Lettre de BIOGECO                      N° 118 Septembre 2021
Edito
 

Bonjour à tous et à toutes,

J’espère que votre été s’est révélé à la hauteur de vos attentes. Pour les chanceux du mois de septembre qui profiteront des belles températures et de la douceur de l’arrière saison, je vous souhaite d’en profiter, aux autres je vous souhaite un bon retour.

Comme annoncé en juillet dernier, je prends la relève de Manu à la direction adjointe de l’Unité. J’en suis content. Oui, content. Je ne me fais pas d’illusion, la tâche peut s’avérer ingrate, mais depuis 10 ans que je gravite à l’Université, dans les différents conseils et dans les différentes instances, je pense pouvoir mettre à profit mes expériences pour renforcer l’ancrage de l’Unité dans sa tutelle universitaire avec plus de force et en toute intelligence. Je m’y attacherai.

J’espère aussi que cette année nous réussirons à réfléchir au delà des agitations sanitaires et des changements de procédure permanents. Commençons peut-être par ne pas oublier le cap vers davantage de science ouverte avec le lancement du plan national pour la science ouverte dont l’INRAE s’est vu confier le pilotage du projet de la plateforme nationale des données de la recherche : Recherche Data Gouv. A ce titre, la plateforme HAL apparaît comme une tête de proue qui vogue dans cette direction. Pensez-donc à y déposer vos pré-publications ou preprints (deux exemples récents pour l'unité ici et ici) ), vos postprints validés par les pairs mais non formatés par un journal qui les a publié sans accès libre (sans oublier d’indiquer un embargo de 6 mois pour respecter la législation en cours), et enfin vos postprints formatés pour les publications disponibles en accès libre.

L’Unité vient d’ailleurs d’ouvrir une collection HAL BIOGECO pour compiler l'ensemble les contributions de l’Unité. Elle est accessible à partir de notre site web (onglet accès direct), tout comme le dataverse qui nous fournit un environnement très pratique (4 nouvelles soumission cet été pour l'unité !) pour préserver, partager et citer nos données.

Je vous souhaite encore une fois une bonne reprise

Bien à vous

Virgil



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Bonjour à tous,
je profite de l'édito pour vous laissez un petit mot avant mon départ à la retraite fin août.

15 ans à Biogeco, que de souvenirs, que de chemin parcouru. Il est temps pour moi de faire ce que je veux quand je veux et comme je veux… la retraite quoi…  Un vrai changement et agréable avec ça…
 
En tout cas, je ne regrette pas une seule journée passée avec mes collègues, j’ai bien travaillé (mes éloges) dans une bonne ambiance, avec une très bonne équipe solidaire en toutes circonstances.
 
Impossible  de résumer en quelques lignes des instants, des discussions, tous les échanges enrichissants que je vais garder dans un coin de ma tête… donc, je passe directement aux festivités et ... je vous attends au pot d’au revoir du 6 septembre auquel se joindra Chantal qui n’a pas pu, vu les circonstances l’organiser avant son départ.
 
Rendez-vous donc (avec le soleil, SVP) le 6 septembre à 16 h.
Véronique
Sommaire
 

La photo du mois : (© Jean-Marc Louvet) Filet de récolte des glands dans la Montagne du Péguère (Vallées des gaves, 1600m). Projet FOREPRO : capacité reproductive des chênes dans le contexte du réchauffement global
 

>17 sept : Soutenance de la thèse de Alexandre Changenet.

> Examen interne des demandes de 1/2 bourses de thèse pour ECODIV

6 sept. envoi des sujets par les porteurs à Sandrine
7 sept. Sandrine les transmet au codir
13 sept. 13h30 présentation des sujets par les porteurs au codir  (4’ présentation + 3’ questions du codir) / classement des sujets par le codir

 

-Maude Toïgo recrutée en qualité de MCF à l'Ecole d'Ingénieurs Bordeaux Sciences Agro. Elle rejoindra l'équipe XYLOMES à compter du 1er sept.

-Fanny Robledo-Garcia recrutée en qualité d'IE INRAE. Elle rejoindra l'équipe GEMFOR à compter du 1er sept.

-Sylvie Mouden recrutée en qualité de gestionnaire d'unité. Elle a rejoint le site de Cestas le 1er août.
Véronique,
Au moment où nous bouclons la rédaction de cette nouvelle lettre mensuelle, une page importante de ta carrière professionnelle est en train de se tourner.
Toute l'unité t'est infiniment reconnaissante pour ton appui indéfectible durant ces quinze années passées à nos côtés. Ta gentillesse, ta bonne humeur et ta patience ont apporté beaucoup à notre collectif. Merci pour ton attention au quotidien et à bientôt pour fêter ton départ à la retraite lors d'un moment convivial. Tu vas nous manquer !


HAL
> la collection HAL biogeco a été créée début juillet. Elle est dorénavant visible et moissonnable par les moteurs de recherche. Elle est disponible
ici. Elle ne regroupera QUE les articles.documents affiliés à l'adresse "biogeco", et uniquement depuis 2003. Si vous identifiez des erreurs (ex: des articles abusivement associés à cette collection) merci de prévenir Marion Desailly <marion.desailly@inrae.fr>.
 
> Pour progresser vers 100% de nos publications disponibles dans des archives ouvertes  (nous en sommes loin) souscrivez et déposer systématiquement vos productions dans HAL, y compris les articles publiés dans des journaux en non-open access tout simplement en déposant le post-print non formaté avec un embargo de 6 mois à date de publication.

> vous pouvez aussi y déposer vos préprints, tout comme dans BioRxiv

> Pour celles et ceux qui n'ont pas pu assister à l'animation S&T du 9 juillet dédié à HAL c'est sur notre NAS
https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr dans le dossier BIOGECO/Réunions
 
-fichier "AnimationScient&Tech_Formation_HAL_INRAE_IST_09Juillet2021.mp4" - 412 Mo
 
-support de présentation : "Créer-mon-IdHAL-BIOGECO-vf.pdf » - 3,5 Mo


VS
>Nous rappelons que les agents (INRAE et UB) de l'UMR peuvent utiliser les véhicules gérés par BIOGECO. Cependant, les véhicules PILPSE de l'UB  sont réservés aux agents UB et les véhicules partagés du Centre INRAE à la Ferrade sont réservés aux agents INRAE.

FORMATION
Nous procédons (comme d'habitude via HR-ACESS) au recueil annuel de vos souhaits de formation (collectifs ou individuels) et ce avant le 15 sept. Chaque DIF devra faire l’objet d’une discussion avec votre responsable de collectif avant transmission à Sandrine. La Direction tirera un bilan des souhaits de formation pour 2022, avec  la Formation Permanente début octobre.
> Marie-Lise accompagnera Fred dans la co-responsabilité de l'équipe ECOGERE et Bastien reprend le flambeau de Corinne (que nous remercions chaleureusement) pour la co-responsabilité de BIODIV avec Arndt. Un grand merci à vous deux pour votre contribution à venir dans le fonctionnement de notre collectif.

>Soizig Le Stradic recrutée en qualité de CRCN INRAE (écologie de la restauration) rejoindra l'équipe ECOGERE en janvier 2022. Elle termine actuellement un post-doc à l'Université de Munich.

> Quelques mots sur l’actualité végétale de notre site de recherche. Didier Bert. Juillet 2021

Un chêne rouge (Quercus rubra) situé entre le château et le terrain de pétanque est tombé sur la pelouse le vendredi 9 juillet 2021 vers 17h en absence de vent. Aucun dégât aux biens et aux personnes. Direction de chute : 35°, donc vers le nord est.

Vue depuis l’est : plaque racinaire peu épaisse


Rondelle prélevée vers 1 m de haut (L Severin)

Une rondelle située vers 1 m de haut a été prélevée par Laurent Séverin le 27 juillet 2021. 64 cernes ont été mesurés sur chaque rayon. La rondelle ayant été prélevée vers 1 m de haut, on peut ajouter environ 3-4 ans, et cet arbre avait donc 68 ans (naissance vers 1954). En 2010, j’avais daté à 1954 un autre Quercus rubra à Pierroton.


On reconnait sur les courbes la signature des sécheresses des années 1974-1976, 1990, 2005 ou 2010 par exemple. Les années bien arrosées correspondent à une forte croissance, par exemple : 1992, 2000, 2007-2009, 2013. A long terme, les largeurs de cerne suivent une pente décroissante très classique car le bois produit à partir de la photosynthèse dans le houppier se réparti sur un tronc de plus en plus gros. Il vaut mieux observer la courbe de surface de cerne, qui est proche du volume de bois produit chaque année. Cette courbe (verte ci-dessus) a une allure habituelle : augmentation durant les premières décennies puis plateau vers 60-80 cm2/an. Ces valeurs sont normales pour des arbres de parc ; des valeurs de 20 cm2 sont plus habituelles sur des arbres en peuplement, mais des valeurs de 300-400 peuvent aussi se rencontrer selon l’espèce, le site…). Pour comparaison le chêne pédonculé penché abattu près de l’observatoire produisait environ 20-30 cm2/an. Des chênes rouges ont été abattus en 2010 Pour contruire Artiga ; l’un d’eux avait 140 ans et a eu longtemps une croissance de 80 cm2/an, puis elle était d’environ 200 cm2/an. Bref, ce chêne rouge tombé avait une croissance et qui ne montre pas de réduction avant sa chute.
Xavier Capdevielle a identifié la présence de collybie à pied en fuseau sur les racines (Collybia fusipes). Voir
http://ephytia.inra.fr/fr/C/19058/Forets-Collybie-a-pied-en-fuseau . Espèce commune, la collybie à pied en fuseau est un agent pourridié racinaire de feuillus, et principalement de chênes. Elle induit la formation de lésions de couleur jaune à orange vif dans le liber des grosses racines. C'est un agent pathogène primaire n'ayant besoin d'aucun affaiblissement préalable de l'hôte pour induire des lésions (en effet, confirmation par cet arbre !).
Finalement, le système racinaire très superficiel n’était plus suffisant pour maintenir la masse du tronc et du houppier, notamment lors de la rupture de racines dégradées par Collybia fusipes.
D’autres souches et chêne rouges semblent être aussi infectés et des coupes préventives sont envisagées par l’Unité Expérimentale de Pierroton.

 
> DIAMOND OPEN ACCESS ... Le centre Mersenne : une nouvelle infrastructure publique d'édition au service de la communauté scientifique.

> Parution des "Textes clés de philosophie du végétal" édités chez Vrin par Quentin Hiernaux.
Histoire philosophique de la botanique et statut de la plante
Théophraste (371-288 av. J.-C.) recherches sur les plantes
Cesalpino A (1583) De Plantis Libri XVI
La Mettrie JO (1748) l’homme plante
Arber A (1950) la philosophie naturelle de la forme végétale
Épistémologie des sciences végétales
Errera L ( 1900) les plantes ont-elles une âme ?
Trewavas A (2014) le comportement et l’intelligence des plantes
Vrčková  H et al. (2009) L’intelligence des plantes. Pourquoi, pourquoi pas, où ?
Clarke E (2012) l’individualité des plantes : une solution au dilemme du démographe
Ontologie et éthique du végétal
Marder M (2011) L’âme des plantes : l’insaisissable sens de la vie végétative
Coccia E (2016) la vie des plantes. Une métaphysique du mélange
Pouteau S (2014) Par-delà de « seconds animaux » : donner sens à une éthique pour les plantes


> Un article dépassionné qui interroge notre regard sur les arbres. En creux, il y a aussi l'éternelle question de la zone grise entre vulgarisation scientifique et mythification. Intéressant  !

>
[CRISPR-Cas9] Surtout, ne pas couper court au débat
(par Sylvie Berthier)

> La 1ère partie du
6ème rapport d'évaluation du GIEC est disponible
ici.
>Le rôle des forêts spontanées dans la gestion et la préservation des espèces ... à retrouver dans le rapport d'activité 2020 d'INRAE.

>Le projet BIODIVERSA SPONFOREST (coord. par Arndt) est l'un des deux lauréats  d'un prix sur la qualité scientifique et l'impact sociétal qui lui permettra de communiquer plus largement via un film.

 
>Forêts Miyawaki : comment bien adapter la méthode japonaise au contexte français ? par Alexis Ducousso, Hervé Jactel et Serge Muller

>Dans le
blog de Functional Ecology, Thomas met en perspective les derniers résultats obtenus sur le contre-gradient pour la reproduction du chêne sessile (projet ANR
FOREPRO et ERC TREEPEACE). Un magnifique exemple de la nécessité du suivi sur le long terme d'écosystèmes naturels (gradient altitudinal dans les Pyrénées) et de dispositifs expérimentaux (jardin commun de Toulenne), ainsi que du partenariat avec l'UEFP et l'UEArbo, pour mieux comprendre le fonctionnement des forêts. Retrouvez le aussi dans les dernières ACTU de l'unité.

> Communiqué de presse INRAE :
Tree fecundity and biological aging
Vendredi 10 septembre, 9h30 - 10h30. Nicolas Roussel (INRIA). À l'Airial (Pierroton) et en visio (lien à venir).
Réseau régional de recherche en IA : état des lieux et perspectivesL’Intelligence Artificielle (IA), forme aboutie du numérique, est devenue un enjeu majeur des politiques de développement territorial à travers ses implications en matière de formation, recherche et innovation. La région Nouvelle-Aquitaine compte des acteurs académiques et économiques de premier plan sur ce sujet. Le réseau régional de recherche en IA (R3IA) récemment créé vise à fédérer les acteurs académiques pour mieux faire connaître et développer leurs atouts. La présentation proposera un rapide état des lieux de cette communauté et un aperçu des actions envisagées dans l'année à venir. (
http://r3ia.bordeaux.inria.fr/fr)
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Arrivée/Départs
 
Après un an passé à la PGTB, Benjamin Tyssandier part vers de nouvelles aventures en Auvergne. Nous lui souhaitons de belles choses pour la suite et le remercions pour tout ce qu’il nous a apporté.
Zoé Delporte est recrutée à la PGTB à compter du 1er septembre, pour 24 mois, en qualité d’assistante ingénieure. Elle prendra notamment en charge les projets de métagénomique ciblée et de SSRseq sur MiSeq.
 
Projets
 
Quelques exemple de projets en cette rentrée :
- Du metabarcoding pour étudier le microbiote de la peau et des intestins des poissons, en collaboration avec Laure Bellec de l’UMR EPOC.
- Du développement de marqueurs microsatellites sur les deux espèces impliquées dans la transmission de la maladie du sommeil : la mouche tsé-tsé (Glossina sp.) et le Trypanosome. L’objectif de ce projet, en collaboration avec l’UMR INTERTRYP de l’IRD de Montpellier, est de mieux connaitre la biologie des populations des arthropodes vecteurs et des pathogènes qu'ils transmettent afin de mettre au point des stratégies de luttes adaptées.
- Du génotypage MassArray sur pin maritime dans le cadre du projet B4EST (collaboration Laurent Bouffier), et sur des chênes suédois pour Skogforsk (The Forestry Research Institute of Sweden) pour identifier les espèces en présence.
- Après un projet pilote concluant au printemps, nous démarrons la capture de régions méthylées chez le chêne et peuplier dans le cadre du projet ANR EPITREE (Impacts évolutif et fonctionnel de variations épigénétiques chez des arbres forestiers, coordination Stéphane Maury de l’Université d’Orléans). Pour chaque espèce, environ 300 arbres seront étudiés, sur plus de 20Mb de régions d’intérêt pour l’étude de la méthylation. Au sein de BIOGECO, Gregoire Le Provost  et Christophe Plomion portent le projet sur le chêne.
 
Equipements
 
Dans le cadre de la campagne CNOC Equipements Lourds, nous espérons acquérir un deuxième MiSeq afin de répondre à l’activité croissante sur ce séquenceur en métagénomique ciblée et SSRseq. Il viendra seconder notre MiSeq qui a déjà 10 ans et qui fonctionne en continu. Un cofinancement sera demandé à la Région dans le cadre de l’appel d’offre « Plateformes mutualisées et ouvertes ».
> Le projet ANR MaCCMic "Impact of forest Management and Climate Change on understory Microclimate" coordonné par J. Ogée (UMR ISPA) a été validé. Il démarrera en janvier 2022 pour 4 années. Plusieurs collègues de Biogeco seront impliqués dans ce projet (Hervé, Arndt, Sylvain, Annabel, Fred Revers, Manu, Jennifer, Raphaël, Yannick, Catherine, Amandine) pour travailler sur le microclimat en contexte forestier. Parmi les sites d'étude, seront concernés plusieurs sites suivis par notre unité, à savoir la vallée du Ciron, Orphée et la forêt de Floirac. Six partenaires sont associés: Ispa, EDB, Edysan, Biogeco, Tetis et Cita (équipe espagnole)

Résumé du projet : Les couverts forestiers tamponnent les extrêmes climatiques dans le sous-bois. Ce pouvoir tampon est essentiel pour expliquer la biodiversité du sous-étage et la régénération forestière, et donc la résilience des forêts au changement climatique. Elle est également importante pour les activités de loisirs. Les pratiques de gestion forestière ont un impact sur ces services écosystémiques en modifiant la structure et la composition des forêts, et donc le microclimat du sous-étage. Or, aujourd'hui, les gestionnaires forestiers ne disposent d'aucun outil pour quantifier l'impact de leurs pratiques sur le microclimat du sous-étage, notamment en termes d'extrêmes climatiques ou dans des conditions climatiques futures.
L'objectif de MaCCMic est de développer de tels outils qui permettront d'identifier les principaux facteurs influençant le microclimat du sous-bois et d'anticiper l'impact de la gestion forestière (densité, fragmentation, éclaircie, choix des espèces, suppression du sous-bois, etc.) et du changement climatique sur le microclimat forestier et la végétation du sous-bois, notamment en termes d'extrêmes climatiques.
En combinant des jeux de données à long terme sur le microclimat du sous-bois, des mesures LiDAR et des images satellites, et des modèles biophysiques du microclimat forestier, nous quantifierons comment le microclimat de sous-bois est modifié par : les facteurs locaux (en termes de fermeture de la canopée, mais aussi de structure et diversité fonctionnelle) ; les caractéristiques du paysage (topographie, mais aussi proximité d'une rivière ou degré de fragmentation des environs) et ; le changement climatique (notamment le CO2 et son effet sur la physiologie des plantes et la régénération forestière).
Afin de mieux cerner les différents facteurs qui influencent le microclimat du sous-bois, nous nous appuierons sur plusieurs jeux de données microclimatiques existants provenant d’Europe et d’Amérique, mais aussi sur des modèles biophysiques et des jeux de données originaux. Les résultats du projet seront ensuite synthétisés et traduits en recommandations claires et en outils faciles à utiliser pour aider les forestiers à comprendre l'impact du changement climatique et de leurs pratiques sur le microclimat du sous-bois.
Ces résultats seront suivis de près par les chercheurs en écologie terrestre s’intéressant à l'impact du changement climatique sur la biodiversité des forêts. Nos résultats sur l’impact du microclimat et de l’augmentation du CO2 sur la régénération et la résilience des forêts devraient également intéresser fortement la communauté travaillant sur le cycle du carbone et le changement climatique. Enfin, MaCCMic devrait avoir un fort impact sur le secteur forestier en fournissant de nouveaux outils pour aider les gestionnaires à accroitre la résilience des forêts et leurs services écologiques, récréatifs et climatiques dans un monde en réchauffement.


> ISO-SGDC : Relations entre la diversité génétique et taxonomique des communautés végétales des lacs du littoral Aquitain. Projet exploratoire financé par le Métaprogramme Biosefair. Coordination : Olivier Lepais et Aurélien Jamoneau (INRAE EABX).

La diversité biologique est à la base de l’ensemble des services écosystémiques et représente ainsi un service de soutien essentiel. Les lacs et étangs du littoral aquitain sont des écosystèmes uniques à l’échelle nationale et européenne. Ils hébergent une diversité biologique importante, notamment d’un point de vue végétal, qui est aujourd’hui fortement menacée.
Alors que la diversité taxonomique de ces communautés est bien connue, la connaissance de leur diversité génétique est pour l’instant inexistante. Améliorer cette connaissance semble cependant indispensable pour une meilleure gestion de ces écosystèmes, en particulier pour les espèces patrimoniales faisant l’objet d’action de gestion dans le cadre d’un plan national d’action (2021-2030). L’analyse conjointe de la diversité génétique de 9 espèces amènera un nouvel éclairage sur la structure génétique des communautés permettant de proposer des orientations de gestion concrètes. D’autre part, l’étude des relations entre diversité génétique et diversité taxonomique (SGDC :  species–genetic diversity correlations) permettra non seulement de mieux comprendre le fonctionnement des communautés et des processus responsables de l’assemblage de ses espèces, mais aussi d’évaluer si la diversité taxonomique usuellement utilisée dans les pratiques de conservation, permet de correctement considérer la diversité d’une autre échelle biologique.


> ANR OptFORESTS: Harnessing forest genetic resources for option diversification in the face of environmental and societal challenges (ANR) (Santiago Gonzalez-Martinez)

> Le projet "Bocage et Changement climatique" porté par le CIVAM Charente Limousine a été accepté par le "Fonds Archimbaud pour l’Homme et la Forêt". Pendant 3 ans, il soutiendra les recherches scientifiques et expérimentations de terrains pour assurer l'adaptation du bocage de Charente-Limousine aux changements climatiques, en association avec l'UMR Biogeco (Annabel Porté et plateforme Phénobois).
Tristan Cordier, en thèse avec Marie Laure, Cécile et Corinne entre 2008 et 2012, a pris un poste de chercheur à Bergen en Norvège à NORCE et au Bjerknes Centre for Climate Research. Il va travailler sur la reconstruction des variations de la banquise en Arctique à partir de données ADN sédimentaire ancien ainsi que sur le fonctionnement de la pompe biologique. 
Postolache D, Oddou-Muratorio S, Vajana E, Bagnoli F, Guichoux E, Hampe A, Le Provost G, Lesur I, Popescu F, Scotti I, Piotti A, Vendramin GG (2021) Genetic signatures of divergent selection in European beech (Fagus sylvatica L.) are associated with the variation in temperature and precipitation across its distribution range. Molecular Ecology 30,
Ce papier est encore un résultat d'un stage de Dragos Postolache à la PGTB lors du projet Trees4Future.


Hoban S, Bruford MW, Funk WC, Galbusera P, Griffith MP, Grueber CE, Heuertz M, Hunter ME, Hvilsom C, Kalamujic Stroil B, Kershaw F, Khoury CK, Laikre L, Lopes-Fernandes M, MacDonald AJ, Mergeay J, Meek M, Mittan C, Mukassabi TA, O’Brien D, Ogden R, Palma da Silva C, Ramakrishnan U, Segelbacher G, Shaw RE, Sjögren-Gulve P, Velickovic N, Vernesi C. (2021). Global commitments to conserving and monitoring genetic diversity are now necessary and feasible. Bioscience, 71(9), 964–976. https://doi.org/10.1093/biosci/biab054.

Schmitt S, Tysklind N, Hérault B, Heuertz M. 2021. Topography drives microgeographic adaptations of closely-related species in two tropical tree species complexes. Molecular Ecology,
https://doi.org/10.1111/mec.16116.


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Le Deuxième Plan national pour la Science Ouverte est disponible ici.
INRAE poursuit son implication en opérant la mise en œuvre de la plateforme Recherche Data Gouv, entrepôt et catalogue de données. Entre autres objectifs ambitieux, retenons aussi celui d’atteindre 100 % de publications en accès ouvert en 2030. HAL joue un rôle central dans cette ambition. Ce deuxième plan entend poursuivre le développement de l’archive ouverte nationale.
INRAE
 

>SSD ECODIV: Le schéma stratégique du département (SSD) a été présenté devant la Direction Générale début juillet (cf premier extrait du rapport).

> la description des bases de données accessibles à INRAE sont disponibles sur le portail Reselec

>Rapport d'activité 2020

>La chaine YOU TUBE INRAE c'est
ici

>La revue Annals of Forest Science passe au libre accès intégral pour toutes ses publications, modulo le paiement d'APC

> Le portail de la Direction pour la science ouverte c'est
ici
>Congrès PAG 2022 inscription c'est ici.
> Assises de l’arbre et de la végétalisation urbaine , 15 septembre 2021, Proposé par la ville de Paris et Plante & Cité. En savoir plus
 
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