaux sur les oiseaux au sein de notre UMR. Rémy a présenté le parc ornithologique et nous avons eu un petit rappel sur les fonctions écologiques de oiseaux. Ensuite, nos quatre guides, Alexis, Arndt, Frédéric et Rémy ont encadré chacun un petit groupe d’une dizaine de personnes. Nous avons pu observer plus de 30 espèces d’oiseaux avec des plumages d’hiver et nuptiaux pour la mouette rieuse et la barge à queue noire, pour des comportements alimentaires en particulier avec les canards de surface. Nous avons tous eu la chance de pouvoir des cistudes d’Europe se chauffant au soleil. Le décompte des observations est donné dans le tableau ci-dessous
>La passion de la forêt et de la sylviculture avec Hugues de Grandmaison et Nathan Thévenin. Lors de promenades en forêts, l'expert doyen transmet sa passion de la forêt et de la sylviculture à un jeune étudiant. Avec complicité et humour, les échanges permettent de comprendre comment le sylviculteur accompagne la forêt avec des techniques appropriées pour qu’elle produise des arbres de qualité destinés à fournir du bois tout en respectant le milieu naturel et la biodiversité.
> La huitième édition du "dictionnaire sur la diversité biologique et la conservation de la nature" est sortie. C'est un pavé de 1315 pages, une vraie mine d'informations.
Comme la précédente édition, cet ouvrage est destiné à apporter des éclairages sur des termes parfois complexes et a été rédigé dans le but d'offrir une source d'information à toute personne souhaitant se documenter sans avoir à consacrer de longues heures sur le net.
L'auteur attend des retours et vous pouvez le contacter à "patrick.triplet1 chez orange.fr".
Pour les Cironologues, Alexandra Quénu (chargée de mission Natura 2000 pour la vallée du Ciron) a pris sa succession à la direction de la réserve de la Baie de Somme.
Vos questions, vos commentaires, vos attentes, vos compléments seront étudiés et permettront d'améliorer le texte en vue de la prochaine édition.
>même si la publication du second volet du 6ème rapport du GIEC a complètement été éclipsée par l'actualité ukrainienne, ce rapport est d'une importance capitale. Il porte sur les impacts, l'adaptation et la vulnérabilité des écosystèmes et sociétés humaines face à la dérive climatique (la dernière décennie est la plus chaude depuis 100 000 ans!). Il met notamment en évidence les effets en cascade produits par le changement climatique.
>Rapport polémique sur le plan de relance forêt lancé fin 2020 de l'association Canopée. Il remet en cause la politique de plantation favorisant certaines coopératives forestières et contestable d'un point de vue adaptation aux changements climatiques et lutte contre l'érosion de la biodiversité. La recherche publique dont Biogeco aurait peut-être quelque chose à dire là-dessus ? Alexis Ducousso y est cité.https://www.canopee-asso.org/wp-content/uploads/2022/03/Canopee_Bilan-Plan-de-relance.pdf
> Le 8 mars 2022, le PPR Cultiver et Protéger Autrement a donné rendez-vous à la profession viticole à travers une Rencontre Chercheurs - Professionnels : « Sortir des pesticides en viticulture ». Cette rencontre a réuni 250 personnes à Beaune, Montpellier et Bordeaux. Corinne Vacher (Biogeco) et David Bohan (Agroécologie) sont intervenus pour parler des applications de la génomique environnementale et de l'IA au biocontrôle microbien des maladies de la vigne. Les interventions peuvent être visionnées en replay et ont été relayées dans la presse spécialisée (article de Vitisphère).
Encore un immense merci à Marie pour ces 5 années passées au sein de la Plateforme. Merci pour tout le travail que tu as réalisé, pour ta grande adaptabilité et ta bonne humeur. Nous te souhaitons plein de belles choses pour la suite !
Projets
Quelques exemple de projets en ce mois d’avril :
Du développement et du génotypage de marqueurs microsatellites (approche SSRseq) sur Neofusicoccum parvum et de Botryosphaeria dothidea, deux agents pathogènes responsables de dépérissements des noyers en France. Ce travail se fait en collaboration avec l’Université de Brest (Adeline Picot)
Toujours du SSRseq, mais sur Anadenanthera colubrina, afin d’en apprendre un peu plus sur cet arbre d’Amérique du Sud (collaboration Myriam Heuertz et Alejandra Goncalves)
Du metabarcoding pour étudier l’évolution de la représentativité des espèces de fusarium présentes sur des échantillons de blé collectés sur tout le territoire français entre 2007 et 2021. Ce travail est réalisé en collaboration avec Marie Foulongne et Marie-Anne Garcia
Du séquençage long reads MinION pour cartographier l'incorporation d’ADN analogues dans le génome du parasite Plasmodium falciparum, responsable de la malaria (collaboration Ana Gomes de l’Université de Montpellier)
Du génotypage de SNP sur MassArray sur Pseudotsuga menziesii, Pinus sylvestris et Picea sitchensis, en collaboration avec l’Université d’Oxford (John MacKay)
Formation
Le 4 avril, nous accueillons 45 lycéens d’Arcachon (Lycée Grand Air) qui viendront découvrir les applications du MassArray pour les recherches sur le pin maritime
Dans le cadre de son Assemblée Générale des Utilisateurs, Phénobois organise deux demi-journées d’animation : jeudi 9 juin après-midi et vendredi 10 juin matin à Orléans (campus INRAE, salle King).
Comme nous l’avions fait en 2019 à Clermont-Ferrand, nous sollicitons les utilisateurs de la plateforme (scientifiques, doctorants, stagiaires, …) pour présenter les résultats obtenus grâce aux analyses et résultats fournis par les membres de Phénobois et que vous avez valorisés ou qui sont en cours de valorisation. Vous pourrez également présenter des projets qui débutent et qui font appel aux expertises de la plateforme.
Le format retenu est 20 min d’exposé (les diapos pourront être en anglais) et 10 min de questions.
Ce sera également l’occasion de discuter tous ensemble de nouvelles méthodologies que vous souhaiteriez voir développer au sein de la plateforme et de recueillir vos avis sur le fonctionnement global de Phénobois.
Merci de contacter Régis Burlett si vous souhaitez participer à ces journées ou proposer un exposé pour cette animation.
Une (courte) vidéo sur le partage et la réutilisation des données.
>1er avril - 9h30 - 10h30 Airial et en visioconférence
Wind damage to Norway spruce during storms in Norway and Italy. Peter Zubkov, Norwegian University of Life Sciences and Maximiliano Costa, University of Padua.
9h05-9h55: "Influence sur les plantes et les pollinisateurs d'un double gradient d'anthropisation agricole et urbain en milieu périurbain" par Emmanuelle Baudry (UMR Ecologie Systematique et Evolution, Université Paris Saclay)
9h55-10h15: Pause
10h15-11h15: Exposés Biogeco (10 min/exposé + 2 min de questions)
- Factors driving urbanization effects on biodiversity: a meta-analysis" par Irene Castañeda
- Biodiversité péri-urbaine à Bordeaux métropole: premiers résultats d'un échantillonnage multi-taxons de la faune par Frédéric Barraquand
- Suivi des pollinisateurs par les sciences participatives sur le territoire de Bordeaux Métropole par Frédéric Revers
- L'action COST Urban Tree Guards (Safeguarding European urban trees and forests through improved biosecurity) par Hervé Jactel
- Quelques considérations sur les systèmes racinaires des arbres urbains par Frédéric Danjon
>Réseaux de Recherche Impulsion (RRI)
La réunion de lancement du RRI Tackling Globlal Change aura lieu sur le site du Haut Carré le 20 mai 2022 (9h30 - 12h30). Les 3 actions prévues dans le cadre du projet sont les suivantes et seront accompagnées d'un appel à projets chaque année.
Action 1: Modelling and anticipating labs
Action 2: Creating and cultivating living labs
Action 3: Analysing societal decisions and their distributive effects
>Projet émergeant dpt SE UB
Efficacy of purifying selection as a leverage to improve resilience and productivity in Vitis species (M de Miguel Vega EGFV coord., Santiago Gonzalez-Martinez BIOGECO)
Méthodes de phénotypage haut débit du système racinaire, vigne et pin maritime" (C Saint-Cast EGFV coord., F Danjon, C Meredieu, R Segura BIOGECO)
>Dans le cadre de l'affichage des produits chimiques sur la soute à déchet, merci d'envoyer à Adline la liste des produits que vous y entreposez ainsi que les pictogrammes associés (avant le 1er Juin SVP).
Nous vous invitons à cheminer au sein du blog qu'a préparé un de nos anciens collègues Guy Roussel "un marieur d'arbres" dont les techniques de pointe sont toujours utilisées: Merci Guy pour ce patrimoine technique !
Andrea Galmán, Carla Vázquez-González, Gregory Röder, Bastien Castagneyrol. Interactive effects of tree species composition and water availability on growth and direct and indirect defences in Quercus ilex En 2019, à l'époque du temps d'avant, nous avons accueilli Andrea Galman et Carla Vasquez-Gonzalez, alors doctorante au CSIC à Pontevedra (Espagne), pour deux semaines à BIOGECO. Elles ont étudié la manière dont le stress hydrique et la diversité des arbres modifient l'expression des défenses directes et indirectes du chêne vert contre les attaques d'insectes herbivores. L'occasion de remercier une fois de plus toutes celles et ceux qui facilitent ces collaborations ou contribuent à faire vivre le dispositif ORPHEE. Pour les résultats, voir l'article ; il est en accès libre et gratuit
Burlett R, Parise C, Capdeville G, Cochard H, Lamarque LJ, King A, Delzon S. Measuring xylem hydraulic vulnerability for long-vessel species: an improved methodology with the flow centrifugation technique. Annals of Forest Science79, 5 (2022). Cet article, en open access, décrit l'ensemble des avancés méthodologiques et technologiques qui ont été mises en place sur la technique cavitron depuis 2005. Il décrit notamment le système CAVI1000 pour les mesures de la vulnérabilité à la cavitation d'espèces à vaisseaux longs.
INRAE
>AURELI
Depuis le 1er janvier 2021, vous disposez du moteur de recherche “Aureli” qui interroge en une seule interface toutes les ressources documentaires auxquelles vous avez accès en tant qu'agent INRAE :
les ressources en ligne pour lesquelles INRAE a un abonnement,
les ressources en libre accès,
les ressources produites au sein d’INRAE.
Aureli vous donne également un accès direct à la ressource (texte intégral, jeu de données…), si celle-ci est disponible dans le contexte INRAE (abonnement INRAE ou accès libre).
L’aide en ligne
>APA
Un webinaire organisé par le département ECODIV s’est tenu mardi 15 mars sur la réglementation APA (=acces aux ressources génétiques et partage des avantages) , avec deux intervenants de la cellule APA d’INRAE.
toutes les ressources utiles sont accessibles sur le site intranet du département ECODIV : https://intranet.inrae.fr/efpa/Actualites/apa_ressources_utiles Pour les personnes qui n’ont pas pu participer, il est notamment possible de visualiser le diaporama présenté et les enregistrements de la session.
Vous pourrez également télécharger à travers ce lien le diaporama présenté, les arbres de décision, la synthèse des points abordés en réunion de DU ECODIV et le corrigé des cas pratiques vus pendant le webinaire préparé par la cellule APA. Le lien est valide jusqu’au 21 avril 2022.
Enfin, la cellule APA met en place un groupe de diffusion d’informations destinées à la communauté scientifique INRAE concernée par l’APA, telles que la date de nouveaux événements organisés par la cellule APA. Vous pouvez vous inscrire au « groupe-apa » à l’aide du lien suivant : Lien d’inscription
> Campagne d'avancement au choix des ITA
La procédure d’avancement au choix des ingénieurs et techniciens (H/F) est disponible ici.
UB L'année 2022 s'accompagne d'un changement de direction du Département de Recherche des Sciences de l'Environnement :
> Mise en ligne des présentations du séminaire FOREM 2022 ici
>PubhD est de retour !
PubhD est un événement grand public qui est aujourd'hui organisé dans une vingtaine de villes européennes. Lors de chaque PubhD, 3 doctorant.e.s de disciplines différentes - les speakers - présentent leur sujet de thèse dans un pub, en 10 minutes maximum. Leur mission ? Être compréhensible par le grand public, y compris non-académique, sans powerpoint ni jargon, juste un paperboard et vous. Leur récompense ? Des débats passionnants... Le prochain évènement aura lieu le mercredi6 avril à 20 Heures au Central (130 avenue du Docteur Schweitzer, 33600 Pessac). Les 3 speakers :
Félix : Pour vivre heureux, vivons fauchés ? Repenser le Développement face aux limites planétaires
Marine : Observer les évolutions du littoral Nord Médoc, pourquoi tu peux faire bronzette l’été ?
Noé : Le climat (et les orages) sur Uranus et Neptune, agréable ?
> “Eucarpia Biometrics in Plant Breeding”- 21 au 23 Septembre 2022 à l’Université Paris Saclay. En présentiel (200 places) à l’Ecole Normale Supérieure de Paris-Saclay avec la possibilité pour des participants de suivre les conférences à distance.
>GDR Génomique Environnentale : Soutien financier pour la participation de doctorants à des colloques
Le GDR GE propose 8 bourses (300 euros max par mission) de soutien à la mission de doctorant-e se rendant à des colloques relevant de la génomique environnementale. La sélection des bourses se fera par le GDR GE après réception d'un courriel du doctorant-e mentionnant nom, prénom, laboratoire d'accueil, année de doctorat, résumé de la communication proposée et intitulé du colloque concerné.
Contact: denis.faure@i2bc.paris-saclay.fr et jean-christophe.simon@inrae.fr
>Annonce en avant première de la conférence organisée à Bordeaux (Talence BSA), à l’initiative de 2RI FORWARD, et financée par l’OCDE : Anticiper et gérer les risques multiples dans les forêts tempérées, méditerranéennes et boréales : approches européennes et nord-américaines : 04 au 06/07/2022
Deux sites en construction : le site INRAE indispensable pour les inscriptions : https://conf-multirisks.colloque.inrae.fr/ https://www.forests-multirisks2021.com/
