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Dernière mise à jour : Mai 2021

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REPORTE EN JANVIER

Vendredi 16 décembre- 9h30-10h30 - Airial et Zoom - Thomas Dumartinet, Stage post-doctoral GPR Bordeaux Plant Science, Université de Bordeaux (UMR SAVE, UMR BIOGECO, UR MYCSA)

Titre : Une architecture adaptative complexe impliquée dans l'érosion de résistances variétales chez Pseudocercospora fijiensis, agent causal de la maladie des raies noires du bananier
Résumé : L’utilisation de résistances variétales représente une alternative écologique aux produits phytosanitaires pour lutter contre les agents pathogènes. Cependant, il existe de nombreux exemples de contournement ou d‘érosion de résistances variétales dues à l’adaptation des populations d’agents pathogènes. Un exemple récent est celui de l‘érosion de résistances quantitatives du bananier par le champignon Pseudocercospora fijiensis, agent responsable de la Maladie des Raies Noires (MRN). Des inoculations croisées en conditions contrôlées ont permis de mettre en évidence l’adaptation locale des populations de P. fijiensis à Cuba et en République Dominicaine vis-à-vis de variétés partiellement résistantes. Dans cette étude, des approches de génomique des populations et de génétique quantitative ont été utilisées pour identifier les bases génétiques et l’architecture adaptative chez P. fijiensis, impliquée dans l’adaptation aux résistances quantitatives déployées à Cuba. Ces analyses combinant des données de séquençage en “pool” et des données de génotypage/phénotypage individuel ont permis d’identifier une trentaine de régions génomiques potentiellement impliquées dans l’adaptation à ces résistances. Ces résultats suggèrent une architecture adaptative complexe impliquant une base génétique polygénique, de la redondance fonctionnelle et peu de convergence évolutive entres les populations étudiées. L’annotation des gènes détectés dans les régions génomiques et des données biologiques confortent l’hypothèse que certains d’entre eux puissent jouer un rôle dans la pathogénicité. Cette étude apporte des premiers éléments et une méthodologie pour comprendre l’adaptation des champignons aux résistances quantitatives.

NB : exposé et diapos en Français

Lien Zoom pour la visio : https://inrae-fr.zoom.us/j/92239594572

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Janvier 2023

Vendredi 13 Janvier

François Ehrenmann - 9h30-10h30 - Airial et Zoom - "PGD-MMDT : Outil de gestion des métadonnées pour les espaces de stockage des données"

Adresse : http://147.100.113.193:8087/ (VPN requis hors sites)

La mise en place d'un plan de gestion de données impose des prérequis comme l'externalisation des données à préserver hors de l'espace disque des utilisateurs. Cela ne concerne pas seulement les données publiées mais toutes les données produites pendant la durée d'un projet. Cette externalisation permet surtout de rassembler les données en un même endroit et constitue déjà une sauvegarde de premier niveau. Cela s'avère encore plus nécessaire lorsque des agents temporaires (doctorants, post-docs, stagiaires, CDD) interviennent dans la production de données.

PGD-MMDT est un outil de gestion des métadonnées qui répond aux problèmes d'organisation, de documentation, de stockage et de partage des données dans une unité ou une infrastructure de recherche, et s'intègre parfaitement dans un plan structurel de gestion des données.

Cet outil est construit autour d'une interface web couplée à une base de données MongoDB.

L'interface web permet de :

  • Décrire un jeu de données à l'aide de métadonnées de différents types (Description).
  • Rechercher des jeux de données par leurs métadonnées (Accessibilité)

Cet outil vous permet donc de gérer les métadonnées de n'importe quel jeu de données, avec ouverture d'un espace de stockage.Une présentation sur la gestion des données et de l'outil PGD-MMDT sera suivie d'une démonstration en ligne.

Lien Zoom pour la visio : https://inrae-fr.zoom.us/j/93328720600

Février 2023

Mars 2023

24 Mars - Ludovic Duvaux,  Airial & Zoom, 9h30-10h30

Titre et résumé à venir