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Dernière mise à jour : Mai 2021

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UMR 1332 - Biologie du Fruit et Pathologie

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Marie Lefebvre

Marie Lefebvre
Ingénieur en bioinformatique, développement logiciel - INRAE

Ingénieur en bioinformatique, développement logiciel
Co-référente données opérationnelle (RDO) pour l’unité depuis 2021.
Membre du CATI BARIC (Bioinformatique pour l’Analyse, la Représentation et Intégration de Connaissances) depuis 2017 (https://www.cesgo.org/catibaric/).

CV
  • Date de naissance : 29/01/1991
  • Diplômes :
    2014 – Master de Bioinformatique (Université de Nantes, France)
    2013 – Maîtrise de Biostatistiques et Bioinformatique (Université de Nantes, France)
    2012 – Licence de Biologie, Géosciences et Chimie (Université de Nantes, France) Option: Biologie environnementale
  • Parcours :
    Depuis 2017 - Ingénieur en Bioinformatique, INRAE BFP, équipe VIRO, Bordeaux, France
    Septembre 2020 - Mars 2021 - Mission longue durée au Bioinformatics Group, Wageningen University and Research, NL
    J'ai reçu la bourse Staff Exchange Programme du projet ELIXIR pour :
    - intégrer le pipeline virAnnot dans l'environnement GALAXY pour rendre les analyses de métagénomique virale facilement accessibles à toute la communauté.
    - développer une méthode pour hiérarchiser les gènes d'une région eQTL afin d'identifier plus précisément le gène causal affectant un caractère (AraQTL)
    2016 - 2017 - Ingénieur en Bioinformatique, équipe COMBI, LS2N, Nantes, France
    Développement de pyBRAvo (https://github.com/pyBRAvo/pyBRAvo), un modèle de calcul basé sur les technologies du Web sémantique (ontologie BioPAX) et de multiples sources de données publiques (PathwayCommons) pour automatiser la reconstruction de réseaux de régulation génique et de réseaux de signalisation humains multi-sources et multi-réseaux.
    2014 - 2016 - Ingénieur en bioinformatique, INRA BFP, équipe META, Bordeaux, France
    Développement d'une base de données et d'une interface Web pour la gestion de spectres RMN et des métadonnées dans le cadre du projet Metabohub.

CV en ligne sur le Portail HAL-INRAE : https://cv.archives-ouvertes.fr/marie-lefebvre

CONTACTS

Mail: marie.lefebvre@inrae.fr
Tel: +33 (0) 557 12 23 39
Equipe VIRO

THEME DE RECHERCHE

Je suis actuellement ingénieur en bioinformatique dans l’équipe de Virologie. Je travaille sur la métagénomique virale des plantes. Je réalise l’analyse de données HTS grâce au pipeline virAnnot (https://doi.org/10.1094/PBIOMES-07-19-0037-A) pour lequel j’ai développé une méthode d’attribution d’OTUs.
Au delà du traitement de données, je développe également des solutions web sémantique pour intégrer des données biologiques hétérogènes (venant de différentes bases de données)  pour les interroger et les visualiser.

PUBLICATIONS

Liste complète des publications sur le portail HAL-INRAE

INFORMATIONS COMPLEMENTAIRES

Git : https://github.com/marieBvr

ORCID: 0000-0002-3093-5873