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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR Biogeco - Biodiversité Gènes et Communautés

2020

DECEMBRE

 

>11 déc. Séminaire croisé Unité Expérimentale Arboricole - UMR BIOGECO (en distanciel)

1 –Présentation des jardins communs de Toulenne  

-          DISPOSITIF : présentation et suivi des 3 dispositifs (hêtres ; chênes et 6 espèces) –JM Louvet

-          DONNEES et Gestion des DONNEES: Données acquises par l’UEA– Julien Parmentier / Sylvie Carrié  et par BIOGECO – JM Louvet

-          ILLUSTRATION DES CONNAISSANCES  ACQUISES – Sylvain Delzon

-          DISCUSSION

 

2 –Présentations des pedigrees de chênes (QTL) de Bourran (Bourran 1, 2 et 3)

-          DISPOSITIF : présentation et suivi des 3 dispositifs (hêtres ; chênes et 6 espèces) – Benjamin Dencausse 

-          DONNEES et Gestion des DONNEES: Données acquises par l’UEA– Grégory Fabre et par BIOGECO – Antoine Kremer

-          ILLUSTRATION DES CONNAISSANCES  ACQUISES – Antoine Kremer

-          DISCUSSION

 

3 –Présentation du dispositif de croisements contrôlés de Bourran (Bourran 4) – Pauline Garnier-Gere

 

4-Présentation du dispositif Diallèle Châtaignier de Bourran – Cécile Robin  

 

5- Présentation des autres dispositifs forestiers sur l’UEA – ML Greil 

 

6- Présentation des conditions d’accès à l’Unité Expérimentale Arboricole (UEA) – ML Greil – Delphine Racofier 

-          Demande de partenariat et de travaux  (Pratix –  financements - personnes contacts)  

-          Utilisation des données issues de ces dispositifs   - comment citer l’UEA  

-          Echange de matériel végétal (échantillons / plants)  

-          Visite sur les domaines (personnes contacts – règles de sécurité – restauration)  

>4 dec. Marathon scientifique et technique en distanciel (5-10' par exposé)

9h05-10h35
* Inge: Le hasard fait bien les choses ….

* Santi: Adaptation locale et polygénicité chez les conifères

* Déborah: Domestication effect on the evolution of drought resistance in wheat

* Xavier: Le nouveau système de PTI - Protection Travailleur Isolé

* Simon: Inférence de paramètres à partir d'images de bactéries nageuses

* Marylise: Effet de dilution et compétence des hôtes

* Ben: Composantes génétiques et biotiques du dépérissement des chênes de Chantilly

* Laurent, Geoffrey, Victor: Sélection génomique chez les arbres forestiers

* Alain: Caractérisation de la biodiversité

* Cyril: Mise au point d'une méthode de bio-informatique automatisée pour isoler des marqueurs génétiques chez n'importe quel organisme à partir d'une ébauche de génome

13h30-15h00
* Antoine: Fitness and demographic dynamics in oaks

* Sophie: Pensée végétale et simiesque du film "Le voyage du Prince". Transactions, liens entre vivants

* Régis: A new methodology to partition branch water pools

* Cécile: Les alliés de nos ennemis sont-ils nos ennemis ? caractérisation des champignons associés aux Xylosandrus spp.

* Annabel/Mathieu Crétet: Adaptation des arbres de haies: diversification de usages et des essences face aux changements climatiques

* Paul: le portail FAUNA

* Juliette: Combining climatic and genomic data improves range-wide tree height growth prediction in a forest tree

* Benoit: Apports du SSR-seq pour les études de génétique du châtaignier

* Santiago: A three-dimensional journey into the conifer leaf

* Fred D: Partitionnement des racines du pin et développement du système racinaire

NOVEMBRE

>13 Nov., 9h30 à 10h30, Alexis Ducousso "Projet de conservation des ressources génétiques du chêne pédonculé en France" (exposé en Français)

Résumé: Le chêne pédonculé est l’espèce la plus commune de France. La Commission des Ressources Génétiques Forestières a entrepris une réflexion pour mettre en place une stratégie de conservation de la diversité génétique de cette essence. BIOGECO a produit de nombreuses connaissances qui seront rapidement exposées. Ensuite, il sera proposé trois orientations de protection : (i) une approche territoriale avec la mise en place d’Unité de Conservation, (ii) une approche évolutive qui vise à conserver et restaurer les mécanismes évolutifs et (iii) une approche d’urgence pour la diversité génétique menacée. 

OCTOBRE

>16 oct. En visio: 1ère séquence (13h30-15h) - 2ème séquence (15h00-17h00) 

Les activités du centre national de ressources génomiques végétales (CNRGV)

-1ère séquence

1/ Présentation des activités du centre national de ressources génomiques végétales - Sonia Vautrin

2/ Tendances actuelles pour construire un génome de référence d'une espèce végétale - Stéphane Cauet

3/ Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur les cartes optiques -William Marande

4/ Application au chêne -Benjamin Brachi et Ludovic Duvaux

5/ Clonage de clusters de gènes par les technologies CATCH - Arnaud Bellec

  - 2nde séquence

speed-dating 30' par unité BIOGECO, BFP, EGFV, SAVE ... votre prochain projet avec le CNRGV !

>14 oct. 9h-11h Amphi Grande-Ferrade - Projet d’infrastructure partagée regroupant les serres et autres équipements à haut niveau de confinement

>2 oct. 9h30-11h Airial et visio - Archive ouverte HAL et Open Science (Sybille De-Mareschal ; Marie-Pierre Raymond- INRAE) - "Edit or Perish" (Sylvain Delzon, INRAE), en français. Les présentations sont disponibles ici et ici.

SEPTEMBRE

>9 sept. 9h30-12h30 Airial - Programme de recherche du Ciron (en français)

9h25      Introduction

9h30      Alexis Ducousso : « Historique de la recherche sur la vallée du Ciron et pistes de réflexion pour le futur »

9h45      Didier Bert : « De tous temps, le climat contraint la croissance des arbres »

10h00   Yves Brunet : « Mesures microclimatiques dans la vallée du Ciron (thèse de Marion) »

10h15   Jérôme Ogée : « Mesures hydrologiques dans la vallée du Ciron (projet Hydrobeech) et perspectives (projet GPR) »

10h30   Ludovic Lacombe : « Importance des facteurs locaux dans la dynamique de régénération de Fagus sylvatica dans la marge chaude et le coeur de son aire de distribution.»  

10h45   Frédéric Revers : « Mieux comprendre les relations entre structure forestière, biodiversité et microclimat: exemple de la ripisylve du Ciron »

11h30   Arndt Hampe : « Le GPR et d’autres activités ‘climatiques’ en cours »

11h40   Yannick Mellerin & Jennifer Dudit : « Les relevés des capteurs au Ciron »

11h55 Raphaël Ségura : « La station météorologique » 

12h00 Raphaël Ségura & François Ehrenmann : « PINELINE : Réseau de suivi en continu de la croissance radiale du Pin maritime en Aquitaine - et son potentiel d'application au Ciron »

JUILLET

>3 juillet en visio: Présentation finale des 4 thèmes du projet d'unité (en français)

créneaux

Thèmes

Orateurs

9h30-10h00

4/ Comprendre la dynamique et le fonctionnement des socio-écosystèmes pour la gestion, la restauration et la conservation de la biodiversité

 

 

E Corcket

10h00-10h30

3/ Comprendre la dynamique et le rôle fonctionnel de la biodiversité

 

C Vacher

Pause 10h30-11h00

 

 

11h00-11h30

1/ Étudier l’histoire évolutive et la réponse des espèces et communautés aux changements globaux

B Brachi

 

11h30-12h00

2/ Prédire les phénotypes complexes grâce à leur déterminants génétiques et environnementaux

JM Gion

JUIN

>Vendredi 26 juin - en visio et présentiel (en français)

Présentation du Projet structurant "Pin-Nématode" 

MAI

>Vendredi 29 mai - en visio (en français)

Thierry LAMANT (ONF) 9h30-10h30 "le monde des chênes et les chênes du monde; de nouvelles espèces de chênes à planter en ville"

10h45-12h:  brainstorming sur le contenu d'un futur débat Science - Société sur le thème de "l'écologie urbaine" thème en plein émergence au sein de l'unité.

MARS

>Vendredi 13 mars - 9h30 , Airial - Cestas
Ana Farinha (postdoc Biogeco) - Adding knowledge to the ecology of a recent invasive insect in Europe - the bug Leptoglossus occidentalis
Armel Donkpegan (postdoc BFP) - Genome-wide association analyses to identify loci controlling fruit quality traits in sweet cherry

FEVRIER

>Vendredi 21 Février 9h30 - Airial
9h30-12h00 Echanges entre le personnel et les pilotes des 4 thèmes sur des questions de compréhension (objectifs et leurs déclinaisons en priorités de recherche, modèles d’étude, impacts attendus, éléments de faisabilité…) en français

 

créneaux

Thèmes

Orateur

9h30-10h00  

1/ Étudier l’histoire évolutive et la réponse des espèces et communautés aux changements globaux

B Brachi

10h00-10h30

2/ Prédire les phénotypes complexes grâce à leur déterminants génétiques et environnementaux

JM Gion

Pause 10h30-11h00

 

 

11h00-11h30

3/ Comprendre la dynamique et le rôle fonctionnel de la biodiversité

C. Robin

11h30-12h00

4/ Comprendre la dynamique et le fonctionnement des socio-écosystèmes pour restaurer et conserver la biodiversité

S. Mariette

 

*Vendredi 14 Février 9h30 - Airial

Mathieu Laparie, invité
INRAE, Unité de Recherche de Zoologie Forestière (URZF), Centre Val de Loire, site d’Orléans. 
"De l'importance de l'hétérogénéité phénotypique dans les invasions biologiques : filtres écologiques et sélection à travers les étapes du processus ". exposé en français et diapos en anglais
 
Résumé : La prise en compte des forces évolutives en jeu à un front d'expansion a été une avancée majeure en Biologie des invasions. En effet, des pressions sélectives sont susceptibles d'intervenir différentiellement sur les traits d'histoire de vie tels que la tolérance thermique ou la phénologie au sein des populations selon qu'elles sont proches ou non des limites de leur aire de distribution. Les phénotypes en coexistence ont un impact essentiel sur les dynamiques éco-évolutives lors de changements distributionnels parce que les individus pionniers sont rarement un sous-échantillon aléatoire des populations. Au contraire, ils rencontrent plus probablement un meilleur succès dans les zones néo-colonisées parce qu'ils combinent des traits qui augmentent leur chances (1) d'atteindre ces zones, (2) de tolérer ou contourner les conditions limites, et/ou (3) d'assurer une fitness non-nulle au-delà de l'aire historique. En raison de ces filtres sélectifs qui s'appliquent au front d'expansion, mais de la même manière aux étapes précédentes du processus d'invasion, on s'attend donc à ce que les traits de vie soient structurés dans le temps et l'espace le long des gradients d'expansion ou d'invasion. La compréhension du succès invasif passe ainsi par la prise en compte de l'hétérogénéité phénotypique qui conditionne la capacité à franchir chaque étape du processus. L'hétérogénéité inter- et intra-population reste pourtant difficile à appréhender et a jusqu'à présent été négligée dans la plupart des approches prédictives, ce qui contribue à la difficulté à anticiper l'accélération des invasions souvent observée. À travers des exemples chez les insectes, j'illustrerai certains de ces aspects souvent connus mais dont l'importance est largement sous-estimée, et comment les étapes du processus d'invasion peuvent elles-mêmes trier les phénotypes de manière non-aléatoire, favorisant des performances qui contrastent avec celle de populations natives moyennes.

*Vendredi 7 Février 9h30 - Airial

JC Leplé

Titre : Pathway Studio-Plant, un outil pour l'inférence de réseau de connaissance biologique chez les plantes

Exposé en Français, supports diapos/démonstration Web en français et anglais

Résumé : Pathway Studio-Plant est à la fois un logiciel et une base de donnée de connaissance biologique permettant d'analyser et de visualiser des mécanismes moléculaires, des voies métaboliques et de signalisation, des données de transcriptomique, de protéomique et de métabolomique mais également tout ensemble de gènes identifiés au travers d’autres approches (marque de sélection, GWAS, QTLs etc…). Il s'agit d'une ressource assez exhaustive de données facilement consultables provenant d'articles publiés décrivant les interactions entre les molécules, les gènes, les processus cellulaires. La base de donnée compte actuellement plus de 500 000 relations et 140 000 protéines, extraites de plus de 100 000 textes intégraux et 270 000 résumés. Après une évocation rapide de l’historique de la création de cet outil je vous présenterai l’outil de manière interactive (via un accès web).

JANVIER

Vendredi 31 janvier  9h30 - Airial
Matthieu Chauvat (Université de Rouen - Normandie - Laboratoire ECODIV)
Les interactions faune du sol - plantes à différentes échelles écologiques

Vendredi 24 janvier  9h30 - Airial

Véronique Decroocq (UMR BFP)
Large scale genomic sequence data support a complex and multi-species origin of cultivated apricot

Mardi 21 janvier - 10h à 12h et 14h à 16h - Airial

10h-10h40
Stéfanie Wagner

Epigenetic insights from ancient plant DNA and available data for forthcoming allochronic analyses on European white oaks

10h40-11h20
Jose Manuel Torres Ruiz 
Sylvain Delzon

Anatomical footprints of ancient oak  wood samples

11h20-12h
Antoine Kremer

How does contemporary selection shape oak phenotypes ?

14h-14h40
Jean Paul Soularue

Antagonistic effects of homogamy on plasticity

14h40-15h20
Annabel Porté

What do we know about the European American red oak ??

15h20-16h00
Sylvain Delzon

Divergence and evolutionary changes of physiological traits obtained from allochronic and synchronic approaches in Quercus petraea.

Vendredi 17 janvier  9h30 - B2
Marie Barneix (OAFS)
Présentation de l'OAFS, de ses activités et des interactions avec Biogeco

Vendredi 10 janvier  9h30 - Airial

Tine Grebenc (Slovenian Forestry Institute)
Something on symbiotic fungi

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créneaux

Thèmes

Orateur

9h30-10h00

4/ Comprendre la dynamique et le fonctionnement des socio-écosystèmes pour la gestion, la restauration et la conservation de la biodiversité

 

 

E Corcket

10h00-10h30

3/ Comprendre la dynamique et le rôle fonctionnel de la biodiversité

 

C Vacher,

Pause 10h30-11h00

 

 

11h00-11h30

1/ Étudier l’histoire évolutive et la réponse des espèces et communautés aux changements globaux

B Brachi

 

11h30-12h00

2/ Prédire les phénotypes complexes grâce à leur déterminants génétiques et environnementaux

JM Gion