Métabarcoding de méta-communautés

Métabarcoding de méta-communautés

Des chercheurs de l’UMR BIOGECO publient leurs avancées méthodologiques pour caractériser les communautés microbiennes via le métabarcoding.

Dans le cadre du projet MetaBar (Metabarcoding of meta-communities) financé par le métaprogramme MEM de l’INRA (Méta-omique des écosystèmes microbiens) les chercheurs ont utilisé des communautés microbiennes artificielles, ayant une composition connue, pour identifier les approches moléculaires et bioinformatiques permettant de les caractériser au mieux. Cette étude a donné lieu aux deux articles suivants :

>Pauvert C., Buée M., Laval V., Edel-Hermann V., Fauchery L., Gautier A., Lesur I., Vallance J., Vacher C. 2019. Bioinformatics matters: the accuracy of plant and soil fungal community data is highly dependant on the metabarcoding pipeline. Fungal Ecology, 41: 23-33.
>Legeay J., Husson C., Cordier T., Vacher C., Marcais B., Buée M. 2019. Comparison and validation of Oomycete metabarcoding primers for Phythophtora high throughput sequencing. Journal of Plant Pathology

Date de modification : 16 août 2023 | Date de création : 13 juin 2019 | Rédaction : CPlomion