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Dernière mise à jour : Mai 2018

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2021

JUIN

MAI

AVRIL

9 avril : Atelier "ECODIV et la société", département INRAE ECODIV                              

 

Mars

26 mars. 9h30-10h30 François Ehrenmann et Philippe Chaumeil

Titre: Déploiement d'une nouvelle application de gestion des groupes d'échantillons et des équipements de l'unité

Descriptif

ÉCHANTILLONS / ÉQUIPEMENTS est une application web adossée à une base de données développée pour gérer le stockage des échantillons et les équipements de l’UMR BIOGECO.Deux accès distincts permettent de consulter d'une part les groupes d'échantillons (Pessac et Pierroton), et d'autre part les équipements localisés dans les différents bâtiments de l'unité.Cette nouvelle application, basée sur Samples développée initialement à l'INRAE d'Orléans, permet notamment de mieux caractériser les groupes d'échantillons, de les localiser précisément et de leur appliquer différents traitements et analyses. Une courte présentation sera suivie d'une démonstration de cet outil.

19 mars 2021. 14h - 15h Guillaume Ravel (exposé en français)

Titre: Combining experimental imaging of swimmers with mathematical modelling to perform realistic numerical simulations : two study cases

For this talk, I will address the topic of modelling biological phenomena through two specific study cases: the escape response of zebrafish and bacterial swimming in biofilms. First, Zebrafish swimming can be entirely modelled by deterministic and mechanistic equations from fluid mechanics. Zebrafish is used by biologists as an animal model to study the effects of neurotoxicants (present in pesticides or warfare chemicals) and drugs on locomotion and develop pharmacological treatments. In this work, we have developed an experiment-driven numerical approach that combines experimental imaging and 3D numerical simulations, to recover real body deformations and thus perform realistic simulations to compute the energetic performance of swimming and support animal experimentation. As a first application, three escape locomotion were recorded across six high-viscosity fluids and numerically reproduced to compute the zebrafish power output. Eventually, fictitious simulations will be presented to motivate the implementation of an effort test. As for bacterial swimming, we modelled the diffusion process of a biocide in a biofilm, combined with the swimming motion of micro-swimmers. The main idea is to enhance the biofilm destruction by using efficient micro-swimmers. Numerical simulations are required to assess the impact of micro-swimmers. In this case, swimming equations are set to simply characterize the bacterial stochastic behaviour. That is why, the main objective is to infer the parameters of the model from the experimental data, by using Bayesian techniques. Therefore, I will show how both computational methods pursue the same goals despite considerable modelling differences. 

12 mars 2021: Ateliers "ECODIV et la société"

1er mars 2021. Marathon scientifique interne

Bérengère : Présentation de mon parcours et de mon travail au sein de l’UMR
Olivier: Présentation de mon parcours et de mon travail au sein de l’UMR
Christophe: Publier … à quel prix ?
Domitille: Déterminisme génétique de la variation des métabolites spécialisés en lien avec les interactions biotiques chez une plante de grande culture et une espèce forestière dominante
Julia: Évaluation du microbiote et des cascades trophiques dans un contexte de migration assistée d'arbres forestiers
Mohamed-Anwar: Apprentissage statistique pour l’identification d’OTUs et la caractérisation de la biodiversité
Raphaël : Utilisation du drone et de la photogramétrie … où en sommes-nous au sein de l’unité
Santi : Un nouveau projet Européen sur la gestion des ressources génétiques forestières pour la biodiversité, l’adaptation au changement climatique et le matériel forestier de reproduction
Sylvain: La forêt expérimentale de Floirac

FEVRIER

5 février 2021. Elena Valdes-Correcher

"Facteurs de l'herbivorie des insectes chez le chêne pédonculé (Quercus robur) de l'échelle de l'arbre à l'échelle biogéographique"

JANVIER

22 janvier 2021 "Anticiper les dynamiques forestières dans des climats futurs : sociologie de la fabrication des modèles et des données" par Antoine Dolez Docteur en sociologie, chercheur associé à SAGE (Sociétés, Acteurs, Gouvernement en Europe), Université de Strasbourg