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INRA
24, chemin de Borde Rouge –Auzeville – CS52627
31326 Castanet Tolosan cedex - France

Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR 1332 - Biologie du Fruit et Pathologie

UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie

Plateforme Bordeaux Métabolome

 Plateforme labellisée IBISA, membre du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique

Plateforme Métabolome Fluxome

Contacts :

Métabolomique : Pierre PétriacqTél. 05.57.12.25.75
Lipidomique : Laetitia FouillenTél. 05.57.12.25.37
Polyphénols : Josep Valls Tél. 05.5757.59.75  Tristan Richard Tél. 05.57.57.59.57
Phénotypage Biochimique : Yves Gibon Tél. 05.57.12.26.51

Web : https://metabolome.cgfb.u-bordeaux.fr/fr
Adresse : INRA bât. IBVM - 71 avenue E. Bourlaux - CS 20032 - 33882 Villenave d'Ornon

Bref historique de la plateforme

La Plateforme Bordeaux Metabolome, site leader reconnu en métabolomique végétale en France et en Europe, a été créée en 2003 en réponse au développement émergent de la métabolomique et dans le but de fédérer et partager les outils et savoir-faire présents dans différents instituts et équipes de Bordeaux étudiant le métabolisme. Elle s’est ensuite élargie pour devenir une Plateforme actuellement portée par trois tutelles (Université de Bordeaux, INRAE et CNRS) via ses trois UMR d’adossement : l’UMR1332 Biologie du Fruit et Pathologie, l’Unité d’Œnologie (EA 4577 USC INRAE 1366) et l’UMR5200 Laboratoire de Biogenèse Membranaire.

En 2006, Bordeaux Metabolome a été intégrée au Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) qui a été restructuré en Fédération des Plateformes de Recherche en 2019, en lien avec les nouveaux Départements de recherche de l’Université de Bordeaux. Pendant cette période, Bordeaux Métabolome a consolidé sa position comme entité de référence en métabolomique végétale en France : elle a été labellisée par IBiSA comme Plateforme de Recherche en Sciences du Vivant en 2008, puis reconnue par l'INRA comme Plateforme Stratégique en 2008 et Plateforme Stratégique Nationale en 2013. C’est la seule Plateforme de métabolomique végétale à être labellisée par l’INRA Infrastructure Scientifique Commune (ISC) en 2018. Elle a récemment été labellisée Plateforme de Recherche par l’Université de Bordeaux (Juillet 2019) car elle contribue majoritairement aux recherches du Département des Sciences de l'Environnement. Elle est également impliquée dans les grands projets de recherche de l'Université de Bordeaux (Bordeaux Plant Science, COTE, Frontiers of Life).

Bordeaux Metabolome participe à cinq Projets d'Investissement d'Avenir (PIA) dont deux projets Infrastructures Nationales en Biologie et Santé (INBS) : PHENOME-EMPHASIS et sa déclinaison européenne EPPN2020, et MetaboHUB qui est coordonné en local (PHENOME et MetaboHUB ayant été reconduit par l’ANR jusqu’en 2025), ainsi que trois projets ANR PIA BioTechnologies et BioRessources (BTBR) : AMAIZING, BreedWheat et SUNRISE. Bordeaux Metabolome est l’une des plateformes technologiques du département INRAE BAP et contribue aussi à des projets portés par des acteurs des départements SPE, MICA, PHASE et EA.
Parmi ses membres, on compte des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs et personnels techniques de l’Université et des Instituts de Recherche. La Plateforme est également associée à deux cellules de transfert (Polyphénols Biotech et LEB Aquitaine transfert) qui assurent la relation avec les industriels au niveau régional et national pour répondre aux besoins technologiques et scientifiques de la société en lien avec les domaines de la lipidomique et de l’analyse de métabolites d’intérêt comme les polyphénols. Cet ensemble de compétences, de réseaux et d’activités favorise le rôle catalyseur de la Plateforme pour identifier et valoriser les synergies entre les domaines de la recherche, l’innovation scientifique, le transfert des connaissances à la société grâce aux activités d’enseignement, le transfert technologique, la prestation de services et mise à disposition pour répondre aux besoins industriels et sociétaux.

Activité de la plateforme

La Plateforme est spécialisée dans la métabolomique des plantes et de leurs dérivés. Elle réalise des adaptations et des développements technologiques, conçoit et implémente des stratégies analytiques et des outils bioinformatiques dans les domaines du métabolome, du lipidome, du phénotypage métabolique et du fluxome. Ces activités correspondent à des objectifs :

  • scientifiques : développer des activités de recherche innovantes pour améliorer la connaissance du métabolisme végétal
  • de transfert : connecter les nouvelles connaissances aux défis liés au changement climatique, notamment la sélection variétale, l’adaptation à la sécheresse et/ou à la chaleur et la réduction d’intrants
  • d’enseignement : former nos étudiants universitaires de façon compétente et concurrentielle aux techniques analytiques avancées et à l’analyse des données métabolomique

La Plateforme à la fois l’accès à des équipements performants et des compétences analytiques de pointe, en répondant aux demandes d’analyses métabolomiques, d’accueil et de formation des étudiants et scientifiques. Elle permet de générer des connaissances de haut niveau en biologie et sert de support aux recherches principalement en écophysiologie, relations plante-microorganismes, génomique fonctionnelle, génétique et biologie intégrative des plantes, analyse de produits dérivés de plantes (dont le vin) et approches pharmacologiques (effet des métabolites végétaux sur la santé de la plante et humaine). L’offre regroupe des techniques et savoir-faire qui couvrent les domaines du phénotypage biochimique à haut-débit (mesures robotisées de métabolites et d'activités enzymatiques), de la métabolomique par LC-MS et RMN (analyse ciblée ou non-ciblée des sucres, acides organiques, acides aminés, lipides, polyphénols, composés redox, etc.).

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Couplage d’extractions robotisées et UHPLC-LTQ-Orbitrap-MS pour le profilage métabolique haut-débit

En lien avec l’Institut Français de Bioinformatique, la Plateforme développe également des outils bioinformatiques et web (i) qui aident à la capture et la gestion des données et métadonnées, basés sur les principes FAIR, comme avec ODAM et LINDA au niveau régional (CBIB – Plateforme labellisée UBdx) et national/international (PHENOME-EMPHASIS), (ii) qui facilitent le traitement et l’annotation RMN (NMRProcFlow), et (iii) qui permettent les traitements statistiques de données omiques (BioStatFlow).

La Plateforme accueille chaque année entre 120 et 140 projets pour une cinquantaine d’équipes différentes. Ces projets se formulent dans le cadre de collaborations régionales (notamment le Département Sciences de l’Environnement), nationales (notamment plusieurs projets ANR BTBR) et internationales (projets H2020 et ERC). La Plateforme travaille aussi en étroite collaboration avec d’autres plateformes nationales (réseau MetaboHUB et du département INRAE BAP) et européennes de métabolomique.

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Spectre RMN de fruit vert de tomate

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Exemple d’approche métabolomique par LC-MS à partir d’une étude phytopathologique (A) pour des analyses ciblées (B) et non ciblées (C). D’après Williams et al. (in press, https://doi.org/10.1016/bs.abr.2020.09.017).

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Chromatogrammes MRM des principaux polyphénols de feuilles de vigne (stilbènes, flavanols, flavonols)