Lettre de BIOGECO                      N° 104 Avril 2020
Edito

Bonjour,
 
Déjà deux semaines....

Nous vivons une période historique qui nous affecte tous tant dans notre vie personnelle (certes à des degrés divers, je pense surtout à nos conjoint.e.s qui sont en première ligne) que dans notre vie professionnelle.

Mes premières pensées vont aux personnes touchées par ce drame mais aussi aux bénévoles qui se mobilisent pour participer à de nombreuses initiatives, je citerais la solidarité auprès des étudiants et du CHU (qu'il s'agisse de combler des besoins de base -masques, gants- de recenser les équipements qui seront nécessaires pour les diagnostics PCR après ce 1er confinement, sans oublier les compétences qui pourraient être mobilisées si la situation venait à se dégrader).

Je tiens à  vous remercier d’avoir su vous organiser aussi rapidement pour maintenir votre activité de chez vous lorsque c’était possible. Merci aux encadrants de nos stagiaires d’avoir, en un temps record, mis en place des alternatives et un suivi rapproché pour leur permettre de passer cette période de confinement dans de bonnes conditions de travail. Merci aux volontaires qui ont accepté d’assurer une continuité d’activité en présentiel (Gaëlle et Régis pour le B2, Martine, Patrick, Gilles, Benjamin pour Pierroton) ou à distance (Philippe, Loïc, Thierry afin d’assurer le bon fonctionnement de nos réseaux informatiques et postes professionnels).

Aux non-permanents,  soyez sûr que l’UMR répondra aux inquiétudes des stagiaires, CDD, doctorant.e.s et post-doctorant.e.s de l'unité quant à l’extension de leurs activités pour tenir compte de cette période d’arrêt qui s’annonce longue. Gageons qu'elle sera soutenue par nos tutelles également.
 
Pour terminer sur notre terrain de jeu scientifique, cette crise nous montre ô combien notre capacité à intégrer l’inévitable catastrophe écologique à venir est quasi nulle, tant qu’elle n’aura pas sonner à notre propre porte …. serons nous tirer la leçon de la crise sanitaire actuelle pour réagir devant le désastre écologique (pê beaucoup plus grave) annoncé par la communauté scientifique depuis des décennies ? Nos dirigeants écouteront-ils enfin les préconisations très claires du GIEC et de l'IPBES pour ralentir le réchauffement climatique et inverser la courbe d'extinction de la biodiversité ?
N'oublions pas non plus ce qui se passe ailleurs ... d'autres peuples sont véritablement en guerre...de vraies guerres.

Protégez-vous, protégez-vos proches.
christophe

Pour bien comprendre ce qui se passe en ce moment
*d'un point de vue épidémiologique :
- un webinar CNRS (très pointu) pour bien saisir toute la complexité des paramètres en jeu
- une vidéo très didactique de Léo Grasset ici.
-une explication claire sur les futurs pics à venir.
*d'un point de vue écologique ici.
Sommaire
 

La photo du mois : (© Myriam Heuertz) Arbre du genre Eschweilera en Équateur : ce genre comporte plusieurs espèces hyperabondantes différentiellement adaptées à leur habitat en Amazonie et est donc très important pour les services écosystémiques
3 avril : codir (élargi au groupes de travail BILAN et PROJET) en visio
Arrivées :
Santiago Trueba arrivé de Yale U. (USA) quelques jours avant le confinement pour effectuer un post-doc de 2 ans financé par l'Idex Bordeaux. Il travaillera avec Sylvain sur l'évolution de traits hydrauliques dans le règne des plantes (de la mousse au chêne). Il lancera également une étude sur le dépérissement du Pin à crochet dans les Pyrénées.

Laure Dubois : recruté en CDD à compter du 1er avril partagera son activité entre l'équipe GEMFOR et PCM PGTB

Damien Bouic : recruté en CDD à compter du 1er avril partagera son temps entre l'équipe GEMFOR et PCM OEL


Départs :
Après 4 années passées à Bordeaux, Laurent Lamarque est parti pour effectuer un post-doc à l'Université du Québec à Trois-Rivières.
*Retrouver ici  et là toutes les information RH utiles dans le cadre du confinement.
Pour les télétravailleurs et télétravailleuses (soit 90% du personnel) merci d'envoyer rapidement SVP à Véronique votre attestation d’assurance responsabilité civile personnelle prenant en compte l’exercice d’une activité en télétravail à domicile (à demander à l’assureur de l’habitation ; aucun surcoût ne peut être demandé par la compagnie d'assurance).

*RAPPEL de Thierry et Loic concernant le support informatique dont vous pourriez avoir besoin.
  • Assistance de "Proximité distanciée" : Loïc Kerdraon et moi même sommes en télétravail. Vous pouvez donc continuer à nous solliciter par messagerie électronique et nous vous répondrons au mieux de nos disponibilités et des moyens techniques dont nous disposons (exclusivement à distance).
  • Une assistance institutionnelle se fait via le site https://ariane.inrae.fr (l'accès ne nécessite pas le VPN, l'authentification se fait par LDAP). A cet endroit vous trouverez trois liens principaux :
    • "J'ai besoin d'aide" : sur tous les services proposés par l'INRAE (tels que messagerie Outlook ou Thunderbird, Skype Entreprise, OneDrive for Businness etc....) ou même pour l'utilisation d'Ariane (si vous êtes perdus).
    • "Je fais une demande" : pour obtenir un service auquel vous n'avez pas encore souscrit.
    • "Je veux en savoir plus" : donne accès à une base de connaissances très fournie sur les services (installation, utilisation, etc...)
  • Une plate forme d'autoformation est accessible via le lien https://elearning.formation-permanente.inra.fr/ (l'accès ne nécessite également pas le VPN, l'authentification se fait par LDAP après sélection de l'établissement : un seul choix INRA) :
    • A cet endroit vous trouverez des documents pour tous les services décrits ci dessus (outils informatiques) :
      • les mémos pour connaitre les fonctionnalités de base;
      • les tutos pour être guidé pas à pas dans la prise en main (disponibles en version sous-titrée);
      • les supports des formations pour découvrir précisément les différentes fonctionnalités..
    • Et vous avez plein d'autres formations "métiers" ou "généralistes". Je vous laisse les découvrir. Si vous avez du temps libre, c'est le bon moment pour approfondir ses connaissances !

*RAPPEL : la remontée de tout problème d’infrastructure sur les bâtiments du site de Cestas se fait à l'adresse suivante:  http://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/osticket/upload/ accessible de partout sans VPN.
ce n'est que partie remise!

Dans le cadre d'une journée d'étude "Les savoirs où on ne les attend pas – Science et espaces fictionnels", le jeudi 16 avril 2020 à l'Université Bordeaux-Montaigne, Sophie va présenter une communication intitulée : "Pensée végétale et simiesque du film "Le voyage du prince"", décrite ici brièvement.
Le film d'animation de Jean-François Laguionie "Le voyage du prince" (2019), d'après "Le château des singes" (1999) du même réalisateur, inspiré du livre "Le baron perché", d'Italo Calvino (1957), est marqué par une prégnance végétale forte. Autrefois « un singe parti de Rome pouvait arriver en Espagne sans toucher terre, rien qu'en sautant d'arbre en arbre. » (Calvino 1957). La continuité forestière historique évoquée ici illustre la continuité végétale dont le film se fait le porte-parole, et le porte-image. Le monde végétal est présent dans toute sa diversité, et dans la richesse des transactions (Dewey et Bentley 1949) qui s'établissent entre les espèces. L'anthropologie nous apprend que la nature n'existe pas, que c'est le monde dont les humains se sont retirés (Descola 2020), le baron perché ne se retire pas de la nature mais regarde « le monde du haut de son arbre : tout, vu de là, était différent ». Pourrions-nous alors inventer et réinventer la "nature" ? Nous sommes invités, en suivant le baron et la façon dont le film s'en inspire, à contempler et questionner notre lien aux plantes. Comment les transactions établies avec elles et avec le reste du vivant font-elles le monde ? Sophie Gerber
1/  en lien avec nos métiers
*MOOC: « Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente». https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:inria+41016+self-paced/about
*télébotanica relance le MOOC Botanique initiation à partir de jeudi 26 mars.
https://mooc.tela-botanica.org/

*L’émergence du coronavirus est-elle liée à la déforestation ? Explications de Jean-François Guégan, DR INRAE (LeFigaro.fr 17/03 ; interview également sur France Inter).
* La crise du coronavirus est une crise écologique» Serge Moran.


*MOOC élaboré par l’université de Bordeaux « Intégrité Scientifique dans les métiers de la recherche » : https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:Ubordeaux+28007+session02/about.


2/ en lien avec l’organisation du confinement

*auto formation - France Université Numérique (FUN) ouvre ses archives : https://www.fun-mooc.fr/news/fun-ouvre-ses-archives/

*Nation Apprenante : https://www.franceculture.fr/dossiers/nation-apprenante-revisez-avec-france-culture

*Consulter des  médiathèques publiques en ligne :
https://mediatheques.bordeaux-metropole.fr/bib-en-ligne
http://mediatheque.mairie-pessac.fr/EXPLOITATION/Default/bibliotheque-numerique.aspx
 
*Visiter des musées : https://www.travelandleisure.com/attractions/museums-galleries/museums-with-virtual-tours
 
*Aplatir la courbe (du ventre)  : https://www.youtube.com/watch?v=3bxihqPKF08&feature=share
 
*Améliorer votre espagnol : http://teatroteca.teatro.es/opac/#index

*Une lecture coup de cœur : https://reporterre.net/Le-coronavirus-fait-la-greve-generale

3/ Des dons pour luter contre le covid-19
-PASTEUR : https://www.fondationdefrance.org/fr/tous-unis-contre-le-virus-la-fondation-de-france-lap-hp-et-linstitut-pasteur-lancent-un-appel-la
-CHU de Bordeaux :  https://www.chu-bordeaux.fr/CHU-de-Bordeaux/Don-et-soutien-au-CHU-de-Bordeaux/Faire-un-don/Mece004-Don-Coupon-COVID.pdf/
-CHU pour des respirateurs :
https://www.leetchi.com/c/tous-ensemble-contre-le-virus-chu-bordeaux?fbclid=IwAR10m8c4mKDJlv4hl2qA45x5riVsvycbe66TC1aUF_yR8B5T3J4c9IqjwhE
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
En cette période sans laboratoire, la PGTB travaille à la mise en place d’un nouveau système d’information qui permettra de planifier et suivre les différents projets de prestation et de R&D, et bien d’autres choses dans le futur. Nous avons retenu la solution Redmine, une application web libre, qui a été déployée avec l’appui du PCM info.
Cette période de télétravail est aussi l’occasion de réaliser une veille technologique et de préciser les contours et contenus des projets R&D qui reprendront dès la réouverture du site. En attendant, certains approfondissent les analyses bioinfo ou créent des pipelines quand d’autres finalisent la rédaction de modes opératoires et instructions pour les utilisateurs. Nous mettons également à jours nos différents supports de communication (newsletter, site web, flyer) et travaillons sur notre nouveau logo !
 
PCM INFORMATIQUE: synthèse des moyens de visioconférence mis à disposition sur le GED (section documents de travail).

Lancement de la Chaire "Bioéconomie, forêts et territoires" - BioForTer

Le livret de prévention, en version française, est téléchargeable sur le GED. La version anglaise sera disponible prochainement.
Donkpegan ASL, Piñeiro R, Heuertz M, Duminil J, Daïnou K, Doucet J-L, Hardy OJ. 2020. Population genomics of the widespread African savannah trees Afzelia africana and Afzelia quanzensis reveals no significant past fragmentation of their distribution ranges. American Journal of Botany 107(3), 498-509.
 Armel Donkpegan, ancien doctorant d'Olivier Hardy à l'Université de Liège, a réalisé une mobilité labex COTE à Biogeco à la fin de sa thèse, en 2017, où il a commencé à analyser des données GBS sur un complexe d'espèces d'arbres africains en collaboration avec Myriam Heuertz. Ce travail a été poursuivi en collaborant à distance, avec un co-encadrement d'Armel par Rosalía Piñeiro, ancienne postdoc d'Olivier Hardy.
 
Heuertz, M., Caron, H., Scotti-Saintagne, C., Pétronelli, P., Engel, J., Tysklind, N., Miloudi, S., Gaiotto, F.A., Chave, J., Molino, J.F., Sabatier, D., Budde, K.B., 2020. The hyperdominant tropical tree Eschweilera coriacea (Parvifolia clade, Lecythidaceae) shows higher genetic heterogeneity than sympatric Eschweilera species in French Guiana. Plant Ecol. Evol. 153(1)
 Cet article sur la délimitation d'espèces d'arbres tropicaux du genre Eschweilera se base sur un vaste effort de détermination par des botanistes et chercheurs (P. Pétronelli, J. Engel, JF Molino et D. Sabatier) dans les parcelles d'inventaires forestiers guyanais, que nous avons confronté avec une analyse de marqueurs microsatellites, développés par Henri Caron et génotypés dans le mémoire de M2 de Sana Miloudi, encadrée par Katharina Budde et Myriam Heuertz.  
 
Laikre, L., Hoban, S., Bruford, M. W., Segelbacher, G., Allendorf, F. W., Gajardo, G., Rodríguez, A. G., Hedrick, P. W., Heuertz, M., Hohenlohe, P. A., Jaffé, R., Johannesson, K., Liggins, L., MacDonald, A. J., OrozcoterWengel, P., Reusch, T. B. H., Rodríguez-Correa, H., Russo, I.-R. M., Ryman, N., & Vernesi, C. (2020). Post-2020 goals overlook genetic diversity. Science, 367(6482), 1083–1085. 
Nous avons rédigé cet article de commentaire sur le nouveau programme cadre de la Convention pour la Diversité Biologique avec des collègues du réseau COST G-BIKE, où Myriam Heuertz est en charge du groupe de travail sur la génomique et les services écosystémiques. Le programme cadre pour la biodiversité à l'horizon 2030 est actuellement en discussion par les acteurs pour un vote en octobre. Nous alertons que les objectifs et indicateurs proposés dans ce document négligent la diversité génétique, élément de base de l’évolution et de toute la diversité biologique, et proposons que le document soit révisé incluant des indicateurs pour le suivi de la diversité génétique dans les espèces sauvages.

Bartholomé J, A. Mabiala A, Burlett R, Bert D, Leplé JC, Plomion C, Gion JM. The pulse of the tree is under genetic control: eucalyptus as a case study (2020). Plant J
Cet article met en évidence que les micro-fluctuations journalières du tronc sont sous contrôle génétique. Il valorise les travaux de plusieurs personnes de BIOGECO. Ces travaux ont été réalisés dans le cadre du projet FEDER ABIOGEN et dans le cadre de la thèse de Jérôme Bartholomé. Jérôme est aujourd'hui chercheur en sélection génomique sur la Riz au CIRAD, et il est positionné à l'IRRI à Los Banos aux Philippines.

Pauvert C., Fort T., Calonnec A., Faivre d’Arcier J., Chancerel E., Massot M., Chiquet J., Robin S., Bohan D.A., Vallance J., Vacher C. Microbial association networks give relevant insights into plant pathobiomes. BioRxiv
Cet article est le résultat principal du projet LEARN-BIOCONTROL financé par le métaprogramme INRA "Méta-omique des écosystèmes microbiens" (MEM). C'est aussi le troisième chapitre de la thèse de Charlie Pauvert. L'étude résulte d'une collaboration entre les UMR Biogeco, Save, Agroécologie et MIA. Le séquençage MiSeq et les analyses de ddPCR ont été effectuées sur la plateforme PGTB.

C. Plomion, F Martin. Oak genomics is proving its worth. New Phythol
Article introductif d'une série d'articles publiés dans New Phytol et consacré aux chênes.

Ruiz-Carbayo H, Pino J, Bonal R, James PMA, Hampe A, Molowny-Horas R, Espelta JM (2020) Insect herbivory in novel Quercus ilex L. forests: the role of landscape attributes, forest composition and host traits. Annals of Forest Science 77:32.
Cet article est la première contribution d'un numéro spécial de la revue produit du projet SPONFOREST.
INRAE
Retrouver ici le programme des classes virtuelles en IST d'avril.

UB
le dépôt des projets de GPR (nous sommes impliqués dans les GPR Bordeaux Plan Science et Takling) est reporté au 10 juin.
Le colloque ANR « Arbre, bois, forêt et société » initialement prévu à Bordeaux à l’immeuble Gironde les 4, 5 et 6 novembre 2019 est reporté aux 29, 30 septembre et 1er octobre 2020 dans le même lieu.
 
Organisé par l'Agence Nationale de la Recherche en partenariat avec le Département de la Gironde, cet évènement vise à faire un point sur dix années de recherche.
Il reste en effet indispensable pour évaluer la portée des recherches dans ce domaine et réfléchir à leur structuration dans le cadre français comme dans le cadre européen. Ce colloque se situera dans un contexte où la sphère politique s’est largement emparée des sujets forestiers sous l’angle de la déforestation planétaire consécutive notamment à nos modes de consommation et de l’adaptation des forêts au changement climatique.

Le programme a évolué et tous les renseignements sont disponibles à cette adresse : ici.
 
En particulier, la partie prospective comportera deux volets :
- une table ronde qui permettra d’échanger avec les acteurs privés et institutionnels sur leurs attentes vis-à-vis de la recherche ;
- et une session concernant les recherches à développer et les leviers pour les mener au niveau européen.

La synthèse issue de ces réflexions et de ces échanges sera mise à disposition sur le site de l’ANR en complément du cahier ANR « Arbre, Bois, Forêt et Sociétés» et diffusée aux décideurs, financeurs et acteurs de ces enjeux.

Les sessions concernant les projets financés conservent le même périmètre et n’évoluent qu’à la marge en raison des disponibilités des intervenants. Elles traiteront respectivement des thèmes « Bois et ressources forestières », « Forêt et sociétés », « L'arbre, sa biologie des racines à la canopée  » et « la forêt et sa gestion ».
 
Pour tout renseignement complémentaire, contacter le comité d’organisation du colloque : colloqueForet2020@agencerecherche.fr.
La prochaine deadline pour la soumission de projets COST, prévue au 29 avril, est reportée au 29 octobre 2020.
Twitter Biogeco
Internet Biogeco